RNA Loop Modeling

Please cite:
Schudoma et al.,
Nucl. Acids Res. 38: 970-980.
DOI 10.1093/nar/gkp1010.

(5-6)-Internal loop cluster 326 (cutoff=1.0 Å with sequence identity)
Cluster size	44 structure(s)
Representative structure	2qan:A (&rarr PDB)
Downloads	Representative structure (PDB) (MC-Annotate) Member list
Consensus sequence	GAUAA-CUAAUA
Cluster members
GAUAA-CUAAUA 1vs5:A, 142-172, 1vs5:A, 149-164, 1vs7:A, 142-172, 1vs7:A, 149-164, 2avy:A, 142-172, 2avy:A, 149-164, 2aw7:A, 142-172, 2aw7:A, 149-164, 2i2p:A, 142-172, 2i2p:A, 149-164, 2i2u:A, 142-172, 2i2u:A, 149-164, 2qal:A, 142-172, 2qal:A, 149-164, 2qan:A, 142-172, 2qan:A, 149-164, 2qb9:A, 142-172, 2qb9:A, 149-164, 2qbb:A, 142-172, 2qbb:A, 149-164, 2qbd:A, 142-172, 2qbd:A, 149-164, 2qbf:A, 142-172, 2qbf:A, 149-164, 2qbh:A, 142-172, 2qbh:A, 149-164, 2qbj:A, 142-172, 2qbj:A, 149-164, 2qou:A, 142-172, 2qou:A, 149-164, 2qow:A, 142-172, 2qow:A, 149-164, 2qoy:A, 142-172, 2qoy:A, 149-164, 2qp0:A, 142-172, 2qp0:A, 149-164, 2z4k:A, 142-172, 2z4k:A, 149-164, 2z4m:A, 142-172, 2z4m:A, 149-164, 3df1:A, 142-172, 3df1:A, 149-164, 3df3:A, 142-172, 3df3:A, 149-164