Please cite:
Schudoma et al.,
Nucl. Acids Res. 38: 970-980.
DOI 10.1093/nar/gkp1010.
(009)-Hairpin cluster 468 (cutoff=2.0 Å)
Cluster size 194 structure(s)
Representative structure 2e5l:A (&rarr PDB)
Downloads Representative structure (PDB) (MC-Annotate)
Member list
Consensus sequence DNNNNNNHN
Cluster members
ACUGAAGAU
1ehz:A, 30-40, 1evv:A, 30-40, 1fcw:A, 30-40, 1fcw:B, 30-40, 1fcw:C, 30-40, 1fcw:D, 30-40, 1fcw:E, 30-40, 1gix:B, 30-40, 1gix:C, 30-40, 1i9v:A, 30-40, 1jgo:B, 30-40, 1jgo:C, 30-40, 1jgp:B, 30-40, 1jgp:C, 30-40, 1jgq:B, 30-40, 1jgq:C, 30-40, 1lu3:A, 5-15, 1mj1:C, 30-40, 1mj1:D, 30-40, 1ml5:B, 30-40, 1pns:V, 30-40, 1pns:W, 30-40, 1sz1:E, 30-40, 1sz1:F, 30-40, 1tn2:A, 30-40, 1tra:A, 30-40, 1ttt:E, 30-40, 1zo1:F, 30-40, 1zo3:A, 30-40, 1zo3:B, 30-40, 2b64:W, 30-40, 2b9m:W, 30-40, 2b9o:W, 30-40, 2gy9:U, 30-40, 2gy9:V, 30-40, 2gy9:W, 30-40, 2gyb:U, 30-40, 2gyb:V, 30-40, 2gyb:W, 30-40, 3deg:A, 30-40, 486d:A, 30-40, 4tna:A, 30-40, 4tra:A, 30-40, 6tna:A, 30-40
ACUUUUAAU
1fir:A, 30-40, 1fl8:A, 4-14
AGUAACGAA
2rkj:C, 213-223, 2rkj:G, 213-223, 2rkj:K, 213-223, 2rkj:O, 213-223
AUUAGAUAC
1fjg:A, 765-775, 1hnw:A, 765-775, 1hnx:A, 765-775, 1hnz:A, 765-775, 1hr0:A, 765-775, 1i94:A, 768-778, 1i95:A, 768-778, 1i96:A, 768-778, 1i97:A, 768-778, 1ibk:A, 765-775, 1ibl:A, 765-775, 1ibm:A, 765-775, 1j5e:A, 765-775, 1n32:A, 765-775, 1n33:A, 765-775, 1n34:A, 765-775, 1n36:A, 765-775, 1pns:A, 779-789, 1pnx:A, 779-789, 1s1h:A, 770-780, 1voq:A, 779-789, 1vos:A, 779-789, 1vov:A, 779-789, 1vox:A, 779-789, 1voz:A, 779-789, 1vs5:A, 782-792, 1vs7:A, 782-792, 1xmo:A, 765-775, 1xmq:A, 765-775, 1xnq:A, 765-775, 1xnr:A, 765-775, 1yl4:A, 765-775, 2avy:A, 782-792, 2aw7:A, 782-792, 2b64:A, 765-775, 2b9m:A, 765-775, 2b9o:A, 765-775, 2e5l:A, 766-776, 2f4v:A, 765-775, 2gy9:A, 752-762, 2gyb:A, 752-762, 2hgi:A, 765-775, 2hgp:A, 765-775, 2hgr:A, 765-775, 2hhh:A, 765-775, 2i2p:A, 782-792, 2i2u:A, 782-792, 2j00:A, 765-775, 2j02:A, 765-775, 2jl5:A, 765-775, 2jl7:A, 765-775, 2ow8:y, 765-775, 2qal:A, 782-792, 2qan:A, 782-792, 2qb9:A, 782-792, 2qbb:A, 782-792, 2qbd:A, 782-792, 2qbf:A, 782-792, 2qbh:A, 782-792, 2qbj:A, 782-792, 2qnh:y, 765-775, 2qou:A, 782-792, 2qow:A, 782-792, 2qoy:A, 782-792, 2qp0:A, 782-792, 2uu9:A, 765-775, 2uua:A, 765-775, 2uub:A, 765-775, 2uuc:A, 765-775, 2uxb:A, 765-775, 2uxc:A, 765-775, 2uxd:A, 743-753, 2vho:A, 782-792, 2vqe:A, 765-775, 2vqf:A, 765-775, 2z4k:A, 782-792, 2z4m:A, 782-792, 3bbn:A, 729-739, 3d5a:A, 765-775, 3d5c:A, 765-775, 3df1:A, 782-792, 3df3:A, 782-792
AUUGAAAAU
2ow8:z, 30-40, 3bbv:z, 30-40
AUUGCAAAU
1b23:R, 29-39
GAAUCCAUA
2i2t:B, 158-168, 2i2v:B, 158-168, 2qba:B, 158-168, 2qbc:B, 158-168, 2qbe:B, 158-168, 2qbg:B, 158-168, 2qbi:B, 158-168, 2qbk:B, 158-168, 2z4l:B, 158-168, 2z4n:B, 158-168, 3df2:B, 158-168, 3df4:B, 158-168
GAAUCCAUG
3bbo:A, 142-152
GGCUCAACC
1hnx:A, 594-604, 2j00:A, 594-604, 2j02:A, 594-604
GGUAAGUUC
1j5a:A, 1873-1883, 1jzx:A, 1873-1883, 1jzy:A, 1873-1883, 1jzz:A, 1873-1883, 1k01:A, 1873-1883, 1p9x:0, 1840-1850, 2vhm:B, 1932-1942, 2vhn:B, 1932-1942, 3bbo:A, 1884-1894
GUGAUAAAC
2vhp:A, 1159-1169
GUUCAAGUC
2nr0:H, 57-67
GUUCGACUC
2czj:D, 42-52, 2czj:H, 42-52
GUUCGAUCC
3epj:F, 50-60
GUUCGAUUC
2j02:W, 52-62
UAACUAUAA
1vs6:B, 1894-1904, 1vs8:B, 1894-1904, 2aw4:B, 1894-1904, 2awb:B, 1894-1904, 2i2t:B, 1894-1904, 2i2v:B, 1894-1904, 2j01:A, 1827-1837, 2j03:A, 1827-1837, 2j28:B, 1894-1904, 2jl6:A, 1906-1916, 2jl8:A, 1906-1916, 2qao:B, 1894-1904, 2qba:B, 1894-1904, 2qbg:B, 1894-1904, 2qov:B, 1894-1904, 2qox:B, 1894-1904, 2qoz:B, 1894-1904, 2qp1:B, 1894-1904, 2v47:A, 1827-1837, 2v49:A, 1827-1837, 2vhm:B, 1894-1904, 2vhn:B, 1894-1904, 2z4l:B, 1894-1904, 2z4n:B, 1894-1904, 3bbx:B, 1987-1997, 3d5b:A, 1905-1915, 3d5d:A, 1905-1915, 3df4:B, 1894-1904