Please cite:
Schudoma et al.,
Nucl. Acids Res. 38: 970-980.
DOI 10.1093/nar/gkp1010.
(3-3)-Internal loop cluster 497 (cutoff=1.0 Å)
Cluster size 232 structure(s)
Representative structure 1n8r:A (&rarr PDB)
Downloads Representative structure (PDB) (MC-Annotate)
Member list
Consensus sequence GUA-BUH
Cluster members
GUA-CUC
1njm:0, 2578-2616, 1njm:0, 2583-2611, 1njn:0, 2578-2616, 1njn:0, 2583-2611, 1njo:0, 2578-2616, 1njo:0, 2583-2611, 1njp:0, 2578-2616, 1njp:0, 2583-2611, 1nkw:0, 2576-2618, 1nkw:0, 2583-2611, 1nwx:0, 2576-2618, 1nwx:0, 2583-2611, 1nwy:0, 2576-2618, 1nwy:0, 2583-2611, 1ond:0, 2575-2617, 1ond:0, 2582-2610, 1p9x:0, 2552-2592, 1pnu:0, 2622-2660, 1pnu:0, 2627-2655, 1pny:0, 2622-2660, 1pny:0, 2627-2655, 1sm1:0, 2578-2616, 1sm1:0, 2583-2611, 1xbp:0, 2578-2616, 2d3o:0, 2597-2639, 2d3o:0, 2604-2632, 2o43:A, 2578-2616, 2o43:A, 2583-2611, 2o44:A, 2578-2616, 2o44:A, 2583-2611, 2o45:A, 2566-2604, 2o45:A, 2571-2599, 2ogo:0, 2577-2615, 2ogo:0, 2582-2610, 2zjp:X, 2487-2529, 2zjp:X, 2494-2522, 2zjq:X, 2487-2529, 2zjq:X, 2494-2522, 2zjr:X, 2484-2526, 2zjr:X, 2491-2519, 3cf5:X, 2487-2529, 3cf5:X, 2494-2522, 3dll:X, 2487-2529, 3dll:X, 2494-2522
GUA-GUA
1ffk:0, 2534-2574, 1ffk:0, 2541-2567, 1jj2:0, 2585-2625, 1jj2:0, 2592-2618, 1k73:A, 2585-2625, 1k73:A, 2592-2618, 1k8a:A, 2585-2625, 1k8a:A, 2592-2618, 1k9m:A, 2585-2625, 1k9m:A, 2592-2618, 1kc8:A, 2585-2625, 1kc8:A, 2592-2618, 1kd1:A, 2585-2625, 1kd1:A, 2592-2618, 1kqs:0, 2585-2625, 1kqs:0, 2592-2618, 1m1k:A, 2585-2625, 1m1k:A, 2592-2618, 1m90:A, 2585-2625, 1m90:A, 2592-2618, 1n8r:A, 2585-2625, 1n8r:A, 2592-2618, 1nji:A, 2585-2625, 1nji:A, 2592-2618, 1q7y:A, 2585-2625, 1q7y:A, 2592-2618, 1q81:A, 2585-2625, 1q81:A, 2592-2618, 1q82:A, 2585-2625, 1q82:A, 2592-2618, 1q86:A, 2585-2625, 1q86:A, 2592-2618, 1qvf:0, 2585-2625, 1qvf:0, 2592-2618, 1qvg:0, 2585-2625, 1qvg:0, 2592-2618, 1s1i:3, 2901-2941, 1s1i:3, 2908-2934, 1s72:0, 2585-2625, 1s72:0, 2592-2618, 1vq4:0, 2585-2625, 1vq4:0, 2592-2618, 1vq5:0, 2585-2625, 1vq5:0, 2592-2618, 1vq6:0, 2585-2625, 1vq6:0, 2592-2618, 1vq7:0, 2585-2625, 1vq7:0, 2592-2618, 1vq8:0, 2585-2625, 1vq8:0, 2592-2618, 1vq9:0, 2585-2625, 1vq9:0, 2592-2618, 1vqk:0, 2585-2625, 1vqk:0, 2592-2618, 1vql:0, 2585-2625, 1vql:0, 2592-2618, 1vqm:0, 2585-2625, 1vqm:0, 2592-2618, 1vqn:0, 2585-2625, 1vqn:0, 2592-2618, 1vqo:0, 2585-2625, 1vqo:0, 2592-2618, 1vqp:0, 2585-2625, 1vqp:0, 2592-2618, 1w2b:0, 2585-2625, 1w2b:0, 2592-2618, 1yhq:0, 2585-2625, 1yhq:0, 2592-2618, 1yi2:0, 2585-2625, 1yi2:0, 2592-2618, 1yij:0, 2585-2625, 1yij:0, 2592-2618, 1yit:0, 2585-2625, 1yit:0, 2592-2618, 1yj9:0, 2585-2625, 1yj9:0, 2592-2618, 1yjn:0, 2585-2625, 1yjn:0, 2592-2618, 1yjw:0, 2585-2625, 1yjw:0, 2592-2618, 2otj:0, 2585-2625, 2otj:0, 2592-2618, 2otl:0, 2585-2625, 2otl:0, 2592-2618, 2qa4:0, 2592-2628, 2qa4:0, 2597-2623, 2qex:0, 2585-2625, 2qex:0, 2592-2618, 3cc2:0, 2585-2625, 3cc2:0, 2592-2618, 3cc4:0, 2585-2625, 3cc4:0, 2592-2618, 3cc7:0, 2585-2625, 3cc7:0, 2592-2618, 3cce:0, 2585-2625, 3cce:0, 2592-2618, 3ccj:0, 2585-2625, 3ccj:0, 2592-2618, 3ccl:0, 2585-2625, 3ccl:0, 2592-2618, 3ccm:0, 2585-2625, 3ccm:0, 2592-2618, 3ccq:0, 2585-2625, 3ccq:0, 2592-2618, 3ccr:0, 2585-2625, 3ccr:0, 2592-2618, 3ccs:0, 2585-2625, 3ccs:0, 2592-2618, 3ccu:0, 2585-2625, 3ccu:0, 2592-2618, 3ccv:0, 2585-2625, 3ccv:0, 2592-2618, 3cd6:0, 2585-2625, 3cd6:0, 2592-2618, 3cma:0, 2585-2625, 3cma:0, 2592-2618, 3cme:0, 2585-2625, 3cme:0, 2592-2618, 3cpw:0, 2585-2625, 3cpw:0, 2592-2618
GUA-GUU
1vs6:B, 2631-2672, 1vs6:B, 2638-2665, 1vs8:B, 2631-2672, 1vs8:B, 2638-2665, 2aw4:B, 2631-2672, 2aw4:B, 2638-2665, 2awb:B, 2631-2672, 2awb:B, 2638-2665, 2i2t:B, 2631-2672, 2i2t:B, 2638-2665, 2i2v:B, 2631-2672, 2i2v:B, 2638-2665, 2j28:B, 2631-2672, 2j28:B, 2638-2665, 2qam:B, 2631-2672, 2qam:B, 2638-2665, 2qao:B, 2631-2672, 2qao:B, 2638-2665, 2qba:B, 2631-2672, 2qba:B, 2638-2665, 2qbc:B, 2631-2672, 2qbc:B, 2638-2665, 2qbe:B, 2631-2672, 2qbe:B, 2638-2665, 2qbg:B, 2631-2672, 2qbg:B, 2638-2665, 2qbi:B, 2631-2672, 2qbi:B, 2638-2665, 2qbk:B, 2631-2672, 2qbk:B, 2638-2665, 2qov:B, 2631-2672, 2qov:B, 2638-2665, 2qox:B, 2631-2672, 2qox:B, 2638-2665, 2qoz:B, 2631-2672, 2qoz:B, 2638-2665, 2qp1:B, 2631-2672, 2qp1:B, 2638-2665, 2vhn:B, 2633-2670, 2z4l:B, 2631-2672, 2z4l:B, 2638-2665, 2z4n:B, 2631-2672, 2z4n:B, 2638-2665, 3bbx:B, 2914-2955, 3bbx:B, 2921-2948, 3df2:B, 2631-2672, 3df2:B, 2638-2665, 3df4:B, 2631-2672, 3df4:B, 2638-2665
GUA-UUC
1vsp:w, 2674-2716, 1vsp:w, 2681-2709, 1yl3:A, 2660-2702, 1yl3:A, 2667-2695, 2j01:A, 2562-2604, 2j01:A, 2569-2597, 2j03:A, 2562-2604, 2j03:A, 2569-2597, 2jl6:A, 2641-2683, 2jl6:A, 2648-2676, 2jl8:A, 2641-2683, 2jl8:A, 2648-2676, 2v47:A, 2559-2597, 2v49:A, 2559-2597, 2v49:A, 2564-2592, 3d5b:A, 2669-2711, 3d5b:A, 2676-2704, 3d5d:A, 2669-2711, 3d5d:A, 2676-2704