Please cite:
Schudoma et al.,
Nucl. Acids Res. 38: 970-980.
DOI 10.1093/nar/gkp1010.
(2-2)-Internal loop cluster 1329 (cutoff=1.5 Å)
Cluster size 186 structure(s)
Representative structure 2ogo:0 (&rarr PDB)
Downloads Representative structure (PDB) (MC-Annotate)
Member list
Consensus sequence YD-YD
Cluster members
CA-UA
1y69:0, 831-855, 1y69:0, 836-850
UA-CA
1nkw:0, 831-855, 1nkw:0, 836-850, 1nwx:0, 831-855, 1nwx:0, 836-850, 1nwy:0, 831-855, 1nwy:0, 836-850, 1ond:0, 831-855, 1ond:0, 836-850, 1xbp:0, 831-855, 1xbp:0, 836-850, 1y69:0, 831-855, 1y69:0, 836-850, 1z58:2, 825-846, 1z58:2, 830-841, 2o43:A, 831-855, 2o43:A, 836-850, 2ogm:0, 831-855, 2ogm:0, 836-850, 2ogo:0, 830-854, 2ogo:0, 835-849
UG-UU
1jj2:0, 958-973, 1jj2:0, 962-969, 1k73:A, 958-973, 1k73:A, 962-969, 1k8a:A, 958-973, 1k8a:A, 962-969, 1k9m:A, 958-973, 1k9m:A, 962-969, 1kc8:A, 958-973, 1kc8:A, 962-969, 1kd1:A, 958-973, 1kd1:A, 962-969, 1kqs:0, 958-973, 1kqs:0, 962-969, 1m1k:A, 958-973, 1m1k:A, 962-969, 1m90:A, 958-973, 1m90:A, 962-969, 1n8r:A, 958-973, 1n8r:A, 962-969, 1nji:A, 958-973, 1nji:A, 962-969, 1q7y:A, 958-973, 1q7y:A, 962-969, 1q81:A, 958-973, 1q81:A, 962-969, 1q82:A, 958-973, 1q82:A, 962-969, 1q86:A, 958-973, 1q86:A, 962-969, 1qvf:0, 958-973, 1qvf:0, 962-969, 1qvg:0, 958-973, 1qvg:0, 962-969, 1s72:0, 958-973, 1s72:0, 962-969, 1vq5:0, 958-973, 1vq5:0, 962-969, 1vq6:0, 958-973, 1vq6:0, 962-969, 1vq7:0, 958-973, 1vq7:0, 962-969, 1vq8:0, 958-973, 1vq8:0, 962-969, 1vq9:0, 958-973, 1vq9:0, 962-969, 1vqk:0, 958-973, 1vqk:0, 962-969, 1vql:0, 958-973, 1vql:0, 962-969, 1vqm:0, 958-973, 1vqm:0, 962-969, 1vqn:0, 958-973, 1vqn:0, 962-969, 1vqo:0, 958-973, 1vqo:0, 962-969, 1vqp:0, 958-973, 1vqp:0, 962-969, 1w2b:0, 958-973, 1w2b:0, 962-969, 1yhq:0, 958-973, 1yhq:0, 962-969, 1yi2:0, 958-973, 1yi2:0, 962-969, 2otj:0, 958-973, 2otj:0, 962-969, 2qex:0, 958-973, 2qex:0, 962-969, 3cc2:0, 958-973, 3cc2:0, 962-969, 3cc4:0, 958-973, 3cc4:0, 962-969, 3cce:0, 958-973, 3cce:0, 962-969, 3ccs:0, 958-973, 3ccs:0, 962-969, 3cma:0, 958-973, 3cma:0, 962-969, 3cme:0, 958-973, 3cme:0, 962-969, 3cpw:0, 958-973, 3cpw:0, 962-969
UU-UG
1jj2:0, 958-973, 1jj2:0, 962-969, 1k73:A, 958-973, 1k73:A, 962-969, 1k8a:A, 958-973, 1k8a:A, 962-969, 1k9m:A, 958-973, 1k9m:A, 962-969, 1kc8:A, 958-973, 1kc8:A, 962-969, 1kd1:A, 958-973, 1kd1:A, 962-969, 1kqs:0, 958-973, 1kqs:0, 962-969, 1m1k:A, 958-973, 1m1k:A, 962-969, 1m90:A, 958-973, 1m90:A, 962-969, 1n8r:A, 958-973, 1n8r:A, 962-969, 1nji:A, 958-973, 1nji:A, 962-969, 1q7y:A, 958-973, 1q7y:A, 962-969, 1q81:A, 958-973, 1q81:A, 962-969, 1q82:A, 958-973, 1q82:A, 962-969, 1q86:A, 958-973, 1q86:A, 962-969, 1qvf:0, 958-973, 1qvf:0, 962-969, 1qvg:0, 958-973, 1qvg:0, 962-969, 1s72:0, 958-973, 1s72:0, 962-969, 1vq5:0, 958-973, 1vq5:0, 962-969, 1vq6:0, 958-973, 1vq6:0, 962-969, 1vq7:0, 958-973, 1vq7:0, 962-969, 1vq8:0, 958-973, 1vq8:0, 962-969, 1vq9:0, 958-973, 1vq9:0, 962-969, 1vqk:0, 958-973, 1vqk:0, 962-969, 1vql:0, 958-973, 1vql:0, 962-969, 1vqm:0, 958-973, 1vqm:0, 962-969, 1vqn:0, 958-973, 1vqn:0, 962-969, 1vqo:0, 958-973, 1vqo:0, 962-969, 1vqp:0, 958-973, 1vqp:0, 962-969, 1w2b:0, 958-973, 1w2b:0, 962-969, 1yhq:0, 958-973, 1yhq:0, 962-969, 1yi2:0, 958-973, 1yi2:0, 962-969, 2otj:0, 958-973, 2otj:0, 962-969, 2qex:0, 958-973, 2qex:0, 962-969, 3cc2:0, 958-973, 3cc2:0, 962-969, 3cc4:0, 958-973, 3cc4:0, 962-969, 3cce:0, 958-973, 3cce:0, 962-969, 3ccs:0, 958-973, 3ccs:0, 962-969, 3cma:0, 958-973, 3cma:0, 962-969, 3cme:0, 958-973, 3cme:0, 962-969, 3cpw:0, 958-973, 3cpw:0, 962-969