Please cite:
Schudoma et al.,
Nucl. Acids Res. 38: 970-980.
DOI 10.1093/nar/gkp1010.
(005)-Hairpin cluster 687 (cutoff=1.5 Å)
Cluster size 307 structure(s)
Representative structure 1xnq:A (&rarr PDB)
Downloads Representative structure (PDB) (MC-Annotate)
Member list
Consensus sequence NHHNN
Cluster members
AUCCA
2gya:0, 120-126, 2gyc:0, 120-126
CUUGU
3d5b:A, 265-271, 3d5d:A, 265-271
GAAAA
1jzx:A, 747-753, 1jzy:A, 747-753, 1jzz:A, 747-753, 1k01:A, 747-753, 1vsa:w, 805-811, 1y69:0, 742-748, 2aar:0, 742-748, 2b66:A, 804-810, 2b9n:A, 804-810, 2b9p:A, 804-810, 2d3o:0, 742-748, 2hgq:A, 804-810, 2hgu:A, 804-810, 2j01:A, 788-794, 2j03:A, 788-794, 2jl6:A, 815-821, 2jl8:A, 815-821, 2o43:A, 742-748, 2o44:A, 742-748, 2o45:A, 742-748, 2ogm:0, 742-748, 2ogn:0, 742-748, 2ogo:0, 741-747, 2v47:A, 788-794, 2v49:A, 788-794, 2zjp:X, 720-726, 2zjq:X, 720-726, 2zjr:X, 720-726, 3cf5:X, 720-726, 3d5b:A, 800-806, 3d5d:A, 800-806, 3dll:X, 720-726
GAAAG
1ffk:0, 862-868, 1jj2:0, 866-872, 1k73:A, 866-872, 1k8a:A, 866-872, 1k9m:A, 866-872, 1kc8:A, 866-872, 1kd1:A, 866-872, 1kqs:0, 866-872, 1m1k:A, 866-872, 1m90:A, 866-872, 1n8r:A, 866-872, 1nji:A, 866-872, 1q7y:A, 866-872, 1q81:A, 866-872, 1q82:A, 866-872, 1q86:A, 866-872, 1qvf:0, 866-872, 1qvg:0, 866-872, 1s1i:3, 865-871, 1s72:0, 866-872, 1vq4:0, 866-872, 1vq5:0, 866-872, 1vq6:0, 866-872, 1vq7:0, 866-872, 1vq8:0, 866-872, 1vq9:0, 866-872, 1vqk:0, 866-872, 1vql:0, 866-872, 1vqm:0, 866-872, 1vqn:0, 866-872, 1vqo:0, 866-872, 1vqp:0, 866-872, 1vs6:B, 779-785, 1vs8:B, 779-785, 1w2b:0, 866-872, 1yhq:0, 866-872, 1yi2:0, 866-872, 1yij:0, 866-872, 1yit:0, 866-872, 1yj9:0, 866-872, 1yjn:0, 866-872, 1yjw:0, 866-872, 2aw4:B, 779-785, 2awb:B, 779-785, 2gya:0, 716-722, 2gyc:0, 716-722, 2i2t:B, 779-785, 2i2v:B, 779-785, 2j28:B, 779-785, 2otj:0, 866-872, 2otl:0, 866-872, 2qa4:0, 865-871, 2qam:B, 779-785, 2qao:B, 779-785, 2qba:B, 779-785, 2qbc:B, 779-785, 2qbe:B, 779-785, 2qbg:B, 779-785, 2qbi:B, 779-785, 2qbk:B, 779-785, 2qex:0, 866-872, 2qov:B, 779-785, 2qox:B, 779-785, 2qoz:B, 779-785, 2qp1:B, 779-785, 2z4l:B, 779-785, 2z4n:B, 779-785, 3bbx:B, 779-785, 3cc2:0, 866-872, 3cc4:0, 866-872, 3cc7:0, 866-872, 3cce:0, 866-872, 3ccj:0, 866-872, 3ccl:0, 866-872, 3ccm:0, 866-872, 3ccq:0, 866-872, 3ccr:0, 866-872, 3ccs:0, 866-872, 3ccu:0, 866-872, 3ccv:0, 866-872, 3cd6:0, 866-872, 3cma:0, 866-872, 3cme:0, 866-872, 3cpw:0, 866-872, 3df2:B, 779-785, 3df4:B, 779-785
GCAAC
1yhq:0, 187-193, 1yi2:0, 187-193, 1yij:0, 187-193, 1yit:0, 187-193, 1yj9:0, 187-193, 1yjn:0, 187-193, 1yjw:0, 187-193, 3cc2:0, 187-193, 3cc4:0, 187-193, 3cc7:0, 187-193, 3cce:0, 187-193, 3ccj:0, 187-193, 3ccl:0, 187-193, 3ccm:0, 187-193, 3ccq:0, 187-193, 3ccr:0, 187-193, 3ccs:0, 187-193, 3ccu:0, 187-193, 3ccv:0, 187-193, 3cd6:0, 187-193, 3cma:0, 187-193, 3cme:0, 187-193
GCAAU
1ffk:0, 186-192, 1jj2:0, 187-193, 1k73:A, 187-193, 1k8a:A, 187-193, 1k9m:A, 187-193, 1kc8:A, 187-193, 1kd1:A, 187-193, 1kqs:0, 187-193, 1m1k:A, 187-193, 1m90:A, 187-193, 1n8r:A, 187-193, 1nji:A, 187-193, 1q7y:A, 187-193, 1q81:A, 187-193, 1q82:A, 187-193, 1q86:A, 187-193, 1qvf:0, 187-193, 1qvg:0, 187-193, 1s1i:3, 186-192, 1s72:0, 187-193, 1vq4:0, 187-193, 1vq5:0, 187-193, 1vq6:0, 187-193, 1vq7:0, 187-193, 1vq8:0, 187-193, 1vq9:0, 187-193, 1vqk:0, 187-193, 1vql:0, 187-193, 1vqm:0, 187-193, 1vqn:0, 187-193, 1vqo:0, 187-193, 1vqp:0, 187-193, 1w2b:0, 187-193, 2otj:0, 187-193, 2otl:0, 187-193, 2qa4:0, 187-193, 2qex:0, 187-193, 3cpw:0, 187-193
GUCUC
1ibm:A, 816-822, 2uu9:A, 816-822, 2uub:A, 816-822
UCCGG
1vs5:A, 1130-1136, 1vs7:A, 1130-1136, 2avy:A, 1130-1136, 2aw7:A, 1130-1136, 2gy9:A, 1094-1100, 2gyb:A, 1094-1100, 2i2p:A, 1130-1136, 2i2u:A, 1130-1136, 2qal:A, 1130-1136, 2qan:A, 1130-1136, 2qb9:A, 1130-1136, 2qbb:A, 1130-1136, 2qbd:A, 1130-1136, 2qbf:A, 1130-1136, 2qbh:A, 1130-1136, 2qbj:A, 1130-1136, 2qou:A, 1130-1136, 2qow:A, 1130-1136, 2qoy:A, 1130-1136, 2qp0:A, 1130-1136, 2vho:A, 1130-1136, 2vhp:A, 1130-1136, 2z4k:A, 1130-1136, 2z4m:A, 1130-1136, 3df1:A, 1130-1136, 3df3:A, 1130-1136
UUCGC
1ffk:0, 127-133, 1jj2:0, 128-134, 1k73:A, 128-134, 1k8a:A, 128-134, 1k9m:A, 128-134, 1kc8:A, 128-134, 1kd1:A, 128-134, 1kqs:0, 128-134, 1m1k:A, 128-134, 1m90:A, 128-134, 1n8r:A, 128-134, 1nji:A, 128-134, 1q7y:A, 128-134, 1q81:A, 128-134, 1q82:A, 128-134, 1q86:A, 128-134, 1qvf:0, 128-134, 1qvg:0, 128-134, 1s1i:3, 127-133, 1s72:0, 128-134, 1vq4:0, 128-134, 1vq5:0, 128-134, 1vq6:0, 128-134, 1vq7:0, 128-134, 1vq8:0, 128-134, 1vq9:0, 128-134, 1vqk:0, 128-134, 1vql:0, 128-134, 1vqm:0, 128-134, 1vqn:0, 128-134, 1vqo:0, 128-134, 1vqp:0, 128-134, 1w2b:0, 128-134, 1yhq:0, 128-134, 1yi2:0, 128-134, 1yij:0, 128-134, 1yit:0, 128-134, 1yj9:0, 128-134, 1yjn:0, 128-134, 1yjw:0, 128-134, 2otj:0, 128-134, 2otl:0, 128-134, 2qa4:0, 128-134, 2qex:0, 128-134, 3cc2:0, 128-134, 3cc4:0, 128-134, 3cc7:0, 128-134, 3cce:0, 128-134, 3ccj:0, 128-134, 3ccl:0, 128-134, 3ccm:0, 128-134, 3ccq:0, 128-134, 3ccr:0, 128-134, 3ccs:0, 128-134, 3ccu:0, 128-134, 3ccv:0, 128-134, 3cd6:0, 128-134, 3cma:0, 128-134, 3cme:0, 128-134, 3cpw:0, 128-134
UUCGG
1fjg:A, 1112-1118, 1hnx:A, 1112-1118, 1hnz:A, 1112-1118, 1ibl:A, 1112-1118, 1ibm:A, 1112-1118, 1j5e:A, 1112-1118, 1n32:A, 1112-1118, 1n33:A, 1112-1118, 1pns:A, 1128-1134, 1pnx:A, 1128-1134, 1s1h:A, 1113-1119, 1voq:A, 1128-1134, 1vos:A, 1128-1134, 1vov:A, 1128-1134, 1vox:A, 1128-1134, 1voz:A, 1128-1134, 1xnq:A, 1107-1113, 1xnr:A, 1107-1113, 1yl4:A, 1112-1118, 2b64:A, 1112-1118, 2b9m:A, 1112-1118, 2b9o:A, 1112-1118, 2e5l:A, 1113-1119, 2hgi:A, 1112-1118, 2hgp:A, 1112-1118, 2hgr:A, 1112-1118, 2hhh:A, 1112-1118, 2ow8:y, 1112-1118, 2qnh:y, 1112-1118, 2uu9:A, 1112-1118, 2uub:A, 1112-1118, 2uxc:A, 1112-1118, 2vqe:A, 1112-1118, 2vqf:A, 1112-1118, 3d5a:A, 1112-1118, 3d5c:A, 1112-1118