Please cite:
Schudoma et al.,
Nucl. Acids Res. 38: 970-980.
DOI 10.1093/nar/gkp1010.
(008)-Segment cluster 142 (cutoff=3.0 Å)
Cluster size 152 structure(s)
Representative structure 1m1k:A (&rarr PDB)
Downloads Representative structure (PDB) (MC-Annotate)
Member list
Consensus sequence NNWNVBND
Cluster members
AGAUAGCU
1j5a:A, 767-776, 1jzx:A, 767-776, 1jzy:A, 767-776, 1jzz:A, 767-776, 1k01:A, 767-776, 1njm:0, 762-771, 1njn:0, 762-771, 1njo:0, 762-771, 1njp:0, 762-771, 1nkw:0, 762-771, 1nwx:0, 762-771, 1nwy:0, 762-771, 1ond:0, 762-771, 1p9x:0, 739-748, 1pnu:0, 762-771, 1pny:0, 762-771, 1sm1:0, 762-771, 1vor:B, 762-771, 1vou:B, 762-771, 1vow:B, 762-771, 1voy:B, 762-771, 1vp0:B, 762-771, 1vs6:B, 799-808, 1vs8:B, 799-808, 1vsa:w, 825-834, 1vsp:w, 825-834, 1xbp:0, 762-771, 1y69:0, 762-771, 1yl3:A, 824-833, 1z58:2, 756-765, 2aar:0, 762-771, 2aw4:B, 799-808, 2awb:B, 799-808, 2d3o:0, 762-771, 2hgj:A, 824-833, 2hgq:A, 824-833, 2hgu:A, 824-833, 2i2t:B, 799-808, 2i2v:B, 799-808, 2j01:A, 808-817, 2j03:A, 808-817, 2j28:B, 799-808, 2jl6:A, 835-844, 2jl8:A, 835-844, 2o43:A, 762-771, 2o44:A, 762-771, 2o45:A, 762-771, 2ogm:0, 762-771, 2ogo:0, 761-770, 2qam:B, 799-808, 2qao:B, 799-808, 2qba:B, 799-808, 2qbc:B, 799-808, 2qbe:B, 799-808, 2qbg:B, 799-808, 2qbi:B, 799-808, 2qbk:B, 799-808, 2qov:B, 799-808, 2qox:B, 799-808, 2qoz:B, 799-808, 2qp1:B, 799-808, 2z4l:B, 799-808, 2z4n:B, 799-808, 2zjp:X, 740-749, 2zjq:X, 740-749, 2zjr:X, 740-749, 3bbx:B, 799-808, 3cf5:X, 740-749, 3d5b:A, 820-829, 3d5d:A, 820-829, 3df2:B, 799-808, 3df4:B, 799-808, 3dll:X, 740-749
AUAAAGUG
2gy9:A, 1243-1252, 2vho:A, 1280-1289
CAACAGCU
1ffk:0, 882-891, 1jj2:0, 886-895, 1k73:A, 886-895, 1k8a:A, 886-895, 1k9m:A, 886-895, 1kc8:A, 886-895, 1kd1:A, 886-895, 1kqs:0, 886-895, 1m1k:A, 886-895, 1m90:A, 886-895, 1n8r:A, 886-895, 1nji:A, 886-895, 1q7y:A, 886-895, 1q81:A, 886-895, 1q82:A, 886-895, 1q86:A, 886-895, 1qvf:0, 886-895, 1qvg:0, 886-895, 1s1i:3, 885-894, 1s72:0, 886-895, 1vq4:0, 886-895, 1vq5:0, 886-895, 1vq6:0, 886-895, 1vq7:0, 886-895, 1vq8:0, 886-895, 1vq9:0, 886-895, 1vqk:0, 886-895, 1vql:0, 886-895, 1vqm:0, 886-895, 1vqn:0, 886-895, 1vqo:0, 886-895, 1vqp:0, 886-895, 1w2b:0, 886-895, 1yhq:0, 886-895, 1yi2:0, 886-895, 1yij:0, 886-895, 1yit:0, 886-895, 1yj9:0, 886-895, 1yjn:0, 886-895, 1yjw:0, 886-895, 2otj:0, 886-895, 2otl:0, 886-895, 2qa4:0, 885-894, 2qex:0, 886-895, 3cc2:0, 886-895, 3cc4:0, 886-895, 3cc7:0, 886-895, 3cce:0, 886-895, 3ccj:0, 886-895, 3ccl:0, 886-895, 3ccm:0, 886-895, 3ccq:0, 886-895, 3ccr:0, 886-895, 3ccs:0, 886-895, 3ccu:0, 886-895, 3ccv:0, 886-895, 3cd6:0, 886-895, 3cma:0, 886-895, 3cme:0, 886-895, 3cpw:0, 886-895
GUUGACCA
1j5a:A, 812-821, 1jzx:A, 812-821, 1jzy:A, 812-821, 1jzz:A, 812-821, 1k01:A, 812-821, 2ogm:0, 807-816, 2ogn:0, 807-816, 2ogo:0, 806-815
UCAGCGGA
2o44:A, 2753-2762
UCUGGUAG
1nkw:0, 1130-1139, 1nwx:0, 1130-1139, 1nwy:0, 1130-1139, 1vor:B, 1146-1155, 1vou:B, 1146-1155, 1vow:B, 1146-1155, 1voy:B, 1146-1155, 1vp0:B, 1146-1155