Please cite:
Schudoma et al.,
Nucl. Acids Res. 38: 970-980.
DOI 10.1093/nar/gkp1010.
(3-1)-Internal loop cluster 437 (cutoff=3.0 Å)
Cluster size 277 structure(s)
Representative structure 2hhh:A (&rarr PDB)
Downloads Representative structure (PDB) (MC-Annotate)
Member list
Consensus sequence NVV-N
Cluster members
AAA-A
1vs6:B, 281-359, 1vs6:B, 295-343, 1vs8:B, 281-359, 1vs8:B, 295-343, 2aw4:B, 281-359, 2aw4:B, 295-343, 2awb:B, 281-359, 2awb:B, 295-343, 2i2t:B, 281-359, 2i2t:B, 295-343, 2i2v:B, 281-359, 2i2v:B, 295-343, 2j28:B, 281-359, 2j28:B, 295-343, 2qam:B, 281-359, 2qam:B, 295-343, 2qao:B, 281-359, 2qao:B, 295-343, 2qba:B, 281-359, 2qba:B, 295-343, 2qbc:B, 281-359, 2qbc:B, 295-343, 2qbe:B, 281-359, 2qbe:B, 295-343, 2qbg:B, 281-359, 2qbg:B, 295-343, 2qbi:B, 281-359, 2qbi:B, 295-343, 2qbk:B, 281-359, 2qbk:B, 295-343, 2qov:B, 281-359, 2qov:B, 295-343, 2qox:B, 281-359, 2qox:B, 295-343, 2qoz:B, 281-359, 2qoz:B, 295-343, 2qp1:B, 281-359, 2qp1:B, 295-343, 2z4l:B, 281-359, 2z4l:B, 295-343, 2z4n:B, 281-359, 2z4n:B, 295-343, 3bbx:B, 281-359, 3bbx:B, 295-343, 3df2:B, 281-359, 3df2:B, 295-343, 3df4:B, 281-359, 3df4:B, 295-343
AAG-U
1vor:B, 2456-2481, 1vor:B, 2459-2476, 1vou:B, 2456-2481, 1vou:B, 2459-2476, 1vow:B, 2456-2481, 1vow:B, 2459-2476, 1voy:B, 2456-2481, 1voy:B, 2459-2476, 1vp0:B, 2456-2481, 1vp0:B, 2459-2476, 1yl3:A, 2496-2521, 1yl3:A, 2499-2516, 2f88:A, 1-34, 2f88:A, 10-23, 2o43:A, 2412-2437, 2o43:A, 2415-2432
AGG-G
1n8x:A, 1-36, 1n8x:A, 9-26, 1osw:A, 1-22, 1osw:A, 6-15, 2d1b:A, 1-39, 2d1b:A, 8-30, 2d1b:B, 1-39, 2d1b:B, 8-30
CAC-U
1kog:I, 1-37, 1kog:I, 8-28, 1kog:J, 1-37, 1kog:J, 8-28, 1kog:K, 1-37, 1kog:K, 8-28, 1kog:L, 1-37, 1kog:L, 8-28, 1kog:M, 1-37, 1kog:M, 8-28, 1kog:N, 1-37, 1kog:N, 8-28, 1kog:O, 1-37, 1kog:O, 8-28, 1kog:P, 1-37, 1kog:P, 8-28
GAA-A
2j01:A, 303-363, 2j01:A, 308-356, 2j03:A, 303-363, 2j03:A, 308-356, 2jl6:A, 303-363, 2jl6:A, 308-356, 2jl8:A, 303-363, 2jl8:A, 308-356, 3d5b:A, 310-370, 3d5b:A, 315-363, 3d5d:A, 310-370, 3d5d:A, 315-363
GGA-G
1m5l:A, 14-25, 1m5l:A, 9-32
UAA-G
2a64:A, 147-161, 2a64:A, 150-156
UCC-C
1fjg:A, 900-1368, 1fjg:A, 908-1358, 1hnw:A, 900-1368, 1hnw:A, 908-1358, 1hnx:A, 900-1368, 1hnx:A, 908-1358, 1hnz:A, 900-1368, 1hnz:A, 908-1358, 1hr0:A, 900-1368, 1hr0:A, 908-1358, 1i94:A, 903-1371, 1i94:A, 911-1361, 1i95:A, 903-1371, 1i95:A, 911-1361, 1i96:A, 903-1371, 1i96:A, 911-1361, 1ibk:A, 900-1368, 1ibk:A, 908-1358, 1ibl:A, 900-1368, 1ibl:A, 908-1358, 1ibm:A, 900-1368, 1ibm:A, 908-1358, 1j5e:A, 900-1368, 1j5e:A, 908-1358, 1n32:A, 900-1368, 1n32:A, 908-1358, 1n33:A, 900-1368, 1n33:A, 908-1358, 1n34:A, 903-1365, 1n34:A, 908-1358, 1n36:A, 905-1363, 1n36:A, 908-1358, 1pns:A, 920-1384, 1pns:A, 928-1374, 1s1h:A, 908-1369, 1s1h:A, 916-1359, 1voq:A, 920-1384, 1voq:A, 928-1374, 1vos:A, 920-1384, 1vos:A, 928-1374, 1vov:A, 920-1384, 1vov:A, 928-1374, 1vox:A, 920-1384, 1vox:A, 928-1374, 1voz:A, 920-1384, 1voz:A, 928-1374, 1vs5:A, 923-1386, 1vs5:A, 931-1376, 1vs7:A, 923-1386, 1vs7:A, 931-1376, 1xmo:A, 900-1362, 1xmo:A, 908-1352, 1xmq:A, 900-1362, 1xmq:A, 908-1352, 1xnq:A, 900-1362, 1xnq:A, 908-1352, 1xnr:A, 900-1362, 1xnr:A, 908-1352, 2avy:A, 923-1386, 2avy:A, 931-1376, 2aw7:A, 923-1386, 2aw7:A, 931-1376, 2e5l:A, 901-1369, 2e5l:A, 909-1359, 2f4v:A, 900-1368, 2f4v:A, 908-1358, 2hgi:A, 900-1368, 2hgi:A, 908-1358, 2hgp:A, 900-1368, 2hgp:A, 908-1358, 2hhh:A, 900-1368, 2hhh:A, 908-1358, 2i2p:A, 923-1386, 2i2p:A, 931-1376, 2i2u:A, 923-1386, 2i2u:A, 931-1376, 2j00:A, 900-1368, 2j00:A, 908-1358, 2j02:A, 900-1368, 2j02:A, 908-1358, 2jl5:A, 900-1368, 2jl5:A, 908-1358, 2jl7:A, 900-1368, 2jl7:A, 908-1358, 2qal:A, 923-1386, 2qal:A, 931-1376, 2qan:A, 923-1386, 2qan:A, 931-1376, 2qb9:A, 923-1386, 2qb9:A, 931-1376, 2qbb:A, 923-1386, 2qbb:A, 931-1376, 2qbd:A, 923-1386, 2qbd:A, 931-1376, 2qbf:A, 923-1386, 2qbf:A, 931-1376, 2qbh:A, 923-1386, 2qbh:A, 931-1376, 2qbj:A, 923-1386, 2qbj:A, 931-1376, 2qou:A, 923-1386, 2qou:A, 931-1376, 2qow:A, 923-1386, 2qow:A, 931-1376, 2qoy:A, 923-1386, 2qoy:A, 931-1376, 2qp0:A, 923-1386, 2qp0:A, 931-1376, 2uu9:A, 900-1368, 2uu9:A, 908-1358, 2uua:A, 900-1368, 2uua:A, 908-1358, 2uub:A, 900-1368, 2uub:A, 908-1358, 2uuc:A, 900-1368, 2uuc:A, 908-1358, 2uxb:A, 900-1368, 2uxb:A, 908-1358, 2uxc:A, 900-1368, 2uxc:A, 908-1358, 2uxd:A, 878-1346, 2uxd:A, 886-1336, 2v46:A, 902-1366, 2v46:A, 908-1358, 2v48:A, 902-1366, 2v48:A, 908-1358, 2vqe:A, 900-1368, 2vqe:A, 908-1358, 2vqf:A, 900-1368, 2vqf:A, 908-1358, 2z4k:A, 923-1386, 2z4k:A, 931-1376, 2z4m:A, 923-1386, 2z4m:A, 931-1376, 3d5a:A, 900-1368, 3d5a:A, 908-1358, 3d5c:A, 900-1368, 3d5c:A, 908-1358, 3df1:A, 923-1386, 3df1:A, 931-1376, 3df3:A, 923-1386, 3df3:A, 931-1376
UGA-G
1njm:0, 1766-1819, 1njm:0, 1769-1814, 1njn:0, 1766-1819, 1njn:0, 1769-1814, 1njo:0, 1766-1819, 1njo:0, 1769-1814, 1njp:0, 1766-1819, 1njp:0, 1769-1814, 1nkw:0, 1766-1819, 1nkw:0, 1769-1814, 1nwx:0, 1766-1819, 1nwx:0, 1769-1814, 1nwy:0, 1766-1819, 1nwy:0, 1769-1814, 1ond:0, 1765-1818, 1ond:0, 1768-1813, 1pnu:0, 1782-1844, 1pnu:0, 1785-1839, 1pny:0, 1782-1844, 1pny:0, 1785-1839, 2d3o:0, 1766-1819, 2o43:A, 1766-1819, 2o43:A, 1769-1814, 2o45:A, 1763-1816, 2o45:A, 1766-1811, 2ogm:0, 1766-1819, 2ogm:0, 1769-1814, 3bbo:A, 1772-1838, 3bbo:A, 1775-1833, 3dll:X, 1744-1797, 3dll:X, 1747-1792