Please cite:
Schudoma et al.,
Nucl. Acids Res. 38: 970-980.
DOI 10.1093/nar/gkp1010.
(2-6)-Internal loop cluster 64 (cutoff=3.0 Å)
Cluster size 246 structure(s)
Representative structure 1vq4:0 (&rarr PDB)
Downloads Representative structure (PDB) (MC-Annotate)
Member list
Consensus sequence UC-WCGYMA
Cluster members
UC-ACGCGA
1j5a:A, 2408-2480, 1j5a:A, 2413-2471, 1jzx:A, 2408-2480, 1jzx:A, 2413-2471, 1jzy:A, 2408-2480, 1jzy:A, 2413-2471, 1jzz:A, 2408-2480, 1jzz:A, 2413-2471, 1k01:A, 2408-2480, 1k01:A, 2413-2471, 1p9x:0, 2375-2447, 1p9x:0, 2380-2438, 1vs6:B, 2455-2527, 1vs6:B, 2460-2518, 1vs8:B, 2455-2527, 1vs8:B, 2460-2518, 1vsa:w, 2498-2570, 1vsa:w, 2503-2561, 1vsp:w, 2498-2570, 1vsp:w, 2503-2561, 1z58:2, 2379-2451, 1z58:2, 2384-2442, 2aar:0, 2400-2472, 2aar:0, 2405-2463, 2aw4:B, 2455-2527, 2aw4:B, 2460-2518, 2awb:B, 2455-2527, 2awb:B, 2460-2518, 2b66:A, 2427-2497, 2b66:A, 2431-2489, 2b9n:A, 2427-2497, 2b9n:A, 2431-2489, 2b9p:A, 2427-2497, 2b9p:A, 2431-2489, 2d3o:0, 2421-2493, 2d3o:0, 2426-2484, 2gya:0, 2370-2442, 2gya:0, 2375-2433, 2hgj:A, 2498-2570, 2hgj:A, 2503-2561, 2hgq:A, 2498-2570, 2hgq:A, 2503-2561, 2hgu:A, 2498-2570, 2hgu:A, 2503-2561, 2i2t:B, 2455-2527, 2i2t:B, 2460-2518, 2i2v:B, 2455-2527, 2i2v:B, 2460-2518, 2j01:A, 2386-2458, 2j01:A, 2391-2449, 2j03:A, 2386-2458, 2j03:A, 2391-2449, 2j28:B, 2455-2527, 2j28:B, 2460-2518, 2jl6:A, 2465-2537, 2jl6:A, 2470-2528, 2jl8:A, 2465-2537, 2jl8:A, 2470-2528, 2o43:A, 2401-2471, 2o43:A, 2405-2463, 2o44:A, 2400-2472, 2o44:A, 2405-2463, 2o45:A, 2388-2460, 2o45:A, 2393-2451, 2ogm:0, 2400-2472, 2ogm:0, 2405-2463, 2ogn:0, 2400-2472, 2ogn:0, 2405-2463, 2ogo:0, 2399-2471, 2ogo:0, 2404-2462, 2qam:B, 2455-2527, 2qam:B, 2460-2518, 2qao:B, 2455-2527, 2qao:B, 2460-2518, 2qba:B, 2455-2527, 2qba:B, 2460-2518, 2qbc:B, 2455-2527, 2qbc:B, 2460-2518, 2qbe:B, 2455-2527, 2qbe:B, 2460-2518, 2qbg:B, 2455-2527, 2qbg:B, 2460-2518, 2qbi:B, 2455-2527, 2qbi:B, 2460-2518, 2qbk:B, 2455-2527, 2qbk:B, 2460-2518, 2qov:B, 2455-2527, 2qov:B, 2460-2518, 2qox:B, 2455-2527, 2qox:B, 2460-2518, 2qoz:B, 2455-2527, 2qoz:B, 2460-2518, 2qp1:B, 2455-2527, 2qp1:B, 2460-2518, 2v47:A, 2381-2453, 2v47:A, 2386-2444, 2v49:A, 2381-2453, 2v49:A, 2386-2444, 2z4l:B, 2455-2527, 2z4l:B, 2460-2518, 2z4n:B, 2455-2527, 2z4n:B, 2460-2518, 2zjp:X, 2311-2383, 2zjp:X, 2316-2374, 2zjq:X, 2311-2383, 2zjq:X, 2316-2374, 2zjr:X, 2308-2380, 2zjr:X, 2313-2371, 3bbx:B, 2738-2810, 3bbx:B, 2743-2801, 3cf5:X, 2311-2383, 3cf5:X, 2316-2374, 3d5b:A, 2493-2565, 3d5b:A, 2498-2556, 3d5d:A, 2493-2565, 3d5d:A, 2498-2556, 3df2:B, 2455-2527, 3df2:B, 2460-2518, 3df4:B, 2455-2527, 3df4:B, 2460-2518, 3dll:X, 2311-2383, 3dll:X, 2316-2374
UC-UCGUGA
1ffk:0, 2356-2428, 1ffk:0, 2361-2419, 1ffz:A, 382-454, 1ffz:A, 387-445, 1fg0:A, 382-454, 1fg0:A, 387-445, 1jj2:0, 2406-2478, 1jj2:0, 2411-2469, 1k73:A, 2406-2478, 1k73:A, 2411-2469, 1k8a:A, 2406-2478, 1k8a:A, 2411-2469, 1k9m:A, 2406-2478, 1k9m:A, 2411-2469, 1kc8:A, 2406-2478, 1kc8:A, 2411-2469, 1kd1:A, 2406-2478, 1kd1:A, 2411-2469, 1kqs:0, 2406-2478, 1kqs:0, 2411-2469, 1m1k:A, 2406-2478, 1m1k:A, 2411-2469, 1m90:A, 2406-2478, 1m90:A, 2411-2469, 1n8r:A, 2406-2478, 1n8r:A, 2411-2469, 1nji:A, 2406-2478, 1nji:A, 2411-2469, 1q7y:A, 2406-2478, 1q7y:A, 2411-2469, 1q81:A, 2406-2478, 1q81:A, 2411-2469, 1q82:A, 2406-2478, 1q82:A, 2411-2469, 1q86:A, 2406-2478, 1q86:A, 2411-2469, 1qvf:0, 2406-2478, 1qvf:0, 2411-2469, 1qvg:0, 2406-2478, 1qvg:0, 2411-2469, 1s1i:3, 2723-2795, 1s1i:3, 2728-2786, 1s72:0, 2406-2478, 1s72:0, 2411-2469, 1vq4:0, 2406-2478, 1vq4:0, 2411-2469, 1vq5:0, 2406-2478, 1vq5:0, 2411-2469, 1vq6:0, 2406-2478, 1vq6:0, 2411-2469, 1vq7:0, 2406-2478, 1vq7:0, 2411-2469, 1vq8:0, 2406-2478, 1vq8:0, 2411-2469, 1vq9:0, 2406-2478, 1vq9:0, 2411-2469, 1vqk:0, 2406-2478, 1vqk:0, 2411-2469, 1vql:0, 2406-2478, 1vql:0, 2411-2469, 1vqm:0, 2406-2478, 1vqm:0, 2411-2469, 1vqn:0, 2406-2478, 1vqn:0, 2411-2469, 1vqo:0, 2406-2478, 1vqo:0, 2411-2469, 1vqp:0, 2406-2478, 1vqp:0, 2411-2469, 1w2b:0, 2406-2478, 1w2b:0, 2411-2469, 1yhq:0, 2406-2478, 1yhq:0, 2411-2469, 1yi2:0, 2406-2478, 1yi2:0, 2411-2469, 1yij:0, 2406-2478, 1yij:0, 2411-2469, 1yit:0, 2406-2478, 1yit:0, 2411-2469, 1yj9:0, 2406-2478, 1yj9:0, 2411-2469, 1yjn:0, 2406-2478, 1yjn:0, 2411-2469, 1yjw:0, 2406-2478, 1yjw:0, 2411-2469, 2otj:0, 2406-2478, 2otj:0, 2411-2469, 2otl:0, 2406-2478, 2otl:0, 2411-2469, 2qa4:0, 2411-2483, 2qa4:0, 2416-2474, 2qex:0, 2406-2478, 2qex:0, 2411-2469, 3cc2:0, 2406-2478, 3cc2:0, 2411-2469, 3cc4:0, 2406-2478, 3cc4:0, 2411-2469, 3cc7:0, 2406-2478, 3cc7:0, 2411-2469, 3cce:0, 2406-2478, 3cce:0, 2411-2469, 3ccj:0, 2406-2478, 3ccj:0, 2411-2469, 3ccl:0, 2406-2478, 3ccl:0, 2411-2469, 3ccq:0, 2406-2478, 3ccq:0, 2411-2469, 3ccr:0, 2406-2478, 3ccr:0, 2411-2469, 3ccs:0, 2406-2478, 3ccs:0, 2411-2469, 3ccu:0, 2406-2478, 3ccu:0, 2411-2469, 3ccv:0, 2406-2478, 3ccv:0, 2411-2469, 3cd6:0, 2406-2478, 3cd6:0, 2411-2469, 3cma:0, 2406-2478, 3cma:0, 2411-2469, 3cme:0, 2406-2478, 3cme:0, 2411-2469, 3cpw:0, 2406-2478, 3cpw:0, 2411-2469
UC-UCGUUA
3ccm:0, 2406-2478, 3ccm:0, 2411-2469