Please cite:
Schudoma et al.,
Nucl. Acids Res. 38: 970-980.
DOI 10.1093/nar/gkp1010.
(1-1)-Internal loop cluster 2010 (cutoff=0.5 Å)
Cluster size 88 structure(s)
Representative structure 2f4v:A (&rarr PDB)
Downloads Representative structure (PDB) (MC-Annotate)
Member list
Consensus sequence N-N
Cluster members
A-C
1yj9:9, 71-110, 3cme:9, 71-110
A-U
1p9x:0, 2558-2586, 1p9x:0, 2561-2583, 2vhp:A, 1506-1521, 2vhp:A, 1510-1517
C-A
1yi2:9, 71-110, 1yij:9, 71-110, 1yit:9, 71-110, 1yj9:9, 71-110, 1yjn:9, 71-110, 1yjw:9, 71-110, 3cc2:9, 71-110, 3cma:9, 71-110, 3cme:9, 71-110
C-G
1fka:A, 178-191, 1fka:A, 181-188, 1i94:A, 1288-1309, 1i94:A, 1292-1305, 1z58:2, 769-1134, 1z58:2, 773-1130, 2uxb:A, 1285-1306, 2uxb:A, 1289-1302, 2v46:A, 1399-1452, 2v46:A, 35-394, 2v46:A, 39-390, 2v46:A, 568-629, 2v46:A, 572-625, 2v48:A, 35-394, 2v48:A, 39-390, 2v48:A, 568-629, 2v48:A, 572-625
C-U
3bbn:A, 1184-1239
G-C
1fka:A, 178-191, 1fka:A, 181-188, 1i94:A, 1288-1309, 1i94:A, 1292-1305, 1z58:2, 2170-2188, 1z58:2, 2174-2184, 1z58:2, 769-1134, 1z58:2, 773-1130, 2o44:A, 801-885, 2uxb:A, 1285-1306, 2uxb:A, 1289-1302, 2v0g:F, 1-78, 2v0g:F, 6-73, 2v46:A, 568-629, 2v46:A, 572-625, 2v47:A, 549-568, 2v47:A, 555-562, 2v48:A, 568-629, 2v48:A, 572-625, 2v49:A, 549-568, 2v49:A, 555-562, 2vhm:B, 1148-1169, 2vhm:B, 1155-1162, 2vhm:B, 2786-2825, 2vhn:B, 2786-2825
U-A
1y69:0, 1146-1194, 2gy9:A, 111-217, 2qa4:0, 1520-1615, 2qa4:0, 1523-1612, 2uxd:A, 1196-1251, 2vhp:A, 1506-1521, 2vhp:A, 1510-1517
U-C
3bbn:A, 1184-1239
U-G
1i97:A, 816-828, 1i97:A, 819-825, 1nkw:0, 1717-1753, 1nkw:0, 2415-2432, 1nkw:0, 2419-2428, 1nwx:0, 2415-2432, 1nwx:0, 2419-2428, 1nwy:0, 2415-2432, 1nwy:0, 2419-2428, 1ond:0, 1716-1752, 1ond:0, 2414-2431, 1ond:0, 2418-2427, 1y69:0, 552-628, 1z43:A, 3-101, 1z43:A, 7-97, 2d3o:0, 552-628, 2d3o:0, 555-625, 2f4v:A, 919-1212, 2f4v:A, 924-1207, 2v48:A, 1482-1499, 2v48:A, 1486-1495, 2zjq:X, 1410-1434