Please cite:
Schudoma et al.,
Nucl. Acids Res. 38: 970-980.
DOI 10.1093/nar/gkp1010.
(009)-Hairpin cluster 252 (cutoff=3.0 Å)
Cluster size 439 structure(s)
Representative structure 1ttt:E (&rarr PDB)
Downloads Representative structure (PDB) (MC-Annotate)
Member list
Consensus sequence NNNNNNNNN
Cluster members
AAGCGCGCA
1xpe:A, 7-17, 1xpe:B, 7-17, 2b8r:A, 7-17, 2b8r:B, 7-17
AAGUGCACA
1xp7:A, 7-17, 1xp7:B, 7-17, 1y3o:A, 7-17, 1y3o:B, 7-17, 1y3s:A, 7-17, 1y3s:B, 7-17, 1yxp:A, 7-17, 1yxp:B, 7-17, 1zci:A, 7-17, 1zci:B, 7-17, 1zci:C, 7-17, 2d19:A, 4-14, 2d19:B, 4-14, 2d1b:A, 14-24, 2fcx:A, 7-17, 2fcx:B, 7-17, 2fcy:A, 7-17, 2fcy:B, 7-17, 2fcz:A, 7-17, 2fcz:B, 7-17, 2fcz:C, 7-17, 2fcz:D, 7-17, 2fd0:A, 7-17, 2fd0:B, 7-17
ACUGAAGAU
1ehz:A, 30-40, 1evv:A, 30-40, 1fcw:A, 30-40, 1fcw:B, 30-40, 1fcw:C, 30-40, 1fcw:D, 30-40, 1fcw:E, 30-40, 1gix:B, 30-40, 1gix:C, 30-40, 1i9v:A, 30-40, 1jgo:B, 30-40, 1jgo:C, 30-40, 1jgp:B, 30-40, 1jgp:C, 30-40, 1jgq:B, 30-40, 1jgq:C, 30-40, 1lu3:A, 5-15, 1mj1:C, 30-40, 1mj1:D, 30-40, 1ml5:B, 30-40, 1ob2:B, 30-40, 1ob5:B, 30-40, 1ob5:D, 30-40, 1ob5:F, 30-40, 1pns:V, 30-40, 1pns:W, 30-40, 1sz1:E, 30-40, 1sz1:F, 30-40, 1tn2:A, 30-40, 1tra:A, 30-40, 1ttt:D, 30-40, 1ttt:E, 30-40, 1ttt:F, 30-40, 1zo1:F, 30-40, 1zo3:A, 30-40, 1zo3:B, 30-40, 2b64:W, 30-40, 2b9m:W, 30-40, 2b9o:W, 30-40, 2gy9:U, 30-40, 2gy9:V, 30-40, 2gy9:W, 30-40, 2gyb:U, 30-40, 2gyb:V, 30-40, 2gyb:W, 30-40, 3deg:A, 30-40, 486d:A, 30-40, 4tna:A, 30-40, 4tra:A, 30-40, 6tna:A, 30-40
ACUUUUAAU
1bzu:A, 4-14, 1fir:A, 30-40, 1fl8:A, 4-14
AGGUGCACA
1k9w:A, 7-17, 1k9w:B, 7-17, 1k9w:C, 7-17, 1k9w:D, 7-17, 1xpf:A, 7-17, 1xpf:B, 7-17, 2b8s:A, 7-17, 2b8s:B, 7-17
AGUAACGAA
1y0q:A, 204-214, 2rkj:C, 213-223, 2rkj:G, 213-223, 2rkj:K, 213-223, 2rkj:O, 213-223
AGUGGGCUA
1kaj:A, 5-15
AUCAGAAUG
1vs5:A, 1352-1362, 1vs7:A, 1352-1362, 2avy:A, 1352-1362, 2aw7:A, 1352-1362, 2gy9:A, 1315-1325, 2gyb:A, 1315-1325, 2i2p:A, 1352-1362, 2i2u:A, 1352-1362, 2qal:A, 1352-1362, 2qan:A, 1352-1362, 2qb9:A, 1352-1362, 2qbb:A, 1352-1362, 2qbd:A, 1352-1362, 2qbf:A, 1352-1362, 2qbh:A, 1352-1362, 2qbj:A, 1352-1362, 2qou:A, 1352-1362, 2qow:A, 1352-1362, 2qoy:A, 1352-1362, 2qp0:A, 1352-1362, 2vho:A, 1352-1362, 2vhp:A, 1352-1362, 2z4k:A, 1352-1362, 2z4m:A, 1352-1362, 3df1:A, 1352-1362, 3df3:A, 1352-1362
AUCAGCAUG
1xmo:A, 1328-1338, 1xmq:A, 1328-1338, 1xnq:A, 1328-1338, 1xnr:A, 1328-1338
AUUAGAUAC
1fjg:A, 765-775, 1hnw:A, 765-775, 1hnx:A, 765-775, 1hnz:A, 765-775, 1hr0:A, 765-775, 1i94:A, 768-778, 1i96:A, 768-778, 1i97:A, 768-778, 1ibk:A, 765-775, 1ibl:A, 765-775, 1ibm:A, 765-775, 1j5e:A, 765-775, 1n32:A, 765-775, 1n33:A, 765-775, 1n34:A, 765-775, 1n36:A, 765-775, 1pns:A, 779-789, 1pnx:A, 779-789, 1s1h:A, 770-780, 1voq:A, 779-789, 1vos:A, 779-789, 1vov:A, 779-789, 1vox:A, 779-789, 1voz:A, 779-789, 1vs5:A, 782-792, 1vs7:A, 782-792, 1xmo:A, 765-775, 1xmq:A, 765-775, 1xnq:A, 765-775, 1xnr:A, 765-775, 1yl4:A, 765-775, 2avy:A, 782-792, 2aw7:A, 782-792, 2b64:A, 765-775, 2b9m:A, 765-775, 2b9o:A, 765-775, 2e5l:A, 766-776, 2f4v:A, 765-775, 2gy9:A, 752-762, 2gyb:A, 752-762, 2hgi:A, 765-775, 2hgp:A, 765-775, 2hgr:A, 765-775, 2hhh:A, 765-775, 2i2p:A, 782-792, 2i2u:A, 782-792, 2j00:A, 765-775, 2j02:A, 765-775, 2jl5:A, 765-775, 2jl7:A, 765-775, 2ow8:y, 765-775, 2qal:A, 782-792, 2qan:A, 782-792, 2qb9:A, 782-792, 2qbb:A, 782-792, 2qbd:A, 782-792, 2qbf:A, 782-792, 2qbh:A, 782-792, 2qbj:A, 782-792, 2qou:A, 782-792, 2qow:A, 782-792, 2qoy:A, 782-792, 2qp0:A, 782-792, 2uu9:A, 765-775, 2uua:A, 765-775, 2uub:A, 765-775, 2uuc:A, 765-775, 2uxb:A, 765-775, 2uxc:A, 765-775, 2uxd:A, 743-753, 2vho:A, 782-792, 2vqe:A, 765-775, 2vqf:A, 765-775, 2z4k:A, 782-792, 2z4m:A, 782-792, 3bbn:A, 729-739, 3d5a:A, 765-775, 3d5c:A, 765-775, 3df1:A, 782-792, 3df3:A, 782-792
AUUGAAAAU
2j00:W, 30-40, 2j02:W, 30-40, 2jl5:W, 30-40, 2jl7:W, 30-40, 2ow8:z, 30-40, 3bbv:z, 30-40
AUUGCAAAU
1b23:R, 29-39
CCGACGAGG
1ibk:A, 446-456
CGCUUCGCG
1vor:B, 1678-1688, 1vou:B, 1678-1688, 1vow:B, 1678-1688, 1voy:B, 1678-1688, 1vp0:B, 1678-1688
CUGGGGCGG
1yl3:A, 2223-2233, 2b66:A, 2165-2175, 2b9n:A, 2165-2175, 2b9p:A, 2165-2175
CUUUUCCGA
1a60:A, 20-30
GACGGAGAU
3bbo:A, 2242-2252
GCUGUUCGC
1vor:B, 2485-2495, 1vou:B, 2485-2495
GGCUCAACC
1hnx:A, 594-604, 1voq:A, 831-841, 1vos:A, 831-841, 1vov:A, 831-841, 1vox:A, 831-841, 1voz:A, 831-841, 2j00:A, 594-604, 2j02:A, 594-604
GGGUCUCCU
1n36:A, 814-824
GGUAAGUUC
1j5a:A, 1873-1883, 1jzx:A, 1873-1883, 1jzy:A, 1873-1883, 1jzz:A, 1873-1883, 1k01:A, 1873-1883, 1p9x:0, 1840-1850, 2vhm:B, 1932-1942, 2vhn:B, 1932-1942, 3bbo:A, 1884-1894
GGUAAUGGC
1fka:A, 249-259
GGUUUUACU
1i97:A, 75-85, 2f4v:A, 72-82, 3d5a:A, 72-82, 3d5c:A, 72-82
GUCGGACAU
2i2t:B, 2250-2260, 2i2v:B, 2250-2260, 2qam:B, 2250-2260, 2qao:B, 2250-2260, 2qba:B, 2250-2260, 2qbc:B, 2250-2260, 2qov:B, 2250-2260, 2qox:B, 2250-2260, 2qoz:B, 2250-2260, 2qp1:B, 2250-2260, 2vhm:B, 2250-2260, 2vhn:B, 2250-2260, 3df2:B, 2250-2260, 3df4:B, 2250-2260
GUGAUAAAC
2vhp:A, 1159-1169
GUGAUGAGC
2j01:A, 1658-1668, 2j03:A, 1658-1668, 2v47:A, 1658-1668, 2v49:A, 1658-1668
GUUCAAGUC
2nr0:H, 57-67
GUUCGACUC
2czj:D, 42-52
GUUCGAUCC
3bt7:C, 5-15, 3epj:F, 50-60
GUUCGAUUC
2j02:W, 52-62
GUUGGAAAU
1njm:0, 2195-2205, 1njn:0, 2195-2205, 1njo:0, 2195-2205, 1njp:0, 2195-2205, 1nkw:0, 2195-2205, 1nwx:0, 2195-2205, 1nwy:0, 2195-2205, 1ond:0, 2194-2204, 1p9x:0, 2170-2180, 1pnu:0, 2239-2249, 1pny:0, 2239-2249, 1xbp:0, 2195-2205, 1y69:0, 2195-2205, 2aar:0, 2195-2205, 2o43:A, 2195-2205, 2o45:A, 2183-2193, 2ogn:0, 2195-2205, 3dll:X, 2106-2116
UAACUAUAA
1c2w:B, 1910-1920, 1njm:0, 1827-1837, 1njn:0, 1827-1837, 1njo:0, 1827-1837, 1njp:0, 1827-1837, 1nkw:0, 1827-1837, 1nwx:0, 1827-1837, 1nwy:0, 1827-1837, 1ond:0, 1826-1836, 1p9x:0, 1802-1812, 1pnu:0, 1852-1862, 1pny:0, 1852-1862, 1z58:2, 1818-1828, 2aar:0, 1827-1837, 2o45:A, 1824-1834, 2ogm:0, 1827-1837, 2vhm:B, 1894-1904, 2vhn:B, 1894-1904
UAGAGAAUA
3bbo:A, 1586-1596
UCGAUCCUG
3bbn:A, 8-18
UGAUAUGAA
2gyc:0, 70-80, 2vhm:B, 86-96
UGGAGAUAC
1j5a:A, 85-95, 1jzx:A, 85-95, 1jzy:A, 85-95, 1jzz:A, 85-95, 1k01:A, 85-95, 1njm:0, 85-95, 1njn:0, 85-95, 1njo:0, 85-95, 1njp:0, 85-95, 1nkw:0, 85-95, 1nwx:0, 85-95, 1nwy:0, 85-95, 1ond:0, 85-95, 1p9x:0, 85-95, 1pnu:0, 85-95, 1pny:0, 85-95, 1sm1:0, 85-95, 1xbp:0, 85-95, 1y69:0, 85-95, 2aar:0, 85-95, 2d3o:0, 85-95, 2o43:A, 85-95, 2o45:A, 85-95, 2ogm:0, 85-95, 2ogn:0, 85-95, 2ogo:0, 84-94, 2zjp:X, 85-95, 2zjq:X, 85-95, 2zjr:X, 85-95, 3cf5:X, 85-95, 3dll:X, 85-95
UUAGAAGCA
1jj2:0, 1137-1147, 1k73:A, 1137-1147, 1k8a:A, 1137-1147, 1k9m:A, 1137-1147, 1kc8:A, 1137-1147, 1kd1:A, 1137-1147, 1kqs:0, 1137-1147, 1m1k:A, 1137-1147, 1m90:A, 1137-1147, 1n8r:A, 1137-1147, 1nji:A, 1137-1147, 1pnu:0, 1025-1035, 1pny:0, 1025-1035, 1q7y:A, 1137-1147, 1q81:A, 1137-1147, 1q82:A, 1137-1147, 1q86:A, 1137-1147, 1qvf:0, 1137-1147, 1qvg:0, 1137-1147, 1s72:0, 1137-1147, 1sm1:0, 1009-1019, 1y69:0, 1009-1019, 2aar:0, 1009-1019, 2ogn:0, 1009-1019, 3ccj:0, 1137-1147, 3ccr:0, 1137-1147, 3cpw:0, 1137-1147
UUGAUCAUG
1vs5:A, 8-18, 1vs7:A, 8-18, 2avy:A, 8-18, 2aw7:A, 8-18, 2gy9:A, 8-18, 2gyb:A, 8-18, 2i2p:A, 8-18, 2i2u:A, 8-18, 2qal:A, 8-18, 2qan:A, 8-18, 2qb9:A, 8-18, 2qbb:A, 8-18, 2qbd:A, 8-18, 2qbf:A, 8-18, 2qbh:A, 8-18, 2qbj:A, 8-18, 2qou:A, 8-18, 2qow:A, 8-18, 2qoy:A, 8-18, 2qp0:A, 8-18, 2vho:A, 8-18, 2vhp:A, 8-18, 2z4k:A, 8-18, 2z4m:A, 8-18, 3df1:A, 8-18, 3df3:A, 8-18
UUGAUCCUG
1fjg:A, 8-18, 1fka:A, 8-18, 1hnw:A, 8-18, 1hnx:A, 8-18, 1hnz:A, 8-18, 1hr0:A, 8-18, 1i94:A, 11-21, 1i95:A, 11-21, 1i96:A, 11-21, 1i97:A, 11-21, 1ibk:A, 8-18, 1ibl:A, 8-18, 1ibm:A, 8-18, 1j5e:A, 8-18, 1n32:A, 8-18, 1n33:A, 8-18, 1n36:A, 8-18, 1pns:A, 8-18, 1pnx:A, 8-18, 1s1h:A, 8-18, 1xmo:A, 8-18, 1xmq:A, 8-18, 1xnq:A, 8-18, 1xnr:A, 8-18, 2e5l:A, 9-19, 2f4v:A, 8-18, 2hhh:A, 8-18, 2j00:A, 8-18, 2j02:A, 8-18, 2jl5:A, 8-18, 2jl7:A, 8-18, 2uu9:A, 8-18, 2uua:A, 8-18, 2uub:A, 8-18, 2uuc:A, 8-18, 2uxb:A, 8-18, 2uxc:A, 8-18, 2uxd:A, 8-18, 2vqe:A, 8-18, 2vqf:A, 8-18, 3d5a:A, 8-18, 3d5c:A, 8-18