Please cite:
Schudoma et al.,
Nucl. Acids Res. 38: 970-980.
DOI 10.1093/nar/gkp1010.
(006)-Hairpin cluster 528 (cutoff=1.5 Å)
Cluster size 392 structure(s)
Representative structure 1vs8:B (&rarr PDB)
Downloads Representative structure (PDB) (MC-Annotate)
Member list
Consensus sequence NMNVNN
Cluster members
AGAGAU
2gy9:A, 971-978, 2gyb:A, 971-978
AGCAAU
2o44:A, 2743-2750
AUCGCA
1xwp:A, 4-11
CGAAAG
1xmo:A, 1137-1144, 1zif:A, 3-10
CGAAUA
2zjr:X, 579-586
CGCAAG
2b64:A, 369-376, 2b9m:A, 369-376, 2b9o:A, 369-376, 2v46:A, 369-376, 2v48:A, 369-376
CGCGAG
1hnx:A, 1003-1010, 1i96:A, 1006-1013, 1j5e:A, 1003-1010, 2b66:A, 2771-2778, 2b9n:A, 2771-2778, 2b9p:A, 2771-2778, 2jl6:A, 2810-2817, 2jl8:A, 2810-2817, 2vho:A, 1260-1267, 2vhp:A, 1260-1267
CGGAAG
1i97:A, 1490-1497
CGGGAG
1ffz:A, 88-95, 2b66:A, 512-519, 2b9n:A, 512-519, 2b9p:A, 512-519
CGUGAG
2hgj:A, 2583-2590
CUAACC
1nyb:B, 9-16
CUGCAA
1yl3:A, 2331-2338, 2hgj:A, 2345-2352, 2j01:A, 2233-2240, 2j03:A, 2233-2240, 2jl6:A, 2312-2319, 2jl8:A, 2312-2319, 2v47:A, 2228-2235, 2v49:A, 2228-2235, 3d5b:A, 2340-2347, 3d5d:A, 2340-2347
GGCAAC
2jl5:A, 1241-1248, 2jl7:A, 1241-1248, 2v46:A, 1241-1248
GGCGAC
2v47:B, 85-92, 2v49:B, 85-92
GUAAAA
1bvj:A, 9-16
GUAACA
1jj2:0, 1165-1172, 1k73:A, 1165-1172, 1k8a:A, 1165-1172, 1k9m:A, 1165-1172, 1kc8:A, 1165-1172, 1kd1:A, 1165-1172, 1kqs:0, 1165-1172, 1m1k:A, 1165-1172, 1m90:A, 1165-1172, 1mms:C, 42-49, 1mms:D, 42-49, 1n8r:A, 1165-1172, 1nji:A, 1165-1172, 1oln:C, 42-49, 1q82:A, 1165-1172, 1q86:A, 1165-1172, 1qvf:0, 1165-1172, 1s1i:3, 1267-1274, 1s72:0, 1165-1172, 1vq4:0, 1165-1172, 1vq5:0, 1165-1172, 1vq6:0, 1165-1172, 1vq7:0, 1165-1172, 1vq8:0, 1165-1172, 1vq9:0, 1165-1172, 1vqk:0, 1165-1172, 1vql:0, 1165-1172, 1vqm:0, 1165-1172, 1vqn:0, 1165-1172, 1vqo:0, 1165-1172, 1vqp:0, 1165-1172, 1vs6:B, 712-719, 1vs8:B, 712-719, 1w2b:0, 1165-1172, 1yhq:0, 1165-1172, 1yij:0, 1165-1172, 1yit:0, 1165-1172, 1yj9:0, 1165-1172, 1yjn:0, 1165-1172, 2aw4:B, 712-719, 2awb:B, 712-719, 2gya:0, 649-656, 2i2t:B, 712-719, 2i2v:B, 712-719, 2j28:B, 712-719, 2otj:0, 1165-1172, 2otl:0, 1165-1172, 2qa4:0, 1170-1177, 2qam:B, 712-719, 2qao:B, 712-719, 2qba:B, 712-719, 2qbc:B, 712-719, 2qbe:B, 712-719, 2qbg:B, 712-719, 2qbi:B, 712-719, 2qbk:B, 712-719, 2qex:0, 1165-1172, 2qov:B, 712-719, 2qox:B, 712-719, 2qoz:B, 712-719, 2qp1:B, 712-719, 2vhm:B, 712-719, 2vhn:B, 712-719, 2z4l:B, 712-719, 2z4n:B, 712-719, 3bbx:B, 712-719, 3cc2:0, 1165-1172, 3cc4:0, 1165-1172, 3cc7:0, 1165-1172, 3ccl:0, 1165-1172, 3ccm:0, 1165-1172, 3ccq:0, 1165-1172, 3ccu:0, 1165-1172, 3ccv:0, 1165-1172, 3cd6:0, 1165-1172, 3cma:0, 1165-1172, 3cme:0, 1165-1172, 3cpw:0, 1165-1172, 3df2:B, 712-719, 3df4:B, 712-719
GUAAUA
1c04:E, 42-49, 1c2w:B, 1092-1099, 1hc8:C, 42-49, 1hc8:D, 42-49, 1j5a:A, 1045-1052, 1jzx:A, 1045-1052, 1jzy:A, 1045-1052, 1jzz:A, 1045-1052, 1k01:A, 1045-1052, 1ond:0, 1037-1044, 1pnu:0, 1053-1060, 1pny:0, 1053-1060, 1qa6:C, 42-49, 1qa6:D, 42-49, 1sm1:0, 1037-1044, 1vs6:B, 1076-1083, 1vs8:B, 1076-1083, 1vsa:w, 1117-1124, 1vsp:w, 1117-1124, 1xbp:0, 1037-1044, 1y39:C, 42-49, 1y39:D, 42-49, 1y69:0, 1037-1044, 2aw4:B, 1076-1083, 2awb:B, 1076-1083, 2d3o:0, 1037-1044, 2gya:0, 1019-1026, 2gyc:0, 1019-1026, 2i2t:B, 1076-1083, 2i2v:B, 1076-1083, 2j28:B, 1076-1083, 2o43:A, 1037-1044, 2ogo:0, 1036-1043, 2qam:B, 1076-1083, 2qao:B, 1076-1083, 2qba:B, 1076-1083, 2qbc:B, 1076-1083, 2qbe:B, 1076-1083, 2qbg:B, 1076-1083, 2qbi:B, 1076-1083, 2qbk:B, 1076-1083, 2qov:B, 1076-1083, 2qox:B, 1076-1083, 2qoz:B, 1076-1083, 2qp1:B, 1076-1083, 2z4l:B, 1076-1083, 2z4n:B, 1076-1083, 2zjp:X, 1015-1022, 2zjq:X, 1015-1022, 2zjr:X, 1012-1019, 3bbo:A, 1065-1072, 3bbx:B, 1154-1161, 3cf5:X, 1015-1022, 3d5b:A, 1112-1119, 3d5d:A, 1112-1119, 3deg:G, 50-57, 3df2:B, 1076-1083, 3df4:B, 1076-1083
GUACAA
1ffk:0, 1837-1844, 1jj2:0, 1887-1894, 1k73:A, 1887-1894, 1k8a:A, 1887-1894, 1k9m:A, 1887-1894, 1kc8:A, 1887-1894, 1kd1:A, 1887-1894, 1kqs:0, 1887-1894, 1m1k:A, 1887-1894, 1m90:A, 1887-1894, 1n8r:A, 1887-1894, 1nji:A, 1887-1894, 1q7y:A, 1887-1894, 1q81:A, 1887-1894, 1q82:A, 1887-1894, 1q86:A, 1887-1894, 1qvf:0, 1887-1894, 1qvg:0, 1887-1894, 1s1i:3, 1995-2002, 1s72:0, 1887-1894, 1vq4:0, 1887-1894, 1vq5:0, 1887-1894, 1vq6:0, 1887-1894, 1vq7:0, 1887-1894, 1vq8:0, 1887-1894, 1vq9:0, 1887-1894, 1vqk:0, 1887-1894, 1vql:0, 1887-1894, 1vqm:0, 1887-1894, 1vqn:0, 1887-1894, 1vqo:0, 1887-1894, 1vqp:0, 1887-1894, 1w2b:0, 1887-1894, 1yhq:0, 1887-1894, 1yi2:0, 1887-1894, 1yij:0, 1887-1894, 1yit:0, 1887-1894, 1yj9:0, 1887-1894, 1yjn:0, 1887-1894, 1yjw:0, 1887-1894, 2otj:0, 1887-1894, 2otl:0, 1887-1894, 2qa4:0, 1892-1899, 2qex:0, 1887-1894, 3cc2:0, 1887-1894, 3cc4:0, 1887-1894, 3cc7:0, 1887-1894, 3cce:0, 1887-1894, 3ccj:0, 1887-1894, 3ccl:0, 1887-1894, 3ccm:0, 1887-1894, 3ccq:0, 1887-1894, 3ccs:0, 1887-1894, 3ccu:0, 1887-1894, 3ccv:0, 1887-1894, 3cd6:0, 1887-1894, 3cma:0, 1887-1894, 3cme:0, 1887-1894, 3cpw:0, 1887-1894
GUGAAA
1fka:A, 661-668, 2hgr:A, 669-676, 3bbo:A, 693-700
GUGAGA
1vsp:w, 738-745, 2b66:A, 737-744, 2b9n:A, 737-744, 2b9p:A, 737-744, 2hgj:A, 737-744, 2hgq:A, 737-744, 2hgu:A, 737-744, 2j01:A, 721-728, 2j03:A, 721-728, 2jl6:A, 748-755, 2jl8:A, 748-755, 2v47:A, 721-728, 2v49:A, 721-728, 3d5b:A, 733-740, 3d5d:A, 733-740
GUGGCG
1e8o:E, 12-19, 1ry1:E, 11-18
UGAAAG
2hhh:A, 985-992
UGACAC
1njm:0, 2247-2254, 1njn:0, 2247-2254, 1njo:0, 2247-2254, 1njp:0, 2247-2254, 1p9x:0, 2222-2229, 1pnu:0, 2291-2298, 1pny:0, 2291-2298, 1sm1:0, 2247-2254, 1xbp:0, 2247-2254, 1y69:0, 2247-2254, 2aar:0, 2247-2254, 2d3o:0, 2268-2275, 2o43:A, 2247-2254, 2o45:A, 2235-2242, 2ogm:0, 2247-2254, 2ogn:0, 2247-2254, 2ogo:0, 2246-2253, 2zjp:X, 2158-2165, 2zjq:X, 2158-2165, 2zjr:X, 2155-2162, 3cf5:X, 2158-2165, 3dll:X, 2158-2165
UGACGG
2vhm:B, 2302-2309, 2vhn:B, 2302-2309
UGAGAG
2vhp:A, 291-298
UGCAAG
1nwx:0, 1789-1796, 1nwy:0, 1789-1796, 1ond:0, 1788-1795, 1sm1:0, 1789-1796, 1vsp:w, 1872-1879, 1z58:2, 1780-1787, 2aar:0, 1789-1796, 2d3o:0, 1789-1796, 2ogo:0, 1788-1795
UGGAAA
1vs6:B, 305-312, 1vs8:B, 305-312, 2aw4:B, 305-312, 2awb:B, 305-312, 2gya:0, 256-263, 2gyc:0, 256-263, 2i2t:B, 305-312, 2i2v:B, 305-312, 2j28:B, 305-312, 2qam:B, 305-312, 2qao:B, 305-312, 2qba:B, 305-312, 2qbc:B, 305-312, 2qbe:B, 305-312, 2qbg:B, 305-312, 2qbi:B, 305-312, 2qbk:B, 305-312, 2qov:B, 305-312, 2qox:B, 305-312, 2qoz:B, 305-312, 2qp1:B, 305-312, 2vhm:B, 305-312, 2z4l:B, 305-312, 2z4n:B, 305-312, 2zjp:X, 266-273, 2zjq:X, 266-273, 2zjr:X, 266-273, 3bbx:B, 305-312, 3cf5:X, 266-273, 3df2:B, 305-312, 3df4:B, 305-312, 3dll:X, 266-273
UGGAAC
1ffk:0, 303-310, 1jj2:0, 304-311, 1k73:A, 304-311, 1k8a:A, 304-311, 1k9m:A, 304-311, 1kc8:A, 304-311, 1kd1:A, 304-311, 1kqs:0, 304-311, 1m1k:A, 304-311, 1m90:A, 304-311, 1n8r:A, 304-311, 1nji:A, 304-311, 1q7y:A, 304-311, 1q81:A, 304-311, 1q82:A, 304-311, 1q86:A, 304-311, 1qvf:0, 304-311, 1qvg:0, 304-311, 1s1i:3, 303-310, 1s72:0, 304-311, 1vq4:0, 304-311, 1vq5:0, 304-311, 1vq6:0, 304-311, 1vq7:0, 304-311, 1vq8:0, 304-311, 1vq9:0, 304-311, 1vqk:0, 304-311, 1vql:0, 304-311, 1vqm:0, 304-311, 1vqn:0, 304-311, 1vqo:0, 304-311, 1vqp:0, 304-311, 1w2b:0, 304-311, 2otj:0, 304-311, 2otl:0, 304-311, 2qa4:0, 304-311, 2qex:0, 304-311, 3cpw:0, 304-311
UGGAAU
1yhq:0, 304-311, 1yi2:0, 304-311, 1yij:0, 304-311, 1yit:0, 304-311, 1yj9:0, 304-311, 1yjn:0, 304-311, 1yjw:0, 304-311, 3cc2:0, 304-311, 3cc4:0, 304-311, 3cc7:0, 304-311, 3cce:0, 304-311, 3ccj:0, 304-311, 3ccl:0, 304-311, 3ccm:0, 304-311, 3ccq:0, 304-311, 3ccr:0, 304-311, 3ccs:0, 304-311, 3ccu:0, 304-311, 3ccv:0, 304-311, 3cd6:0, 304-311, 3cma:0, 304-311, 3cme:0, 304-311
UGUGAG
2vhm:B, 1205-1212, 2vhn:B, 1205-1212
UUUAGA
1nbs:A, 33-40