Please cite:
Schudoma et al.,
Nucl. Acids Res. 38: 970-980.
DOI 10.1093/nar/gkp1010.
(008)-Segment cluster 281 (cutoff=3.0 Å)
Cluster size 125 structure(s)
Representative structure 1q81:A (&rarr PDB)
Downloads Representative structure (PDB) (MC-Annotate)
Member list
Consensus sequence NNNBKRNN
Cluster members
AAUGCACA
2gya:0, 294-303
CAUGAGUA
1j5a:A, 1215-1224, 1jzx:A, 1215-1224, 1jzy:A, 1215-1224, 1jzz:A, 1215-1224, 1k01:A, 1215-1224
CCAUAGUA
1ffk:0, 1286-1295, 1jj2:0, 1333-1342, 1k73:A, 1333-1342, 1k8a:A, 1333-1342, 1k9m:A, 1333-1342, 1kc8:A, 1333-1342, 1kd1:A, 1333-1342, 1kqs:0, 1333-1342, 1m1k:A, 1333-1342, 1m90:A, 1333-1342, 1n8r:A, 1333-1342, 1nji:A, 1333-1342, 1q7y:A, 1333-1342, 1q81:A, 1333-1342, 1q82:A, 1333-1342, 1q86:A, 1333-1342, 1qvf:0, 1333-1342, 1qvg:0, 1333-1342, 1s1i:3, 1444-1453, 1s72:0, 1333-1342, 1vq4:0, 1333-1342, 1vq5:0, 1333-1342, 1vq6:0, 1333-1342, 1vq7:0, 1333-1342, 1vq8:0, 1333-1342, 1vq9:0, 1333-1342, 1vqk:0, 1333-1342, 1vql:0, 1333-1342, 1vqm:0, 1333-1342, 1vqn:0, 1333-1342, 1vqo:0, 1333-1342, 1vqp:0, 1333-1342, 1w2b:0, 1333-1342, 1yhq:0, 1333-1342, 1yi2:0, 1333-1342, 1yij:0, 1333-1342, 1yit:0, 1333-1342, 1yj9:0, 1333-1342, 1yjn:0, 1333-1342, 1yjw:0, 1333-1342, 2otj:0, 1333-1342, 2otl:0, 1333-1342, 2qa4:0, 1338-1347, 2qex:0, 1333-1342, 3cc2:0, 1333-1342, 3cc4:0, 1333-1342, 3cc7:0, 1333-1342, 3cce:0, 1333-1342, 3ccj:0, 1333-1342, 3ccl:0, 1333-1342, 3ccm:0, 1333-1342, 3ccq:0, 1333-1342, 3ccr:0, 1333-1342, 3ccs:0, 1333-1342, 3ccu:0, 1333-1342, 3ccv:0, 1333-1342, 3cd6:0, 1333-1342, 3cma:0, 1333-1342, 3cme:0, 1333-1342, 3cpw:0, 1333-1342
CUUGAGUA
3bbo:A, 1226-1235
GACGAAAC
1fjg:A, 436-445, 1hnw:A, 436-445, 1hnx:A, 436-445, 1hnz:A, 436-445, 1hr0:A, 436-445, 1i95:A, 439-448, 1i96:A, 439-448, 1ibk:A, 436-445, 1ibl:A, 436-445, 1ibm:A, 436-445, 1j5e:A, 436-445, 1n32:A, 436-445, 1n33:A, 436-445, 1pns:A, 440-449, 1pnx:A, 440-449, 1xmq:A, 436-445, 1yl4:A, 436-445, 2b64:A, 436-445, 2b9m:A, 436-445, 2b9o:A, 436-445, 2e5l:A, 437-446, 2hgi:A, 436-445, 2hgr:A, 436-445, 2hhh:A, 436-445, 2ow8:y, 436-445, 2qnh:y, 436-445, 2uu9:A, 436-445, 2uua:A, 436-445, 2uub:A, 436-445, 2uuc:A, 436-445, 2uxb:A, 436-445, 2vqe:A, 436-445, 2vqf:A, 436-445, 3d5a:A, 436-445, 3d5c:A, 436-445
GAGGAAGG
1vs5:A, 442-451, 1vs7:A, 442-451, 2avy:A, 442-451, 2aw7:A, 442-451, 2i2p:A, 442-451, 2i2u:A, 442-451, 2qal:A, 442-451, 2qan:A, 442-451, 2qb9:A, 442-451, 2qbb:A, 442-451, 2qbd:A, 442-451, 2qbf:A, 442-451, 2qbh:A, 442-451, 2qbj:A, 442-451, 2qou:A, 442-451, 2qow:A, 442-451, 2qoy:A, 442-451, 2qp0:A, 442-451, 2z4k:A, 442-451, 2z4m:A, 442-451, 3df1:A, 442-451, 3df3:A, 442-451
UGCCCGGU
1vp0:B, 1775-1784