Please cite:
Schudoma et al.,
Nucl. Acids Res. 38: 970-980.
DOI 10.1093/nar/gkp1010.
(3-3)-Internal loop cluster 873 (cutoff=2.0 Å)
Cluster size 429 structure(s)
Representative structure 1rfr:A (&rarr PDB)
Downloads Representative structure (PDB) (MC-Annotate)
Member list
Consensus sequence NNN-NNN
Cluster members
AAA-CUA
1vsa:w, 894-934, 1vsa:w, 905-923, 1vsp:w, 894-934, 1vsp:w, 905-923
AAC-CAA
2gya:0, 808-835, 2gya:0, 815-828, 2gyc:0, 810-833, 2gyc:0, 815-828
ACA-GCU
1mfy:A, 11-22, 1mfy:A, 5-28
ACA-GGU
2gy9:A, 62-92, 2gy9:A, 67-87, 2gyb:A, 62-92, 2gyb:A, 67-87
ACU-GGU
1z58:2, 1708-1744, 1z58:2, 1713-1739
AGU-AUA
1xbp:0, 1163-1180, 1xbp:0, 1168-1175, 2d3o:0, 1162-1181, 2d3o:0, 1168-1175, 2ogn:0, 1162-1181, 2ogn:0, 1168-1175
AGU-GCU
1xbp:0, 2538-2566, 1xbp:0, 2543-2561
AUA-AGU
1xbp:0, 1163-1180, 1xbp:0, 1168-1175, 2d3o:0, 1162-1181, 2d3o:0, 1168-1175, 2ogn:0, 1162-1181, 2ogn:0, 1168-1175
AUG-CGU
1yl3:A, 403-425, 1yl3:A, 408-420
AUU-GAU
1p9x:0, 1986-2066
CAA-AAC
2gya:0, 808-835, 2gya:0, 815-828, 2gyc:0, 810-833, 2gyc:0, 815-828
CAA-GAC
1ffk:0, 2308-2338, 1ffk:0, 2318-2328, 1ffz:A, 334-364, 1ffz:A, 344-354, 1fg0:A, 334-364, 1fg0:A, 344-354, 1jj2:0, 2358-2388, 1jj2:0, 2368-2378, 1k73:A, 2358-2388, 1k73:A, 2368-2378, 1k8a:A, 2358-2388, 1k8a:A, 2368-2378, 1k9m:A, 2358-2388, 1k9m:A, 2368-2378, 1kc8:A, 2358-2388, 1kc8:A, 2368-2378, 1kd1:A, 2358-2388, 1kd1:A, 2368-2378, 1kqs:0, 2358-2388, 1kqs:0, 2368-2378, 1m1k:A, 2358-2388, 1m1k:A, 2368-2378, 1m90:A, 2358-2388, 1m90:A, 2368-2378, 1n8r:A, 2358-2388, 1n8r:A, 2368-2378, 1nji:A, 2358-2388, 1nji:A, 2368-2378, 1q7y:A, 2358-2388, 1q7y:A, 2368-2378, 1q81:A, 2358-2388, 1q81:A, 2368-2378, 1q82:A, 2358-2388, 1q82:A, 2368-2378, 1q86:A, 2358-2388, 1q86:A, 2368-2378, 1qvf:0, 2358-2388, 1qvf:0, 2368-2378, 1qvg:0, 2358-2388, 1qvg:0, 2368-2378, 1s1i:3, 2675-2705, 1s1i:3, 2685-2695, 1s72:0, 2358-2388, 1s72:0, 2368-2378, 1vq4:0, 2358-2388, 1vq4:0, 2368-2378, 1vq5:0, 2358-2388, 1vq5:0, 2368-2378, 1vq6:0, 2358-2388, 1vq6:0, 2368-2378, 1vq7:0, 2358-2388, 1vq7:0, 2368-2378, 1vq8:0, 2358-2388, 1vq8:0, 2368-2378, 1vq9:0, 2358-2388, 1vq9:0, 2368-2378, 1vqk:0, 2358-2388, 1vqk:0, 2368-2378, 1vql:0, 2358-2388, 1vql:0, 2368-2378, 1vqm:0, 2358-2388, 1vqm:0, 2368-2378, 1vqn:0, 2358-2388, 1vqn:0, 2368-2378, 1vqo:0, 2358-2388, 1vqo:0, 2368-2378, 1vqp:0, 2358-2388, 1vqp:0, 2368-2378, 1vs5:A, 1254-1273, 1vs5:A, 1259-1268, 1vs7:A, 1254-1273, 1vs7:A, 1259-1268, 1w2b:0, 2359-2387, 1w2b:0, 2368-2378, 1yhq:0, 2358-2388, 1yhq:0, 2368-2378, 1yi2:0, 2358-2388, 1yi2:0, 2368-2378, 1yij:0, 2358-2388, 1yij:0, 2368-2378, 1yit:0, 2358-2388, 1yit:0, 2368-2378, 1yj9:0, 2358-2388, 1yj9:0, 2368-2378, 1yjn:0, 2358-2388, 1yjn:0, 2368-2378, 1yjw:0, 2358-2388, 1yjw:0, 2368-2378, 2avy:A, 1254-1273, 2avy:A, 1259-1268, 2aw7:A, 1254-1273, 2aw7:A, 1259-1268, 2gya:0, 2323-2351, 2gya:0, 2332-2342, 2i2p:A, 1254-1273, 2i2p:A, 1259-1268, 2i2u:A, 1254-1273, 2i2u:A, 1259-1268, 2otj:0, 2358-2388, 2otj:0, 2368-2378, 2otl:0, 2358-2388, 2otl:0, 2368-2378, 2qa4:0, 2363-2393, 2qa4:0, 2373-2383, 2qal:A, 1254-1273, 2qal:A, 1259-1268, 2qan:A, 1254-1273, 2qan:A, 1259-1268, 2qb9:A, 1254-1273, 2qb9:A, 1259-1268, 2qbb:A, 1254-1273, 2qbb:A, 1259-1268, 2qbd:A, 1254-1273, 2qbd:A, 1259-1268, 2qbf:A, 1254-1273, 2qbf:A, 1259-1268, 2qbh:A, 1254-1273, 2qbh:A, 1259-1268, 2qbj:A, 1254-1273, 2qbj:A, 1259-1268, 2qex:0, 2358-2388, 2qex:0, 2368-2378, 2qou:A, 1254-1273, 2qou:A, 1259-1268, 2qow:A, 1254-1273, 2qow:A, 1259-1268, 2qoy:A, 1254-1273, 2qoy:A, 1259-1268, 2qp0:A, 1254-1273, 2qp0:A, 1259-1268, 2vho:A, 1254-1273, 2vho:A, 1259-1268, 2vhp:A, 1254-1273, 2vhp:A, 1259-1268, 2z4k:A, 1254-1273, 2z4k:A, 1259-1268, 2z4m:A, 1254-1273, 2z4m:A, 1259-1268, 3cc2:0, 2358-2388, 3cc2:0, 2368-2378, 3cc4:0, 2358-2388, 3cc4:0, 2368-2378, 3cc7:0, 2358-2388, 3cc7:0, 2368-2378, 3cce:0, 2358-2388, 3cce:0, 2368-2378, 3ccj:0, 2358-2388, 3ccj:0, 2368-2378, 3ccl:0, 2358-2388, 3ccl:0, 2368-2378, 3ccm:0, 2358-2388, 3ccm:0, 2368-2378, 3ccq:0, 2358-2388, 3ccq:0, 2368-2378, 3ccr:0, 2358-2388, 3ccr:0, 2368-2378, 3ccs:0, 2358-2388, 3ccs:0, 2368-2378, 3ccu:0, 2358-2388, 3ccu:0, 2368-2378, 3ccv:0, 2358-2388, 3ccv:0, 2368-2378, 3cd6:0, 2358-2388, 3cd6:0, 2368-2378, 3cma:0, 2358-2388, 3cma:0, 2368-2378, 3cme:0, 2358-2388, 3cme:0, 2368-2378, 3cpw:0, 2358-2388, 3cpw:0, 2368-2378, 3df1:A, 1254-1273, 3df1:A, 1259-1268, 3df3:A, 1254-1273, 3df3:A, 1259-1268
CCA-UGG
1n34:A, 1218-1273, 1n34:A, 1223-1268, 2gyc:9, 74-92, 2gyc:9, 80-86, 2vho:A, 980-1217, 2vho:A, 985-1212
CCC-GUG
2jl5:A, 173-196, 2jl5:A, 179-190, 2jl7:A, 173-196, 2jl7:A, 179-190
CCG-UGU
1i97:A, 178-197, 1i97:A, 183-192, 1yl4:A, 173-196, 1yl4:A, 180-189
CGA-GAA
1e4p:A, 1-24, 1e4p:A, 8-17
CGA-GAG
1xbp:0, 2239-2262, 1xbp:0, 2245-2256, 2zjp:X, 2150-2173, 2zjp:X, 2156-2167
CGA-GGC
1njm:0, 2353-2381, 1njm:0, 2362-2372, 1njn:0, 2353-2381, 1njn:0, 2362-2372, 1njo:0, 2353-2381, 1njo:0, 2362-2372, 1njp:0, 2353-2381, 1njp:0, 2362-2372, 1pnu:0, 2397-2425, 1pnu:0, 2406-2416, 1pny:0, 2397-2425, 1pny:0, 2406-2416, 1sm1:0, 2353-2381, 1sm1:0, 2362-2372
CGA-UCC
1j5a:A, 1156-1200, 1jzx:A, 1156-1200, 1jzz:A, 1156-1200, 2o43:A, 1146-1194
CGG-UCG
2j01:A, 2015-2079, 2om7:J, 5-69
CGU-AUG
1yl3:A, 403-425, 1yl3:A, 408-420
CGU-GCG
2vhn:B, 2027-2572, 2vhn:B, 2033-2566
CUA-AAA
1pnu:0, 835-867, 1pnu:0, 842-860, 2hgj:A, 893-933, 2hgj:A, 904-922, 2hgu:A, 893-933, 2hgu:A, 904-922
GAA-CGA
1e4p:A, 1-24, 1e4p:A, 8-17
GAA-GGA
2aar:0, 1781-1804, 2aar:0, 1786-1799, 2d3o:0, 1781-1804, 2d3o:0, 1786-1799
GAC-CAA
1q86:A, 2358-2388, 1q86:A, 2368-2378, 2qb9:A, 1254-1273, 2qb9:A, 1259-1268, 2qbb:A, 1254-1273, 2qbb:A, 1259-1268, 2qbj:A, 1254-1273, 2qbj:A, 1259-1268, 2vho:A, 1254-1273, 2vho:A, 1259-1268, 3df1:A, 1254-1273, 3df1:A, 1259-1268, 3df3:A, 1254-1273, 3df3:A, 1259-1268
GAC-GUU
1vor:B, 2036-2135, 1vou:B, 2036-2135, 1vow:B, 2036-2135, 1voy:B, 2036-2135, 1vp0:B, 2036-2135
GAG-CGA
1xbp:0, 2239-2262, 1xbp:0, 2245-2256, 2zjp:X, 2150-2173, 2zjp:X, 2156-2167
GAG-GGA
1vs6:B, 1702-1726, 1vs6:B, 1708-1720, 1vs8:B, 1702-1726, 1vs8:B, 1708-1720, 2aw4:B, 1702-1726, 2aw4:B, 1708-1720, 2awb:B, 1702-1726, 2awb:B, 1708-1720, 2j28:B, 1702-1726, 2j28:B, 1708-1720, 2qam:B, 1702-1726, 2qam:B, 1708-1720, 2qao:B, 1702-1726, 2qao:B, 1708-1720, 2qov:B, 1702-1726, 2qov:B, 1708-1720, 2qox:B, 1702-1726, 2qox:B, 1708-1720, 2qoz:B, 1702-1726, 2qoz:B, 1708-1720, 3bbx:B, 1789-1813, 3bbx:B, 1795-1807
GAG-UGA
1yl4:A, 1392-1459, 2gyb:A, 1373-1440, 2hgi:A, 1392-1459, 2hgp:A, 1392-1459
GAU-AUU
1p9x:0, 1986-2066
GAU-GUU
2o45:A, 338-362, 2o45:A, 345-355, 2vhp:A, 1417-1475
GCC-GGC
1i96:A, 1400-1457, 1n36:A, 900-1368
GCG-CGU
2vhn:B, 2027-2572, 2vhn:B, 2033-2566
GCU-ACA
1mfy:A, 11-22, 1mfy:A, 5-28
GCU-AGU
1xbp:0, 2538-2566, 1xbp:0, 2543-2561
GGA-GAA
2aar:0, 1781-1804, 2aar:0, 1786-1799, 2d3o:0, 1781-1804, 2d3o:0, 1786-1799, 3dll:X, 1759-1782
GGA-GAG
1vs6:B, 1702-1726, 1vs6:B, 1708-1720, 1vs8:B, 1702-1726, 1vs8:B, 1708-1720, 2aw4:B, 1702-1726, 2aw4:B, 1708-1720, 2awb:B, 1702-1726, 2awb:B, 1708-1720, 2j28:B, 1702-1726, 2j28:B, 1708-1720, 2qbe:B, 1702-1726, 2qbe:B, 1708-1720, 2qov:B, 1702-1726, 2qov:B, 1708-1720, 2qox:B, 1702-1726, 2qox:B, 1708-1720, 2qoz:B, 1702-1726, 2qoz:B, 1708-1720, 2qp1:B, 1702-1726, 2qp1:B, 1708-1720, 3bbx:B, 1789-1813, 3bbx:B, 1795-1807
GGC-GCC
1i96:A, 1400-1457
GGG-CCU
2v47:B, 79-98, 2v47:B, 84-93, 2v49:B, 79-98, 2v49:B, 84-93
GGG-UCA
1yl4:A, 62-92, 1yl4:A, 67-87, 3d5a:A, 62-92, 3d5c:A, 62-92
GGU-ACA
2gy9:A, 62-92, 2gy9:A, 67-87, 2gyb:A, 62-92, 2gyb:A, 67-87
GGU-ACU
1z58:2, 1708-1744, 1z58:2, 1713-1739
GUG-CCC
2jl5:A, 173-196, 2jl5:A, 179-190, 2jl7:A, 173-196, 2jl7:A, 179-190
GUU-GAC
1vor:B, 2036-2135, 1vou:B, 2036-2135, 1vow:B, 2036-2135, 1voy:B, 2036-2135, 1vp0:B, 2036-2135
GUU-GAU
2o45:A, 338-362, 2o45:A, 345-355, 2vhp:A, 1417-1475
UCA-GGG
1yl4:A, 62-92, 1yl4:A, 67-87, 3d5a:A, 62-92, 3d5c:A, 62-92
UCC-CGA
1j5a:A, 1156-1200, 1jzx:A, 1156-1200, 1jzz:A, 1156-1200, 2o43:A, 1146-1194
UCG-CGG
2j01:A, 2015-2079, 2om7:J, 5-69
UCG-UGG
1p9x:0, 2023-2039, 1p9x:0, 2028-2034, 1y69:0, 2048-2064, 1y69:0, 2053-2059, 2ogo:0, 2047-2063, 2ogo:0, 2052-2058
UCU-UUU
1rfr:A, 1-30, 1rfr:A, 9-22, 1txs:A, 14-27, 1txs:A, 7-34
UGA-GAG
1yl4:A, 1392-1459, 2gyb:A, 1373-1440, 2hgi:A, 1392-1459, 2hgp:A, 1392-1459, 2hgr:A, 1392-1459
UGA-GAU
3bbn:A, 1201-1220, 3bbn:A, 1206-1215
UGG-CCA
1n34:A, 1218-1273, 1n34:A, 1223-1268, 2gyc:9, 74-92, 2gyc:9, 80-86, 2vho:A, 980-1217, 2vho:A, 985-1212
UGG-CCG
1n36:A, 65-89, 1n36:A, 70-84
UGG-UCG
1p9x:0, 2023-2039, 1p9x:0, 2028-2034, 1y69:0, 2048-2064, 1y69:0, 2053-2059, 2ogo:0, 2047-2063, 2ogo:0, 2052-2058
UGU-CCG
1i97:A, 178-197, 1i97:A, 183-192, 1yl4:A, 173-196, 1yl4:A, 180-189
UUU-UCU
1rfr:A, 1-30, 1rfr:A, 9-22