Please cite:
Schudoma et al.,
Nucl. Acids Res. 38: 970-980.
DOI 10.1093/nar/gkp1010.
Schudoma et al.,
Nucl. Acids Res. 38: 970-980.
DOI 10.1093/nar/gkp1010.
'13-Hairpin pdb1yit19.e33-47 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Source: [PDB-id:chain] | 1yit:9 (&rarr PDB) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Source: Information | CRYSTAL STRUCTURE OF VIRGINIAMYCIN M AND S BOUND TO THE 50S RIBOSOMAL SUBUNIT OF HALOARCULA MARISMORTUI | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Source: Compound | 5S RIBOSOMAL RNA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Source: Resolution | 2.80 ANGSTROMS. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Position | (33, 47) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Primary structure ('_': anchors) | _ACCCAUCCCGAAC_ | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Bases with unusual sugar puckers (Standard: C3'-endo) |
1: C2'-endo, 7: C4'-exo, 8: C4'-exo, 9: C4'-exo, 11: C3'-exo | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Bases with unusual glycosidic-bond configuration (Standard: anti) |
11: syn | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tertiary structure: Stacked bases |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tertiary structure: Base-pairs (anchor pairs) |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Downloads |
Atom coordinates (PDB format) Contact annotation (MC-Annotate format) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3D Structure | Structure Graph | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structural Clusters |