Please cite:
Schudoma et al.,
Nucl. Acids Res. 38: 970-980.
DOI 10.1093/nar/gkp1010.
(007)-Hairpin cluster 911 (cutoff=1.5 Å)
Cluster size 303 structure(s)
Representative structure 2azx:C (&rarr PDB)
Downloads Representative structure (PDB) (MC-Annotate)
Member list
Consensus sequence NNNNNNN
Cluster members
AACUAUA
2gya:0, 1794-1802, 2gyc:0, 1794-1802
AUCGUGU
1yl4:1, 18-26
CUCAUAA
1szy:A, 7-15, 2hgi:C, 31-39, 2hgr:C, 31-39, 2qnh:z, 32-40, 2v48:W, 32-40, 3d5a:Y, 32-40, 3d5a:Z, 32-40, 3d5c:Y, 32-40, 3d5c:Z, 32-40
CUCAUAC
1ffk:0, 1196-1204, 1jj2:0, 1243-1251, 1k73:A, 1243-1251, 1k8a:A, 1243-1251, 1k9m:A, 1243-1251, 1kc8:A, 1243-1251, 1kd1:A, 1243-1251, 1kqs:0, 1243-1251, 1m1k:A, 1243-1251, 1m90:A, 1243-1251, 1n8r:A, 1243-1251, 1nji:A, 1243-1251, 1pns:A, 456-464, 1pnx:A, 456-464, 1q7y:A, 1243-1251, 1q81:A, 1243-1251, 1q82:A, 1243-1251, 1q86:A, 1243-1251, 1qvf:0, 1243-1251, 1qvg:0, 1243-1251, 1s1i:3, 1348-1356, 1s72:0, 1243-1251, 1vq4:0, 1243-1251, 1vq5:0, 1243-1251, 1vq9:0, 1243-1251, 1yi2:0, 1243-1251, 1yij:0, 1243-1251, 1yit:0, 1243-1251, 1yj9:0, 1243-1251, 1yjn:0, 1243-1251, 2otj:0, 1243-1251, 2otl:0, 1243-1251, 2qa4:0, 1248-1256, 2qex:0, 1243-1251, 3cc4:0, 1243-1251, 3cc7:0, 1243-1251, 3cce:0, 1243-1251, 3ccj:0, 1243-1251, 3ccl:0, 1243-1251, 3ccq:0, 1243-1251, 3ccr:0, 1243-1251, 3ccs:0, 1243-1251, 3ccu:0, 1243-1251, 3ccv:0, 1243-1251, 3cd6:0, 1243-1251, 3cpw:0, 1243-1251
CUCCAGA
2ake:B, 30-38, 2azx:C, 30-38, 2azx:D, 30-38, 2dr2:B, 30-38
CUCUCAA
1g59:B, 31-39, 1g59:D, 31-39, 1n77:C, 31-39, 1n77:D, 31-39, 1n78:C, 31-39, 1n78:D, 31-39, 2cv0:C, 31-39, 2cv0:D, 31-39, 2cv1:C, 31-39, 2cv1:D, 31-39, 2cv2:C, 31-39, 2cv2:D, 31-39, 2dxi:C, 31-39, 2dxi:D, 31-39
CUGAAAA
1eiy:C, 31-39, 2iy5:T, 31-39, 2ow8:0, 31-39, 2qnh:2, 31-39
CUGAAGA
1yl4:C, 31-39
CUGUAAA
1h3e:B, 32-40
CUGUAGA
1j1u:B, 32-40
CUGUUCG
1xbp:0, 2442-2450, 3bbo:A, 2489-2497
CUUACAA
2jrq:A, 5-13, 2k4c:A, 31-39, 2uu9:Y, 3-11, 2uua:Y, 3-11, 2uuc:Y, 3-11
CUUACGA
1j2b:C, 32-40
CUUUGGA
2d6f:F, 31-39
GCUCAAC
1i97:A, 598-606
GGCGAAA
1ffk:0, 1626-1634, 1jj2:0, 1676-1684, 1k73:A, 1676-1684, 1k8a:A, 1676-1684, 1k9m:A, 1676-1684, 1kc8:A, 1676-1684, 1kd1:A, 1676-1684, 1kqs:0, 1676-1684, 1m1k:A, 1676-1684, 1m90:A, 1676-1684, 1n8r:A, 1676-1684, 1nji:A, 1676-1684, 1q7y:A, 1676-1684, 1q81:A, 1676-1684, 1q82:A, 1676-1684, 1q86:A, 1676-1684, 1qvf:0, 1676-1684, 1qvg:0, 1676-1684, 1s1i:3, 1784-1792, 1s72:0, 1676-1684, 1vq4:0, 1676-1684, 1vq5:0, 1676-1684, 1vq6:0, 1676-1684, 1vq7:0, 1676-1684, 1vq8:0, 1676-1684, 1vq9:0, 1676-1684, 1vqk:0, 1676-1684, 1vql:0, 1676-1684, 1vqm:0, 1676-1684, 1vqn:0, 1676-1684, 1vqo:0, 1676-1684, 1vqp:0, 1676-1684, 1w2b:0, 1676-1684, 1yhq:0, 1676-1684, 1yi2:0, 1676-1684, 1yij:0, 1676-1684, 1yit:0, 1676-1684, 1yj9:0, 1676-1684, 1yjn:0, 1676-1684, 1yjw:0, 1676-1684, 2otj:0, 1676-1684, 2otl:0, 1676-1684, 2qa4:0, 1681-1689, 2qex:0, 1676-1684, 3cc2:0, 1676-1684, 3cc4:0, 1676-1684, 3cc7:0, 1676-1684, 3cce:0, 1676-1684, 3ccj:0, 1676-1684, 3ccl:0, 1676-1684, 3ccm:0, 1676-1684, 3ccq:0, 1676-1684, 3ccr:0, 1676-1684, 3ccs:0, 1676-1684, 3ccu:0, 1676-1684, 3ccv:0, 1676-1684, 3cd6:0, 1676-1684, 3cma:0, 1676-1684, 3cme:0, 1676-1684, 3cpw:0, 1676-1684
GUAAGUU
1yl3:A, 1949-1957, 2b66:A, 1949-1957, 2b9n:A, 1949-1957, 2b9p:A, 1949-1957
GUUAUGC
2gya:0, 1096-1104
GUUUUAC
1n36:A, 73-81
UGAUGAG
2jl6:A, 1738-1746, 2jl8:A, 1738-1746
UGGGGCG
1ffk:0, 2096-2104, 1j5a:A, 2148-2156, 1jj2:0, 2146-2154, 1jzx:A, 2148-2156, 1jzy:A, 2148-2156, 1jzz:A, 2148-2156, 1k01:A, 2148-2156, 1k73:A, 2146-2154, 1k8a:A, 2146-2154, 1k9m:A, 2146-2154, 1kc8:A, 2146-2154, 1kd1:A, 2146-2154, 1kqs:0, 2146-2154, 1m1k:A, 2146-2154, 1m90:A, 2146-2154, 1n8r:A, 2146-2154, 1nji:A, 2146-2154, 1njm:0, 2140-2148, 1njn:0, 2140-2148, 1njo:0, 2140-2148, 1njp:0, 2140-2148, 1nkw:0, 2140-2148, 1nwx:0, 2140-2148, 1nwy:0, 2140-2148, 1ond:0, 2139-2147, 1p9x:0, 2115-2123, 1pnu:0, 2184-2192, 1pny:0, 2184-2192, 1q7y:A, 2146-2154, 1q81:A, 2146-2154, 1q82:A, 2146-2154, 1q86:A, 2146-2154, 1qvf:0, 2146-2154, 1qvg:0, 2146-2154, 1s1i:3, 2446-2454, 1s72:0, 2146-2154, 1sm1:0, 2140-2148, 1vq4:0, 2146-2154, 1vq5:0, 2146-2154, 1vq6:0, 2146-2154, 1vq7:0, 2146-2154, 1vq8:0, 2146-2154, 1vq9:0, 2146-2154, 1vqk:0, 2146-2154, 1vql:0, 2146-2154, 1vqm:0, 2146-2154, 1vqn:0, 2146-2154, 1vqo:0, 2146-2154, 1vqp:0, 2146-2154, 1vs6:B, 2195-2203, 1vs8:B, 2195-2203, 1vsp:w, 2238-2246, 1w2b:0, 2146-2154, 1xbp:0, 2140-2148, 1y69:0, 2140-2148, 1yhq:0, 2146-2154, 1yi2:0, 2146-2154, 1yij:0, 2146-2154, 1yit:0, 2146-2154, 1yj9:0, 2146-2154, 1yjn:0, 2146-2154, 1yjw:0, 2146-2154, 1z58:2, 2119-2127, 2aar:0, 2140-2148, 2aw4:B, 2195-2203, 2awb:B, 2195-2203, 2gya:0, 2119-2127, 2gyc:0, 2119-2127, 2i2t:B, 2195-2203, 2i2v:B, 2195-2203, 2j01:A, 2126-2134, 2j03:A, 2126-2134, 2j28:B, 2195-2203, 2jl6:A, 2205-2213, 2jl8:A, 2205-2213, 2o43:A, 2140-2148, 2o44:A, 2140-2148, 2ogn:0, 2140-2148, 2otj:0, 2146-2154, 2otl:0, 2146-2154, 2qa4:0, 2151-2159, 2qam:B, 2195-2203, 2qao:B, 2195-2203, 2qba:B, 2195-2203, 2qbc:B, 2195-2203, 2qbe:B, 2195-2203, 2qbg:B, 2195-2203, 2qbi:B, 2195-2203, 2qbk:B, 2195-2203, 2qex:0, 2146-2154, 2qov:B, 2195-2203, 2qox:B, 2195-2203, 2qoz:B, 2195-2203, 2qp1:B, 2195-2203, 2v47:A, 2121-2129, 2v49:A, 2121-2129, 2vhm:B, 2195-2203, 2vhn:B, 2195-2203, 2z4l:B, 2195-2203, 2z4n:B, 2195-2203, 2zjr:X, 2048-2056, 3bbx:B, 2472-2480, 3cc2:0, 2146-2154, 3cc4:0, 2146-2154, 3cc7:0, 2146-2154, 3ccj:0, 2146-2154, 3ccl:0, 2146-2154, 3ccm:0, 2146-2154, 3ccq:0, 2146-2154, 3ccr:0, 2146-2154, 3ccs:0, 2146-2154, 3ccu:0, 2146-2154, 3ccv:0, 2146-2154, 3cd6:0, 2146-2154, 3cma:0, 2146-2154, 3cme:0, 2146-2154, 3cpw:0, 2146-2154, 3d5b:A, 2233-2241, 3d5d:A, 2233-2241, 3df2:B, 2195-2203, 3df4:B, 2195-2203
UUCGAAU
3cul:C, 69-77, 3cul:D, 69-77, 3cun:C, 69-77, 3cun:D, 69-77
UUGAAAA
1ibl:Y, 4-12, 2hgp:B, 31-39, 2hgp:C, 31-39, 2j00:Y, 6-14, 2j02:Y, 6-14, 2jl5:V, 31-39, 2jl7:V, 31-39, 2v48:V, 5-13
UUGUCGC
2tra:A, 31-39, 3tra:A, 31-39, 486d:C, 31-39, 486d:E, 31-39
UUUUUAU
1gix:D, 30-38, 1jgo:D, 30-38, 1jgp:D, 30-38, 1jgq:D, 30-38, 2om7:M, 30-38