Please cite:
Schudoma et al.,
Nucl. Acids Res. 38: 970-980.
DOI 10.1093/nar/gkp1010.
(1-1)-Internal loop cluster 1540 (cutoff=0.5 Å)
Cluster size 267 structure(s)
Representative structure 1yjw:0 (&rarr PDB)
Downloads Representative structure (PDB) (MC-Annotate)
Member list
Consensus sequence N-N
Cluster members
A-C
1xhp:A, 1-32, 1yhq:9, 71-110, 3cc7:9, 71-110, 3ccl:9, 71-110, 3ccm:9, 71-110, 3ccs:9, 71-110, 3ccv:9, 71-110, 3cd6:9, 71-110
A-U
1fka:A, 1462-1479, 1fka:A, 1467-1474, 1fka:A, 944-1180, 1fka:A, 947-1177, 1fka:A, 638-710, 1grz:B, 47-66, 1grz:B, 50-63, 1i97:A, 594-610, 1i97:A, 597-607, 1n33:A, 1401-1450, 1n36:A, 1482-1499, 1n36:A, 1487-1494, 1z58:2, 1138-1184, 1z58:2, 1649-1667, 1z58:2, 1654-1662, 1z58:2, 1252-1276, 1z58:2, 882-907, 1z58:2, 886-903, 2o44:A, 785-798, 2o44:A, 788-795, 3bbo:A, 2630-2658, 3bbo:A, 2633-2655, 3d5a:A, 957-1198, 3d5a:A, 960-1195, 3d5c:A, 957-1198, 3d5c:A, 960-1195
C-A
1xhp:A, 1-32, 1yhq:9, 71-110, 3cc7:9, 71-110, 3ccl:9, 71-110, 3ccm:9, 71-110, 3ccs:9, 71-110, 3ccu:9, 71-110, 3ccv:9, 71-110, 3cd6:9, 71-110
C-G
1i97:A, 249-265, 1i97:A, 252-262, 1n34:A, 900-1368, 1xbp:0, 2568-2624, 2o44:A, 552-628, 2v46:A, 658-690, 2v46:A, 661-687, 2v47:A, 861-927, 2v48:A, 656-692, 2v48:A, 661-687, 2v49:A, 861-927
C-U
1fjg:A, 173-196, 1fjg:A, 178-191, 1fka:A, 175-194, 1hnw:A, 173-196, 1hnw:A, 178-191, 1hnx:A, 173-196, 1hnx:A, 178-191, 1hnz:A, 173-196, 1hnz:A, 178-191, 1hr0:A, 173-196, 1hr0:A, 178-191, 1ibk:A, 173-196, 1ibk:A, 178-191, 1ibl:A, 173-196, 1ibl:A, 178-191, 1ibm:A, 173-196, 1ibm:A, 178-191, 1j5e:A, 173-196, 1j5e:A, 178-191, 1n32:A, 173-196, 1n32:A, 178-191, 1n33:A, 173-196, 1n33:A, 178-191, 1s1h:A, 175-198, 1s1h:A, 180-193, 1xmq:A, 173-196, 1xnr:A, 173-196, 1yi2:0, 547-594, 2b64:A, 175-194, 2b64:A, 178-191, 2b9m:A, 175-194, 2b9m:A, 178-191, 2b9o:A, 175-194, 2b9o:A, 178-191, 2e5l:A, 174-197, 2e5l:A, 179-192, 2gya:0, 1976-2079, 2gya:0, 1988-2067, 2hhh:A, 173-196, 2hhh:A, 178-191, 2j00:A, 173-196, 2j00:A, 178-191, 2j02:A, 173-196, 2j02:A, 178-191, 2uu9:A, 173-196, 2uu9:A, 178-191, 2uua:A, 173-196, 2uua:A, 178-191, 2uub:A, 173-196, 2uub:A, 178-191, 2uuc:A, 173-196, 2uuc:A, 178-191, 2uxc:A, 173-196, 2uxc:A, 178-191, 2vqe:A, 173-196, 2vqe:A, 178-191, 2vqf:A, 173-196, 2vqf:A, 178-191
G-C
1i97:A, 249-265, 1i97:A, 252-262, 1n34:A, 900-1368, 1xbp:0, 2568-2624, 2o44:A, 552-628, 2v46:A, 658-690, 2v46:A, 661-687, 2v47:A, 861-927, 2v48:A, 656-692, 2v48:A, 661-687, 2v49:A, 861-927
G-U
1c2w:B, 375-399, 1c2w:B, 378-396, 1c2w:B, 2136-2155, 1c2w:B, 2140-2151, 1njm:0, 493-519, 1njm:0, 500-512, 1njn:0, 493-519, 1njn:0, 500-512, 1njp:0, 493-519, 1njp:0, 500-512, 1nkw:0, 2050-2062, 1nkw:0, 2053-2059, 1nwx:0, 2050-2062, 1nwx:0, 2053-2059, 1nwy:0, 2050-2062, 1nwy:0, 2053-2059, 1ond:0, 2049-2061, 1ond:0, 2052-2058, 1pnu:0, 493-519, 1pnu:0, 500-512, 1pny:0, 493-519, 1pny:0, 500-512, 1sm1:0, 2049-2063, 1sm1:0, 2053-2059, 1xbp:0, 2050-2062, 1xbp:0, 2053-2059, 2ogm:0, 891-916, 2v48:A, 1482-1499, 2v48:A, 1486-1495, 3dll:X, 1410-1434
U-A
1fka:A, 638-710, 1fka:A, 1462-1479, 1fka:A, 1467-1474, 1fka:A, 944-1180, 1fka:A, 947-1177, 1grz:B, 47-66, 1grz:B, 50-63, 1i97:A, 594-610, 1i97:A, 597-607, 1n33:A, 1401-1450, 1n36:A, 1482-1499, 1n36:A, 1487-1494, 1z58:2, 1252-1276, 1z58:2, 882-907, 1z58:2, 886-903, 1z58:2, 1138-1184, 1z58:2, 1649-1667, 1z58:2, 1654-1662, 2o44:A, 785-798, 2o44:A, 788-795, 3d5a:A, 957-1198, 3d5a:A, 960-1195, 3d5c:A, 957-1198, 3d5c:A, 960-1195
U-C
1fjg:A, 173-196, 1fjg:A, 178-191, 1fka:A, 175-194, 1hnw:A, 173-196, 1hnw:A, 178-191, 1hnx:A, 173-196, 1hnx:A, 178-191, 1hnz:A, 173-196, 1hnz:A, 178-191, 1hr0:A, 173-196, 1hr0:A, 178-191, 1ibk:A, 173-196, 1ibk:A, 178-191, 1ibl:A, 173-196, 1ibl:A, 178-191, 1ibm:A, 173-196, 1ibm:A, 178-191, 1j5e:A, 173-196, 1j5e:A, 178-191, 1n32:A, 173-196, 1n32:A, 178-191, 1n33:A, 173-196, 1n33:A, 178-191, 1n36:A, 173-196, 1n36:A, 178-191, 1s1h:A, 175-198, 1s1h:A, 180-193, 1xmq:A, 173-196, 1xnr:A, 173-196, 1yi2:0, 547-594, 1yjw:0, 547-594, 2b64:A, 175-194, 2b64:A, 178-191, 2b9m:A, 175-194, 2b9m:A, 178-191, 2b9o:A, 175-194, 2b9o:A, 178-191, 2e5l:A, 174-197, 2e5l:A, 179-192, 2gya:0, 1976-2079, 2gya:0, 1988-2067, 2hhh:A, 173-196, 2hhh:A, 178-191, 2j00:A, 173-196, 2j00:A, 178-191, 2j02:A, 173-196, 2j02:A, 178-191, 2uu9:A, 173-196, 2uu9:A, 178-191, 2uua:A, 173-196, 2uua:A, 178-191, 2uub:A, 173-196, 2uub:A, 178-191, 2uuc:A, 173-196, 2uuc:A, 178-191, 2uxc:A, 173-196, 2uxc:A, 178-191, 2vqe:A, 173-196, 2vqe:A, 178-191, 2vqf:A, 173-196, 2vqf:A, 178-191
U-G
1c2w:B, 2136-2155, 1c2w:B, 2140-2151, 1c2w:B, 375-399, 1c2w:B, 378-396, 1njm:0, 493-519, 1njm:0, 500-512, 1njn:0, 493-519, 1njn:0, 500-512, 1njp:0, 493-519, 1njp:0, 500-512, 1nkw:0, 2050-2062, 1nkw:0, 2053-2059, 1nwx:0, 1717-1753, 1nwx:0, 2050-2062, 1nwx:0, 2053-2059, 1nwy:0, 1717-1753, 1nwy:0, 2050-2062, 1nwy:0, 2053-2059, 1ond:0, 2049-2061, 1ond:0, 2052-2058, 1pnu:0, 493-519, 1pnu:0, 500-512, 1pny:0, 493-519, 1pny:0, 500-512, 1sm1:0, 2049-2063, 1sm1:0, 2053-2059, 2o43:A, 816-870, 2ogm:0, 891-916, 3dll:X, 1410-1434