Please cite:
Schudoma et al.,
Nucl. Acids Res. 38: 970-980.
DOI 10.1093/nar/gkp1010.
(006)-Hairpin cluster 214 (cutoff=1.0 Å)
Cluster size 87 structure(s)
Representative structure 1njn:0 (&rarr PDB)
Downloads Representative structure (PDB) (MC-Annotate)
Member list
Consensus sequence NMNVVN
Cluster members
AGAGAU
2gy9:A, 971-978, 2gyb:A, 971-978
AGCAAU
2o44:A, 2743-2750
CGAAAG
1xmo:A, 1137-1144
CGCAAG
2b64:A, 369-376, 2b9m:A, 369-376, 2b9o:A, 369-376, 2v46:A, 369-376, 2v48:A, 369-376
CGCGAG
1hnx:A, 1003-1010, 1i96:A, 1006-1013, 1j5e:A, 1003-1010, 2b66:A, 2771-2778, 2b9n:A, 2771-2778, 2b9p:A, 2771-2778, 2jl6:A, 2810-2817, 2jl8:A, 2810-2817, 2vho:A, 1260-1267, 2vhp:A, 1260-1267
CGGAAG
1i97:A, 1490-1497
CGGGAG
1ffz:A, 88-95, 2b66:A, 512-519, 2b9n:A, 512-519, 2b9p:A, 512-519
CGUGAG
2hgj:A, 2583-2590
CUGCAA
1yl3:A, 2331-2338, 2b66:A, 2273-2280, 2b9n:A, 2273-2280, 2b9p:A, 2273-2280, 2j01:A, 2233-2240, 2j03:A, 2233-2240, 2jl6:A, 2312-2319, 2jl8:A, 2312-2319, 2v47:A, 2228-2235, 2v49:A, 2228-2235, 3d5b:A, 2340-2347, 3d5d:A, 2340-2347
GGAAAC
1n34:A, 147-154, 1n36:A, 147-154, 1xmo:A, 147-154, 2jl5:A, 147-154, 2uuc:A, 147-154, 2vho:A, 153-160, 2vhp:A, 153-160
GGCAAC
2jl5:A, 1241-1248, 2jl7:A, 1241-1248, 2v46:A, 1241-1248
GGCGAC
2v47:B, 85-92, 2v49:B, 85-92
GUAACA
2gya:0, 649-656, 2gyc:0, 649-656
UGAAAG
2hhh:A, 985-992
UGACAC
1njm:0, 2247-2254, 1njn:0, 2247-2254, 1njo:0, 2247-2254, 1njp:0, 2247-2254, 1p9x:0, 2222-2229, 1pnu:0, 2291-2298, 1pny:0, 2291-2298, 1sm1:0, 2247-2254, 1xbp:0, 2247-2254, 1y69:0, 2247-2254, 2aar:0, 2247-2254, 2d3o:0, 2268-2275, 2o43:A, 2247-2254, 2o45:A, 2235-2242, 2ogm:0, 2247-2254, 2ogn:0, 2247-2254, 2ogo:0, 2246-2253, 2zjp:X, 2158-2165, 2zjq:X, 2158-2165, 2zjr:X, 2155-2162, 3cf5:X, 2158-2165, 3dll:X, 2158-2165
UGACGG
2vhm:B, 2302-2309, 2vhn:B, 2302-2309
UGAGAG
2vhp:A, 291-298
UGCAAG
1nwx:0, 1789-1796, 1nwy:0, 1789-1796, 1ond:0, 1788-1795, 1sm1:0, 1789-1796, 1z58:2, 1780-1787, 2aar:0, 1789-1796, 2d3o:0, 1789-1796, 2ogo:0, 1788-1795
UGUGAG
2vhm:B, 1205-1212, 2vhn:B, 1205-1212