Please cite:
Schudoma et al.,
Nucl. Acids Res. 38: 970-980.
DOI 10.1093/nar/gkp1010.
(3-3)-Internal loop cluster 2238 (cutoff=1.5 Å)
Cluster size 435 structure(s)
Representative structure 2hgq:A (&rarr PDB)
Downloads Representative structure (PDB) (MC-Annotate)
Member list
Consensus sequence NNN-NNN
Cluster members
AUA-AGU
1xbp:0, 1163-1180, 1xbp:0, 1168-1175, 2d3o:0, 1162-1181, 2d3o:0, 1168-1175, 2ogn:0, 1162-1181, 2ogn:0, 1168-1175
CAA-AAA
3bo3:B, 51-87, 3bo4:B, 48-90
CAA-GAC
1ffk:0, 2308-2338, 1ffk:0, 2318-2328, 1ffz:A, 334-364, 1ffz:A, 344-354, 1fg0:A, 334-364, 1fg0:A, 344-354, 1jj2:0, 2358-2388, 1jj2:0, 2368-2378, 1k73:A, 2358-2388, 1k73:A, 2368-2378, 1k8a:A, 2358-2388, 1k8a:A, 2368-2378, 1k9m:A, 2358-2388, 1k9m:A, 2368-2378, 1kc8:A, 2358-2388, 1kc8:A, 2368-2378, 1kd1:A, 2358-2388, 1kd1:A, 2368-2378, 1kqs:0, 2358-2388, 1kqs:0, 2368-2378, 1m1k:A, 2358-2388, 1m1k:A, 2368-2378, 1m90:A, 2358-2388, 1m90:A, 2368-2378, 1n8r:A, 2358-2388, 1n8r:A, 2368-2378, 1nji:A, 2358-2388, 1nji:A, 2368-2378, 1q7y:A, 2358-2388, 1q7y:A, 2368-2378, 1q81:A, 2358-2388, 1q81:A, 2368-2378, 1q82:A, 2358-2388, 1q82:A, 2368-2378, 1q86:A, 2358-2388, 1q86:A, 2368-2378, 1qvf:0, 2358-2388, 1qvf:0, 2368-2378, 1qvg:0, 2358-2388, 1qvg:0, 2368-2378, 1s1i:3, 2675-2705, 1s1i:3, 2685-2695, 1s72:0, 2358-2388, 1s72:0, 2368-2378, 1vq4:0, 2358-2388, 1vq4:0, 2368-2378, 1vq5:0, 2358-2388, 1vq5:0, 2368-2378, 1vq6:0, 2358-2388, 1vq6:0, 2368-2378, 1vq7:0, 2358-2388, 1vq7:0, 2368-2378, 1vq8:0, 2358-2388, 1vq8:0, 2368-2378, 1vq9:0, 2358-2388, 1vq9:0, 2368-2378, 1vqk:0, 2358-2388, 1vqk:0, 2368-2378, 1vql:0, 2358-2388, 1vql:0, 2368-2378, 1vqm:0, 2358-2388, 1vqm:0, 2368-2378, 1vqn:0, 2358-2388, 1vqn:0, 2368-2378, 1vqo:0, 2358-2388, 1vqo:0, 2368-2378, 1vqp:0, 2358-2388, 1vqp:0, 2368-2378, 1vs5:A, 1254-1273, 1vs5:A, 1259-1268, 1vs6:B, 2408-2436, 1vs6:B, 2417-2427, 1vs7:A, 1254-1273, 1vs7:A, 1259-1268, 1vs8:B, 2408-2436, 1vs8:B, 2417-2427, 1w2b:0, 2359-2387, 1w2b:0, 2368-2378, 1yhq:0, 2358-2388, 1yhq:0, 2368-2378, 1yi2:0, 2358-2388, 1yi2:0, 2368-2378, 1yij:0, 2358-2388, 1yij:0, 2368-2378, 1yit:0, 2358-2388, 1yit:0, 2368-2378, 1yj9:0, 2358-2388, 1yj9:0, 2368-2378, 1yjn:0, 2358-2388, 1yjn:0, 2368-2378, 1yjw:0, 2358-2388, 1yjw:0, 2368-2378, 2avy:A, 1254-1273, 2avy:A, 1259-1268, 2aw4:B, 2408-2436, 2aw4:B, 2417-2427, 2aw7:A, 1254-1273, 2aw7:A, 1259-1268, 2awb:B, 2408-2436, 2awb:B, 2417-2427, 2gya:0, 2323-2351, 2gya:0, 2332-2342, 2i2p:A, 1254-1273, 2i2p:A, 1259-1268, 2i2t:B, 2407-2437, 2i2t:B, 2417-2427, 2i2u:A, 1254-1273, 2i2u:A, 1259-1268, 2i2v:B, 2407-2437, 2i2v:B, 2417-2427, 2j28:B, 2408-2436, 2j28:B, 2417-2427, 2otj:0, 2358-2388, 2otj:0, 2368-2378, 2otl:0, 2358-2388, 2otl:0, 2368-2378, 2qa4:0, 2363-2393, 2qa4:0, 2373-2383, 2qal:A, 1254-1273, 2qal:A, 1259-1268, 2qam:B, 2408-2436, 2qam:B, 2417-2427, 2qan:A, 1254-1273, 2qan:A, 1259-1268, 2qao:B, 2408-2436, 2qao:B, 2417-2427, 2qb9:A, 1254-1273, 2qb9:A, 1259-1268, 2qba:B, 2408-2436, 2qba:B, 2417-2427, 2qbb:A, 1254-1273, 2qbb:A, 1259-1268, 2qbc:B, 2408-2436, 2qbc:B, 2417-2427, 2qbd:A, 1254-1273, 2qbd:A, 1259-1268, 2qbe:B, 2408-2436, 2qbe:B, 2417-2427, 2qbf:A, 1254-1273, 2qbf:A, 1259-1268, 2qbg:B, 2408-2436, 2qbg:B, 2417-2427, 2qbh:A, 1254-1273, 2qbh:A, 1259-1268, 2qbi:B, 2408-2436, 2qbi:B, 2417-2427, 2qbj:A, 1254-1273, 2qbj:A, 1259-1268, 2qbk:B, 2408-2436, 2qbk:B, 2417-2427, 2qex:0, 2358-2388, 2qex:0, 2368-2378, 2qou:A, 1254-1273, 2qou:A, 1259-1268, 2qov:B, 2407-2437, 2qov:B, 2417-2427, 2qow:A, 1254-1273, 2qow:A, 1259-1268, 2qox:B, 2408-2436, 2qox:B, 2417-2427, 2qoy:A, 1254-1273, 2qoy:A, 1259-1268, 2qoz:B, 2407-2437, 2qoz:B, 2417-2427, 2qp0:A, 1254-1273, 2qp0:A, 1259-1268, 2qp1:B, 2407-2437, 2qp1:B, 2417-2427, 2vhm:B, 2408-2436, 2vhm:B, 2417-2427, 2vhn:B, 2408-2436, 2vhn:B, 2417-2427, 2vho:A, 1254-1273, 2vho:A, 1259-1268, 2vhp:A, 1254-1273, 2vhp:A, 1259-1268, 2z4k:A, 1254-1273, 2z4k:A, 1259-1268, 2z4l:B, 2408-2436, 2z4l:B, 2417-2427, 2z4m:A, 1254-1273, 2z4m:A, 1259-1268, 2z4n:B, 2408-2436, 2z4n:B, 2417-2427, 3bbx:B, 2691-2719, 3bbx:B, 2700-2710, 3cc2:0, 2358-2388, 3cc2:0, 2368-2378, 3cc4:0, 2358-2388, 3cc4:0, 2368-2378, 3cc7:0, 2358-2388, 3cc7:0, 2368-2378, 3cce:0, 2358-2388, 3cce:0, 2368-2378, 3ccj:0, 2358-2388, 3ccj:0, 2368-2378, 3ccl:0, 2358-2388, 3ccl:0, 2368-2378, 3ccm:0, 2358-2388, 3ccm:0, 2368-2378, 3ccq:0, 2358-2388, 3ccq:0, 2368-2378, 3ccr:0, 2358-2388, 3ccr:0, 2368-2378, 3ccs:0, 2358-2388, 3ccs:0, 2368-2378, 3ccu:0, 2358-2388, 3ccu:0, 2368-2378, 3ccv:0, 2358-2388, 3ccv:0, 2368-2378, 3cd6:0, 2358-2388, 3cd6:0, 2368-2378, 3cma:0, 2358-2388, 3cma:0, 2368-2378, 3cme:0, 2358-2388, 3cme:0, 2368-2378, 3cpw:0, 2358-2388, 3cpw:0, 2368-2378, 3df1:A, 1254-1273, 3df1:A, 1259-1268, 3df2:B, 2408-2436, 3df2:B, 2417-2427, 3df3:A, 1254-1273, 3df3:A, 1259-1268, 3df4:B, 2408-2436, 3df4:B, 2417-2427
CGA-GAA
1e4p:A, 1-24, 1e4p:A, 8-17
CGA-GAG
1xbp:0, 2239-2262, 1xbp:0, 2245-2256, 2zjp:X, 2150-2173, 2zjp:X, 2156-2167
CGA-GGC
1j5a:A, 2361-2389, 1j5a:A, 2370-2380, 1njm:0, 2353-2381, 1njm:0, 2362-2372, 1njn:0, 2353-2381, 1njn:0, 2362-2372, 1njo:0, 2353-2381, 1njo:0, 2362-2372, 1njp:0, 2353-2381, 1njp:0, 2362-2372, 1nkw:0, 2353-2381, 1nkw:0, 2362-2372, 1nwx:0, 2353-2381, 1nwx:0, 2362-2372, 1nwy:0, 2353-2381, 1nwy:0, 2362-2372, 1ond:0, 2352-2380, 1ond:0, 2361-2371, 1pnu:0, 2397-2425, 1pnu:0, 2406-2416, 1pny:0, 2397-2425, 1pny:0, 2406-2416, 1sm1:0, 2353-2381, 1sm1:0, 2362-2372, 1vsa:w, 2450-2480, 1vsa:w, 2460-2470, 1vsp:w, 2450-2480, 1vsp:w, 2460-2470, 1y69:0, 2352-2382, 1y69:0, 2362-2372, 2aar:0, 2353-2381, 2aar:0, 2362-2372, 2d3o:0, 2374-2402, 2d3o:0, 2383-2393, 2hgj:A, 2449-2481, 2hgj:A, 2460-2470, 2hgq:A, 2449-2481, 2hgq:A, 2460-2470, 2hgu:A, 2449-2481, 2hgu:A, 2460-2470, 2j01:A, 2338-2368, 2j01:A, 2348-2358, 2j03:A, 2338-2368, 2j03:A, 2348-2358, 2jl6:A, 2417-2447, 2jl6:A, 2427-2437, 2jl8:A, 2417-2447, 2jl8:A, 2427-2437, 2o43:A, 2353-2381, 2o43:A, 2362-2372, 2o45:A, 2341-2369, 2o45:A, 2350-2360, 2ogm:0, 2352-2382, 2ogm:0, 2362-2372, 2ogn:0, 2353-2381, 2ogn:0, 2362-2372, 2ogo:0, 2352-2380, 2ogo:0, 2361-2371, 2om7:H, 16-26, 2om7:H, 6-36, 2v47:A, 2334-2362, 2v47:A, 2343-2353, 2v49:A, 2334-2362, 2v49:A, 2343-2353, 2zjp:X, 2263-2293, 2zjp:X, 2273-2283, 2zjq:X, 2263-2293, 2zjq:X, 2273-2283, 2zjr:X, 2260-2290, 2zjr:X, 2270-2280, 3cf5:X, 2263-2293, 3cf5:X, 2273-2283, 3d5b:A, 2445-2475, 3d5b:A, 2455-2465, 3d5d:A, 2445-2475, 3d5d:A, 2455-2465, 3dll:X, 2263-2293, 3dll:X, 2273-2283
CUA-AAA
2b66:A, 894-932, 2b66:A, 904-922, 2b9n:A, 894-932, 2b9n:A, 904-922, 2b9p:A, 894-932, 2b9p:A, 904-922, 2hgj:A, 893-933, 2hgj:A, 904-922, 2hgq:A, 893-933, 2hgq:A, 904-922, 2hgu:A, 893-933, 2hgu:A, 904-922, 3d5b:A, 893-925, 3d5b:A, 900-918, 3d5d:A, 893-925, 3d5d:A, 900-918
GAA-GGA
2aar:0, 1781-1804, 2aar:0, 1786-1799, 2d3o:0, 1781-1804, 2d3o:0, 1786-1799
GAG-CGA
2zjp:X, 2150-2173, 2zjp:X, 2156-2167
GAG-GUA
2aw4:B, 1455-1504, 2aw4:B, 1462-1497, 2awb:B, 1455-1504, 2awb:B, 1462-1497, 2j28:B, 1455-1504, 2j28:B, 1462-1497, 2qam:B, 1455-1504, 2qam:B, 1462-1497, 2qao:B, 1455-1504, 2qao:B, 1462-1497, 2qba:B, 1455-1504, 2qba:B, 1462-1497, 2qbc:B, 1455-1504, 2qbc:B, 1462-1497, 2z4l:B, 1455-1504, 2z4l:B, 1462-1497, 2z4n:B, 1455-1504, 2z4n:B, 1462-1497, 3bbx:B, 1536-1585, 3bbx:B, 1543-1578
GCU-AGU
1xbp:0, 2538-2566, 1xbp:0, 2543-2561
GGA-GAA
1vsa:w, 1864-1887, 1vsa:w, 1869-1882, 2aar:0, 1781-1804, 2aar:0, 1786-1799, 2d3o:0, 1781-1804, 2d3o:0, 1786-1799, 2hgj:A, 1864-1887, 2hgj:A, 1869-1882, 2hgq:A, 1864-1887, 2hgq:A, 1869-1882, 3dll:X, 1759-1782
GGA-GAC
1i94:A, 1395-1462, 1i95:A, 1395-1462, 2hhh:A, 1392-1459
GGA-GAG
1vs6:B, 1702-1726, 1vs6:B, 1708-1720, 1vs8:B, 1702-1726, 1vs8:B, 1708-1720, 2aw4:B, 1702-1726, 2aw4:B, 1708-1720, 2awb:B, 1702-1726, 2awb:B, 1708-1720, 2i2t:B, 1702-1726, 2i2t:B, 1708-1720, 2i2v:B, 1702-1726, 2i2v:B, 1708-1720, 2j28:B, 1702-1726, 2j28:B, 1708-1720, 2qam:B, 1702-1726, 2qam:B, 1708-1720, 2qao:B, 1702-1726, 2qao:B, 1708-1720, 2qba:B, 1702-1726, 2qba:B, 1708-1720, 2qbc:B, 1702-1726, 2qbc:B, 1708-1720, 2qbe:B, 1702-1726, 2qbe:B, 1708-1720, 2qbg:B, 1702-1726, 2qbg:B, 1708-1720, 2qbi:B, 1702-1726, 2qbi:B, 1708-1720, 2qbk:B, 1702-1726, 2qbk:B, 1708-1720, 2qov:B, 1702-1726, 2qov:B, 1708-1720, 2qox:B, 1702-1726, 2qox:B, 1708-1720, 2qoz:B, 1702-1726, 2qoz:B, 1708-1720, 2qp1:B, 1702-1726, 2qp1:B, 1708-1720, 2z4l:B, 1702-1726, 2z4l:B, 1708-1720, 2z4n:B, 1702-1726, 2z4n:B, 1708-1720, 3bbx:B, 1789-1813, 3bbx:B, 1795-1807, 3df2:B, 1702-1726, 3df2:B, 1708-1720, 3df4:B, 1702-1726, 3df4:B, 1708-1720
UCC-CGA
2o43:A, 1146-1194
UCG-UGG
1y69:0, 2048-2064, 1y69:0, 2053-2059
UGA-GAG
2gyb:A, 1373-1440, 2uua:A, 1392-1459
UGA-GAU
3bbn:A, 1201-1220, 3bbn:A, 1206-1215
UGG-CCA
2gyc:9, 74-92, 2gyc:9, 80-86, 2vho:A, 980-1217, 2vho:A, 985-1212