Please cite:
Schudoma et al.,
Nucl. Acids Res. 38: 970-980.
DOI 10.1093/nar/gkp1010.
Schudoma et al.,
Nucl. Acids Res. 38: 970-980.
DOI 10.1093/nar/gkp1010.
'5-4-Internal Loop pdb1vsp1w.n225-252 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Source: [PDB-id:chain] | 1vsp:w (&rarr PDB) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Source: Information | INTERACTIONS AND DYNAMICS OF THE SHINE-DALGARNO HELIX IN THE 70S RIBOSOME. THIS FILE, 1VSP, CONTAINS THE 50S RIBOSOME SUBUNIT. 30S RIBOSOME SUBUNIT IS IN THE FILE 2QNH | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Source: Compound | 23S LARGE SUBUNIT RIBOSOMAL RNA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Source: Resolution | 3.83 ANGSTROMS. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Position | (229, 248), (235, 243) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Primary structure ('_': anchors) | _GAGUA_-_GAAA_ | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Bases with unusual sugar puckers (Standard: C3'-endo) |
2: C2'-exo, 3: C4'-exo, 4: C4'-exo, 6: C4'-exo, 7: C2'-exo, 10: C2'-exo | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Bases with unusual glycosidic-bond configuration (Standard: anti) |
None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tertiary structure: Stacked bases |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tertiary structure: Base-pairs (anchor pairs) |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Downloads |
Atom coordinates (PDB format) Contact annotation (MC-Annotate format) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3D Structure | Structure Graph | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structural Clusters |