Please cite:
Schudoma et al.,
Nucl. Acids Res. 38: 970-980.
DOI 10.1093/nar/gkp1010.
(005)-Hairpin cluster 1758 (cutoff=1.5 Å)
Cluster size 513 structure(s)
Representative structure 3dio:X (&rarr PDB)
Downloads Representative structure (PDB) (MC-Annotate)
Member list
Consensus sequence NNNNN
Cluster members
AGCUU
2gy9:A, 74-80, 2gyb:A, 74-80
CAACU
1ffk:0, 1390-1396, 1jj2:0, 1437-1443, 1k73:A, 1437-1443, 1k8a:A, 1437-1443, 1k9m:A, 1437-1443, 1kc8:A, 1437-1443, 1kd1:A, 1437-1443, 1kqs:0, 1437-1443, 1m1k:A, 1437-1443, 1m90:A, 1437-1443, 1n8r:A, 1437-1443, 1nji:A, 1437-1443, 1q7y:A, 1437-1443, 1q81:A, 1437-1443, 1q82:A, 1437-1443, 1q86:A, 1437-1443, 1qvf:0, 1437-1443, 1qvg:0, 1437-1443, 1s1i:3, 1548-1554, 1s72:0, 1437-1443, 1vq4:0, 1437-1443, 1vq5:0, 1437-1443, 1vq6:0, 1437-1443, 1vq7:0, 1437-1443, 1vq8:0, 1437-1443, 1vq9:0, 1437-1443, 1vqk:0, 1437-1443, 1vql:0, 1437-1443, 1vqm:0, 1437-1443, 1vqn:0, 1437-1443, 1vqo:0, 1437-1443, 1vqp:0, 1437-1443, 1w2b:0, 1437-1443, 1yhq:0, 1437-1443, 1yi2:0, 1437-1443, 1yij:0, 1437-1443, 1yit:0, 1437-1443, 1yj9:0, 1437-1443, 1yjn:0, 1437-1443, 1yjw:0, 1437-1443, 2j37:Z, 135-141, 2otj:0, 1437-1443, 2otl:0, 1437-1443, 2qa4:0, 1442-1448, 2qex:0, 1437-1443, 3cc2:0, 1437-1443, 3cc4:0, 1437-1443, 3cc7:0, 1437-1443, 3cce:0, 1437-1443, 3ccj:0, 1437-1443, 3ccl:0, 1437-1443, 3ccm:0, 1437-1443, 3ccq:0, 1437-1443, 3ccr:0, 1437-1443, 3ccs:0, 1437-1443, 3ccu:0, 1437-1443, 3ccv:0, 1437-1443, 3cd6:0, 1437-1443, 3cma:0, 1437-1443, 3cme:0, 1437-1443, 3cpw:0, 1437-1443
CAGAA
1ffk:0, 484-490, 1jj2:0, 485-491, 1k73:A, 485-491, 1k8a:A, 485-491, 1k9m:A, 485-491, 1kc8:A, 485-491, 1kd1:A, 485-491, 1kqs:0, 485-491, 1m1k:A, 485-491, 1m90:A, 485-491, 1n8r:A, 485-491, 1nji:A, 485-491, 1q7y:A, 485-491, 1q81:A, 485-491, 1q82:A, 485-491, 1q86:A, 485-491, 1qvf:0, 485-491, 1qvg:0, 485-491, 1s1i:3, 484-490, 1s72:0, 485-491, 1vq4:0, 485-491, 1vq5:0, 485-491, 1vq6:0, 485-491, 1vq7:0, 485-491, 1vq8:0, 485-491, 1vq9:0, 485-491, 1vqk:0, 485-491, 1vql:0, 485-491, 1vqm:0, 485-491, 1vqn:0, 485-491, 1vqo:0, 485-491, 1vqp:0, 485-491, 1w2b:0, 485-491, 1yhq:0, 485-491, 1yi2:0, 485-491, 1yij:0, 485-491, 1yit:0, 485-491, 1yj9:0, 485-491, 1yjn:0, 485-491, 1yjw:0, 485-491, 2j37:Z, 14-20, 2otj:0, 485-491, 2otl:0, 485-491, 2qa4:0, 485-491, 2qex:0, 485-491, 3cc2:0, 485-491, 3cc4:0, 485-491, 3cc7:0, 485-491, 3cce:0, 485-491, 3ccj:0, 485-491, 3ccl:0, 485-491, 3ccm:0, 485-491, 3ccq:0, 485-491, 3ccr:0, 485-491, 3ccs:0, 485-491, 3ccu:0, 485-491, 3ccv:0, 485-491, 3cd6:0, 485-491, 3cma:0, 485-491, 3cme:0, 485-491, 3cpw:0, 485-491
CAGCC
2noq:A, 112-118
CGAAG
1sm1:0, 1118-1124
CUCAA
1fjg:A, 596-602, 1fka:A, 588-594, 1hnw:A, 596-602, 1hnz:A, 596-602, 1hr0:A, 596-602, 1i94:A, 599-605, 1i95:A, 599-605, 1i96:A, 599-605, 1ibk:A, 596-602, 1ibl:A, 596-602, 1ibm:A, 596-602, 1j5e:A, 596-602, 1n32:A, 596-602, 1n33:A, 596-602, 1n34:A, 596-602, 1n36:A, 596-602, 1pns:A, 610-616, 1pns:A, 833-839, 1pnx:A, 610-616, 1pnx:A, 833-839, 1s1h:A, 601-607, 1vs5:A, 613-619, 1vs7:A, 613-619, 1xmo:A, 596-602, 1xmq:A, 596-602, 1xnq:A, 596-602, 1xnr:A, 596-602, 1yl4:A, 596-602, 2avy:A, 613-619, 2aw7:A, 613-619, 2b64:A, 596-602, 2b9m:A, 596-602, 2b9o:A, 596-602, 2e5l:A, 597-603, 2f4v:A, 596-602, 2gy9:A, 583-589, 2gyb:A, 583-589, 2hgi:A, 596-602, 2hgp:A, 596-602, 2hgr:A, 596-602, 2hhh:A, 596-602, 2i2p:A, 613-619, 2i2u:A, 613-619, 2jl5:A, 596-602, 2jl7:A, 596-602, 2ow8:y, 596-602, 2qal:A, 613-619, 2qan:A, 613-619, 2qb9:A, 613-619, 2qbb:A, 613-619, 2qbd:A, 613-619, 2qbf:A, 613-619, 2qbh:A, 613-619, 2qbj:A, 613-619, 2qnh:y, 596-602, 2qou:A, 613-619, 2qow:A, 613-619, 2qoy:A, 613-619, 2qp0:A, 613-619, 2uu9:A, 596-602, 2uua:A, 596-602, 2uub:A, 596-602, 2uuc:A, 596-602, 2uxb:A, 596-602, 2uxc:A, 596-602, 2uxd:A, 574-580, 2v46:A, 596-602, 2v48:A, 596-602, 2vho:A, 613-619, 2vhp:A, 613-619, 2vqe:A, 596-602, 2vqf:A, 596-602, 2z4k:A, 613-619, 2z4m:A, 613-619, 3bbn:A, 560-566, 3d5a:A, 596-602, 3d5c:A, 596-602, 3df1:A, 613-619, 3df3:A, 613-619
GAAAA
1hji:A, 5-11, 1qfq:A, 5-11
GAACA
1njm:0, 1731-1737, 1njn:0, 1731-1737, 1njo:0, 1731-1737, 1njp:0, 1731-1737, 1nkw:0, 1731-1737, 1nwx:0, 1731-1737, 1nwy:0, 1731-1737, 1ond:0, 1730-1736, 1sm1:0, 1731-1737, 1vsa:w, 667-673, 1vsp:w, 667-673, 1xbp:0, 1731-1737, 1y69:0, 1731-1737, 2aar:0, 1731-1737, 2d3o:0, 1731-1737, 2j01:A, 653-659, 2j03:A, 653-659, 2jl6:A, 655-661, 2jl8:A, 655-661, 2o43:A, 1731-1737, 2o45:A, 1728-1734, 2ogm:0, 1731-1737, 2ogo:0, 1730-1736, 2v49:A, 653-659, 2zjp:X, 1709-1715, 2zjq:X, 1709-1715, 2zjr:X, 1706-1712, 3cf5:X, 1709-1715, 3d5b:A, 662-668, 3d5d:A, 662-668, 3dll:X, 1709-1715
GAAUA
3d0u:A, 121-127, 3d0x:A, 121-127, 3dig:X, 124-130, 3dil:A, 124-130, 3dim:A, 124-130, 3dio:X, 124-130, 3diq:A, 124-130, 3dir:A, 124-130, 3dis:A, 124-130, 3dix:A, 124-130, 3diy:A, 124-130, 3diz:A, 124-130, 3dj0:A, 124-130, 3dj2:A, 124-130
GACGA
1fjg:A, 448-454, 1hnw:A, 448-454, 1hnx:A, 448-454, 1hnz:A, 448-454, 1hr0:A, 448-454, 1ibl:A, 448-454, 1ibm:A, 448-454, 1j5e:A, 448-454, 1n32:A, 448-454, 1n33:A, 448-454, 1s1h:A, 455-461, 1xmq:A, 448-454, 1yl4:A, 448-454, 2b64:A, 448-454, 2b9m:A, 448-454, 2b9o:A, 448-454, 2e5l:A, 449-455, 2gy9:A, 435-441, 2gyb:A, 435-441, 2hgi:A, 448-454, 2hgp:A, 448-454, 2hgr:A, 448-454, 2hhh:A, 448-454, 2uu9:A, 448-454, 2uua:A, 448-454, 2uub:A, 448-454, 2uuc:A, 448-454, 2uxb:A, 448-454, 2uxc:A, 448-454, 2vqe:A, 448-454, 2vqf:A, 448-454
GAGAA
1vs6:B, 1614-1620, 1vs8:B, 1614-1620, 2aw4:B, 1614-1620, 2awb:B, 1614-1620, 2gya:0, 1551-1557, 2i2t:B, 1614-1620, 2i2v:B, 1614-1620, 2j28:B, 1614-1620, 2qam:B, 1614-1620, 2qao:B, 1614-1620, 2qba:B, 1614-1620, 2qbc:B, 1614-1620, 2qbe:B, 1614-1620, 2qbg:B, 1614-1620, 2qbi:B, 1614-1620, 2qbk:B, 1614-1620, 2qov:B, 1614-1620, 2qox:B, 1614-1620, 2qoz:B, 1614-1620, 2qp1:B, 1614-1620, 2vhm:B, 1614-1620, 2vhn:B, 1614-1620, 2z4l:B, 1614-1620, 2z4n:B, 1614-1620, 3bbx:B, 1695-1701, 3df2:B, 1614-1620, 3df4:B, 1614-1620
GAGGA
3d5a:A, 448-454, 3d5c:A, 448-454
GAGUA
1xjr:A, 21-27
GAUAA
1vs5:A, 1161-1167, 1vs7:A, 1161-1167, 2avy:A, 1161-1167, 2aw7:A, 1161-1167, 2qb9:A, 1161-1167, 2qbb:A, 1161-1167, 2qbd:A, 1161-1167, 2qbf:A, 1161-1167, 2qbh:A, 1161-1167, 2qbj:A, 1161-1167, 2qow:A, 1161-1167, 2qoy:A, 1161-1167, 2qp0:A, 1161-1167, 2z4k:A, 1161-1167, 2z4m:A, 1161-1167, 3bbn:A, 1108-1114, 3df1:A, 1161-1167, 3df3:A, 1161-1167
GAUGA
3d5b:A, 1738-1744, 3d5d:A, 1738-1744
GCAUA
1sy4:A, 9-15, 1syz:A, 9-15, 1xhp:A, 13-19
GGCGA
1njm:0, 223-229, 1njn:0, 223-229, 1njo:0, 223-229, 1njp:0, 223-229, 1pnu:0, 223-229, 1pny:0, 223-229, 2gya:0, 430-436
GUCUC
1a51:A, 18-24, 1c2x:C, 85-91
UAACU
1vs6:B, 641-647, 1vs8:B, 641-647, 2aw4:B, 641-647, 2awb:B, 641-647, 2i2t:B, 641-647, 2i2v:B, 641-647, 2j28:B, 641-647, 2qam:B, 641-647, 2qao:B, 641-647, 2qba:B, 641-647, 2qbc:B, 641-647, 2qbe:B, 641-647, 2qbg:B, 641-647, 2qbi:B, 641-647, 2qbk:B, 641-647, 2qov:B, 641-647, 2qox:B, 641-647, 2qoz:B, 641-647, 2qp1:B, 641-647, 2vhm:B, 641-647, 2vhn:B, 641-647, 2z4l:B, 641-647, 2z4n:B, 641-647, 3bbx:B, 641-647, 3df2:B, 641-647, 3df4:B, 641-647
UCAUA
3bbo:A, 623-629
UGACU
1yn1:A, 6-12, 1yn2:A, 6-12
UGCAA
1u0b:A, 31-37
UGUUC
1ffk:0, 2399-2405, 1ffz:A, 425-431, 1fg0:A, 425-431, 1j5a:A, 2451-2457, 1jzx:A, 2451-2457, 1jzy:A, 2451-2457, 1jzz:A, 2451-2457, 1k01:A, 2451-2457, 1k73:A, 2449-2455, 1k8a:A, 2449-2455, 1k9m:A, 2449-2455, 1kc8:A, 2449-2455, 1kd1:A, 2449-2455, 1kqs:0, 2449-2455, 1m1k:A, 2449-2455, 1m90:A, 2449-2455, 1n8r:A, 2449-2455, 1nji:A, 2449-2455, 1njm:0, 2443-2449, 1njn:0, 2443-2449, 1njo:0, 2443-2449, 1njp:0, 2443-2449, 1nkw:0, 2443-2449, 1nwx:0, 2443-2449, 1nwy:0, 2443-2449, 1ond:0, 2442-2448, 1p9x:0, 2418-2424, 1pnu:0, 2487-2493, 1pny:0, 2487-2493, 1q7y:A, 2449-2455, 1q81:A, 2449-2455, 1q82:A, 2449-2455, 1q86:A, 2449-2455, 1qvf:0, 2449-2455, 1s1i:3, 2766-2772, 1s72:0, 2449-2455, 1sm1:0, 2443-2449, 1vq6:0, 2449-2455, 1vs6:B, 2498-2504, 1vs8:B, 2498-2504, 1y69:0, 2443-2449, 1yhq:0, 2449-2455, 1yi2:0, 2449-2455, 1yij:0, 2449-2455, 1yit:0, 2449-2455, 1yj9:0, 2449-2455, 1yjn:0, 2449-2455, 1yjw:0, 2449-2455, 1yl3:A, 2527-2533, 1z58:2, 2422-2428, 2aar:0, 2443-2449, 2aw4:B, 2498-2504, 2awb:B, 2498-2504, 2b66:A, 2469-2475, 2b9n:A, 2469-2475, 2b9p:A, 2469-2475, 2d3o:0, 2464-2470, 2hgj:A, 2541-2547, 2hgq:A, 2541-2547, 2hgu:A, 2541-2547, 2i2t:B, 2498-2504, 2i2v:B, 2498-2504, 2j01:A, 2429-2435, 2j03:A, 2429-2435, 2j28:B, 2498-2504, 2jl6:A, 2508-2514, 2jl8:A, 2508-2514, 2o44:A, 2443-2449, 2o45:A, 2431-2437, 2ogm:0, 2443-2449, 2ogn:0, 2443-2449, 2ogo:0, 2442-2448, 2otj:0, 2449-2455, 2otl:0, 2449-2455, 2qam:B, 2498-2504, 2qao:B, 2498-2504, 2qba:B, 2498-2504, 2qbc:B, 2498-2504, 2qbe:B, 2498-2504, 2qbg:B, 2498-2504, 2qbi:B, 2498-2504, 2qbk:B, 2498-2504, 2qov:B, 2498-2504, 2qox:B, 2498-2504, 2qoz:B, 2498-2504, 2qp1:B, 2498-2504, 2v47:A, 2424-2430, 2v49:A, 2424-2430, 2vhm:B, 2498-2504, 2vhn:B, 2498-2504, 2z4l:B, 2498-2504, 2z4n:B, 2498-2504, 2zjq:X, 2354-2360, 2zjr:X, 2351-2357, 3bbx:B, 2781-2787, 3cc2:0, 2449-2455, 3cc4:0, 2449-2455, 3cc7:0, 2449-2455, 3ccj:0, 2449-2455, 3ccl:0, 2449-2455, 3ccm:0, 2449-2455, 3ccq:0, 2449-2455, 3ccr:0, 2449-2455, 3ccs:0, 2449-2455, 3ccu:0, 2449-2455, 3ccv:0, 2449-2455, 3cf5:X, 2354-2360, 3cme:0, 2449-2455, 3d5b:A, 2536-2542, 3d5d:A, 2536-2542, 3deg:K, 5-11, 3df2:B, 2498-2504, 3df4:B, 2498-2504, 3dll:X, 2354-2360
UUUUA
1fjg:A, 74-80, 1ibl:A, 74-80, 1ibm:A, 74-80, 1n32:A, 74-80, 1n33:A, 74-80, 1xmo:A, 74-80, 1xmq:A, 74-80, 1xnq:A, 74-80, 1xnr:A, 74-80, 2e5l:A, 75-81, 2hhh:A, 74-80, 2ow8:y, 74-80, 2qnh:y, 74-80, 2uu9:A, 74-80, 2uua:A, 74-80, 2uub:A, 74-80, 2uuc:A, 74-80, 2uxb:A, 74-80, 2uxc:A, 74-80, 2uxd:A, 72-78, 2vqe:A, 74-80, 2vqf:A, 74-80
UUUUU
3d5b:A, 150-156, 3d5d:A, 150-156