Please cite:
Schudoma et al.,
Nucl. Acids Res. 38: 970-980.
DOI 10.1093/nar/gkp1010.
(2-1)-Internal loop cluster 1043 (cutoff=2.5 Å)
Cluster size 388 structure(s)
Representative structure 3bo4:B (&rarr PDB)
Downloads Representative structure (PDB) (MC-Annotate)
Member list
Consensus sequence NN-N
Cluster members
AA-A
1vs5:A, 1438-1456, 1vs5:A, 1444-1451, 1vs7:A, 1438-1456, 1vs7:A, 1444-1451, 2avy:A, 1438-1456, 2avy:A, 1444-1451, 2aw7:A, 1438-1456, 2aw7:A, 1444-1451, 2i2p:A, 1438-1456, 2i2p:A, 1444-1451, 2i2u:A, 1438-1456, 2i2u:A, 1444-1451, 2qal:A, 1438-1456, 2qal:A, 1444-1451, 2qan:A, 1438-1456, 2qan:A, 1444-1451, 2qb9:A, 1438-1456, 2qb9:A, 1444-1451, 2qbb:A, 1438-1456, 2qbb:A, 1444-1451, 2qbd:A, 1438-1456, 2qbd:A, 1444-1451, 2qbf:A, 1438-1456, 2qbf:A, 1444-1451, 2qbh:A, 1438-1456, 2qbh:A, 1444-1451, 2qbj:A, 1438-1456, 2qbj:A, 1444-1451, 2qou:A, 1438-1456, 2qou:A, 1444-1451, 2qow:A, 1438-1456, 2qow:A, 1444-1451, 2qoy:A, 1438-1456, 2qoy:A, 1444-1451, 2qp0:A, 1438-1456, 2qp0:A, 1444-1451, 2z4k:A, 1438-1456, 2z4k:A, 1444-1451, 2z4m:A, 1438-1456, 2z4m:A, 1444-1451, 3bbn:A, 1386-1404, 3bbn:A, 1392-1399, 3df1:A, 1438-1456, 3df1:A, 1444-1451, 3df3:A, 1438-1456, 3df3:A, 1444-1451
AA-G
1vs5:A, 118-235, 1vs7:A, 118-235, 2avy:A, 118-235, 2aw7:A, 118-235, 2gy9:A, 115-213, 2gyb:A, 115-213, 2i2p:A, 118-235, 2i2u:A, 118-235, 2qal:A, 118-235, 2qan:A, 118-235, 2qb9:A, 118-235, 2qbb:A, 118-235, 2qbd:A, 118-235, 2qbf:A, 118-235, 2qbh:A, 118-235, 2qbj:A, 118-235, 2qou:A, 118-235, 2qow:A, 118-235, 2qoy:A, 118-235, 2qp0:A, 118-235, 2vho:A, 121-232, 2vhp:A, 121-232, 2z4k:A, 118-235, 2z4m:A, 118-235, 3bbn:A, 106-200, 3df1:A, 118-235, 3df3:A, 118-235
AA-U
17ra:A, 1-21, 17ra:A, 8-15, 1vor:B, 1411-1430, 1vor:B, 1415-1427, 1vou:B, 1411-1430, 1vou:B, 1415-1427, 1vow:B, 1411-1430, 1vow:B, 1415-1427, 1voy:B, 1411-1430, 1voy:B, 1415-1427, 1vp0:B, 1411-1430, 1vp0:B, 1415-1427, 2gis:A, 42-60, 2gis:A, 47-56
AC-G
2gya:0, 673-697, 2gya:0, 678-693, 2gyc:0, 674-696, 2gyc:0, 678-693
AG-C
1nwx:0, 1960-2517, 1nwx:0, 1970-2508
AU-A
1i94:A, 51-353, 1i94:A, 56-349, 1i95:A, 51-353, 1i95:A, 56-349, 1i96:A, 51-353, 1i96:A, 56-349, 1n34:A, 48-350, 1n34:A, 53-346, 2gyb:A, 48-337, 2gyb:A, 53-333
AU-G
1j5a:A, 983-1077, 1jzx:A, 983-1077, 1jzy:A, 983-1077, 1jzz:A, 983-1077, 1k01:A, 983-1077, 1nkw:0, 975-1069, 1nwx:0, 975-1069, 1nwy:0, 975-1069, 1ond:0, 975-1069, 1p9x:0, 952-1046, 1pnu:0, 991-1085, 1pnu:0, 995-1082, 1pny:0, 991-1085, 1pny:0, 995-1082, 1sm1:0, 975-1069, 1vs6:B, 1014-1108, 1vs8:B, 1014-1108, 1vsa:w, 1055-1149, 1vsp:w, 1055-1149, 1xbp:0, 975-1069, 1yl3:A, 1054-1148, 2aar:0, 975-1069, 2aw4:B, 1014-1108, 2awb:B, 1014-1108, 2b66:A, 1054-1148, 2b9n:A, 1054-1148, 2b9p:A, 1054-1148, 2d3o:0, 975-1069, 2hgj:A, 1054-1148, 2hgq:A, 1054-1148, 2hgu:A, 1054-1148, 2i2t:B, 1014-1108, 2i2v:B, 1014-1108, 2j01:A, 1032-1074, 2j03:A, 1032-1074, 2j28:B, 1014-1108, 2jl6:A, 1059-1153, 2jl8:A, 1059-1153, 2o43:A, 975-1069, 2o45:A, 972-1066, 2ogm:0, 975-1069, 2ogn:0, 975-1069, 2ogo:0, 974-1068, 2qam:B, 1014-1108, 2qao:B, 1014-1108, 2qba:B, 1014-1108, 2qbc:B, 1014-1108, 2qbe:B, 1014-1108, 2qbg:B, 1014-1108, 2qbi:B, 1014-1108, 2qbk:B, 1014-1108, 2qov:B, 1014-1108, 2qox:B, 1014-1108, 2qoz:B, 1014-1108, 2qp1:B, 1014-1108, 2vhm:B, 1014-1108, 2z4l:B, 1014-1108, 2z4n:B, 1014-1108, 2zjq:X, 953-1047, 2zjr:X, 950-1044, 3bbx:B, 1092-1186, 3cf5:X, 953-1047, 3d5b:A, 1050-1144, 3d5d:A, 1050-1144, 3df2:B, 1014-1108, 3df4:B, 1014-1108, 3dll:X, 953-1047
CA-G
1j5a:A, 1968-2525, 1j5a:A, 1977-2517, 1jzx:A, 1968-2525, 1jzx:A, 1977-2517, 1jzy:A, 1968-2525, 1jzy:A, 1977-2517, 1jzz:A, 1968-2525, 1jzz:A, 1977-2517, 1k01:A, 1968-2525, 1k01:A, 1977-2517, 1yl4:A, 48-350, 1yl4:A, 52-347
CA-U
3d5b:A, 1011-1183, 3d5d:A, 1011-1183
CC-A
1u6b:B, 10-34, 1u6b:B, 19-26, 1zzn:B, 10-34, 1zzn:B, 19-26, 3bo2:B, 10-34, 3bo2:B, 19-26, 3bo3:B, 10-34, 3bo3:B, 19-26, 3bo4:B, 10-34, 3bo4:B, 19-26
CC-G
2vhm:B, 975-1147, 2vhn:B, 975-1147
GA-A
5msf:R, 1-17, 5msf:R, 6-13, 5msf:S, 1-15, 5msf:S, 5-12
GA-C
2o44:A, 548-631
GC-A
3bbn:A, 110-197, 3bbn:A, 115-193
GG-A
1u1y:R, 1-17, 1u1y:R, 6-13, 1u1y:S, 1-15, 1u1y:S, 5-12
GG-U
1yl4:A, 896-1371
GU-C
1xbp:0, 1981-2338, 1xbp:0, 1986-2334
GU-U
1vsa:w, 762-786, 1vsa:w, 767-782, 1vsp:w, 762-786, 1vsp:w, 767-782, 2hgj:A, 761-785, 2hgj:A, 766-781, 2hgq:A, 761-785, 2hgq:A, 766-781, 2hgu:A, 761-785, 2hgu:A, 766-781, 2jl6:A, 772-796, 2jl6:A, 777-792, 2jl8:A, 772-796, 2jl8:A, 777-792, 2v47:A, 745-769, 2v47:A, 750-765, 2v49:A, 745-769, 2v49:A, 750-765, 3d5b:A, 757-781, 3d5b:A, 762-777, 3d5d:A, 757-781, 3d5d:A, 762-777
UA-G
1p9x:0, 2266-2284, 1p9x:0, 2270-2281, 1sm1:0, 2287-2313, 1sm1:0, 2295-2306, 1y69:0, 2290-2310, 1y69:0, 2295-2306, 2hgq:A, 1506-1531, 2hgq:A, 1515-1523, 2j01:A, 1436-1453, 2j01:A, 1441-1449, 2j03:A, 1436-1453, 2j03:A, 1441-1449, 2o45:A, 2278-2298, 2o45:A, 2283-2294, 2ogm:0, 2287-2313, 2ogm:0, 2295-2306
UC-A
1nkw:0, 936-1108, 1nwx:0, 936-1108, 1nwy:0, 936-1108, 1ond:0, 936-1108, 1vow:B, 953-1123, 1vp0:B, 953-1123, 2ogm:0, 936-1108, 2zjq:X, 914-1086
UC-G
2b66:A, 2313-2339, 2b66:A, 2321-2332, 2b9n:A, 2313-2339, 2b9n:A, 2321-2332, 2b9p:A, 2313-2339, 2b9p:A, 2321-2332, 2v47:A, 2268-2294, 2v47:A, 2276-2287, 2v49:A, 2268-2294, 2v49:A, 2276-2287
UU-A
2fey:A, 12-35, 2fey:A, 17-31
UU-U
1ffk:0, 818-843, 1ffk:0, 823-839, 1jj2:0, 822-847, 1jj2:0, 827-843, 1k73:A, 822-847, 1k73:A, 827-843, 1k8a:A, 822-847, 1k8a:A, 827-843, 1k9m:A, 822-847, 1k9m:A, 827-843, 1kc8:A, 822-847, 1kc8:A, 827-843, 1kd1:A, 822-847, 1kd1:A, 827-843, 1kqs:0, 822-847, 1kqs:0, 827-843, 1m1k:A, 822-847, 1m1k:A, 827-843, 1m90:A, 822-847, 1m90:A, 827-843, 1n8r:A, 822-847, 1n8r:A, 827-843, 1nji:A, 822-847, 1nji:A, 827-843, 1q7y:A, 822-847, 1q7y:A, 827-843, 1q81:A, 822-847, 1q81:A, 827-843, 1q82:A, 822-847, 1q82:A, 827-843, 1q86:A, 822-847, 1q86:A, 827-843, 1qvf:0, 822-847, 1qvf:0, 827-843, 1qvg:0, 822-847, 1qvg:0, 827-843, 1s1i:3, 821-846, 1s1i:3, 826-842, 1s72:0, 822-847, 1s72:0, 827-843, 1vq4:0, 822-847, 1vq4:0, 827-843, 1vq5:0, 822-847, 1vq5:0, 827-843, 1vq6:0, 822-847, 1vq6:0, 827-843, 1vq7:0, 822-847, 1vq7:0, 827-843, 1vq8:0, 822-847, 1vq8:0, 827-843, 1vq9:0, 822-847, 1vq9:0, 827-843, 1vqk:0, 822-847, 1vqk:0, 827-843, 1vql:0, 822-847, 1vql:0, 827-843, 1vqm:0, 822-847, 1vqm:0, 827-843, 1vqn:0, 822-847, 1vqn:0, 827-843, 1vqo:0, 822-847, 1vqo:0, 827-843, 1vqp:0, 822-847, 1vqp:0, 827-843, 1w2b:0, 822-847, 1w2b:0, 827-843, 1yhq:0, 822-847, 1yhq:0, 827-843, 1yi2:0, 822-847, 1yi2:0, 827-843, 1yij:0, 822-847, 1yij:0, 827-843, 1yit:0, 822-847, 1yit:0, 827-843, 1yj9:0, 822-847, 1yj9:0, 827-843, 1yjn:0, 822-847, 1yjn:0, 827-843, 1yjw:0, 822-847, 1yjw:0, 827-843, 2otj:0, 822-847, 2otj:0, 827-843, 2otl:0, 822-847, 2otl:0, 827-843, 2qa4:0, 821-846, 2qa4:0, 826-842, 2qex:0, 822-847, 2qex:0, 827-843, 3cc2:0, 822-847, 3cc2:0, 827-843, 3cc4:0, 822-847, 3cc4:0, 827-843, 3cc7:0, 822-847, 3cc7:0, 827-843, 3cce:0, 822-847, 3cce:0, 827-843, 3ccj:0, 822-847, 3ccj:0, 827-843, 3ccl:0, 822-847, 3ccl:0, 827-843, 3ccm:0, 822-847, 3ccm:0, 827-843, 3ccq:0, 822-847, 3ccq:0, 827-843, 3ccr:0, 822-847, 3ccr:0, 827-843, 3ccs:0, 822-847, 3ccs:0, 827-843, 3ccu:0, 822-847, 3ccu:0, 827-843, 3ccv:0, 822-847, 3ccv:0, 827-843, 3cd6:0, 822-847, 3cd6:0, 827-843, 3cma:0, 822-847, 3cma:0, 827-843, 3cme:0, 822-847, 3cme:0, 827-843, 3cpw:0, 822-847, 3cpw:0, 827-843