Please cite:
Schudoma et al.,
Nucl. Acids Res. 38: 970-980.
DOI 10.1093/nar/gkp1010.
(2-3)-Internal loop cluster 864 (cutoff=1.5 Å)
Cluster size 155 structure(s)
Representative structure 2uxb:A (&rarr PDB)
Downloads Representative structure (PDB) (MC-Annotate)
Member list
Consensus sequence RD-AVR
Cluster members
AA-AAG
2rkj:C, 77-105, 2rkj:C, 83-100, 2rkj:G, 77-105, 2rkj:G, 83-100, 2rkj:K, 77-105, 2rkj:K, 83-100, 2rkj:O, 77-105, 2rkj:O, 83-100
GG-AGA
1dk1:B, 22-46, 1dk1:B, 30-39, 1f7y:B, 22-46, 1f7y:B, 30-39, 1fjg:A, 637-726, 1fjg:A, 645-719, 1hnw:A, 637-726, 1hnw:A, 645-719, 1hnx:A, 637-726, 1hnx:A, 645-719, 1hnz:A, 637-726, 1hnz:A, 645-719, 1hr0:A, 637-726, 1hr0:A, 645-719, 1i95:A, 640-729, 1i95:A, 648-722, 1i96:A, 640-729, 1i96:A, 648-722, 1ibk:A, 637-726, 1ibk:A, 645-719, 1ibl:A, 637-726, 1ibl:A, 645-719, 1ibm:A, 637-726, 1ibm:A, 645-719, 1j5e:A, 637-726, 1j5e:A, 645-719, 1kuq:B, 22-46, 1kuq:B, 30-39, 1n32:A, 637-726, 1n32:A, 645-719, 1n33:A, 637-726, 1n33:A, 645-719, 1n34:A, 640-723, 1n34:A, 645-719, 1pns:A, 651-740, 1pns:A, 659-733, 1pnx:A, 651-740, 1pnx:A, 659-733, 1s1h:A, 642-731, 1s1h:A, 650-724, 1vs5:A, 655-742, 1vs5:A, 662-736, 1vs7:A, 655-742, 1vs7:A, 662-736, 1xmo:A, 637-726, 1xmo:A, 645-719, 1xmq:A, 637-726, 1xmq:A, 645-719, 1xnq:A, 637-726, 1xnq:A, 645-719, 1xnr:A, 637-726, 1xnr:A, 645-719, 1yl4:A, 637-726, 1ysh:B, 15-89, 1ysh:B, 7-96, 2avy:A, 655-742, 2avy:A, 662-736, 2aw7:A, 655-742, 2aw7:A, 662-736, 2e5l:A, 638-727, 2e5l:A, 646-720, 2f4v:A, 637-726, 2f4v:A, 645-719, 2hgi:A, 637-726, 2hgi:A, 645-719, 2hgp:A, 637-726, 2hgp:A, 645-719, 2hgr:A, 637-726, 2hgr:A, 645-719, 2hhh:A, 637-726, 2hhh:A, 645-719, 2i2p:A, 655-742, 2i2p:A, 662-736, 2i2u:A, 655-742, 2i2u:A, 662-736, 2j00:A, 637-726, 2j00:A, 645-719, 2j02:A, 637-726, 2j02:A, 645-719, 2jl5:A, 637-726, 2jl5:A, 645-719, 2jl7:A, 637-726, 2jl7:A, 645-719, 2ow8:y, 637-726, 2ow8:y, 645-719, 2qal:A, 655-742, 2qal:A, 662-736, 2qan:A, 655-742, 2qan:A, 662-736, 2qb9:A, 655-742, 2qb9:A, 662-736, 2qbb:A, 655-742, 2qbb:A, 662-736, 2qbd:A, 655-742, 2qbd:A, 662-736, 2qbf:A, 655-742, 2qbf:A, 662-736, 2qbh:A, 655-742, 2qbh:A, 662-736, 2qbj:A, 655-742, 2qbj:A, 662-736, 2qnh:y, 637-726, 2qnh:y, 645-719, 2qou:A, 655-742, 2qou:A, 662-736, 2qow:A, 655-742, 2qow:A, 662-736, 2qoy:A, 655-742, 2qoy:A, 662-736, 2qp0:A, 655-742, 2qp0:A, 662-736, 2uu9:A, 637-726, 2uu9:A, 645-719, 2uua:A, 637-726, 2uua:A, 645-719, 2uub:A, 637-726, 2uub:A, 645-719, 2uuc:A, 637-726, 2uuc:A, 645-719, 2uxb:A, 637-726, 2uxb:A, 645-719, 2uxc:A, 637-726, 2uxc:A, 645-719, 2uxd:A, 615-704, 2uxd:A, 623-697, 2v46:A, 637-726, 2v48:A, 637-726, 2vqe:A, 637-726, 2vqe:A, 645-719, 2vqf:A, 637-726, 2vqf:A, 645-719, 2z4k:A, 655-742, 2z4k:A, 662-736, 2z4m:A, 655-742, 2z4m:A, 662-736, 3d5a:A, 637-726, 3d5a:A, 645-719, 3d5c:A, 637-726, 3d5c:A, 645-719, 3df1:A, 655-742, 3df1:A, 662-736, 3df3:A, 655-742, 3df3:A, 662-736
GG-AGG
3bbn:A, 602-689, 3bbn:A, 609-683
GU-ACA
2qux:C, 1-25, 2qux:C, 7-20