Please cite:
Schudoma et al.,
Nucl. Acids Res. 38: 970-980.
DOI 10.1093/nar/gkp1010.
(2-2)-Internal loop cluster 1795 (cutoff=1.0 Å)
Cluster size 273 structure(s)
Representative structure 3ccj:0 (&rarr PDB)
Downloads Representative structure (PDB) (MC-Annotate)
Member list
Consensus sequence NN-NN
Cluster members
AC-AC
1jid:B, 1-28, 1jid:B, 7-22, 1jid:B, 1-28, 1jid:B, 7-22, 1l1w:A, 1-28, 1l1w:A, 7-22, 1l1w:A, 1-28, 1l1w:A, 7-22, 1l9a:B, 24-51, 1l9a:B, 30-45, 1l9a:B, 24-51, 1l9a:B, 30-45, 1mfq:A, 24-51, 1mfq:A, 30-45, 1mfq:A, 24-51, 1mfq:A, 30-45, 1ry1:A, 24-51, 1ry1:A, 30-45, 1ry1:A, 24-51, 1ry1:A, 30-45, 2go5:A, 24-51, 2go5:A, 30-45, 2go5:A, 24-51, 2go5:A, 30-45, 2j37:A, 24-51, 2j37:A, 30-45, 2j37:A, 24-51, 2j37:A, 30-45
AC-CC
3cpw:0, 547-594
AC-GU
2o44:A, 1658-1676, 2o44:A, 1664-1670, 3bbo:A, 2334-2360, 3bbo:A, 2338-2356
AC-UC
1ffk:0, 546-593, 1jj2:0, 547-594, 1k73:A, 547-594, 1k8a:A, 547-594, 1k9m:A, 547-594, 1kc8:A, 547-594, 1kd1:A, 547-594, 1kqs:0, 547-594, 1m1k:A, 547-594, 1m90:A, 547-594, 1n8r:A, 547-594, 1nji:A, 547-594, 1pnu:0, 2035-2136, 1pny:0, 2035-2136, 1q7y:A, 547-594, 1q81:A, 547-594, 1q82:A, 547-594, 1q86:A, 547-594, 1qvf:0, 547-594, 1qvg:0, 547-594, 1s1i:3, 546-596, 1s72:0, 547-594, 1vq4:0, 547-594, 1vq5:0, 547-594, 1vq6:0, 547-594, 1vq7:0, 547-594, 1vq8:0, 547-594, 1vq9:0, 547-594, 1vqk:0, 547-594, 1vql:0, 547-594, 1vqm:0, 547-594, 1vqn:0, 547-594, 1vqo:0, 547-594, 1vqp:0, 547-594, 1w2b:0, 547-594, 2otj:0, 547-594, 2otl:0, 547-594, 2qex:0, 547-594
AC-UU
3ccj:0, 547-594
AG-UG
3bbo:A, 2032-2129
AU-GU
2gya:9, 74-92, 2gya:9, 78-88, 2ogn:0, 339-361, 2ogn:0, 344-356
CA-GG
1i97:A, 1390-1467
CA-UG
1xbp:0, 1146-1194, 1z58:2, 487-513, 1z58:2, 491-509, 2vhm:B, 2077-2143, 2vhm:B, 689-773, 2vhm:B, 694-768, 2vhm:A, 2-116, 2vhm:A, 6-112, 2vhn:B, 689-773, 2vhn:B, 694-768
CC-AC
3cpw:0, 547-594
CC-GG
1fka:A, 1266-1285, 1fka:A, 1270-1281, 1yl3:A, 263-281, 1yl3:A, 268-276, 2b66:A, 263-281, 2b66:A, 268-276, 2b9n:A, 263-281, 2b9n:A, 268-276, 2b9p:A, 263-281, 2b9p:A, 268-276, 2v47:A, 124-143, 2v47:A, 128-139, 2v49:A, 124-143, 2v49:A, 128-139, 2vho:A, 35-399, 2vho:A, 39-395
CG-CU
1yjn:0, 547-594
CG-UG
2jl5:A, 65-89, 2jl5:A, 70-84, 2jl7:A, 65-89, 2jl7:A, 70-84
CU-CG
1yjn:0, 547-594
CU-UA
1u6p:B, 2-29, 1u6p:B, 8-23
GA-GA
2gya:0, 2213-2236, 2gya:0, 2219-2230, 2gya:0, 2213-2236, 2gya:0, 2219-2230, 2gyc:0, 2213-2236, 2gyc:0, 2219-2230, 2gyc:0, 2213-2236, 2gyc:0, 2219-2230
GA-UC
2vho:A, 132-223, 2vho:A, 136-219, 2vhp:A, 132-223, 2vhp:A, 136-219
GC-GU
2b66:A, 2098-2119, 2b66:A, 2103-2114, 2b9n:A, 2098-2119, 2b9n:A, 2103-2114, 2b9p:A, 2098-2119, 2b9p:A, 2103-2114, 2vhm:B, 2593-2621, 2vhm:B, 2597-2617, 2vhn:B, 2593-2621, 2vhn:B, 2597-2617
GG-CC
1fka:A, 1266-1285, 1fka:A, 1270-1281, 1yl3:A, 263-281, 1yl3:A, 268-276, 2b66:A, 263-281, 2b66:A, 268-276, 2b9n:A, 263-281, 2b9n:A, 268-276, 2b9p:A, 263-281, 2b9p:A, 268-276, 2v47:A, 124-143, 2v47:A, 128-139, 2v49:A, 124-143, 2v49:A, 128-139, 2vho:A, 35-399, 2vho:A, 39-395
GG-CU
1i97:A, 984-999, 1i97:A, 988-995
GG-UC
1yl3:A, 2672-2687, 1yl3:A, 2676-2683
GU-AC
2o44:A, 1658-1676, 2o44:A, 1664-1670, 3bbo:A, 2334-2360, 3bbo:A, 2338-2356
GU-AU
2gya:9, 74-92, 2gya:9, 78-88, 2ogn:0, 339-361, 2ogn:0, 344-356
GU-CC
1n34:A, 173-196, 1n34:A, 179-190
GU-GC
2b66:A, 2098-2119, 2b66:A, 2103-2114, 2b9n:A, 2098-2119, 2b9n:A, 2103-2114, 2b9p:A, 2098-2119, 2b9p:A, 2103-2114, 2vhm:B, 2593-2621, 2vhm:B, 2597-2617, 2vhn:B, 2593-2621, 2vhn:B, 2597-2617
GU-GU
2vho:A, 829-849, 2vho:A, 834-844, 2vho:A, 829-849, 2vho:A, 834-844
UA-CU
1u6p:B, 2-29, 1u6p:B, 8-23
UA-UA
2b64:A, 971-1021, 2b64:A, 975-1017, 2b9m:A, 971-1021, 2b9m:A, 975-1017, 2b9o:A, 971-1021, 2b9o:A, 975-1017
UC-AC
1ffk:0, 546-593, 1jj2:0, 547-594, 1k73:A, 547-594, 1k8a:A, 547-594, 1k9m:A, 547-594, 1kc8:A, 547-594, 1kd1:A, 547-594, 1kqs:0, 547-594, 1m1k:A, 547-594, 1m90:A, 547-594, 1n8r:A, 547-594, 1nji:A, 547-594, 1pnu:0, 2035-2136, 1pny:0, 2035-2136, 1q7y:A, 547-594, 1q81:A, 547-594, 1q82:A, 547-594, 1q86:A, 547-594, 1qvf:0, 547-594, 1qvg:0, 547-594, 1s1i:3, 546-596, 1s72:0, 547-594, 1vq4:0, 547-594, 1vq5:0, 547-594, 1vq6:0, 547-594, 1vq7:0, 547-594, 1vq8:0, 547-594, 1vq9:0, 547-594, 1vqk:0, 547-594, 1vql:0, 547-594, 1vqm:0, 547-594, 1vqn:0, 547-594, 1vqo:0, 547-594, 1vqp:0, 547-594, 1w2b:0, 547-594, 2otj:0, 547-594, 2otl:0, 547-594, 2qex:0, 547-594
UC-GA
2vho:A, 132-223, 2vho:A, 136-219, 2vhp:A, 132-223, 2vhp:A, 136-219
UC-GG
1yl3:A, 2672-2687, 1yl3:A, 2676-2683
UG-AG
3bbo:A, 2032-2129
UG-CA
1xbp:0, 1146-1194, 1z58:2, 487-513, 1z58:2, 491-509, 2vhm:A, 2-116, 2vhm:A, 6-112, 2vhm:B, 2077-2143, 2vhm:B, 689-773, 2vhm:B, 694-768, 2vhn:B, 689-773, 2vhn:B, 694-768
UG-CG
2jl5:A, 65-89, 2jl5:A, 70-84, 2jl7:A, 65-89, 2jl7:A, 70-84
UG-UU
1j5a:A, 2008-2136, 1jzx:A, 2008-2136, 1jzy:A, 2008-2136, 1jzz:A, 2008-2136, 1k01:A, 2008-2136, 1nkw:0, 2000-2128, 1nkw:0, 2005-2123, 1nwx:0, 2000-2128, 1nwx:0, 2005-2123, 1nwy:0, 2000-2128, 1nwy:0, 2005-2123, 1sm1:0, 2000-2128, 1sm1:0, 2005-2123
UU-AC
3ccj:0, 547-594
UU-UG
1j5a:A, 2008-2136, 1jzx:A, 2008-2136, 1jzy:A, 2008-2136, 1jzz:A, 2008-2136, 1k01:A, 2008-2136, 1nkw:0, 2000-2128, 1nkw:0, 2005-2123, 1nwx:0, 2000-2128, 1nwx:0, 2005-2123, 1nwy:0, 2000-2128, 1nwy:0, 2005-2123, 1sm1:0, 2000-2128, 1sm1:0, 2005-2123