Please cite:
Schudoma et al.,
Nucl. Acids Res. 38: 970-980.
DOI 10.1093/nar/gkp1010.
(007)-Hairpin cluster 1598 (cutoff=1.5 Å)
Cluster size 152 structure(s)
Representative structure 3ccr:0 (&rarr PDB)
Downloads Representative structure (PDB) (MC-Annotate)
Member list
Consensus sequence NBHNHBN
Cluster members
AGCUCCA
1e95:A, 6-14
CUUGAUG
1ffk:0, 2255-2263, 1ffz:A, 281-289, 1fg0:A, 281-289, 1jj2:0, 2305-2313, 1k73:A, 2305-2313, 1k8a:A, 2305-2313, 1k9m:A, 2305-2313, 1kc8:A, 2305-2313, 1kd1:A, 2305-2313, 1kqs:0, 2305-2313, 1m1k:A, 2305-2313, 1m90:A, 2305-2313, 1n8r:A, 2305-2313, 1nji:A, 2305-2313, 1q7y:A, 2305-2313, 1q81:A, 2305-2313, 1q82:A, 2305-2313, 1q86:A, 2305-2313, 1qvf:0, 2305-2313, 1qvg:0, 2305-2313, 1s1i:3, 2622-2630, 1s72:0, 2305-2313, 1vq4:0, 2305-2313, 1vq5:0, 2305-2313, 1vq6:0, 2305-2313, 1vq7:0, 2305-2313, 1vq8:0, 2305-2313, 1vq9:0, 2305-2313, 1vqk:0, 2305-2313, 1vql:0, 2305-2313, 1vqm:0, 2305-2313, 1vqn:0, 2305-2313, 1vqo:0, 2305-2313, 1vqp:0, 2305-2313, 1w2b:0, 2305-2313, 1yhq:0, 2305-2313, 1yi2:0, 2305-2313, 1yij:0, 2305-2313, 1yit:0, 2305-2313, 1yj9:0, 2305-2313, 1yjn:0, 2305-2313, 1yjw:0, 2305-2313, 2otj:0, 2305-2313, 2otl:0, 2305-2313, 2qa4:0, 2310-2318, 2qex:0, 2305-2313, 3cc2:0, 2305-2313, 3cc4:0, 2305-2313, 3cc7:0, 2305-2313, 3cce:0, 2305-2313, 3ccj:0, 2305-2313, 3ccl:0, 2305-2313, 3ccm:0, 2305-2313, 3ccq:0, 2305-2313, 3ccr:0, 2305-2313, 3ccs:0, 2305-2313, 3ccu:0, 2305-2313, 3ccv:0, 2305-2313, 3cd6:0, 2305-2313, 3cma:0, 2305-2313, 3cme:0, 2305-2313, 3cpw:0, 2305-2313
GCAUCGA
1ffk:0, 407-415, 1jj2:0, 408-416, 1k73:A, 408-416, 1k8a:A, 408-416, 1k9m:A, 408-416, 1kc8:A, 408-416, 1kd1:A, 408-416, 1kqs:0, 408-416, 1m1k:A, 408-416, 1m90:A, 408-416, 1n8r:A, 408-416, 1nji:A, 408-416, 1q7y:A, 408-416, 1q81:A, 408-416, 1q82:A, 408-416, 1q86:A, 408-416, 1qvf:0, 408-416, 1qvg:0, 408-416, 1s1i:3, 407-415, 1s72:0, 408-416, 1vq4:0, 408-416, 1vq5:0, 408-416, 1vq6:0, 408-416, 1vq7:0, 408-416, 1vq8:0, 408-416, 1vq9:0, 408-416, 1vqk:0, 408-416, 1vql:0, 408-416, 1vqm:0, 408-416, 1vqn:0, 408-416, 1vqo:0, 408-416, 1vqp:0, 408-416, 1w2b:0, 408-416, 1yhq:0, 408-416, 1yi2:0, 408-416, 1yij:0, 408-416, 1yit:0, 408-416, 1yj9:0, 408-416, 1yjn:0, 408-416, 1yjw:0, 408-416, 2otj:0, 408-416, 2otl:0, 408-416, 2qa4:0, 408-416, 2qex:0, 408-416, 3cc2:0, 408-416, 3cc4:0, 408-416, 3cc7:0, 408-416, 3cce:0, 408-416, 3ccj:0, 408-416, 3ccl:0, 408-416, 3ccm:0, 408-416, 3ccq:0, 408-416, 3ccr:0, 408-416, 3ccs:0, 408-416, 3ccu:0, 408-416, 3ccv:0, 408-416, 3cd6:0, 408-416, 3cma:0, 408-416, 3cme:0, 408-416, 3cpw:0, 408-416
UCCUCCC
3d0u:A, 90-98, 3d0x:A, 90-98, 3dig:X, 93-101, 3dil:A, 93-101, 3dim:A, 93-101, 3dio:X, 93-101, 3diq:A, 93-101, 3dir:A, 93-101, 3dis:A, 93-101, 3dix:A, 93-101, 3diy:A, 93-101, 3diz:A, 93-101, 3dj0:A, 93-101, 3dj2:A, 93-101
UGAUCCU
2hgi:A, 9-17, 2hgp:A, 9-17
UUCAUCA
2nz4:Q, 71-79, 2nz4:R, 71-79
UUCCUGC
2gcs:B, 56-64, 2gcv:B, 56-64, 2h0s:B, 56-64, 2h0w:B, 56-64, 2h0x:B, 56-64, 2h0z:B, 56-64, 2ho6:B, 56-64, 2ho7:B, 56-64, 2z74:B, 56-64, 2z75:B, 56-64, 3b4b:B, 56-64