Please cite:
Schudoma et al.,
Nucl. Acids Res. 38: 970-980.
DOI 10.1093/nar/gkp1010.
(006)-Hairpin cluster 528 (cutoff=2.0 Å)
Cluster size 670 structure(s)
Representative structure 1vs8:B (&rarr PDB)
Downloads Representative structure (PDB) (MC-Annotate)
Member list
Consensus sequence NNNNNN
Cluster members
AGAGAU
2gy9:A, 971-978, 2gyb:A, 971-978
AGCAAU
2o44:A, 2743-2750
AUCGCA
1xwp:A, 4-11
CAAGAG
1yl3:A, 1654-1661, 2b9p:A, 1654-1661, 2hgj:A, 1654-1661, 2hgq:A, 1654-1661, 2hgu:A, 1654-1661, 2v47:A, 1571-1578, 2v49:A, 1571-1578
CACCGU
437d:A, 7-14
CAGUGC
1aqo:A, 12-19, 1nbr:A, 12-19
CGAAAG
1xmo:A, 1137-1144, 1zif:A, 3-10, 2hgj:A, 1386-1393
CGAAUA
1z58:2, 595-602, 2aar:0, 601-608, 2d3o:0, 601-608, 2ogm:0, 601-608, 2zjr:X, 579-586, 3dll:X, 579-586
CGCAAG
2b64:A, 369-376, 2b9m:A, 369-376, 2b9o:A, 369-376, 2v46:A, 369-376, 2v48:A, 369-376
CGCCGA
1yg3:A, 5-12
CGCGAG
1hnx:A, 1003-1010, 1i96:A, 1006-1013, 1j5e:A, 1003-1010, 2b66:A, 2771-2778, 2b9n:A, 2771-2778, 2b9p:A, 2771-2778, 2jl6:A, 2810-2817, 2jl8:A, 2810-2817, 2vho:A, 1260-1267, 2vhp:A, 1260-1267
CGGAAG
1i97:A, 1490-1497, 2f4v:A, 1487-1494
CGGGAG
1ffz:A, 88-95, 2b66:A, 512-519, 2b9n:A, 512-519, 2b9p:A, 512-519
CGUGAG
2hgj:A, 2583-2590
CUAAAA
1z58:2, 832-839, 2o45:A, 838-845
CUAACC
1nyb:B, 9-16
CUACGG
1n36:A, 1424-1431, 1yl4:A, 1424-1431, 2f4v:A, 1424-1431
CUCCAG
2v47:A, 2573-2580, 2v49:A, 2573-2580
CUCCGG
3d5b:A, 2137-2144, 3d5d:A, 2137-2144
CUGCAA
1vsa:w, 2345-2352, 1vsp:w, 2345-2352, 1yl3:A, 2331-2338, 2b66:A, 2273-2280, 2b9n:A, 2273-2280, 2b9p:A, 2273-2280, 2hgj:A, 2345-2352, 2hgq:A, 2345-2352, 2hgu:A, 2345-2352, 2j01:A, 2233-2240, 2j03:A, 2233-2240, 2jl6:A, 2312-2319, 2jl8:A, 2312-2319, 2v47:A, 2228-2235, 2v49:A, 2228-2235, 3d5b:A, 2340-2347, 3d5d:A, 2340-2347
CUUAGG
1vs6:B, 543-550, 2aw4:B, 543-550, 2i2t:B, 543-550, 3bbx:B, 543-550
CUUCGG
1hlx:A, 7-14, 1n33:A, 409-416
GAACAA
1ffk:0, 1041-1048, 1jj2:0, 1045-1052, 1k73:A, 1045-1052, 1k8a:A, 1045-1052, 1k9m:A, 1045-1052, 1kc8:A, 1045-1052, 1kd1:A, 1045-1052, 1kqs:0, 1045-1052, 1m1k:A, 1045-1052, 1m90:A, 1045-1052, 1n8r:A, 1045-1052, 1nji:A, 1045-1052, 1q7y:A, 1045-1052, 1q81:A, 1045-1052, 1q82:A, 1045-1052, 1q86:A, 1045-1052, 1qvf:0, 1045-1052, 1qvg:0, 1045-1052, 1s1i:3, 1141-1148, 1s72:0, 1045-1052, 1vq4:0, 1045-1052, 1vq5:0, 1045-1052, 1vq6:0, 1045-1052, 1vq7:0, 1045-1052, 1vqk:0, 1045-1052, 1vql:0, 1045-1052, 1vqm:0, 1045-1052, 1vqn:0, 1045-1052, 1vqo:0, 1045-1052, 1vqp:0, 1045-1052, 1w2b:0, 1045-1052, 1yhq:0, 1045-1052, 1yi2:0, 1045-1052, 1yij:0, 1045-1052, 1yit:0, 1045-1052, 1yj9:0, 1045-1052, 1yjn:0, 1045-1052, 1yjw:0, 1045-1052, 2otj:0, 1045-1052, 2otl:0, 1045-1052, 2qa4:0, 1044-1051, 2qex:0, 1045-1052, 3cc2:0, 1045-1052, 3cc4:0, 1045-1052, 3cc7:0, 1045-1052, 3cce:0, 1045-1052, 3ccj:0, 1045-1052, 3ccl:0, 1045-1052, 3ccm:0, 1045-1052, 3ccq:0, 1045-1052, 3ccr:0, 1045-1052, 3ccs:0, 1045-1052, 3ccu:0, 1045-1052, 3ccv:0, 1045-1052, 3cd6:0, 1045-1052, 3cma:0, 1045-1052, 3cpw:0, 1045-1052
GAAGAA
1vor:B, 2464-2471, 1vou:B, 2464-2471, 1vow:B, 2464-2471, 1voy:B, 2464-2471, 1vp0:B, 2464-2471, 2hgj:A, 2518-2525, 2hgu:A, 2518-2525
GACACA
1njm:0, 1562-1569, 1njn:0, 1562-1569, 1njo:0, 1562-1569, 1njp:0, 1562-1569, 1nkw:0, 1562-1569, 1nwx:0, 1562-1569, 1nwy:0, 1562-1569, 1p9x:0, 1538-1545, 2o44:A, 1562-1569
GAGUUA
2qh4:A, 6-13
GCAGAA
1ffz:A, 402-409, 1q7y:A, 2426-2433, 1q81:A, 2426-2433, 1vq8:0, 2426-2433, 1vq9:0, 2426-2433, 1vqk:0, 2426-2433, 1vql:0, 2426-2433, 1vqm:0, 2426-2433, 1vqn:0, 2426-2433, 1vqo:0, 2426-2433, 1vqp:0, 2426-2433, 3ccm:0, 2426-2433, 3cma:0, 2426-2433
GGAAAC
1n34:A, 147-154, 1n36:A, 147-154, 1xbp:0, 120-127, 1xmo:A, 147-154, 1z58:2, 120-127, 2jl5:A, 147-154, 2uuc:A, 147-154, 2vho:A, 153-160, 2vhp:A, 153-160
GGCAAC
2jl5:A, 1241-1248, 2jl7:A, 1241-1248, 2v46:A, 1241-1248
GGCAAU
1s03:A, 22-29, 1s03:B, 22-29
GGCGAC
2v47:B, 85-92, 2v49:B, 85-92
GUAAAA
1bvj:A, 9-16
GUAACA
1jj2:0, 1165-1172, 1k73:A, 1165-1172, 1k8a:A, 1165-1172, 1k9m:A, 1165-1172, 1kc8:A, 1165-1172, 1kd1:A, 1165-1172, 1kqs:0, 1165-1172, 1m1k:A, 1165-1172, 1m90:A, 1165-1172, 1mms:C, 42-49, 1mms:D, 42-49, 1n8r:A, 1165-1172, 1nji:A, 1165-1172, 1oln:C, 42-49, 1q82:A, 1165-1172, 1q86:A, 1165-1172, 1qvf:0, 1165-1172, 1s1i:3, 1267-1274, 1s72:0, 1165-1172, 1vq4:0, 1165-1172, 1vq5:0, 1165-1172, 1vq6:0, 1165-1172, 1vq7:0, 1165-1172, 1vq8:0, 1165-1172, 1vq9:0, 1165-1172, 1vqk:0, 1165-1172, 1vql:0, 1165-1172, 1vqm:0, 1165-1172, 1vqn:0, 1165-1172, 1vqo:0, 1165-1172, 1vqp:0, 1165-1172, 1vs6:B, 712-719, 1vs8:B, 712-719, 1w2b:0, 1165-1172, 1yhq:0, 1165-1172, 1yij:0, 1165-1172, 1yit:0, 1165-1172, 1yj9:0, 1165-1172, 1yjn:0, 1165-1172, 2aw4:B, 712-719, 2awb:B, 712-719, 2gya:0, 649-656, 2gyc:0, 649-656, 2i2t:B, 712-719, 2i2v:B, 712-719, 2j28:B, 712-719, 2otj:0, 1165-1172, 2otl:0, 1165-1172, 2qa4:0, 1170-1177, 2qam:B, 712-719, 2qao:B, 712-719, 2qba:B, 712-719, 2qbc:B, 712-719, 2qbe:B, 712-719, 2qbg:B, 712-719, 2qbi:B, 712-719, 2qbk:B, 712-719, 2qex:0, 1165-1172, 2qov:B, 712-719, 2qox:B, 712-719, 2qoz:B, 712-719, 2qp1:B, 712-719, 2u2a:A, 7-14, 2vhm:B, 712-719, 2vhn:B, 712-719, 2z4l:B, 712-719, 2z4n:B, 712-719, 3bbx:B, 712-719, 3cc2:0, 1165-1172, 3cc4:0, 1165-1172, 3cc7:0, 1165-1172, 3ccl:0, 1165-1172, 3ccm:0, 1165-1172, 3ccq:0, 1165-1172, 3ccu:0, 1165-1172, 3ccv:0, 1165-1172, 3cd6:0, 1165-1172, 3cma:0, 1165-1172, 3cme:0, 1165-1172, 3cpw:0, 1165-1172, 3df2:B, 712-719, 3df4:B, 712-719
GUAAUA
1c04:E, 42-49, 1c2w:B, 1092-1099, 1hc8:C, 42-49, 1hc8:D, 42-49, 1j5a:A, 1045-1052, 1jzx:A, 1045-1052, 1jzy:A, 1045-1052, 1jzz:A, 1045-1052, 1k01:A, 1045-1052, 1ond:0, 1037-1044, 1pnu:0, 1053-1060, 1pny:0, 1053-1060, 1qa6:C, 42-49, 1qa6:D, 42-49, 1sm1:0, 1037-1044, 1vs6:B, 1076-1083, 1vs8:B, 1076-1083, 1vsa:w, 1117-1124, 1vsp:w, 1117-1124, 1xbp:0, 1037-1044, 1y39:C, 42-49, 1y39:D, 42-49, 1y69:0, 1037-1044, 2aw4:B, 1076-1083, 2awb:B, 1076-1083, 2d3o:0, 1037-1044, 2gya:0, 1019-1026, 2gyc:0, 1019-1026, 2hgu:A, 1116-1123, 2i2t:B, 1076-1083, 2i2v:B, 1076-1083, 2j28:B, 1076-1083, 2o43:A, 1037-1044, 2ogo:0, 1036-1043, 2qam:B, 1076-1083, 2qao:B, 1076-1083, 2qba:B, 1076-1083, 2qbc:B, 1076-1083, 2qbe:B, 1076-1083, 2qbg:B, 1076-1083, 2qbi:B, 1076-1083, 2qbk:B, 1076-1083, 2qov:B, 1076-1083, 2qox:B, 1076-1083, 2qoz:B, 1076-1083, 2qp1:B, 1076-1083, 2z4l:B, 1076-1083, 2z4n:B, 1076-1083, 2zjp:X, 1015-1022, 2zjq:X, 1015-1022, 2zjr:X, 1012-1019, 3bbo:A, 1065-1072, 3bbx:B, 1154-1161, 3cf5:X, 1015-1022, 3d5b:A, 1112-1119, 3d5d:A, 1112-1119, 3deg:G, 50-57, 3df2:B, 1076-1083, 3df4:B, 1076-1083
GUAAUG
3d2g:B, 54-61
GUACAA
1ffk:0, 1837-1844, 1jj2:0, 1887-1894, 1k73:A, 1887-1894, 1k8a:A, 1887-1894, 1k9m:A, 1887-1894, 1kc8:A, 1887-1894, 1kd1:A, 1887-1894, 1kqs:0, 1887-1894, 1m1k:A, 1887-1894, 1m90:A, 1887-1894, 1n8r:A, 1887-1894, 1nji:A, 1887-1894, 1q7y:A, 1887-1894, 1q81:A, 1887-1894, 1q82:A, 1887-1894, 1q86:A, 1887-1894, 1qvf:0, 1887-1894, 1qvg:0, 1887-1894, 1s1i:3, 1995-2002, 1s72:0, 1887-1894, 1vq4:0, 1887-1894, 1vq5:0, 1887-1894, 1vq6:0, 1887-1894, 1vq7:0, 1887-1894, 1vq8:0, 1887-1894, 1vq9:0, 1887-1894, 1vqk:0, 1887-1894, 1vql:0, 1887-1894, 1vqm:0, 1887-1894, 1vqn:0, 1887-1894, 1vqo:0, 1887-1894, 1vqp:0, 1887-1894, 1w2b:0, 1887-1894, 1yhq:0, 1887-1894, 1yi2:0, 1887-1894, 1yij:0, 1887-1894, 1yit:0, 1887-1894, 1yj9:0, 1887-1894, 1yjn:0, 1887-1894, 1yjw:0, 1887-1894, 2otj:0, 1887-1894, 2otl:0, 1887-1894, 2qa4:0, 1892-1899, 2qex:0, 1887-1894, 3cc2:0, 1887-1894, 3cc4:0, 1887-1894, 3cc7:0, 1887-1894, 3cce:0, 1887-1894, 3ccj:0, 1887-1894, 3ccl:0, 1887-1894, 3ccm:0, 1887-1894, 3ccq:0, 1887-1894, 3ccs:0, 1887-1894, 3ccu:0, 1887-1894, 3ccv:0, 1887-1894, 3cd6:0, 1887-1894, 3cma:0, 1887-1894, 3cme:0, 1887-1894, 3cpw:0, 1887-1894
GUGAAA
1fka:A, 661-668, 2hgr:A, 669-676, 3bbo:A, 693-700
GUGACA
1j5a:A, 680-687, 1jzx:A, 680-687, 1jzy:A, 680-687, 1jzz:A, 680-687, 1k01:A, 680-687, 1njm:0, 675-682, 1njn:0, 675-682, 1njo:0, 675-682, 1njp:0, 675-682, 1sm1:0, 675-682, 1vor:B, 675-682, 1vou:B, 675-682, 1vow:B, 675-682, 1voy:B, 675-682, 1vp0:B, 675-682, 1xbp:0, 675-682, 1y69:0, 675-682
GUGAGA
1vsa:w, 738-745, 1vsp:w, 738-745, 1yl3:A, 737-744, 2b66:A, 737-744, 2b9n:A, 737-744, 2b9p:A, 737-744, 2hgj:A, 737-744, 2hgq:A, 737-744, 2hgu:A, 737-744, 2j01:A, 721-728, 2j03:A, 721-728, 2jl6:A, 748-755, 2jl8:A, 748-755, 2v47:A, 721-728, 2v49:A, 721-728, 3d5b:A, 733-740, 3d5d:A, 733-740
GUGGCG
1e8o:E, 12-19, 1ry1:E, 11-18
UCAAUG
1njm:0, 1580-1587, 1njn:0, 1580-1587, 1njo:0, 1580-1587, 1njp:0, 1580-1587, 1pnu:0, 1596-1603, 1pny:0, 1596-1603, 1sm1:0, 1580-1587, 1vor:B, 1596-1603, 1vou:B, 1596-1603, 1vow:B, 1596-1603, 1voy:B, 1596-1603, 1vp0:B, 1596-1603, 1xbp:0, 1580-1587, 1z58:2, 1571-1578, 2ogn:0, 1580-1587
UCAAUU
1hs8:A, 3-10
UGAAAA
1vor:B, 571-578, 1vou:B, 571-578, 1vow:B, 571-578, 1voy:B, 571-578, 1vp0:B, 571-578, 1xbp:0, 571-578
UGAAAG
2hhh:A, 985-992
UGACAC
1njm:0, 2247-2254, 1njn:0, 2247-2254, 1njo:0, 2247-2254, 1njp:0, 2247-2254, 1p9x:0, 2222-2229, 1pnu:0, 2291-2298, 1pny:0, 2291-2298, 1sm1:0, 2247-2254, 1xbp:0, 2247-2254, 1y69:0, 2247-2254, 2aar:0, 2247-2254, 2d3o:0, 2268-2275, 2o43:A, 2247-2254, 2o45:A, 2235-2242, 2ogm:0, 2247-2254, 2ogn:0, 2247-2254, 2ogo:0, 2246-2253, 2zjp:X, 2158-2165, 2zjq:X, 2158-2165, 2zjr:X, 2155-2162, 3cf5:X, 2158-2165, 3dll:X, 2158-2165
UGACGG
2vhm:B, 2302-2309, 2vhn:B, 2302-2309
UGAGAG
2vhp:A, 291-298
UGAGAU
2a64:A, 69-76
UGAUAG
1f85:A, 4-11
UGCAAG
1nwx:0, 1789-1796, 1nwy:0, 1789-1796, 1ond:0, 1788-1795, 1sm1:0, 1789-1796, 1vsp:w, 1872-1879, 1z58:2, 1780-1787, 2aar:0, 1789-1796, 2d3o:0, 1789-1796, 2ogo:0, 1788-1795
UGGAAA
1j5a:A, 278-285, 1jzx:A, 278-285, 1jzy:A, 278-285, 1jzz:A, 278-285, 1k01:A, 278-285, 1njm:0, 276-283, 1njn:0, 276-283, 1njo:0, 276-283, 1njp:0, 276-283, 1nkw:0, 276-283, 1nwx:0, 276-283, 1nwy:0, 276-283, 1ond:0, 276-283, 1p9x:0, 276-283, 1pnu:0, 276-283, 1pny:0, 276-283, 1sm1:0, 276-283, 1vs6:B, 305-312, 1vs8:B, 305-312, 1xbp:0, 276-283, 1y69:0, 276-283, 2aar:0, 276-283, 2aw4:B, 305-312, 2awb:B, 305-312, 2d3o:0, 276-283, 2gya:0, 256-263, 2gyc:0, 256-263, 2i2t:B, 305-312, 2i2v:B, 305-312, 2j28:B, 305-312, 2o44:A, 276-283, 2o45:A, 276-283, 2ogm:0, 276-283, 2ogn:0, 276-283, 2qam:B, 305-312, 2qao:B, 305-312, 2qba:B, 305-312, 2qbc:B, 305-312, 2qbe:B, 305-312, 2qbg:B, 305-312, 2qbi:B, 305-312, 2qbk:B, 305-312, 2qov:B, 305-312, 2qox:B, 305-312, 2qoz:B, 305-312, 2qp1:B, 305-312, 2vhm:B, 305-312, 2z4l:B, 305-312, 2z4n:B, 305-312, 2zjp:X, 266-273, 2zjq:X, 266-273, 2zjr:X, 266-273, 3bbx:B, 305-312, 3cf5:X, 266-273, 3df2:B, 305-312, 3df4:B, 305-312, 3dll:X, 266-273
UGGAAC
1ffk:0, 303-310, 1jj2:0, 304-311, 1k73:A, 304-311, 1k8a:A, 304-311, 1k9m:A, 304-311, 1kc8:A, 304-311, 1kd1:A, 304-311, 1kqs:0, 304-311, 1m1k:A, 304-311, 1m90:A, 304-311, 1n8r:A, 304-311, 1nji:A, 304-311, 1q7y:A, 304-311, 1q81:A, 304-311, 1q82:A, 304-311, 1q86:A, 304-311, 1qvf:0, 304-311, 1qvg:0, 304-311, 1s1i:3, 303-310, 1s72:0, 304-311, 1vq4:0, 304-311, 1vq5:0, 304-311, 1vq6:0, 304-311, 1vq7:0, 304-311, 1vq8:0, 304-311, 1vq9:0, 304-311, 1vqk:0, 304-311, 1vql:0, 304-311, 1vqm:0, 304-311, 1vqn:0, 304-311, 1vqo:0, 304-311, 1vqp:0, 304-311, 1w2b:0, 304-311, 2otj:0, 304-311, 2otl:0, 304-311, 2qa4:0, 304-311, 2qex:0, 304-311, 3cpw:0, 304-311
UGGAAU
1yhq:0, 304-311, 1yi2:0, 304-311, 1yij:0, 304-311, 1yit:0, 304-311, 1yj9:0, 304-311, 1yjn:0, 304-311, 1yjw:0, 304-311, 3cc2:0, 304-311, 3cc4:0, 304-311, 3cc7:0, 304-311, 3cce:0, 304-311, 3ccj:0, 304-311, 3ccl:0, 304-311, 3ccm:0, 304-311, 3ccq:0, 304-311, 3ccr:0, 304-311, 3ccs:0, 304-311, 3ccu:0, 304-311, 3ccv:0, 304-311, 3cd6:0, 304-311, 3cma:0, 304-311, 3cme:0, 304-311
UGGGAA
1vsa:w, 330-337, 2j01:A, 318-325, 2j03:A, 318-325, 2jl6:A, 318-325, 2jl8:A, 318-325
UGUGAG
2vhm:B, 1205-1212, 2vhn:B, 1205-1212
UUAAAU
1hs4:A, 3-10
UUAACU
1hs1:A, 3-10
UUAAGU
1hnw:A, 1067-1074, 1hnx:A, 1067-1074, 1hnz:A, 1067-1074, 1hr0:A, 1067-1074, 1hs2:A, 3-10, 1i95:A, 1070-1077, 1ibk:A, 1067-1074, 1ibl:A, 1067-1074, 1ibm:A, 1067-1074, 1j5e:A, 1067-1074, 1n32:A, 1067-1074, 1n33:A, 1067-1074, 1n34:A, 1067-1074, 1pns:A, 1083-1090, 1pnx:A, 1083-1090, 1s1h:A, 1068-1075, 1voq:A, 1083-1090, 1vos:A, 1083-1090, 1vov:A, 1083-1090, 1vox:A, 1083-1090, 1voz:A, 1083-1090, 1vs5:A, 1085-1092, 1xmo:A, 1062-1069, 1xmq:A, 1062-1069, 1xnq:A, 1062-1069, 1xnr:A, 1062-1069, 2avy:A, 1085-1092, 2b64:A, 1067-1074, 2b9m:A, 1067-1074, 2b9o:A, 1067-1074, 2e5l:A, 1068-1075, 2gy9:A, 1049-1056, 2j00:A, 1067-1074, 2j02:A, 1067-1074, 2jl5:A, 1067-1074, 2jl7:A, 1067-1074, 2qal:A, 1085-1092, 2qan:A, 1085-1092, 2qow:A, 1085-1092, 2qoy:A, 1085-1092, 2qp0:A, 1085-1092, 2uu9:A, 1067-1074, 2uua:A, 1067-1074, 2uub:A, 1067-1074, 2uuc:A, 1067-1074, 2uxb:A, 1067-1074, 2uxc:A, 1067-1074, 2uxd:A, 1046-1053, 2v46:A, 1067-1074, 2v48:A, 1067-1074, 2vho:A, 1085-1092, 2vqe:A, 1067-1074, 2vqf:A, 1067-1074, 2z4k:A, 1085-1092, 2z4m:A, 1085-1092, 3d5a:A, 1067-1074, 3d5c:A, 1067-1074, 3df1:A, 1085-1092, 3df3:A, 1085-1092
UUAAUU
1hs3:A, 3-10
UUGGGU
1fqz:A, 11-18
UUUAGA
1nbs:A, 33-40