Please cite:
Schudoma et al.,
Nucl. Acids Res. 38: 970-980.
DOI 10.1093/nar/gkp1010.
(2-1)-Internal loop cluster 118 (cutoff=2.5 Å)
Cluster size 635 structure(s)
Representative structure 1kd1:A (&rarr PDB)
Downloads Representative structure (PDB) (MC-Annotate)
Member list
Consensus sequence NN-N
Cluster members
AA-A
1lng:B, 15-36, 1lng:B, 9-43, 2v3c:N, 13-34, 2v3c:N, 7-41
AA-U
2vho:A, 652-746
AC-A
3bbn:A, 598-694
AC-C
1ffk:0, 1382-1405, 1ffk:0, 1389-1397, 1jj2:0, 1429-1452, 1jj2:0, 1436-1444, 1k73:A, 1429-1452, 1k73:A, 1436-1444, 1k8a:A, 1429-1452, 1k8a:A, 1436-1444, 1k9m:A, 1429-1452, 1k9m:A, 1436-1444, 1kc8:A, 1429-1452, 1kc8:A, 1436-1444, 1kd1:A, 1429-1452, 1kd1:A, 1436-1444, 1kqs:0, 1429-1452, 1kqs:0, 1436-1444, 1m1k:A, 1429-1452, 1m1k:A, 1436-1444, 1m90:A, 1429-1452, 1m90:A, 1436-1444, 1n8r:A, 1429-1452, 1n8r:A, 1436-1444, 1nji:A, 1429-1452, 1nji:A, 1436-1444, 1q7y:A, 1429-1452, 1q7y:A, 1436-1444, 1q81:A, 1429-1452, 1q81:A, 1436-1444, 1q82:A, 1429-1452, 1q82:A, 1436-1444, 1q86:A, 1429-1452, 1q86:A, 1436-1444, 1qvf:0, 1429-1452, 1qvf:0, 1436-1444, 1qvg:0, 1429-1452, 1qvg:0, 1436-1444, 1s1i:3, 1540-1563, 1s1i:3, 1547-1555, 1s72:0, 1429-1452, 1s72:0, 1436-1444, 1vq4:0, 1429-1452, 1vq4:0, 1436-1444, 1vq5:0, 1429-1452, 1vq5:0, 1436-1444, 1vq6:0, 1429-1452, 1vq6:0, 1436-1444, 1vq7:0, 1429-1452, 1vq7:0, 1436-1444, 1vq8:0, 1429-1452, 1vq8:0, 1436-1444, 1vq9:0, 1429-1452, 1vq9:0, 1436-1444, 1vqk:0, 1429-1452, 1vqk:0, 1436-1444, 1vql:0, 1429-1452, 1vql:0, 1436-1444, 1vqm:0, 1429-1452, 1vqm:0, 1436-1444, 1vqn:0, 1429-1452, 1vqn:0, 1436-1444, 1vqo:0, 1429-1452, 1vqo:0, 1436-1444, 1vqp:0, 1429-1452, 1vqp:0, 1436-1444, 1w2b:0, 1429-1452, 1w2b:0, 1436-1444, 1yhq:0, 1429-1452, 1yhq:0, 1436-1444, 1yi2:0, 1429-1452, 1yi2:0, 1436-1444, 1yij:0, 1429-1452, 1yij:0, 1436-1444, 1yit:0, 1429-1452, 1yit:0, 1436-1444, 1yj9:0, 1429-1452, 1yj9:0, 1436-1444, 1yjn:0, 1429-1452, 1yjn:0, 1436-1444, 1yjw:0, 1429-1452, 1yjw:0, 1436-1444, 2j37:Z, 127-150, 2j37:Z, 134-142, 2otj:0, 1429-1452, 2otj:0, 1436-1444, 2otl:0, 1429-1452, 2otl:0, 1436-1444, 2qa4:0, 1434-1457, 2qa4:0, 1441-1449, 2qex:0, 1429-1452, 2qex:0, 1436-1444, 3cc2:0, 1429-1452, 3cc2:0, 1436-1444, 3cc4:0, 1429-1452, 3cc4:0, 1436-1444, 3cc7:0, 1429-1452, 3cc7:0, 1436-1444, 3cce:0, 1429-1452, 3cce:0, 1436-1444, 3ccj:0, 1429-1452, 3ccj:0, 1436-1444, 3ccl:0, 1429-1452, 3ccl:0, 1436-1444, 3ccm:0, 1429-1452, 3ccm:0, 1436-1444, 3ccq:0, 1429-1452, 3ccq:0, 1436-1444, 3ccr:0, 1429-1452, 3ccr:0, 1436-1444, 3ccs:0, 1429-1452, 3ccs:0, 1436-1444, 3ccu:0, 1429-1452, 3ccu:0, 1436-1444, 3ccv:0, 1429-1452, 3ccv:0, 1436-1444, 3cd6:0, 1429-1452, 3cd6:0, 1436-1444, 3cma:0, 1429-1452, 3cma:0, 1436-1444, 3cme:0, 1429-1452, 3cme:0, 1436-1444, 3cpw:0, 1429-1452, 3cpw:0, 1436-1444
AC-G
2v46:A, 919-1212, 2v48:A, 919-1212
AG-A
1xjr:A, 14-37, 1xjr:A, 18-32
AG-G
1j2b:C, 24-49, 1j2b:C, 28-44
AG-U
1i97:A, 1406-1452
AU-C
1lc6:A, 1-24, 1lc6:A, 7-17, 1nz1:A, 1-24, 1nz1:A, 7-17, 1sy4:A, 1-24, 1sy4:A, 7-17, 1syz:A, 1-24, 1syz:A, 7-17, 1xhp:A, 11-21, 1xhp:A, 6-27
AU-G
1njm:0, 1689-1905, 1njm:0, 1696-1897, 1njn:0, 1689-1905, 1njn:0, 1696-1897, 1njo:0, 1689-1905, 1njo:0, 1696-1897, 1njp:0, 1689-1905, 1njp:0, 1696-1897, 1nkw:0, 1689-1905, 1nkw:0, 1696-1897, 1nwx:0, 1689-1905, 1nwx:0, 1696-1897, 1nwy:0, 1689-1905, 1nwy:0, 1696-1897, 1ond:0, 1688-1904, 1ond:0, 1695-1896, 1p9x:0, 1664-1880, 1p9x:0, 1671-1872, 1pnu:0, 1705-1930, 1pnu:0, 1712-1922, 1pny:0, 1705-1930, 1pny:0, 1712-1922, 1sm1:0, 1689-1905, 1sm1:0, 1696-1897, 1xbp:0, 1689-1905, 1xbp:0, 1696-1897, 2aht:A, 1-27, 2aht:A, 8-19, 2gya:0, 1662-1871, 2gya:0, 1669-1863, 2o45:A, 1686-1902, 2o45:A, 1693-1894, 2ogo:0, 1688-1904, 2ogo:0, 1695-1896
CA-A
1ffk:0, 2666-2718, 1ffk:0, 2670-2713, 1jj2:0, 2717-2769, 1jj2:0, 2721-2764, 1k73:A, 2717-2769, 1k73:A, 2721-2764, 1k8a:A, 2717-2769, 1k8a:A, 2721-2764, 1k9m:A, 2717-2769, 1k9m:A, 2721-2764, 1kc8:A, 2717-2769, 1kc8:A, 2721-2764, 1kd1:A, 2717-2769, 1kd1:A, 2721-2764, 1kqs:0, 2717-2769, 1kqs:0, 2721-2764, 1m1k:A, 2717-2769, 1m1k:A, 2721-2764, 1m90:A, 2717-2769, 1m90:A, 2721-2764, 1n8r:A, 2717-2769, 1n8r:A, 2721-2764, 1nji:A, 2717-2769, 1nji:A, 2721-2764, 1nkw:9, 15-67, 1nwx:9, 15-67, 1nwy:9, 15-67, 1pnu:9, 15-67, 1pny:9, 15-67, 1q7y:A, 2717-2769, 1q7y:A, 2721-2764, 1q81:A, 2717-2769, 1q81:A, 2721-2764, 1q82:A, 2717-2769, 1q82:A, 2721-2764, 1q86:A, 2717-2769, 1q86:A, 2721-2764, 1qvf:0, 2717-2769, 1qvf:0, 2721-2764, 1qvg:0, 2717-2769, 1qvg:0, 2721-2764, 1s1i:3, 3033-3085, 1s1i:3, 3037-3080, 1s72:0, 2717-2769, 1s72:0, 2721-2764, 1sm1:9, 15-67, 1vor:A, 15-67, 1vou:A, 15-67, 1vow:A, 15-67, 1voy:A, 15-67, 1vp0:A, 15-67, 1vq4:0, 2717-2769, 1vq4:0, 2721-2764, 1vq5:0, 2717-2769, 1vq5:0, 2721-2764, 1vq6:0, 2717-2769, 1vq6:0, 2721-2764, 1vq7:0, 2717-2769, 1vq7:0, 2721-2764, 1vq8:0, 2717-2769, 1vq8:0, 2721-2764, 1vq9:0, 2717-2769, 1vq9:0, 2721-2764, 1vqk:0, 2717-2769, 1vqk:0, 2721-2764, 1vql:0, 2717-2769, 1vql:0, 2721-2764, 1vqm:0, 2717-2769, 1vqm:0, 2721-2764, 1vqn:0, 2717-2769, 1vqn:0, 2721-2764, 1vqo:0, 2717-2769, 1vqo:0, 2721-2764, 1vqp:0, 2717-2769, 1vqp:0, 2721-2764, 1w2b:0, 2717-2769, 1w2b:0, 2721-2764, 1xbp:9, 15-67, 1y69:9, 15-67, 1yhq:0, 2717-2769, 1yhq:0, 2721-2764, 1yi2:0, 2717-2769, 1yi2:0, 2721-2764, 1yij:0, 2717-2769, 1yij:0, 2721-2764, 1yit:0, 2717-2769, 1yit:0, 2721-2764, 1yj9:0, 2717-2769, 1yj9:0, 2721-2764, 1yjn:0, 2717-2769, 1yjn:0, 2721-2764, 1yjw:0, 2717-2769, 1yjw:0, 2721-2764, 2go5:9, 29-81, 2go5:9, 33-76, 2otj:0, 2717-2769, 2otj:0, 2721-2764, 2otl:0, 2717-2769, 2otl:0, 2721-2764, 2qa4:0, 2722-2774, 2qa4:0, 2726-2769, 2qex:0, 2717-2769, 2qex:0, 2721-2764, 2zjp:Z, 17-69, 2zjq:Y, 17-69, 2zjr:Y, 17-69, 3cc2:0, 2717-2769, 3cc2:0, 2721-2764, 3cc4:0, 2717-2769, 3cc4:0, 2721-2764, 3cc7:0, 2717-2769, 3cc7:0, 2721-2764, 3cce:0, 2717-2769, 3cce:0, 2721-2764, 3ccj:0, 2717-2769, 3ccj:0, 2721-2764, 3ccl:0, 2717-2769, 3ccl:0, 2721-2764, 3ccm:0, 2717-2769, 3ccm:0, 2721-2764, 3ccq:0, 2717-2769, 3ccq:0, 2721-2764, 3ccr:0, 2718-2768, 3ccr:0, 2721-2764, 3ccs:0, 2717-2769, 3ccs:0, 2721-2764, 3ccu:0, 2717-2769, 3ccu:0, 2721-2764, 3ccv:0, 2717-2769, 3ccv:0, 2721-2764, 3cd6:0, 2717-2769, 3cd6:0, 2721-2764, 3cf5:Z, 17-69, 3cma:0, 2717-2769, 3cma:0, 2721-2764, 3cme:0, 2717-2769, 3cme:0, 2721-2764, 3cpw:0, 2717-2769, 3cpw:0, 2721-2764, 3dll:Z, 17-69
CA-G
1nwx:0, 2480-2498, 1nwx:0, 2485-2492, 1nwy:0, 2480-2498, 1nwy:0, 2485-2492, 3bbn:A, 62-82, 3bbn:A, 65-78
CC-G
1i97:A, 637-733, 1n36:A, 634-730, 2f4v:A, 634-730, 2j00:A, 634-730, 2j02:A, 634-730, 2v46:A, 634-730, 2v48:A, 634-730
CU-G
3bbo:B, 15-67, 3bbo:B, 18-63
GA-G
1j5a:A, 2735-2774, 1jzx:A, 2735-2774, 1jzy:A, 2735-2774, 1jzz:A, 2735-2774, 1k01:A, 2735-2774, 1njm:0, 2727-2766, 1njn:0, 2727-2766, 1njo:0, 2727-2766, 1njp:0, 2727-2766, 1nkw:0, 2727-2766, 1nwx:0, 2727-2766, 1nwy:0, 2727-2766, 1ond:0, 2726-2765, 1p9x:0, 2702-2741, 1pnu:0, 2771-2810, 1pny:0, 2771-2810, 1sm1:0, 2727-2766, 1vs5:A, 62-99, 1vs5:A, 65-95, 1vs7:A, 62-99, 1vs7:A, 65-95, 1vsa:w, 2827-2866, 1vsp:w, 2827-2866, 1xbp:0, 2727-2766, 1xbp:0, 2733-2759, 1y69:0, 2727-2766, 1yl3:A, 2813-2852, 2aar:0, 2727-2766, 2avy:A, 62-99, 2avy:A, 65-95, 2aw7:A, 62-99, 2aw7:A, 65-95, 2d3o:0, 2748-2787, 2hgj:A, 2827-2866, 2hgq:A, 2827-2866, 2hgu:A, 2827-2866, 2i2p:A, 62-99, 2i2p:A, 65-95, 2i2u:A, 62-99, 2i2u:A, 65-95, 2j01:A, 2715-2754, 2j03:A, 2715-2754, 2jl6:A, 2794-2833, 2jl8:A, 2794-2833, 2o43:A, 2727-2766, 2o45:A, 2712-2751, 2ogm:0, 2727-2766, 2ogn:0, 2727-2766, 2ogo:0, 2726-2765, 2qal:A, 62-99, 2qal:A, 65-95, 2qan:A, 62-99, 2qan:A, 65-95, 2qb9:A, 62-99, 2qb9:A, 65-95, 2qbb:A, 62-99, 2qbb:A, 65-95, 2qbd:A, 62-99, 2qbd:A, 65-95, 2qbf:A, 62-99, 2qbf:A, 65-95, 2qbh:A, 62-99, 2qbh:A, 65-95, 2qbj:A, 62-99, 2qbj:A, 65-95, 2qou:A, 62-99, 2qou:A, 65-95, 2qow:A, 62-99, 2qow:A, 65-95, 2qoy:A, 62-99, 2qoy:A, 65-95, 2qp0:A, 62-99, 2qp0:A, 65-95, 2v47:A, 2711-2748, 2v49:A, 2711-2748, 2z4k:A, 62-99, 2z4k:A, 65-95, 2z4m:A, 62-99, 2z4m:A, 65-95, 2zjp:X, 2638-2677, 2zjq:X, 2638-2677, 2zjr:X, 2635-2674, 3cf5:X, 2638-2677, 3d5b:A, 2822-2861, 3d5d:A, 2822-2861, 3df1:A, 62-99, 3df1:A, 65-95, 3df3:A, 62-99, 3df3:A, 65-95, 3dll:X, 2638-2677
GC-G
1p9x:0, 2699-2745, 1z58:2, 2700-2746, 2o44:A, 2724-2770
GG-A
1ffk:0, 2030-2091, 1ffk:0, 2036-2084, 1ffz:A, 56-117, 1ffz:A, 62-110, 1fg0:A, 56-117, 1fg0:A, 62-110, 1jj2:0, 2080-2141, 1jj2:0, 2086-2134, 1k73:A, 2080-2141, 1k73:A, 2086-2134, 1k8a:A, 2080-2141, 1k8a:A, 2086-2134, 1k9m:A, 2080-2141, 1k9m:A, 2086-2134, 1kc8:A, 2080-2141, 1kc8:A, 2086-2134, 1kd1:A, 2080-2141, 1kd1:A, 2086-2134, 1kqs:0, 2080-2141, 1kqs:0, 2086-2134, 1m1k:A, 2080-2141, 1m1k:A, 2086-2134, 1m90:A, 2080-2141, 1m90:A, 2086-2134, 1n8r:A, 2080-2141, 1n8r:A, 2086-2134, 1nji:A, 2080-2141, 1nji:A, 2086-2134, 1q7y:A, 2080-2141, 1q7y:A, 2086-2134, 1q81:A, 2080-2141, 1q81:A, 2086-2134, 1q82:A, 2080-2141, 1q82:A, 2086-2134, 1q86:A, 2080-2141, 1q86:A, 2086-2134, 1qvf:0, 2080-2141, 1qvf:0, 2086-2134, 1qvg:0, 2080-2141, 1qvg:0, 2086-2134, 1s1i:3, 2266-2441, 1s1i:3, 2272-2434, 1s72:0, 2080-2141, 1s72:0, 2086-2134, 1sm1:0, 1994-2135, 1vq4:0, 2080-2141, 1vq5:0, 2080-2141, 1vq6:0, 2080-2141, 1vq6:0, 2086-2134, 1vq7:0, 2080-2141, 1vq8:0, 2080-2141, 1vq8:0, 2086-2134, 1vq9:0, 2080-2141, 1vq9:0, 2086-2134, 1vqk:0, 2080-2141, 1vqk:0, 2086-2134, 1vql:0, 2080-2141, 1vql:0, 2086-2134, 1vqm:0, 2080-2141, 1vqm:0, 2086-2134, 1vqn:0, 2080-2141, 1vqn:0, 2086-2134, 1vqo:0, 2080-2141, 1vqo:0, 2086-2134, 1vqp:0, 2080-2141, 1vqp:0, 2086-2134, 1vs6:B, 2061-2190, 1vs8:B, 2061-2190, 1vsa:w, 2077-2233, 1vsp:w, 2077-2233, 1w2b:0, 2080-2141, 1w2b:0, 2086-2134, 1y69:0, 1997-2132, 1yhq:0, 2080-2141, 1yhq:0, 2086-2134, 1yi2:0, 2080-2141, 1yi2:0, 2086-2134, 1yij:0, 2080-2141, 1yij:0, 2086-2134, 1yit:0, 2080-2141, 1yit:0, 2086-2134, 1yj9:0, 2080-2141, 1yj9:0, 2086-2134, 1yjn:0, 2080-2141, 1yjn:0, 2086-2134, 1yjw:0, 2080-2141, 1yjw:0, 2086-2134, 1yl3:A, 2080-2216, 1z58:2, 1986-2113, 2aw4:B, 2061-2190, 2awb:B, 2061-2190, 2b66:A, 2077-2161, 2b66:A, 2083-2154, 2b9n:A, 2077-2161, 2b9n:A, 2083-2154, 2b9p:A, 2077-2161, 2b9p:A, 2083-2154, 2gya:0, 1960-2114, 2hgu:A, 2077-2233, 2i2t:B, 2061-2190, 2i2v:B, 2061-2190, 2j01:A, 1994-2121, 2j03:A, 1994-2121, 2j28:B, 2061-2190, 2jl6:A, 2073-2200, 2jl6:A, 297-370, 2jl8:A, 2073-2200, 2jl8:A, 297-370, 2o44:A, 1994-2135, 2ogo:0, 1993-2134, 2otj:0, 2080-2141, 2otj:0, 2086-2134, 2otl:0, 2080-2141, 2otl:0, 2086-2134, 2qa4:0, 2085-2146, 2qa4:0, 2091-2139, 2qam:B, 2061-2190, 2qao:B, 2061-2190, 2qba:B, 2061-2190, 2qbc:B, 2061-2190, 2qbe:B, 2061-2190, 2qbg:B, 2061-2190, 2qbi:B, 2061-2190, 2qbk:B, 2061-2190, 2qex:0, 2080-2141, 2qex:0, 2086-2134, 2qov:B, 2061-2190, 2qox:B, 2061-2190, 2qoz:B, 2061-2190, 2qp1:B, 2061-2190, 2v47:A, 1994-2116, 2v47:A, 300-367, 2v49:A, 1994-2116, 2v49:A, 300-367, 2vhm:B, 2064-2187, 2vhn:B, 2064-2187, 2z4l:B, 2061-2190, 2z4n:B, 2061-2190, 2zjp:X, 1955-2046, 2zjq:X, 1955-2046, 2zjr:X, 1952-2043, 3bbx:B, 2163-2464, 3cc2:0, 2080-2141, 3cc2:0, 2086-2134, 3cc4:0, 2080-2141, 3cc4:0, 2086-2134, 3cc7:0, 2080-2141, 3cc7:0, 2086-2134, 3cce:0, 2080-2141, 3cce:0, 2086-2134, 3ccj:0, 2080-2141, 3ccj:0, 2086-2134, 3ccl:0, 2080-2141, 3ccl:0, 2086-2134, 3ccm:0, 2080-2141, 3ccm:0, 2086-2134, 3ccq:0, 2080-2141, 3ccr:0, 2080-2141, 3ccr:0, 2086-2134, 3ccs:0, 2080-2141, 3ccu:0, 2080-2141, 3ccu:0, 2086-2134, 3ccv:0, 2080-2141, 3ccv:0, 2086-2134, 3cd6:0, 2080-2141, 3cd6:0, 2086-2134, 3cma:0, 2080-2141, 3cma:0, 2086-2134, 3cme:0, 2080-2141, 3cme:0, 2086-2134, 3cpw:0, 2080-2141, 3cpw:0, 2086-2134, 3d5b:A, 2072-2228, 3d5b:A, 304-377, 3d5d:A, 2072-2228, 3d5d:A, 304-377, 3df2:B, 2061-2190, 3df4:B, 2061-2190
GU-A
1ylg:A, 1-31, 1ylg:A, 8-23, 1ync:A, 1-31, 1ync:A, 8-23, 1yne:A, 1-31, 1yne:A, 8-23, 1yng:A, 2-30, 1yng:A, 8-23
UA-A
1esy:A, 1-19, 1esy:A, 6-13, 1f6u:B, 1-19, 1f6u:B, 6-13
UA-G
2gya:0, 2675-2719, 2gyc:0, 2675-2719, 2jl6:A, 281-385
UC-G
2v47:A, 2707-2753, 2v49:A, 2707-2753
UU-A
1m82:A, 1-25, 1m82:A, 8-17
UU-G
2hgj:A, 2445-2486, 2hgq:A, 2445-2486, 2hgu:A, 2445-2486
UU-U
1x8w:A, 217-237, 1x8w:A, 220-233, 1x8w:B, 219-239, 1x8w:B, 222-235, 1x8w:C, 217-237, 1x8w:C, 220-233, 1x8w:D, 217-237, 1x8w:D, 220-233