Please cite:
Schudoma et al.,
Nucl. Acids Res. 38: 970-980.
DOI 10.1093/nar/gkp1010.
Schudoma et al.,
Nucl. Acids Res. 38: 970-980.
DOI 10.1093/nar/gkp1010.
'5-4-Internal Loop pdb2qexF0.n1563-1573 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Source: [PDB-id:chain] | 2qex:0 (&rarr PDB) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Source: Information | NEGAMYCIN BINDS TO THE WALL OF THE NASCENT CHAIN EXIT TUNNEL OF THE 50S RIBOSOMAL SUBUNIT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Source: Compound |
23S RIBOSOMAL RNA FLIPPED INTERNAL |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Source: Resolution | 2.90 ANGSTROMS. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Position | (1558, 1579), (1563, 1573) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Primary structure ('_': anchors) | _AGGAA_-_GGAA_ | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Bases with unusual sugar puckers (Standard: C3'-endo) |
4: C2'-endo, 5: C2'-endo, 6: C2'-endo, 9: C2'-endo, 11: C2'-endo | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Bases with unusual glycosidic-bond configuration (Standard: anti) |
6: syn, 9: syn | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tertiary structure: Stacked bases |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tertiary structure: Base-pairs (anchor pairs) |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Downloads |
Atom coordinates (PDB format) Contact annotation (MC-Annotate format) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3D Structure | Structure Graph | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structural Clusters |