Please cite:
Schudoma et al.,
Nucl. Acids Res. 38: 970-980.
DOI 10.1093/nar/gkp1010.
(3-3)-Internal loop cluster 1395 (cutoff=1.0 Å)
Cluster size 239 structure(s)
Representative structure 1vs6:B (&rarr PDB)
Downloads Representative structure (PDB) (MC-Annotate)
Member list
Consensus sequence MHR-GKD
Cluster members
GAG-GCA
1njn:0, 1302-1323, 1njn:0, 1308-1317, 1nkw:0, 1302-1323, 1nkw:0, 1308-1317, 1nwx:0, 1302-1323, 1nwx:0, 1308-1317, 1nwy:0, 1302-1323, 1nwy:0, 1308-1317, 1ond:0, 1302-1323, 1ond:0, 1308-1317, 1sm1:0, 1302-1323, 1sm1:0, 1308-1317, 1z58:2, 1293-1314, 1z58:2, 1299-1308, 2zjp:X, 1280-1301, 2zjp:X, 1286-1295, 3dll:X, 1280-1301, 3dll:X, 1286-1295
GCA-GAG
1ffk:0, 693-716, 1ffk:0, 700-709, 1jj2:0, 694-720, 1jj2:0, 701-713, 1k73:A, 694-720, 1k73:A, 701-713, 1k8a:A, 694-720, 1k8a:A, 701-713, 1k9m:A, 694-720, 1k9m:A, 701-713, 1kc8:A, 694-720, 1kc8:A, 701-713, 1kd1:A, 694-720, 1kd1:A, 701-713, 1kqs:0, 694-720, 1kqs:0, 701-713, 1m1k:A, 694-720, 1m1k:A, 701-713, 1m90:A, 694-720, 1m90:A, 701-713, 1n8r:A, 694-720, 1n8r:A, 701-713, 1nji:A, 694-720, 1nji:A, 701-713, 1njn:0, 1302-1323, 1njn:0, 1308-1317, 1nkw:0, 1302-1323, 1nkw:0, 1308-1317, 1nwx:0, 1302-1323, 1nwx:0, 1308-1317, 1nwy:0, 1302-1323, 1nwy:0, 1308-1317, 1ond:0, 1302-1323, 1ond:0, 1308-1317, 1p9x:0, 1278-1299, 1p9x:0, 1284-1293, 1q82:A, 694-720, 1q82:A, 701-713, 1q86:A, 694-720, 1q86:A, 701-713, 1qvf:0, 694-720, 1qvf:0, 701-713, 1s1i:3, 696-719, 1s1i:3, 703-712, 1s72:0, 694-720, 1s72:0, 701-713, 1sm1:0, 1302-1323, 1sm1:0, 1308-1317, 1vq4:0, 694-720, 1vq4:0, 701-713, 1vq5:0, 694-720, 1vq5:0, 701-713, 1vq6:0, 694-720, 1vq6:0, 701-713, 1vq7:0, 694-720, 1vq7:0, 701-713, 1vq8:0, 694-720, 1vq8:0, 701-713, 1vq9:0, 694-720, 1vq9:0, 701-713, 1vqk:0, 694-720, 1vqk:0, 701-713, 1vql:0, 694-720, 1vql:0, 701-713, 1vqm:0, 694-720, 1vqm:0, 701-713, 1vqn:0, 694-720, 1vqn:0, 701-713, 1vqo:0, 694-720, 1vqo:0, 701-713, 1vqp:0, 694-720, 1vqp:0, 701-713, 1w2b:0, 694-720, 1w2b:0, 701-713, 1y69:0, 1302-1323, 1y69:0, 1308-1317, 1yhq:0, 694-720, 1yhq:0, 701-713, 1yi2:0, 694-720, 1yi2:0, 701-713, 1yij:0, 694-720, 1yij:0, 701-713, 1yit:0, 694-720, 1yit:0, 701-713, 1yj9:0, 694-720, 1yj9:0, 701-713, 1yjn:0, 694-720, 1yjn:0, 701-713, 1yjw:0, 694-720, 1yjw:0, 701-713, 1z58:2, 1293-1314, 1z58:2, 1299-1308, 2d3o:0, 1302-1323, 2d3o:0, 1308-1317, 2o43:A, 1302-1323, 2o43:A, 1308-1317, 2ogm:0, 1302-1323, 2ogm:0, 1308-1317, 2ogn:0, 1302-1323, 2ogn:0, 1308-1317, 2otj:0, 694-720, 2otj:0, 701-713, 2otl:0, 694-720, 2otl:0, 701-713, 2qex:0, 694-720, 2qex:0, 701-713, 2zjp:X, 1280-1301, 2zjp:X, 1286-1295, 2zjq:X, 1280-1301, 2zjq:X, 1286-1295, 2zjr:X, 1277-1298, 2zjr:X, 1283-1292, 3cc2:0, 694-720, 3cc2:0, 701-713, 3cc4:0, 694-720, 3cc4:0, 701-713, 3cc7:0, 694-720, 3cc7:0, 701-713, 3cce:0, 694-720, 3cce:0, 701-713, 3ccj:0, 694-720, 3ccj:0, 701-713, 3ccl:0, 694-720, 3ccl:0, 701-713, 3ccm:0, 694-720, 3ccm:0, 701-713, 3ccq:0, 694-720, 3ccq:0, 701-713, 3ccu:0, 694-720, 3ccu:0, 701-713, 3ccv:0, 694-720, 3ccv:0, 701-713, 3cd6:0, 694-720, 3cd6:0, 701-713, 3cf5:X, 1280-1301, 3cf5:X, 1286-1295, 3cma:0, 694-720, 3cma:0, 701-713, 3cme:0, 694-720, 3cme:0, 701-713, 3cpw:0, 694-720, 3cpw:0, 701-713, 3dll:X, 1280-1301, 3dll:X, 1286-1295
GUA-GAA
1vsp:w, 1380-1401, 1vsp:w, 1386-1395, 1yl3:A, 1379-1400, 1yl3:A, 1385-1394, 2hgq:A, 1379-1400, 2hgq:A, 1385-1394
GUA-GAG
1vs6:B, 1339-1360, 1vs6:B, 1345-1354, 1vs8:B, 1339-1360, 1vs8:B, 1345-1354, 1yl4:A, 556-743, 1yl4:A, 563-736, 2aw4:B, 1339-1360, 2aw4:B, 1345-1354, 2awb:B, 1339-1360, 2awb:B, 1345-1354, 2hgp:A, 556-743, 2hgp:A, 563-736, 2hgr:A, 556-743, 2hgr:A, 563-736, 2i2t:B, 1339-1360, 2i2t:B, 1345-1354, 2i2v:B, 1339-1360, 2i2v:B, 1345-1354, 2j28:B, 1339-1360, 2j28:B, 1345-1354, 2qam:B, 1339-1360, 2qam:B, 1345-1354, 2qao:B, 1339-1360, 2qao:B, 1345-1354, 2qba:B, 1339-1360, 2qba:B, 1345-1354, 2qbc:B, 1339-1360, 2qbc:B, 1345-1354, 2qbe:B, 1339-1360, 2qbe:B, 1345-1354, 2qbg:B, 1339-1360, 2qbg:B, 1345-1354, 2qbi:B, 1339-1360, 2qbi:B, 1345-1354, 2qbk:B, 1339-1360, 2qbk:B, 1345-1354, 2qnh:y, 556-743, 2qnh:y, 563-736, 2qov:B, 1339-1360, 2qov:B, 1345-1354, 2qox:B, 1339-1360, 2qox:B, 1345-1354, 2qoz:B, 1339-1360, 2qoz:B, 1345-1354, 2qp1:B, 1339-1360, 2qp1:B, 1345-1354, 2z4l:B, 1339-1360, 2z4l:B, 1345-1354, 2z4n:B, 1339-1360, 2z4n:B, 1345-1354, 3bbx:B, 1420-1441, 3bbx:B, 1426-1435, 3df2:B, 1339-1360, 3df2:B, 1345-1354, 3df4:B, 1339-1360, 3df4:B, 1345-1354
UAA-GAU
1j5a:A, 1305-1336, 1jzx:A, 1305-1336, 1jzy:A, 1305-1336, 1jzz:A, 1305-1336, 1k01:A, 1305-1336, 1njm:0, 1297-1328, 1njn:0, 1297-1328, 1njo:0, 1297-1328, 1njp:0, 1297-1328, 1p9x:0, 1273-1304, 1pnu:0, 1313-1344, 1pny:0, 1313-1344, 1z58:2, 1288-1319, 2o44:A, 1297-1328, 2o44:A, 1302-1323