Please cite:
Schudoma et al.,
Nucl. Acids Res. 38: 970-980.
DOI 10.1093/nar/gkp1010.
(3-2)-Internal loop cluster 348 (cutoff=2.0 Å)
Cluster size 401 structure(s)
Representative structure 1xmo:A (&rarr PDB)
Downloads Representative structure (PDB) (MC-Annotate)
Member list
Consensus sequence NNN-NN
Cluster members
AAG-AA
2rkj:C, 77-105, 2rkj:C, 83-100, 2rkj:G, 77-105, 2rkj:G, 83-100, 2rkj:K, 77-105, 2rkj:K, 83-100, 2rkj:O, 77-105, 2rkj:O, 83-100
ACA-GU
2qux:C, 1-25, 2qux:C, 7-20
AGA-GG
1dk1:B, 22-46, 1dk1:B, 30-39, 1f7y:B, 22-46, 1f7y:B, 30-39, 1fjg:A, 637-726, 1fjg:A, 645-719, 1hnw:A, 637-726, 1hnw:A, 645-719, 1hnx:A, 637-726, 1hnx:A, 645-719, 1hnz:A, 637-726, 1hnz:A, 645-719, 1hr0:A, 637-726, 1hr0:A, 645-719, 1i95:A, 640-729, 1i95:A, 648-722, 1i96:A, 640-729, 1i96:A, 648-722, 1ibk:A, 637-726, 1ibk:A, 645-719, 1ibl:A, 637-726, 1ibl:A, 645-719, 1ibm:A, 637-726, 1ibm:A, 645-719, 1j5e:A, 637-726, 1j5e:A, 645-719, 1kuq:B, 22-46, 1kuq:B, 30-39, 1n32:A, 637-726, 1n32:A, 645-719, 1n33:A, 637-726, 1n33:A, 645-719, 1n34:A, 640-723, 1n34:A, 645-719, 1pns:A, 651-740, 1pns:A, 659-733, 1pnx:A, 651-740, 1pnx:A, 659-733, 1s1h:A, 642-731, 1s1h:A, 650-724, 1vs5:A, 655-742, 1vs5:A, 662-736, 1vs7:A, 655-742, 1vs7:A, 662-736, 1xmo:A, 637-726, 1xmo:A, 645-719, 1xmq:A, 637-726, 1xmq:A, 645-719, 1xnq:A, 637-726, 1xnq:A, 645-719, 1xnr:A, 637-726, 1xnr:A, 645-719, 1yl4:A, 637-726, 1ysh:B, 15-89, 1ysh:B, 7-96, 2avy:A, 655-742, 2avy:A, 662-736, 2aw7:A, 655-742, 2aw7:A, 662-736, 2e5l:A, 638-727, 2e5l:A, 646-720, 2f4v:A, 637-726, 2f4v:A, 645-719, 2hgi:A, 637-726, 2hgi:A, 645-719, 2hgp:A, 637-726, 2hgp:A, 645-719, 2hgr:A, 637-726, 2hgr:A, 645-719, 2hhh:A, 637-726, 2hhh:A, 645-719, 2i2p:A, 655-742, 2i2p:A, 662-736, 2i2u:A, 655-742, 2i2u:A, 662-736, 2j00:A, 637-726, 2j00:A, 645-719, 2j02:A, 637-726, 2j02:A, 645-719, 2jl5:A, 637-726, 2jl5:A, 645-719, 2jl7:A, 637-726, 2jl7:A, 645-719, 2ow8:y, 637-726, 2ow8:y, 645-719, 2qal:A, 655-742, 2qal:A, 662-736, 2qan:A, 655-742, 2qan:A, 662-736, 2qb9:A, 655-742, 2qb9:A, 662-736, 2qbb:A, 655-742, 2qbb:A, 662-736, 2qbd:A, 655-742, 2qbd:A, 662-736, 2qbf:A, 655-742, 2qbf:A, 662-736, 2qbh:A, 655-742, 2qbh:A, 662-736, 2qbj:A, 655-742, 2qbj:A, 662-736, 2qnh:y, 637-726, 2qnh:y, 645-719, 2qou:A, 655-742, 2qou:A, 662-736, 2qow:A, 655-742, 2qow:A, 662-736, 2qoy:A, 655-742, 2qoy:A, 662-736, 2qp0:A, 655-742, 2qp0:A, 662-736, 2uu9:A, 637-726, 2uu9:A, 645-719, 2uua:A, 637-726, 2uua:A, 645-719, 2uub:A, 637-726, 2uub:A, 645-719, 2uuc:A, 637-726, 2uuc:A, 645-719, 2uxb:A, 637-726, 2uxb:A, 645-719, 2uxc:A, 637-726, 2uxc:A, 645-719, 2uxd:A, 615-704, 2uxd:A, 623-697, 2v46:A, 637-726, 2v48:A, 637-726, 2vqe:A, 637-726, 2vqe:A, 645-719, 2vqf:A, 637-726, 2vqf:A, 645-719, 2z4k:A, 655-742, 2z4k:A, 662-736, 2z4m:A, 655-742, 2z4m:A, 662-736, 3d5a:A, 637-726, 3d5a:A, 645-719, 3d5c:A, 637-726, 3d5c:A, 645-719, 3df1:A, 655-742, 3df1:A, 662-736, 3df3:A, 655-742, 3df3:A, 662-736
AGG-GG
3bbn:A, 602-689, 3bbn:A, 609-683
AUC-AU
1sm1:0, 936-1108, 1y69:0, 936-1108, 1z58:2, 927-1099, 2d3o:0, 936-1108
CAA-UG
2gya:0, 1931-2482, 2gya:0, 1936-2478
CGU-CG
2vhm:B, 2048-2393, 2vhm:B, 2053-2389, 2vhn:B, 2048-2393, 2vhn:B, 2053-2389
GAA-AA
2jtp:A, 1-34, 2jtp:A, 15-21
GAC-GC
3bbo:A, 717-741, 3bbo:A, 722-737
GCA-GC
2d3o:0, 1960-2538, 2d3o:0, 1969-2530
GCC-GC
1yl3:A, 1015-1188, 2b66:A, 1015-1188, 2b9n:A, 1015-1188, 2b9p:A, 1015-1188
GGG-CU
1i94:A, 570-633, 1i94:A, 578-626
GGG-UA
1ffk:0, 1996-2473, 1ffz:A, 23-498, 1fg0:A, 23-498, 1jj2:0, 2046-2523, 1k73:A, 2046-2523, 1k8a:A, 2046-2523, 1k9m:A, 2046-2523, 1kc8:A, 2046-2523, 1kd1:A, 2046-2523, 1kqs:0, 2046-2523, 1m1k:A, 2046-2523, 1m90:A, 2046-2523, 1n8r:A, 2046-2523, 1nji:A, 2046-2523, 1q7y:A, 2046-2523, 1q81:A, 2046-2523, 1q82:A, 2046-2523, 1q86:A, 2046-2523, 1qvf:0, 2046-2523, 1qvg:0, 2046-2523, 1s1i:3, 2232-2840, 1s72:0, 2046-2523, 1vq4:0, 2046-2523, 1vq5:0, 2046-2523, 1vq6:0, 2046-2523, 1vq7:0, 2046-2523, 1vq8:0, 2046-2523, 1vq9:0, 2046-2523, 1vqk:0, 2046-2523, 1vql:0, 2046-2523, 1vqm:0, 2046-2523, 1vqn:0, 2046-2523, 1vqo:0, 2046-2523, 1vqp:0, 2046-2523, 1w2b:0, 2046-2523, 1yhq:0, 2046-2523, 1yi2:0, 2046-2523, 1yij:0, 2046-2523, 1yit:0, 2046-2523, 1yj9:0, 2046-2523, 1yjn:0, 2046-2523, 1yjw:0, 2046-2523, 2otj:0, 2046-2523, 2otl:0, 2046-2523, 2qa4:0, 2051-2528, 2qex:0, 2046-2523, 3cc2:0, 2046-2523, 3cc4:0, 2046-2523, 3cc7:0, 2046-2523, 3cce:0, 2046-2523, 3ccj:0, 2046-2523, 3ccl:0, 2046-2523, 3ccm:0, 2046-2523, 3ccq:0, 2046-2523, 3ccr:0, 2046-2523, 3ccs:0, 2046-2523, 3ccu:0, 2046-2523, 3ccv:0, 2046-2523, 3cd6:0, 2046-2523, 3cma:0, 2046-2523, 3cme:0, 2046-2523, 3cpw:0, 2046-2523
UAC-AU
1fjg:A, 121-222, 1fjg:A, 126-218, 1hnw:A, 121-222, 1hnw:A, 126-218, 1hnx:A, 121-222, 1hnx:A, 126-218, 1hnz:A, 121-222, 1hnz:A, 126-218, 1hr0:A, 121-222, 1hr0:A, 126-218, 1i94:A, 124-225, 1i94:A, 129-221, 1i95:A, 124-225, 1i95:A, 129-221, 1i96:A, 124-225, 1i96:A, 129-221, 1ibk:A, 121-222, 1ibk:A, 126-218, 1ibl:A, 121-222, 1ibl:A, 126-218, 1ibm:A, 121-222, 1ibm:A, 126-218, 1j5e:A, 121-222, 1j5e:A, 126-218, 1n32:A, 121-222, 1n32:A, 126-218, 1n33:A, 121-222, 1n33:A, 126-218, 1n34:A, 121-222, 1n34:A, 126-218, 1pns:A, 126-226, 1pns:A, 131-222, 1pnx:A, 126-226, 1pnx:A, 131-222, 1s1h:A, 117-224, 1s1h:A, 122-220, 1voq:A, 126-226, 1vos:A, 126-226, 1vov:A, 126-226, 1vox:A, 126-226, 1voz:A, 126-226, 1xmo:A, 121-222, 1xmo:A, 126-218, 1xmq:A, 121-222, 1xmq:A, 126-218, 1xnq:A, 121-222, 1xnq:A, 126-218, 1xnr:A, 121-222, 1xnr:A, 126-218, 1yl4:A, 121-222, 1yl4:A, 126-218, 2b64:A, 121-222, 2b64:A, 126-218, 2b9m:A, 121-222, 2b9m:A, 126-218, 2b9o:A, 121-222, 2b9o:A, 126-218, 2e5l:A, 122-223, 2e5l:A, 127-219, 2f4v:A, 121-222, 2f4v:A, 126-218, 2hgi:A, 121-222, 2hgi:A, 126-218, 2hgp:A, 121-222, 2hgp:A, 126-218, 2hgr:A, 121-222, 2hgr:A, 126-218, 2j00:A, 121-222, 2j00:A, 126-218, 2j02:A, 121-222, 2j02:A, 126-218, 2jl5:A, 121-222, 2jl5:A, 126-218, 2jl7:A, 121-222, 2jl7:A, 126-218, 2ow8:y, 121-222, 2ow8:y, 126-218, 2qnh:y, 121-222, 2qnh:y, 126-218, 2uu9:A, 121-222, 2uu9:A, 126-218, 2uua:A, 121-222, 2uua:A, 126-218, 2uub:A, 121-222, 2uub:A, 126-218, 2uuc:A, 121-222, 2uuc:A, 126-218, 2uxb:A, 121-222, 2uxb:A, 126-218, 2uxc:A, 121-222, 2uxc:A, 126-218, 2uxd:A, 117-206, 2uxd:A, 122-202, 2v46:A, 121-222, 2v46:A, 126-218, 2v48:A, 121-222, 2v48:A, 126-218, 2vqe:A, 121-222, 2vqe:A, 126-218, 2vqf:A, 121-222, 2vqf:A, 126-218, 3d5a:A, 121-222, 3d5a:A, 126-218, 3d5c:A, 121-222, 3d5c:A, 126-218
UCA-UA
1voy:B, 952-1124
UGC-AU
1vs5:A, 127-227, 1vs5:A, 132-223, 1vs7:A, 127-227, 1vs7:A, 132-223, 2avy:A, 127-227, 2avy:A, 132-223, 2aw7:A, 127-227, 2aw7:A, 132-223, 2gy9:A, 120-209, 2gy9:A, 125-205, 2gyb:A, 120-209, 2gyb:A, 125-205, 2i2p:A, 127-227, 2i2p:A, 132-223, 2i2u:A, 127-227, 2i2u:A, 132-223, 2qal:A, 127-227, 2qal:A, 132-223, 2qan:A, 127-227, 2qan:A, 132-223, 2qb9:A, 127-227, 2qb9:A, 132-223, 2qbb:A, 127-227, 2qbb:A, 132-223, 2qbd:A, 127-227, 2qbd:A, 132-223, 2qbf:A, 127-227, 2qbf:A, 132-223, 2qbh:A, 127-227, 2qbh:A, 132-223, 2qbj:A, 127-227, 2qbj:A, 132-223, 2qou:A, 127-227, 2qou:A, 132-223, 2qow:A, 127-227, 2qow:A, 132-223, 2qoy:A, 127-227, 2qoy:A, 132-223, 2qp0:A, 127-227, 2qp0:A, 132-223, 2vho:A, 127-227, 2vhp:A, 127-227, 2z4k:A, 127-227, 2z4k:A, 132-223, 2z4m:A, 127-227, 2z4m:A, 132-223, 3df1:A, 127-227, 3df1:A, 132-223, 3df3:A, 127-227, 3df3:A, 132-223
UGC-UC
1p9x:0, 676-700, 1p9x:0, 683-694, 2aar:0, 699-723, 2aar:0, 706-717, 3cf5:X, 677-701, 3cf5:X, 684-695