Please cite:
Schudoma et al.,
Nucl. Acids Res. 38: 970-980.
DOI 10.1093/nar/gkp1010.
(3-1)-Internal loop cluster 718 (cutoff=2.0 Å)
Cluster size 411 structure(s)
Representative structure 3ccm:0 (&rarr PDB)
Downloads Representative structure (PDB) (MC-Annotate)
Member list
Consensus sequence VDV-N
Cluster members
AAG-C
1j5a:A, 1776-1823, 1j5a:A, 1784-1817, 1jzx:A, 1776-1823, 1jzx:A, 1784-1817, 1jzy:A, 1776-1823, 1jzy:A, 1784-1817, 1jzz:A, 1776-1823, 1jzz:A, 1784-1817, 1k01:A, 1776-1823, 1k01:A, 1784-1817
CAA-G
1vs6:B, 1298-1322, 1vs6:B, 1307-1315, 1vs8:B, 1298-1322, 1vs8:B, 1307-1315, 1vsa:w, 1339-1363, 1vsa:w, 1348-1356, 1vsp:w, 1339-1363, 1vsp:w, 1348-1356, 1yl3:A, 1338-1362, 1yl3:A, 1347-1355, 2aw4:B, 1298-1322, 2aw4:B, 1307-1315, 2awb:B, 1298-1322, 2awb:B, 1307-1315, 2b66:A, 1338-1362, 2b66:A, 1347-1355, 2b9n:A, 1338-1362, 2b9n:A, 1347-1355, 2b9p:A, 1338-1362, 2b9p:A, 1347-1355, 2gya:0, 1238-1262, 2gya:0, 1247-1255, 2gyc:0, 1238-1262, 2gyc:0, 1247-1255, 2hgj:A, 1337-1363, 2hgj:A, 1347-1355, 2hgq:A, 1337-1363, 2hgq:A, 1347-1355, 2hgu:A, 1337-1363, 2hgu:A, 1347-1355, 2i2t:B, 1298-1322, 2i2t:B, 1307-1315, 2i2v:B, 1298-1322, 2i2v:B, 1307-1315, 2j01:A, 1264-1288, 2j01:A, 1273-1281, 2j03:A, 1264-1288, 2j03:A, 1273-1281, 2j28:B, 1298-1322, 2j28:B, 1307-1315, 2jl6:A, 1343-1367, 2jl6:A, 1352-1360, 2jl8:A, 1343-1367, 2jl8:A, 1352-1360, 2qam:B, 1298-1322, 2qam:B, 1307-1315, 2qao:B, 1298-1322, 2qao:B, 1307-1315, 2qba:B, 1298-1322, 2qba:B, 1307-1315, 2qbc:B, 1298-1322, 2qbc:B, 1307-1315, 2qbe:B, 1298-1322, 2qbe:B, 1307-1315, 2qbg:B, 1298-1322, 2qbg:B, 1307-1315, 2qbi:B, 1298-1322, 2qbi:B, 1307-1315, 2qbk:B, 1298-1322, 2qbk:B, 1307-1315, 2qov:B, 1298-1322, 2qov:B, 1307-1315, 2qox:B, 1298-1322, 2qox:B, 1307-1315, 2qoz:B, 1298-1322, 2qoz:B, 1307-1315, 2qp1:B, 1298-1322, 2qp1:B, 1307-1315, 2v47:A, 1264-1288, 2v47:A, 1273-1281, 2v49:A, 1264-1288, 2v49:A, 1273-1281, 2z4l:B, 1298-1322, 2z4l:B, 1307-1315, 2z4n:B, 1298-1322, 2z4n:B, 1307-1315, 3bbx:B, 1379-1403, 3bbx:B, 1388-1396, 3d5b:A, 1334-1358, 3d5b:A, 1343-1351, 3d5d:A, 1334-1358, 3d5d:A, 1343-1351, 3df2:B, 1298-1322, 3df2:B, 1307-1315, 3df4:B, 1298-1322, 3df4:B, 1307-1315
CAC-A
1vs6:B, 2623-2678, 1vs8:B, 2623-2678, 2aw4:B, 2623-2678, 2awb:B, 2623-2678, 2gya:0, 2538-2585, 2gyc:0, 2538-2585, 2i2t:B, 2623-2678, 2i2v:B, 2623-2678, 2j28:B, 2623-2678, 2qam:B, 2623-2678, 2qao:B, 2623-2678, 2qba:B, 2623-2678, 2qbc:B, 2623-2678, 2qbe:B, 2623-2678, 2qbg:B, 2623-2678, 2qbi:B, 2623-2678, 2qbk:B, 2623-2678, 2qov:B, 2623-2678, 2qox:B, 2623-2678, 2qoz:B, 2623-2678, 2qp1:B, 2623-2678, 2z4l:B, 2623-2678, 2z4n:B, 2623-2678, 3bbx:B, 2906-2961, 3df2:B, 2623-2678, 3df4:B, 2623-2678
CAC-C
1ffk:0, 2526-2580, 1jj2:0, 2577-2631, 1k73:A, 2577-2631, 1k8a:A, 2577-2631, 1k9m:A, 2577-2631, 1kc8:A, 2577-2631, 1kd1:A, 2577-2631, 1kqs:0, 2577-2631, 1m1k:A, 2577-2631, 1m90:A, 2577-2631, 1n8r:A, 2577-2631, 1nji:A, 2577-2631, 1q7y:A, 2577-2631, 1q81:A, 2577-2631, 1q82:A, 2577-2631, 1q86:A, 2577-2631, 1qvf:0, 2577-2631, 1qvg:0, 2577-2631, 1s1i:3, 2893-2947, 1s72:0, 2577-2631, 1vq4:0, 2577-2631, 1vq5:0, 2577-2631, 1vq6:0, 2577-2631, 1vq7:0, 2577-2631, 1vq8:0, 2577-2631, 1vq9:0, 2577-2631, 1vqk:0, 2577-2631, 1vql:0, 2577-2631, 1vqm:0, 2577-2631, 1vqn:0, 2577-2631, 1vqo:0, 2577-2631, 1vqp:0, 2577-2631, 1w2b:0, 2577-2631, 1yhq:0, 2577-2631, 1yi2:0, 2577-2631, 1yij:0, 2577-2631, 1yit:0, 2577-2631, 1yj9:0, 2577-2631, 1yjn:0, 2577-2631, 1yjw:0, 2577-2631, 2otj:0, 2577-2631, 2otl:0, 2577-2631, 2qex:0, 2577-2631, 3cc2:0, 2577-2631, 3cc4:0, 2577-2631, 3cc7:0, 2577-2631, 3cce:0, 2577-2631, 3ccj:0, 2577-2631, 3ccl:0, 2577-2631, 3ccm:0, 2577-2631, 3ccq:0, 2577-2631, 3ccr:0, 2577-2631, 3ccs:0, 2577-2631, 3ccu:0, 2577-2631, 3ccv:0, 2577-2631, 3cd6:0, 2577-2631, 3cma:0, 2577-2631, 3cme:0, 2577-2631, 3cpw:0, 2577-2631
CAC-G
1ffk:0, 1342-1366, 1ffk:0, 1351-1359, 1jj2:0, 1389-1413, 1jj2:0, 1398-1406, 1k73:A, 1389-1413, 1k73:A, 1398-1406, 1k8a:A, 1389-1413, 1k8a:A, 1398-1406, 1k9m:A, 1389-1413, 1k9m:A, 1398-1406, 1kc8:A, 1389-1413, 1kc8:A, 1398-1406, 1kd1:A, 1389-1413, 1kd1:A, 1398-1406, 1kqs:0, 1389-1413, 1kqs:0, 1398-1406, 1m1k:A, 1389-1413, 1m1k:A, 1398-1406, 1m90:A, 1389-1413, 1m90:A, 1398-1406, 1n8r:A, 1389-1413, 1n8r:A, 1398-1406, 1nji:A, 1389-1413, 1nji:A, 1398-1406, 1q7y:A, 1389-1413, 1q7y:A, 1398-1406, 1q81:A, 1389-1413, 1q81:A, 1398-1406, 1q82:A, 1389-1413, 1q82:A, 1398-1406, 1q86:A, 1389-1413, 1q86:A, 1398-1406, 1qvf:0, 1389-1413, 1qvf:0, 1398-1406, 1qvg:0, 1389-1413, 1qvg:0, 1398-1406, 1s1i:3, 1500-1524, 1s1i:3, 1509-1517, 1s72:0, 1389-1413, 1s72:0, 1398-1406, 1vq4:0, 1389-1413, 1vq4:0, 1398-1406, 1vq5:0, 1389-1413, 1vq5:0, 1398-1406, 1vq6:0, 1389-1413, 1vq6:0, 1398-1406, 1vq7:0, 1389-1413, 1vq7:0, 1398-1406, 1vq8:0, 1389-1413, 1vq8:0, 1398-1406, 1vq9:0, 1389-1413, 1vq9:0, 1398-1406, 1vqk:0, 1389-1413, 1vqk:0, 1398-1406, 1vql:0, 1389-1413, 1vql:0, 1398-1406, 1vqm:0, 1389-1413, 1vqm:0, 1398-1406, 1vqn:0, 1389-1413, 1vqn:0, 1398-1406, 1vqo:0, 1389-1413, 1vqo:0, 1398-1406, 1vqp:0, 1389-1413, 1vqp:0, 1398-1406, 1w2b:0, 1389-1413, 1w2b:0, 1398-1406, 1yhq:0, 1389-1413, 1yhq:0, 1398-1406, 1yi2:0, 1389-1413, 1yi2:0, 1398-1406, 1yij:0, 1389-1413, 1yij:0, 1398-1406, 1yit:0, 1389-1413, 1yit:0, 1398-1406, 1yj9:0, 1389-1413, 1yj9:0, 1398-1406, 1yjn:0, 1389-1413, 1yjn:0, 1398-1406, 1yjw:0, 1389-1413, 1yjw:0, 1398-1406, 2j37:Z, 88-110, 2j37:Z, 96-104, 2otj:0, 1389-1413, 2otj:0, 1398-1406, 2otl:0, 1389-1413, 2otl:0, 1398-1406, 2qa4:0, 1394-1418, 2qa4:0, 1403-1411, 2qex:0, 1389-1413, 2qex:0, 1398-1406, 3cc2:0, 1389-1413, 3cc2:0, 1398-1406, 3cc4:0, 1389-1413, 3cc4:0, 1398-1406, 3cc7:0, 1389-1413, 3cc7:0, 1398-1406, 3cce:0, 1389-1413, 3cce:0, 1398-1406, 3ccj:0, 1389-1413, 3ccj:0, 1398-1406, 3ccl:0, 1389-1413, 3ccl:0, 1398-1406, 3ccm:0, 1389-1413, 3ccm:0, 1398-1406, 3ccq:0, 1389-1413, 3ccq:0, 1398-1406, 3ccr:0, 1389-1413, 3ccr:0, 1398-1406, 3ccs:0, 1389-1413, 3ccs:0, 1398-1406, 3ccu:0, 1389-1413, 3ccu:0, 1398-1406, 3ccv:0, 1389-1413, 3ccv:0, 1398-1406, 3cd6:0, 1389-1413, 3cd6:0, 1398-1406, 3cma:0, 1389-1413, 3cma:0, 1398-1406, 3cme:0, 1389-1413, 3cme:0, 1398-1406, 3cpw:0, 1389-1413, 3cpw:0, 1398-1406, 3dkn:F, 15-23, 3dkn:F, 6-30
CGC-U
1nkw:0, 2568-2624, 1nwx:0, 2568-2624, 1nwy:0, 2568-2624, 1ond:0, 2567-2623, 1vou:B, 2614-2666, 1vp0:B, 2612-2668, 1y69:0, 2568-2624, 2aar:0, 2568-2624, 2d3o:0, 2589-2645, 2ogm:0, 2568-2624, 2ogn:0, 2568-2624, 2zjp:X, 2479-2535, 2zjq:X, 2479-2535, 2zjr:X, 2476-2532, 3cf5:X, 2479-2535, 3dll:X, 2479-2535
CUC-A
3bbo:A, 2616-2670
CUC-U
1vsa:w, 2666-2722, 1vsp:w, 2666-2722, 1yl3:A, 2654-2706, 2b66:A, 2596-2648, 2b9n:A, 2596-2648, 2b9p:A, 2596-2648, 2hgj:A, 2666-2722, 2hgq:A, 2666-2722, 2hgu:A, 2666-2722, 2j01:A, 2554-2610, 2j03:A, 2554-2610, 2jl6:A, 2633-2689, 2jl8:A, 2633-2689, 3d5b:A, 2661-2717, 3d5d:A, 2661-2717
GAA-G
1j5a:A, 1269-1293, 1j5a:A, 1278-1286, 1jzx:A, 1269-1293, 1jzx:A, 1278-1286, 1jzy:A, 1269-1293, 1jzy:A, 1278-1286, 1jzz:A, 1269-1293, 1jzz:A, 1278-1286, 1k01:A, 1269-1293, 1k01:A, 1278-1286, 1njm:0, 1261-1285, 1njm:0, 1270-1278, 1njn:0, 1261-1285, 1njn:0, 1270-1278, 1njo:0, 1261-1285, 1njo:0, 1270-1278, 1njp:0, 1261-1285, 1njp:0, 1270-1278, 1nkw:0, 1261-1285, 1nkw:0, 1270-1278, 1nwx:0, 1261-1285, 1nwx:0, 1270-1278, 1nwy:0, 1261-1285, 1nwy:0, 1270-1278, 1ond:0, 1261-1285, 1ond:0, 1270-1278, 1p9x:0, 1237-1261, 1p9x:0, 1246-1254, 1pnu:0, 1277-1301, 1pnu:0, 1286-1294, 1pny:0, 1277-1301, 1pny:0, 1286-1294, 1sm1:0, 1261-1285, 1sm1:0, 1270-1278, 1vor:B, 1277-1301, 1vor:B, 1286-1294, 1vou:B, 1277-1301, 1vou:B, 1286-1294, 1vow:B, 1277-1301, 1vow:B, 1286-1294, 1voy:B, 1277-1301, 1voy:B, 1286-1294, 1vp0:B, 1277-1301, 1vp0:B, 1286-1294, 1xbp:0, 1261-1285, 1xbp:0, 1270-1278, 1y69:0, 1261-1285, 1y69:0, 1270-1278, 2aar:0, 1261-1285, 2aar:0, 1270-1278, 2d3o:0, 1261-1285, 2d3o:0, 1270-1278, 2o43:A, 1261-1285, 2o43:A, 1270-1278, 2o44:A, 1261-1285, 2o44:A, 1270-1278, 2o45:A, 1258-1282, 2o45:A, 1267-1275, 2ogm:0, 1261-1285, 2ogm:0, 1270-1278, 2ogn:0, 1261-1285, 2ogn:0, 1270-1278, 2ogo:0, 1260-1284, 2ogo:0, 1269-1277, 2zjp:X, 1239-1263, 2zjp:X, 1248-1256, 2zjq:X, 1239-1263, 2zjq:X, 1248-1256, 2zjr:X, 1236-1260, 2zjr:X, 1245-1253, 3cf5:X, 1239-1263, 3cf5:X, 1248-1256, 3dll:X, 1239-1263, 3dll:X, 1248-1256