Please cite:
Schudoma et al.,
Nucl. Acids Res. 38: 970-980.
DOI 10.1093/nar/gkp1010.
(3-3)-Internal loop cluster 3533 (cutoff=1.5 Å)
Cluster size 124 structure(s)
Representative structure 2v49:B (&rarr PDB)
Downloads Representative structure (PDB) (MC-Annotate)
Member list
Consensus sequence NNN-NNN
Cluster members
AAC-CAA
2gya:0, 808-835, 2gya:0, 815-828, 2gyc:0, 810-833, 2gyc:0, 815-828
AAG-CGG
2vhm:B, 1021-1102
ACA-GCU
1mfy:A, 11-22, 1mfy:A, 5-28
ACA-GGU
2gy9:A, 62-92, 2gy9:A, 67-87, 2gyb:A, 62-92, 2gyb:A, 67-87
ACU-GGU
1z58:2, 1708-1744, 1z58:2, 1713-1739
AGU-AUA
1xbp:0, 1163-1180, 1xbp:0, 1168-1175, 2d3o:0, 1162-1181, 2d3o:0, 1168-1175, 2ogn:0, 1162-1181, 2ogn:0, 1168-1175
AGU-GCU
1xbp:0, 2538-2566, 1xbp:0, 2543-2561
AUG-CGU
1yl3:A, 403-425, 1yl3:A, 408-420
AUU-GAU
1p9x:0, 1986-2066
CAA-AAC
2gya:0, 808-835, 2gya:0, 815-828, 2gyc:0, 810-833, 2gyc:0, 815-828
CCA-UGG
1n34:A, 1218-1273, 1n34:A, 1223-1268, 2gyc:9, 74-92, 2gyc:9, 80-86, 2vho:A, 980-1217, 2vho:A, 985-1212
CCC-GUG
2jl5:A, 173-196, 2jl5:A, 179-190, 2jl7:A, 173-196, 2jl7:A, 179-190
CCG-UGG
1n36:A, 65-89, 1n36:A, 70-84
CCG-UGU
1i97:A, 178-197, 1i97:A, 183-192, 1yl4:A, 173-196, 1yl4:A, 180-189
CCU-GGG
2v47:B, 79-98, 2v47:B, 84-93, 2v49:B, 79-98, 2v49:B, 84-93
CGA-UCC
1j5a:A, 1156-1200, 1jzx:A, 1156-1200, 1jzz:A, 1156-1200, 2o43:A, 1146-1194
CGG-UCG
2j01:A, 2015-2079, 2om7:J, 5-69
CGU-AUG
1yl3:A, 403-425, 1yl3:A, 408-420
CGU-GCG
2vhn:B, 2027-2572, 2vhn:B, 2033-2566
GAU-AUU
1p9x:0, 1986-2066
GAU-GUC
1j5a:A, 987-1074, 1jzx:A, 987-1074, 1jzy:A, 987-1074, 1jzz:A, 987-1074, 1k01:A, 987-1074
GAU-GUU
2o45:A, 338-362, 2o45:A, 345-355, 2vhp:A, 1417-1475
GAU-UUC
2vhn:B, 869-892, 2vhn:B, 874-887
GCC-GGC
1i96:A, 1400-1457, 1n36:A, 900-1368
GCG-CGU
2vhn:B, 2027-2572, 2vhn:B, 2033-2566
GCU-ACA
1mfy:A, 11-22, 1mfy:A, 5-28
GGC-GCC
1i96:A, 1400-1457, 1n36:A, 900-1368
GGG-CCU
2v47:B, 79-98, 2v47:B, 84-93, 2v49:B, 79-98, 2v49:B, 84-93
GGG-UCA
1yl4:A, 62-92, 1yl4:A, 67-87, 3d5a:A, 62-92, 3d5c:A, 62-92
GGG-UCU
1i97:A, 811-833
GGU-ACA
2gy9:A, 62-92, 2gy9:A, 67-87, 2gyb:A, 62-92, 2gyb:A, 67-87
GGU-ACU
1z58:2, 1708-1744, 1z58:2, 1713-1739
GUC-GAU
1j5a:A, 987-1074, 1jzx:A, 987-1074, 1jzy:A, 987-1074, 1jzz:A, 987-1074, 1k01:A, 987-1074
GUG-CCC
2jl5:A, 173-196, 2jl5:A, 179-190, 2jl7:A, 173-196, 2jl7:A, 179-190
GUU-GAU
2o45:A, 338-362, 2o45:A, 345-355, 2vhp:A, 1417-1475
UCA-GGG
1yl4:A, 62-92, 1yl4:A, 67-87, 3d5a:A, 62-92, 3d5c:A, 62-92
UCC-CGA
1j5a:A, 1156-1200, 1jzx:A, 1156-1200, 1jzz:A, 1156-1200
UCG-CGG
2j01:A, 2015-2079, 2om7:J, 5-69
UCU-GGG
1i97:A, 811-833
UGG-CCA
1n34:A, 1218-1273, 1n34:A, 1223-1268
UGG-CCG
1n36:A, 65-89, 1n36:A, 70-84
UGU-CCG
1i97:A, 178-197, 1i97:A, 183-192, 1yl4:A, 173-196, 1yl4:A, 180-189
UUC-GAU
2vhn:B, 869-892, 2vhn:B, 874-887