Please cite:
Schudoma et al.,
Nucl. Acids Res. 38: 970-980.
DOI 10.1093/nar/gkp1010.
(3-3)-Internal loop cluster 3818 (cutoff=1.5 Å)
Cluster size 638 structure(s)
Representative structure 3bwp:A (&rarr PDB)
Downloads Representative structure (PDB) (MC-Annotate)
Member list
Consensus sequence NDN-NDV
Cluster members
AAA-CAA
1u6b:B, 48-90, 1zzn:B, 48-90, 3bo2:B, 48-90, 3bo3:B, 51-87, 3bo4:B, 48-90
AAA-CUA
2b66:A, 894-932, 2b66:A, 904-922, 2b9n:A, 894-932, 2b9n:A, 904-922, 2b9p:A, 894-932, 2b9p:A, 904-922, 2hgj:A, 893-933, 2hgj:A, 904-922, 2hgq:A, 893-933, 2hgq:A, 904-922, 2hgu:A, 893-933, 2hgu:A, 904-922, 3d5b:A, 893-925, 3d5b:A, 900-918, 3d5d:A, 893-925, 3d5d:A, 900-918
CAA-AAA
1u6b:B, 48-90, 1zzn:B, 48-90, 3bo2:B, 48-90
CAA-GUC
1vql:0, 1504-1621, 1vql:0, 1515-1610, 1vqn:0, 1504-1621, 1vqn:0, 1515-1610, 1vqp:0, 1504-1621, 1vqp:0, 1515-1610, 1yhq:0, 1504-1621, 1yhq:0, 1515-1610, 3ccl:0, 1504-1621, 3ccl:0, 1515-1610, 3ccm:0, 1504-1621, 3ccm:0, 1515-1610, 3ccq:0, 1504-1621, 3ccq:0, 1515-1610, 3ccr:0, 1504-1621, 3ccr:0, 1515-1610, 3ccs:0, 1504-1621, 3ccs:0, 1515-1610, 3ccu:0, 1504-1621, 3ccu:0, 1515-1610, 3ccv:0, 1504-1621, 3ccv:0, 1515-1610, 3cd6:0, 1504-1621, 3cd6:0, 1515-1610, 3cma:0, 1504-1621, 3cma:0, 1515-1610, 3cme:0, 1504-1621, 3cme:0, 1515-1610
GAA-GGA
1vsa:w, 1864-1887, 1vsa:w, 1869-1882, 1vsp:w, 1864-1887, 1vsp:w, 1869-1882, 2b66:A, 1864-1887, 2b66:A, 1869-1882, 2b9n:A, 1864-1887, 2b9n:A, 1869-1882, 2b9p:A, 1864-1887, 2b9p:A, 1869-1882, 2hgj:A, 1864-1887, 2hgj:A, 1869-1882, 2hgq:A, 1864-1887, 2hgq:A, 1869-1882, 2hgu:A, 1864-1887, 2hgu:A, 1869-1882, 2j01:A, 1781-1804, 2j01:A, 1786-1799, 2j03:A, 1781-1804, 2j03:A, 1786-1799, 2jl6:A, 1860-1883, 2jl6:A, 1865-1878, 2jl8:A, 1860-1883, 2jl8:A, 1865-1878, 2om7:G, 16-39, 2om7:G, 21-34, 2v47:A, 1781-1804, 2v47:A, 1786-1799, 2v49:A, 1781-1804, 2v49:A, 1786-1799, 3d5b:A, 1859-1882, 3d5b:A, 1864-1877, 3d5d:A, 1859-1882, 3d5d:A, 1864-1877, 3dll:X, 1759-1782
GAC-CAA
1ffk:0, 2308-2338, 1ffk:0, 2318-2328, 1ffz:A, 334-364, 1ffz:A, 344-354, 1fg0:A, 334-364, 1fg0:A, 344-354, 1jj2:0, 2358-2388, 1jj2:0, 2368-2378, 1k73:A, 2358-2388, 1k73:A, 2368-2378, 1k8a:A, 2358-2388, 1k8a:A, 2368-2378, 1k9m:A, 2358-2388, 1k9m:A, 2368-2378, 1kc8:A, 2358-2388, 1kc8:A, 2368-2378, 1kd1:A, 2358-2388, 1kd1:A, 2368-2378, 1kqs:0, 2358-2388, 1kqs:0, 2368-2378, 1m1k:A, 2358-2388, 1m1k:A, 2368-2378, 1m90:A, 2358-2388, 1m90:A, 2368-2378, 1n8r:A, 2358-2388, 1n8r:A, 2368-2378, 1nji:A, 2358-2388, 1nji:A, 2368-2378, 1q7y:A, 2358-2388, 1q7y:A, 2368-2378, 1q81:A, 2358-2388, 1q81:A, 2368-2378, 1q82:A, 2358-2388, 1q82:A, 2368-2378, 1q86:A, 2358-2388, 1q86:A, 2368-2378, 1qvf:0, 2358-2388, 1qvf:0, 2368-2378, 1qvg:0, 2358-2388, 1qvg:0, 2368-2378, 1s1i:3, 2675-2705, 1s1i:3, 2685-2695, 1s72:0, 2358-2388, 1s72:0, 2368-2378, 1vq4:0, 2358-2388, 1vq4:0, 2368-2378, 1vq5:0, 2358-2388, 1vq5:0, 2368-2378, 1vq6:0, 2358-2388, 1vq6:0, 2368-2378, 1vq7:0, 2358-2388, 1vq7:0, 2368-2378, 1vq8:0, 2358-2388, 1vq8:0, 2368-2378, 1vq9:0, 2358-2388, 1vq9:0, 2368-2378, 1vqk:0, 2358-2388, 1vqk:0, 2368-2378, 1vql:0, 2358-2388, 1vql:0, 2368-2378, 1vqm:0, 2358-2388, 1vqm:0, 2368-2378, 1vqn:0, 2358-2388, 1vqn:0, 2368-2378, 1vqo:0, 2358-2388, 1vqo:0, 2368-2378, 1vqp:0, 2358-2388, 1vqp:0, 2368-2378, 1vs6:B, 2408-2436, 1vs6:B, 2417-2427, 1vs8:B, 2408-2436, 1vs8:B, 2417-2427, 1w2b:0, 2359-2387, 1w2b:0, 2368-2378, 1yhq:0, 2358-2388, 1yhq:0, 2368-2378, 1yi2:0, 2358-2388, 1yi2:0, 2368-2378, 1yij:0, 2358-2388, 1yij:0, 2368-2378, 1yit:0, 2358-2388, 1yit:0, 2368-2378, 1yj9:0, 2358-2388, 1yj9:0, 2368-2378, 1yjn:0, 2358-2388, 1yjn:0, 2368-2378, 1yjw:0, 2358-2388, 1yjw:0, 2368-2378, 2aw4:B, 2408-2436, 2aw4:B, 2417-2427, 2awb:B, 2408-2436, 2awb:B, 2417-2427, 2gya:0, 2323-2351, 2gya:0, 2332-2342, 2i2t:B, 2407-2437, 2i2t:B, 2417-2427, 2i2v:B, 2407-2437, 2i2v:B, 2417-2427, 2j28:B, 2408-2436, 2j28:B, 2417-2427, 2otj:0, 2358-2388, 2otj:0, 2368-2378, 2otl:0, 2358-2388, 2otl:0, 2368-2378, 2qa4:0, 2363-2393, 2qa4:0, 2373-2383, 2qam:B, 2408-2436, 2qam:B, 2417-2427, 2qao:B, 2408-2436, 2qao:B, 2417-2427, 2qba:B, 2408-2436, 2qba:B, 2417-2427, 2qbc:B, 2408-2436, 2qbc:B, 2417-2427, 2qbe:B, 2408-2436, 2qbe:B, 2417-2427, 2qbg:B, 2408-2436, 2qbg:B, 2417-2427, 2qbi:B, 2408-2436, 2qbi:B, 2417-2427, 2qbk:B, 2408-2436, 2qbk:B, 2417-2427, 2qex:0, 2358-2388, 2qex:0, 2368-2378, 2qov:B, 2407-2437, 2qov:B, 2417-2427, 2qox:B, 2408-2436, 2qox:B, 2417-2427, 2qoy:A, 1254-1273, 2qoy:A, 1259-1268, 2qoz:B, 2407-2437, 2qoz:B, 2417-2427, 2qp0:A, 1254-1273, 2qp0:A, 1259-1268, 2qp1:B, 2407-2437, 2qp1:B, 2417-2427, 2vhm:B, 2408-2436, 2vhm:B, 2417-2427, 2vhn:B, 2408-2436, 2vhn:B, 2417-2427, 2vhp:A, 1254-1273, 2vhp:A, 1259-1268, 2z4l:B, 2408-2436, 2z4l:B, 2417-2427, 2z4n:B, 2408-2436, 2z4n:B, 2417-2427, 3bbx:B, 2691-2719, 3bbx:B, 2700-2710, 3cc2:0, 2358-2388, 3cc2:0, 2368-2378, 3cc4:0, 2358-2388, 3cc4:0, 2368-2378, 3cc7:0, 2358-2388, 3cc7:0, 2368-2378, 3cce:0, 2358-2388, 3cce:0, 2368-2378, 3ccj:0, 2358-2388, 3ccj:0, 2368-2378, 3ccl:0, 2358-2388, 3ccl:0, 2368-2378, 3ccm:0, 2358-2388, 3ccm:0, 2368-2378, 3ccq:0, 2358-2388, 3ccq:0, 2368-2378, 3ccr:0, 2358-2388, 3ccr:0, 2368-2378, 3ccs:0, 2358-2388, 3ccs:0, 2368-2378, 3ccu:0, 2358-2388, 3ccu:0, 2368-2378, 3ccv:0, 2358-2388, 3ccv:0, 2368-2378, 3cd6:0, 2358-2388, 3cd6:0, 2368-2378, 3cma:0, 2358-2388, 3cma:0, 2368-2378, 3cme:0, 2358-2388, 3cme:0, 2368-2378, 3cpw:0, 2358-2388, 3cpw:0, 2368-2378, 3df2:B, 2408-2436, 3df2:B, 2417-2427, 3df4:B, 2408-2436, 3df4:B, 2417-2427
GAC-GGA
1i94:A, 1395-1462, 1i95:A, 1395-1462, 2hhh:A, 1392-1459
GAG-GGA
2i2t:B, 1702-1726, 2i2t:B, 1708-1720, 2i2v:B, 1702-1726, 2i2v:B, 1708-1720, 2qam:B, 1702-1726, 2qam:B, 1708-1720, 2qao:B, 1702-1726, 2qao:B, 1708-1720, 2qba:B, 1702-1726, 2qba:B, 1708-1720, 2qbc:B, 1702-1726, 2qbc:B, 1708-1720, 2qbe:B, 1702-1726, 2qbe:B, 1708-1720, 2qbg:B, 1702-1726, 2qbg:B, 1708-1720, 2qbi:B, 1702-1726, 2qbi:B, 1708-1720, 2qbk:B, 1702-1726, 2qbk:B, 1708-1720, 2qov:B, 1702-1726, 2qov:B, 1708-1720, 2qox:B, 1702-1726, 2qox:B, 1708-1720, 2qoz:B, 1702-1726, 2qoz:B, 1708-1720, 2qp1:B, 1702-1726, 2qp1:B, 1708-1720, 2z4l:B, 1702-1726, 2z4l:B, 1708-1720, 2z4n:B, 1702-1726, 2z4n:B, 1708-1720, 3df2:B, 1702-1726, 3df2:B, 1708-1720, 3df4:B, 1702-1726, 3df4:B, 1708-1720
GAG-UGA
2uua:A, 1392-1459
GAU-UGA
3bbn:A, 1201-1220, 3bbn:A, 1206-1215
GGA-GAA
1vsp:w, 1864-1887, 1vsp:w, 1869-1882, 2b66:A, 1864-1887, 2b66:A, 1869-1882, 2b9n:A, 1864-1887, 2b9n:A, 1869-1882, 2b9p:A, 1864-1887, 2b9p:A, 1869-1882, 2hgu:A, 1864-1887, 2hgu:A, 1869-1882, 2j01:A, 1781-1804, 2j01:A, 1786-1799, 2j03:A, 1781-1804, 2j03:A, 1786-1799, 2jl6:A, 1860-1883, 2jl6:A, 1865-1878, 2jl8:A, 1860-1883, 2jl8:A, 1865-1878, 2om7:G, 16-39, 2om7:G, 21-34, 2v47:A, 1781-1804, 2v47:A, 1786-1799, 2v49:A, 1781-1804, 2v49:A, 1786-1799, 3d5b:A, 1859-1882, 3d5b:A, 1864-1877, 3d5d:A, 1859-1882, 3d5d:A, 1864-1877
GGC-CGA
1j5a:A, 2361-2389, 1j5a:A, 2370-2380, 1nkw:0, 2353-2381, 1nkw:0, 2362-2372, 1nwx:0, 2353-2381, 1nwx:0, 2362-2372, 1nwy:0, 2353-2381, 1nwy:0, 2362-2372, 1ond:0, 2352-2380, 1ond:0, 2361-2371, 1vsa:w, 2450-2480, 1vsa:w, 2460-2470, 1vsp:w, 2450-2480, 1vsp:w, 2460-2470, 1y69:0, 2352-2382, 1y69:0, 2362-2372, 2aar:0, 2353-2381, 2aar:0, 2362-2372, 2d3o:0, 2374-2402, 2d3o:0, 2383-2393, 2hgj:A, 2449-2481, 2hgj:A, 2460-2470, 2hgq:A, 2449-2481, 2hgq:A, 2460-2470, 2j01:A, 2338-2368, 2j01:A, 2348-2358, 2j03:A, 2338-2368, 2j03:A, 2348-2358, 2jl6:A, 2417-2447, 2jl6:A, 2427-2437, 2jl8:A, 2417-2447, 2jl8:A, 2427-2437, 2o43:A, 2353-2381, 2o43:A, 2362-2372, 2o45:A, 2341-2369, 2o45:A, 2350-2360, 2ogm:0, 2352-2382, 2ogm:0, 2362-2372, 2ogn:0, 2353-2381, 2ogn:0, 2362-2372, 2ogo:0, 2352-2380, 2ogo:0, 2361-2371, 2om7:H, 16-26, 2om7:H, 6-36, 2v47:A, 2334-2362, 2v47:A, 2343-2353, 2v49:A, 2334-2362, 2v49:A, 2343-2353, 2zjp:X, 2263-2293, 2zjp:X, 2273-2283, 2zjq:X, 2263-2293, 2zjq:X, 2273-2283, 2zjr:X, 2260-2290, 2zjr:X, 2270-2280, 3cf5:X, 2263-2293, 3cf5:X, 2273-2283, 3d5b:A, 2445-2475, 3d5b:A, 2455-2465, 3d5d:A, 2445-2475, 3d5d:A, 2455-2465, 3dll:X, 2263-2293, 3dll:X, 2273-2283
GUA-GAG
1vs6:B, 1455-1504, 1vs6:B, 1462-1497, 1vs8:B, 1455-1504, 1vs8:B, 1462-1497, 2aw4:B, 1455-1504, 2aw4:B, 1462-1497, 2awb:B, 1455-1504, 2awb:B, 1462-1497, 2i2t:B, 1455-1504, 2i2t:B, 1462-1497, 2i2v:B, 1455-1504, 2i2v:B, 1462-1497, 2j28:B, 1455-1504, 2j28:B, 1462-1497, 2qam:B, 1455-1504, 2qam:B, 1462-1497, 2qao:B, 1455-1504, 2qao:B, 1462-1497, 2qba:B, 1455-1504, 2qba:B, 1462-1497, 2qbc:B, 1455-1504, 2qbc:B, 1462-1497, 2qbe:B, 1455-1504, 2qbe:B, 1462-1497, 2qbg:B, 1455-1504, 2qbg:B, 1462-1497, 2qbi:B, 1455-1504, 2qbi:B, 1462-1497, 2qbk:B, 1455-1504, 2qbk:B, 1462-1497, 2qov:B, 1455-1504, 2qov:B, 1462-1497, 2qox:B, 1455-1504, 2qox:B, 1462-1497, 2qoz:B, 1455-1504, 2qoz:B, 1462-1497, 2qp1:B, 1455-1504, 2qp1:B, 1462-1497, 2z4l:B, 1455-1504, 2z4l:B, 1462-1497, 2z4n:B, 1455-1504, 2z4n:B, 1462-1497, 3bbx:B, 1536-1585, 3bbx:B, 1543-1578, 3df2:B, 1455-1504, 3df2:B, 1462-1497, 3df4:B, 1455-1504, 3df4:B, 1462-1497
UAA-GAC
3bwp:A, 67-116, 3eog:A, 67-116, 3eoh:A, 67-116
UAA-GGA
1ffk:0, 652-676, 1ffk:0, 658-670, 1jj2:0, 653-677, 1jj2:0, 659-671, 1k73:A, 653-677, 1k73:A, 659-671, 1k8a:A, 653-677, 1k8a:A, 659-671, 1k9m:A, 653-677, 1k9m:A, 659-671, 1kc8:A, 653-677, 1kc8:A, 659-671, 1kd1:A, 653-677, 1kd1:A, 659-671, 1kqs:0, 653-677, 1kqs:0, 659-671, 1m1k:A, 653-677, 1m1k:A, 659-671, 1m90:A, 653-677, 1m90:A, 659-671, 1n8r:A, 653-677, 1n8r:A, 659-671, 1nji:A, 653-677, 1nji:A, 659-671, 1q7y:A, 653-677, 1q7y:A, 659-671, 1q81:A, 653-677, 1q81:A, 659-671, 1q82:A, 653-677, 1q82:A, 659-671, 1q86:A, 653-677, 1q86:A, 659-671, 1qvf:0, 653-677, 1qvf:0, 659-671, 1qvg:0, 653-677, 1qvg:0, 659-671, 1s1i:3, 655-679, 1s1i:3, 661-673, 1s72:0, 653-677, 1s72:0, 659-671, 1vq4:0, 653-677, 1vq4:0, 659-671, 1vq5:0, 653-677, 1vq5:0, 659-671, 1vq6:0, 653-677, 1vq6:0, 659-671, 1vq7:0, 653-677, 1vq7:0, 659-671, 1vq8:0, 653-677, 1vq8:0, 659-671, 1vq9:0, 653-677, 1vq9:0, 659-671, 1vqk:0, 653-677, 1vqk:0, 659-671, 1vql:0, 653-677, 1vql:0, 659-671, 1vqm:0, 653-677, 1vqm:0, 659-671, 1vqn:0, 653-677, 1vqn:0, 659-671, 1vqo:0, 653-677, 1vqo:0, 659-671, 1vqp:0, 653-677, 1vqp:0, 659-671, 1vs6:B, 604-624, 1vs6:B, 610-618, 1vs8:B, 604-624, 1vs8:B, 610-618, 1w2b:0, 653-677, 1w2b:0, 659-671, 1yhq:0, 653-677, 1yhq:0, 659-671, 1yi2:0, 653-677, 1yi2:0, 659-671, 1yij:0, 653-677, 1yij:0, 659-671, 1yit:0, 653-677, 1yit:0, 659-671, 1yj9:0, 653-677, 1yj9:0, 659-671, 1yjn:0, 653-677, 1yjn:0, 659-671, 1yjw:0, 653-677, 1yjw:0, 659-671, 2aw4:B, 604-624, 2aw4:B, 610-618, 2awb:B, 604-624, 2awb:B, 610-618, 2i2t:B, 604-624, 2i2t:B, 610-618, 2i2v:B, 604-624, 2i2v:B, 610-618, 2j01:A, 614-636, 2j01:A, 620-630, 2j03:A, 614-636, 2j03:A, 620-630, 2j28:B, 604-624, 2j28:B, 610-618, 2jl6:A, 616-638, 2jl6:A, 622-632, 2jl8:A, 616-638, 2jl8:A, 622-632, 2otj:0, 653-677, 2otj:0, 659-671, 2otl:0, 653-677, 2otl:0, 659-671, 2qa4:0, 652-676, 2qa4:0, 658-670, 2qam:B, 604-624, 2qam:B, 610-618, 2qao:B, 604-624, 2qao:B, 610-618, 2qba:B, 604-624, 2qba:B, 610-618, 2qbc:B, 604-624, 2qbc:B, 610-618, 2qbe:B, 604-624, 2qbe:B, 610-618, 2qbg:B, 604-624, 2qbg:B, 610-618, 2qbi:B, 604-624, 2qbi:B, 610-618, 2qbk:B, 604-624, 2qbk:B, 610-618, 2qex:0, 653-677, 2qex:0, 659-671, 2qov:B, 604-624, 2qov:B, 610-618, 2qox:B, 604-624, 2qox:B, 610-618, 2qoz:B, 604-624, 2qoz:B, 610-618, 2qp1:B, 604-624, 2qp1:B, 610-618, 2z4l:B, 604-624, 2z4l:B, 610-618, 2z4n:B, 604-624, 2z4n:B, 610-618, 2zjr:X, 542-563, 2zjr:X, 548-557, 3bbx:B, 604-624, 3bbx:B, 610-618, 3cc2:0, 653-677, 3cc2:0, 659-671, 3cc4:0, 653-677, 3cc4:0, 659-671, 3cc7:0, 653-677, 3cc7:0, 659-671, 3cce:0, 653-677, 3cce:0, 659-671, 3ccj:0, 653-677, 3ccj:0, 659-671, 3ccl:0, 653-677, 3ccl:0, 659-671, 3ccm:0, 653-677, 3ccm:0, 659-671, 3ccq:0, 653-677, 3ccq:0, 659-671, 3ccr:0, 653-677, 3ccr:0, 659-671, 3ccs:0, 653-677, 3ccs:0, 659-671, 3ccu:0, 653-677, 3ccu:0, 659-671, 3ccv:0, 653-677, 3ccv:0, 659-671, 3cd6:0, 653-677, 3cd6:0, 659-671, 3cma:0, 653-677, 3cma:0, 659-671, 3cme:0, 653-677, 3cme:0, 659-671, 3cpw:0, 653-677, 3cpw:0, 659-671, 3d5b:A, 623-645, 3d5b:A, 629-639, 3d5d:A, 623-645, 3d5d:A, 629-639, 3df2:B, 604-624, 3df2:B, 610-618, 3df4:B, 604-624, 3df4:B, 610-618, 3dll:X, 542-563, 3dll:X, 548-557