Please cite:
Schudoma et al.,
Nucl. Acids Res. 38: 970-980.
DOI 10.1093/nar/gkp1010.
(009)-Hairpin cluster 27 (cutoff=1.5 Å)
Cluster size 114 structure(s)
Representative structure 1fir:A (&rarr PDB)
Downloads Representative structure (PDB) (MC-Annotate)
Member list
Consensus sequence RBUDDNDWH
Cluster members
ACUGAAGAU
1ehz:A, 30-40, 1evv:A, 30-40, 1fcw:A, 30-40, 1fcw:B, 30-40, 1fcw:C, 30-40, 1fcw:D, 30-40, 1fcw:E, 30-40, 1gix:B, 30-40, 1gix:C, 30-40, 1i9v:A, 30-40, 1jgo:B, 30-40, 1jgo:C, 30-40, 1jgp:B, 30-40, 1jgp:C, 30-40, 1jgq:B, 30-40, 1jgq:C, 30-40, 1lu3:A, 5-15, 1mj1:C, 30-40, 1mj1:D, 30-40, 1ml5:B, 30-40, 1ob2:B, 30-40, 1ob5:B, 30-40, 1ob5:D, 30-40, 1ob5:F, 30-40, 1pns:V, 30-40, 1pns:W, 30-40, 1sz1:E, 30-40, 1sz1:F, 30-40, 1tn2:A, 30-40, 1tra:A, 30-40, 1ttt:D, 30-40, 1ttt:E, 30-40, 1ttt:F, 30-40, 1zo1:F, 30-40, 1zo3:A, 30-40, 1zo3:B, 30-40, 2b64:W, 30-40, 2b9m:W, 30-40, 2b9o:W, 30-40, 2gy9:U, 30-40, 2gy9:V, 30-40, 2gy9:W, 30-40, 2gyb:U, 30-40, 2gyb:V, 30-40, 2gyb:W, 30-40, 3deg:A, 30-40, 486d:A, 30-40, 4tna:A, 30-40, 4tra:A, 30-40, 6tna:A, 30-40
ACUUUUAAU
1fir:A, 30-40, 1fl8:A, 4-14
AGUAACGAA
2rkj:C, 213-223, 2rkj:K, 213-223
AUUAGAUAC
1fjg:A, 765-775, 1hnw:A, 765-775, 1hnz:A, 765-775, 1ibk:A, 765-775, 1ibl:A, 765-775, 1n32:A, 765-775, 1n33:A, 765-775, 1voq:A, 779-789, 1vos:A, 779-789, 1vov:A, 779-789, 1vox:A, 779-789, 1voz:A, 779-789, 1vs5:A, 782-792, 1vs7:A, 782-792, 2avy:A, 782-792, 2aw7:A, 782-792, 2b64:A, 765-775, 2b9m:A, 765-775, 2b9o:A, 765-775, 2e5l:A, 766-776, 2hgi:A, 765-775, 2hgp:A, 765-775, 2i2p:A, 782-792, 2i2u:A, 782-792, 2j00:A, 765-775, 2j02:A, 765-775, 2jl5:A, 765-775, 2jl7:A, 765-775, 2ow8:y, 765-775, 2qal:A, 782-792, 2qan:A, 782-792, 2qb9:A, 782-792, 2qbb:A, 782-792, 2qbd:A, 782-792, 2qbf:A, 782-792, 2qbh:A, 782-792, 2qbj:A, 782-792, 2qou:A, 782-792, 2qow:A, 782-792, 2qoy:A, 782-792, 2qp0:A, 782-792, 2uxd:A, 743-753, 2vho:A, 782-792, 2z4k:A, 782-792, 2z4m:A, 782-792, 3bbn:A, 729-739, 3d5a:A, 765-775, 3d5c:A, 765-775, 3df1:A, 782-792, 3df3:A, 782-792
AUUGAAAAU
2jl5:W, 30-40
GGUAAGUUC
1j5a:A, 1873-1883, 1jzx:A, 1873-1883, 1jzy:A, 1873-1883, 1jzz:A, 1873-1883, 1k01:A, 1873-1883, 1p9x:0, 1840-1850, 2vhm:B, 1932-1942, 2vhn:B, 1932-1942, 3bbo:A, 1884-1894