Please cite:
Schudoma et al.,
Nucl. Acids Res. 38: 970-980.
DOI 10.1093/nar/gkp1010.
Schudoma et al.,
Nucl. Acids Res. 38: 970-980.
DOI 10.1093/nar/gkp1010.
'22-Segment pdb1vsp1w.i1032-1055 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Source: [PDB-id:chain] | 1vsp:w (&rarr PDB) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Source: Information | INTERACTIONS AND DYNAMICS OF THE SHINE-DALGARNO HELIX IN THE 70S RIBOSOME. THIS FILE, 1VSP, CONTAINS THE 50S RIBOSOME SUBUNIT. 30S RIBOSOME SUBUNIT IS IN THE FILE 2QNH | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Source: Compound | 23S LARGE SUBUNIT RIBOSOMAL RNA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Source: Resolution | 3.83 ANGSTROMS. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Position | (1032, 1055) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Primary structure ('_': anchors) | _CAAGUCUGGGCUAAGUGGUAAA_ | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Bases with unusual sugar puckers (Standard: C3'-endo) |
2: C3'-exo, 4: C2'-exo, 5: C4'-exo, 6: C3'-exo, 9: C2'-exo, 11: C2'-exo, 13: C4'-exo, 14: C3'-exo, 16: C3'-exo, 19: C2'-exo, 20: C2'-exo | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Bases with unusual glycosidic-bond configuration (Standard: anti) |
16: syn | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tertiary structure: Stacked bases |
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Tertiary structure: Base-pairs (anchor pairs) |
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Downloads |
Atom coordinates (PDB format) Contact annotation (MC-Annotate format) |
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3D Structure | Structure Graph | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structural Clusters |