Please cite:
Schudoma et al.,
Nucl. Acids Res. 38: 970-980.
DOI 10.1093/nar/gkp1010.
(007)-Segment cluster 1461 (cutoff=3.0 Å)
Cluster size 92 structure(s)
Representative structure 3ccv:0 (&rarr PDB)
Downloads Representative structure (PDB) (MC-Annotate)
Member list
Consensus sequence NNNVNNN
Cluster members
AGUGAAA
1jj2:0, 1490-1498, 1k73:A, 1490-1498, 1k8a:A, 1490-1498, 1k9m:A, 1490-1498, 1kc8:A, 1490-1498, 1kd1:A, 1490-1498, 1kqs:0, 1490-1498, 1m1k:A, 1490-1498, 1m90:A, 1490-1498, 1n8r:A, 1490-1498, 1nji:A, 1490-1498, 1q82:A, 1490-1498, 1q86:A, 1490-1498, 1qvf:0, 1490-1498, 1qvg:0, 1490-1498, 1s72:0, 1490-1498, 1vq4:0, 1490-1498, 1vq5:0, 1490-1498, 1vq6:0, 1490-1498, 1vq7:0, 1490-1498, 1vq8:0, 1490-1498, 1vq9:0, 1490-1498, 1vqk:0, 1490-1498, 1vql:0, 1490-1498, 1vqm:0, 1490-1498, 1vqn:0, 1490-1498, 1vqo:0, 1490-1498, 1vqp:0, 1490-1498, 1yhq:0, 1490-1498, 1yi2:0, 1490-1498, 1yij:0, 1490-1498, 1yit:0, 1490-1498, 1yj9:0, 1490-1498, 1yjn:0, 1490-1498, 1yjw:0, 1490-1498, 2otj:0, 1490-1498, 2otl:0, 1490-1498, 2qa4:0, 1495-1503, 2qex:0, 1490-1498, 3cc2:0, 1490-1498, 3cc4:0, 1490-1498, 3cc7:0, 1490-1498, 3cce:0, 1490-1498, 3ccj:0, 1490-1498, 3ccl:0, 1490-1498, 3ccm:0, 1490-1498, 3ccq:0, 1490-1498, 3ccr:0, 1490-1498, 3ccs:0, 1490-1498, 3ccu:0, 1490-1498, 3ccv:0, 1490-1498, 3cd6:0, 1490-1498, 3cma:0, 1490-1498, 3cme:0, 1490-1498, 3cpw:0, 1490-1498
AGUGAGG
1vor:B, 901-909, 1vou:B, 901-909, 1vow:B, 901-909, 1voy:B, 901-909, 1vp0:B, 901-909, 2o44:A, 885-893
AUCCAGU
2pcw:A, 23-31
CUGCCCG
1j5a:A, 1766-1774, 1jzx:A, 1766-1774, 1jzy:A, 1766-1774, 1jzz:A, 1766-1774, 1k01:A, 1766-1774
GAAAUGA
2b66:A, 842-850, 2b9n:A, 842-850, 2b9p:A, 842-850
GAAAUGU
2o45:A, 780-788
GCCAGAA
2hgj:A, 1490-1498, 2hgu:A, 1490-1498
UACCCGC
2gya:0, 1923-1931
UCUGGUA
1j5a:A, 1138-1146, 1jzx:A, 1138-1146, 1jzy:A, 1138-1146, 1jzz:A, 1138-1146, 1k01:A, 1138-1146, 1njm:0, 1130-1138, 1njn:0, 1130-1138, 1njo:0, 1130-1138, 1njp:0, 1130-1138, 1p9x:0, 1107-1115, 1pnu:0, 1146-1154, 1pny:0, 1146-1154, 1sm1:0, 1130-1138, 2zjp:X, 1108-1116, 2zjq:X, 1108-1116, 2zjr:X, 1105-1113, 3cf5:X, 1108-1116, 3dll:X, 1108-1116