Please cite:
Schudoma et al.,
Nucl. Acids Res. 38: 970-980.
DOI 10.1093/nar/gkp1010.
(2-3)-Internal loop cluster 304 (cutoff=1.5 Å)
Cluster size 169 structure(s)
Representative structure 1vs7:A (&rarr PDB)
Downloads Representative structure (PDB) (MC-Annotate)
Member list
Consensus sequence RD-DRK
Cluster members
AA-AAA
1gid:A, 9-107, 1gid:B, 9-107, 1grz:A, 16-114, 1grz:B, 16-114, 1l8v:A, 5-111, 1l8v:B, 5-111, 1x8w:A, 16-114, 1x8w:B, 16-114, 1x8w:C, 16-114, 1x8w:D, 16-114
AU-UAC
1fjg:A, 121-222, 1fjg:A, 126-218, 1hnw:A, 121-222, 1hnw:A, 126-218, 1hnx:A, 121-222, 1hnx:A, 126-218, 1hnz:A, 121-222, 1hnz:A, 126-218, 1hr0:A, 121-222, 1hr0:A, 126-218, 1i94:A, 124-225, 1i94:A, 129-221, 1i95:A, 124-225, 1i95:A, 129-221, 1i96:A, 124-225, 1i96:A, 129-221, 1ibk:A, 121-222, 1ibk:A, 126-218, 1ibl:A, 121-222, 1ibl:A, 126-218, 1ibm:A, 121-222, 1ibm:A, 126-218, 1j5e:A, 121-222, 1j5e:A, 126-218, 1n32:A, 121-222, 1n32:A, 126-218, 1n33:A, 121-222, 1n33:A, 126-218, 1n34:A, 121-222, 1n34:A, 126-218, 1pns:A, 126-226, 1pns:A, 131-222, 1pnx:A, 126-226, 1pnx:A, 131-222, 1s1h:A, 117-224, 1s1h:A, 122-220, 1voq:A, 126-226, 1vos:A, 126-226, 1vov:A, 126-226, 1vox:A, 126-226, 1voz:A, 126-226, 1xmo:A, 121-222, 1xmo:A, 126-218, 1xmq:A, 121-222, 1xmq:A, 126-218, 1xnq:A, 121-222, 1xnq:A, 126-218, 1xnr:A, 121-222, 1xnr:A, 126-218, 1yl4:A, 121-222, 1yl4:A, 126-218, 2b64:A, 121-222, 2b64:A, 126-218, 2b9m:A, 121-222, 2b9m:A, 126-218, 2b9o:A, 121-222, 2b9o:A, 126-218, 2e5l:A, 122-223, 2e5l:A, 127-219, 2f4v:A, 121-222, 2f4v:A, 126-218, 2hgr:A, 121-222, 2hgr:A, 126-218, 2j00:A, 121-222, 2j00:A, 126-218, 2j02:A, 121-222, 2j02:A, 126-218, 2jl5:A, 121-222, 2jl5:A, 126-218, 2jl7:A, 121-222, 2jl7:A, 126-218, 2uu9:A, 121-222, 2uu9:A, 126-218, 2uua:A, 121-222, 2uua:A, 126-218, 2uub:A, 121-222, 2uub:A, 126-218, 2uuc:A, 121-222, 2uuc:A, 126-218, 2uxb:A, 121-222, 2uxb:A, 126-218, 2uxc:A, 121-222, 2uxc:A, 126-218, 2uxd:A, 117-206, 2uxd:A, 122-202, 2v46:A, 121-222, 2v46:A, 126-218, 2v48:A, 121-222, 2v48:A, 126-218, 2vqe:A, 121-222, 2vqe:A, 126-218, 2vqf:A, 121-222, 2vqf:A, 126-218, 3d5a:A, 121-222, 3d5a:A, 126-218, 3d5c:A, 121-222, 3d5c:A, 126-218
AU-UGC
1vs5:A, 127-227, 1vs5:A, 132-223, 1vs7:A, 127-227, 1vs7:A, 132-223, 2avy:A, 127-227, 2avy:A, 132-223, 2aw7:A, 127-227, 2aw7:A, 132-223, 2gy9:A, 120-209, 2gy9:A, 125-205, 2gyb:A, 120-209, 2gyb:A, 125-205, 2i2p:A, 127-227, 2i2p:A, 132-223, 2i2u:A, 127-227, 2i2u:A, 132-223, 2qal:A, 127-227, 2qal:A, 132-223, 2qan:A, 127-227, 2qan:A, 132-223, 2qb9:A, 127-227, 2qb9:A, 132-223, 2qbb:A, 127-227, 2qbb:A, 132-223, 2qbd:A, 127-227, 2qbd:A, 132-223, 2qbf:A, 127-227, 2qbf:A, 132-223, 2qbh:A, 127-227, 2qbh:A, 132-223, 2qbj:A, 127-227, 2qbj:A, 132-223, 2qou:A, 127-227, 2qou:A, 132-223, 2qow:A, 127-227, 2qow:A, 132-223, 2qoy:A, 127-227, 2qoy:A, 132-223, 2qp0:A, 127-227, 2qp0:A, 132-223, 2vho:A, 127-227, 2vhp:A, 127-227, 2z4k:A, 127-227, 2z4k:A, 132-223, 2z4m:A, 127-227, 2z4m:A, 132-223, 3df1:A, 127-227, 3df1:A, 132-223, 3df3:A, 127-227, 3df3:A, 132-223
GA-GAA
1ow9:A, 1-23, 1ow9:A, 8-17
GG-GAA
2j01:A, 1418-1475, 2j03:A, 1418-1475, 2jl6:A, 1497-1554, 2jl8:A, 1497-1554, 2v47:A, 1418-1475, 2v49:A, 1418-1475, 3d5b:A, 1488-1544, 3d5b:A, 1494-1539, 3d5d:A, 1488-1544, 3d5d:A, 1494-1539