Please cite:
Schudoma et al.,
Nucl. Acids Res. 38: 970-980.
DOI 10.1093/nar/gkp1010.
Schudoma et al.,
Nucl. Acids Res. 38: 970-980.
DOI 10.1093/nar/gkp1010.
'4-1-Internal Loop pdb1f1tFA.n7-29 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Source: [PDB-id:chain] | 1f1t:A (&rarr PDB) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Source: Information | CRYSTAL STRUCTURE OF THE MALACHITE GREEN APTAMER COMPLEXED WITH TETRAMETHYL-ROSAMINE | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Source: Compound |
MALACHITE GREEN APTAMER RNA FLIPPED INTERNAL |
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Source: Resolution | 2.80 ANGSTROMS. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Position | (8, 28), (10, 23) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Primary structure ('_': anchors) | _GUAA_-_A_ | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Bases with unusual sugar puckers (Standard: C3'-endo) |
4: C2'-exo, 5: C1'-exo, 9: C1'-exo | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Bases with unusual glycosidic-bond configuration (Standard: anti) |
5: syn | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tertiary structure: Stacked bases |
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Tertiary structure: Base-pairs (anchor pairs) |
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Downloads |
Atom coordinates (PDB format) Contact annotation (MC-Annotate format) |
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3D Structure | Structure Graph | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structural Clusters |