Please cite:
Schudoma et al.,
Nucl. Acids Res. 38: 970-980.
DOI 10.1093/nar/gkp1010.
(3-3)-Internal loop cluster 3819 (cutoff=1.5 Å)
Cluster size 302 structure(s)
Representative structure 3bwp:A (&rarr PDB)
Downloads Representative structure (PDB) (MC-Annotate)
Member list
Consensus sequence GDN-MWA
Cluster members
GAC-UAA
3bwp:A, 67-116, 3eog:A, 67-116, 3eoh:A, 67-116
GAG-GUA
3df2:B, 1455-1504, 3df2:B, 1462-1497, 3df4:B, 1455-1504, 3df4:B, 1462-1497
GGA-UAA
1ffk:0, 652-676, 1ffk:0, 658-670, 1jj2:0, 653-677, 1jj2:0, 659-671, 1k73:A, 653-677, 1k73:A, 659-671, 1k8a:A, 653-677, 1k8a:A, 659-671, 1k9m:A, 653-677, 1k9m:A, 659-671, 1kc8:A, 653-677, 1kc8:A, 659-671, 1kd1:A, 653-677, 1kd1:A, 659-671, 1kqs:0, 653-677, 1kqs:0, 659-671, 1m1k:A, 653-677, 1m1k:A, 659-671, 1m90:A, 653-677, 1m90:A, 659-671, 1n8r:A, 653-677, 1n8r:A, 659-671, 1nji:A, 653-677, 1nji:A, 659-671, 1q7y:A, 653-677, 1q7y:A, 659-671, 1q81:A, 653-677, 1q81:A, 659-671, 1q82:A, 653-677, 1q82:A, 659-671, 1q86:A, 653-677, 1q86:A, 659-671, 1qvf:0, 653-677, 1qvf:0, 659-671, 1qvg:0, 653-677, 1qvg:0, 659-671, 1s1i:3, 655-679, 1s1i:3, 661-673, 1s72:0, 653-677, 1s72:0, 659-671, 1vq4:0, 653-677, 1vq4:0, 659-671, 1vq5:0, 653-677, 1vq5:0, 659-671, 1vq6:0, 653-677, 1vq6:0, 659-671, 1vq7:0, 653-677, 1vq7:0, 659-671, 1vq8:0, 653-677, 1vq8:0, 659-671, 1vq9:0, 653-677, 1vq9:0, 659-671, 1vqk:0, 653-677, 1vqk:0, 659-671, 1vql:0, 653-677, 1vql:0, 659-671, 1vqm:0, 653-677, 1vqm:0, 659-671, 1vqn:0, 653-677, 1vqn:0, 659-671, 1vqo:0, 653-677, 1vqo:0, 659-671, 1vqp:0, 653-677, 1vqp:0, 659-671, 1vs6:B, 604-624, 1vs6:B, 610-618, 1vs8:B, 604-624, 1vs8:B, 610-618, 1vsa:w, 628-650, 1vsa:w, 634-644, 1vsp:w, 628-650, 1vsp:w, 634-644, 1w2b:0, 653-677, 1w2b:0, 659-671, 1yhq:0, 653-677, 1yhq:0, 659-671, 1yi2:0, 653-677, 1yi2:0, 659-671, 1yij:0, 653-677, 1yij:0, 659-671, 1yit:0, 653-677, 1yit:0, 659-671, 1yj9:0, 653-677, 1yj9:0, 659-671, 1yjn:0, 653-677, 1yjn:0, 659-671, 1yjw:0, 653-677, 1yjw:0, 659-671, 2aw4:B, 604-624, 2aw4:B, 610-618, 2awb:B, 604-624, 2awb:B, 610-618, 2i2t:B, 604-624, 2i2t:B, 610-618, 2i2v:B, 604-624, 2i2v:B, 610-618, 2j01:A, 614-636, 2j01:A, 620-630, 2j03:A, 614-636, 2j03:A, 620-630, 2j28:B, 604-624, 2j28:B, 610-618, 2jl6:A, 616-638, 2jl6:A, 622-632, 2jl8:A, 616-638, 2jl8:A, 622-632, 2otj:0, 653-677, 2otj:0, 659-671, 2otl:0, 653-677, 2otl:0, 659-671, 2qa4:0, 652-676, 2qa4:0, 658-670, 2qam:B, 604-624, 2qam:B, 610-618, 2qao:B, 604-624, 2qao:B, 610-618, 2qba:B, 604-624, 2qba:B, 610-618, 2qbc:B, 604-624, 2qbc:B, 610-618, 2qbe:B, 604-624, 2qbe:B, 610-618, 2qbg:B, 604-624, 2qbg:B, 610-618, 2qbi:B, 604-624, 2qbi:B, 610-618, 2qbk:B, 604-624, 2qbk:B, 610-618, 2qex:0, 653-677, 2qex:0, 659-671, 2qov:B, 604-624, 2qov:B, 610-618, 2qox:B, 604-624, 2qox:B, 610-618, 2qoz:B, 604-624, 2qoz:B, 610-618, 2qp1:B, 604-624, 2qp1:B, 610-618, 2v47:A, 614-636, 2v47:A, 620-630, 2v49:A, 614-636, 2v49:A, 620-630, 2z4l:B, 604-624, 2z4l:B, 610-618, 2z4n:B, 604-624, 2z4n:B, 610-618, 2zjp:X, 542-563, 2zjp:X, 548-557, 2zjq:X, 542-563, 2zjq:X, 548-557, 2zjr:X, 542-563, 2zjr:X, 548-557, 3bbx:B, 604-624, 3bbx:B, 610-618, 3cc2:0, 653-677, 3cc2:0, 659-671, 3cc4:0, 653-677, 3cc4:0, 659-671, 3cc7:0, 653-677, 3cc7:0, 659-671, 3cce:0, 653-677, 3cce:0, 659-671, 3ccj:0, 653-677, 3ccj:0, 659-671, 3ccl:0, 653-677, 3ccl:0, 659-671, 3ccm:0, 653-677, 3ccm:0, 659-671, 3ccq:0, 653-677, 3ccq:0, 659-671, 3ccr:0, 653-677, 3ccr:0, 659-671, 3ccs:0, 653-677, 3ccs:0, 659-671, 3ccu:0, 653-677, 3ccu:0, 659-671, 3ccv:0, 653-677, 3ccv:0, 659-671, 3cd6:0, 653-677, 3cd6:0, 659-671, 3cf5:X, 542-563, 3cf5:X, 548-557, 3cma:0, 653-677, 3cma:0, 659-671, 3cme:0, 653-677, 3cme:0, 659-671, 3cpw:0, 653-677, 3cpw:0, 659-671, 3d5b:A, 623-645, 3d5b:A, 629-639, 3d5d:A, 623-645, 3d5d:A, 629-639, 3df2:B, 604-624, 3df2:B, 610-618, 3df4:B, 604-624, 3df4:B, 610-618, 3dll:X, 542-563, 3dll:X, 548-557
GUA-GUA
1ffk:0, 2534-2574, 1ffk:0, 2541-2567, 1jj2:0, 2585-2625, 1jj2:0, 2592-2618, 1k73:A, 2585-2625, 1k73:A, 2592-2618, 1k8a:A, 2585-2625, 1k8a:A, 2592-2618, 1k9m:A, 2585-2625, 1k9m:A, 2592-2618, 1kc8:A, 2585-2625, 1kc8:A, 2592-2618, 1kd1:A, 2585-2625, 1kd1:A, 2592-2618, 1kqs:0, 2585-2625, 1kqs:0, 2592-2618, 1m1k:A, 2585-2625, 1m1k:A, 2592-2618, 1m90:A, 2585-2625, 1m90:A, 2592-2618, 1n8r:A, 2585-2625, 1n8r:A, 2592-2618, 1nji:A, 2585-2625, 1nji:A, 2592-2618, 1q7y:A, 2585-2625, 1q7y:A, 2592-2618, 1q82:A, 2585-2625, 1q82:A, 2592-2618, 1q86:A, 2585-2625, 1q86:A, 2592-2618, 1qvf:0, 2585-2625, 1qvf:0, 2592-2618, 1qvg:0, 2585-2625, 1qvg:0, 2592-2618, 1s1i:3, 2901-2941, 1s1i:3, 2908-2934, 1s72:0, 2585-2625, 1s72:0, 2592-2618, 1vq6:0, 2585-2625, 1vq6:0, 2592-2618, 1vq9:0, 2585-2625, 1vq9:0, 2592-2618, 1vqk:0, 2585-2625, 1vqk:0, 2592-2618, 1vql:0, 2585-2625, 1vql:0, 2592-2618, 1vqm:0, 2585-2625, 1vqm:0, 2592-2618, 1vqn:0, 2585-2625, 1vqn:0, 2592-2618, 1vqo:0, 2585-2625, 1vqo:0, 2592-2618, 1vqp:0, 2585-2625, 1vqp:0, 2592-2618, 1yhq:0, 2585-2625, 1yhq:0, 2592-2618, 1yi2:0, 2585-2625, 1yi2:0, 2592-2618, 1yij:0, 2585-2625, 1yij:0, 2592-2618, 1yit:0, 2585-2625, 1yit:0, 2592-2618, 1yjn:0, 2585-2625, 1yjn:0, 2592-2618, 1yjw:0, 2585-2625, 1yjw:0, 2592-2618, 2otj:0, 2585-2625, 2otj:0, 2592-2618, 2otl:0, 2585-2625, 2otl:0, 2592-2618, 2qa4:0, 2592-2628, 2qa4:0, 2597-2623, 3cc2:0, 2585-2625, 3cc2:0, 2592-2618, 3cc4:0, 2585-2625, 3cc4:0, 2592-2618, 3cc7:0, 2585-2625, 3cc7:0, 2592-2618, 3cce:0, 2585-2625, 3cce:0, 2592-2618, 3ccl:0, 2585-2625, 3ccl:0, 2592-2618, 3ccm:0, 2585-2625, 3ccm:0, 2592-2618, 3ccq:0, 2585-2625, 3ccq:0, 2592-2618, 3ccu:0, 2585-2625, 3ccu:0, 2592-2618, 3ccv:0, 2585-2625, 3ccv:0, 2592-2618, 3cma:0, 2585-2625, 3cma:0, 2592-2618, 3cme:0, 2585-2625, 3cme:0, 2592-2618, 3cpw:0, 2585-2625, 3cpw:0, 2592-2618
GUU-GUA
2vhn:B, 2633-2670