Please cite:
Schudoma et al.,
Nucl. Acids Res. 38: 970-980.
DOI 10.1093/nar/gkp1010.
(007)-Segment cluster 1087 (cutoff=3.0 Å)
Cluster size 150 structure(s)
Representative structure 2qba:B (&rarr PDB)
Downloads Representative structure (PDB) (MC-Annotate)
Member list
Consensus sequence DBNRDNA
Cluster members
AUAAGUA
1vs6:B, 1245-1253, 1vs8:B, 1245-1253, 2aw4:B, 1245-1253, 2awb:B, 1245-1253, 2i2t:B, 1245-1253, 2i2v:B, 1245-1253, 2j28:B, 1245-1253, 2qam:B, 1245-1253, 2qao:B, 1245-1253, 2qba:B, 1245-1253, 2qbc:B, 1245-1253, 2qbe:B, 1245-1253, 2qbg:B, 1245-1253, 2qbi:B, 1245-1253, 2qbk:B, 1245-1253, 2qov:B, 1245-1253, 2qox:B, 1245-1253, 2qoz:B, 1245-1253, 2qp1:B, 1245-1253, 2z4l:B, 1245-1253, 2z4n:B, 1245-1253, 3df2:B, 1245-1253, 3df4:B, 1245-1253
AUGAGUA
1njm:0, 1208-1216, 1njn:0, 1208-1216, 1njo:0, 1208-1216, 1njp:0, 1208-1216, 1nkw:0, 1208-1216, 1nwx:0, 1208-1216, 1nwy:0, 1208-1216, 1ond:0, 1208-1216, 1pnu:0, 1224-1232, 1pny:0, 1224-1232, 1sm1:0, 1208-1216, 1vsa:w, 1286-1294, 1vsp:w, 1286-1294, 1xbp:0, 1208-1216, 1y69:0, 1208-1216, 1z58:2, 1199-1207, 2aar:0, 1208-1216, 2b66:A, 1285-1293, 2b9n:A, 1285-1293, 2b9p:A, 1285-1293, 2d3o:0, 1208-1216, 2hgj:A, 1285-1293, 2hgq:A, 1285-1293, 2j01:A, 1211-1219, 2j03:A, 1211-1219, 2jl6:A, 1290-1298, 2jl8:A, 1290-1298, 2o43:A, 1208-1216, 2o44:A, 1208-1216, 2o45:A, 1205-1213, 2ogm:0, 1208-1216, 2ogn:0, 1208-1216, 2ogo:0, 1207-1215, 2v47:A, 1211-1219, 2v49:A, 1211-1219, 2zjp:X, 1186-1194, 2zjq:X, 1186-1194, 2zjr:X, 1183-1191, 3cf5:X, 1186-1194, 3d5b:A, 1281-1289, 3d5d:A, 1281-1289, 3dll:X, 1186-1194
GCGGACA
2vhn:B, 2167-2175
GGAAGAA
1n36:A, 399-407
GGGAGUA
2qa4:9, 73-81
GUCGUCA
1fjg:A, 1038-1046, 1hnw:A, 1038-1046, 1hnx:A, 1038-1046, 1hnz:A, 1038-1046, 1hr0:A, 1038-1046, 1i94:A, 1041-1049, 1i95:A, 1041-1049, 1i96:A, 1041-1049, 1ibk:A, 1038-1046, 1ibl:A, 1038-1046, 1ibm:A, 1038-1046, 1j5e:A, 1038-1046, 1n32:A, 1038-1046, 1n34:A, 1038-1046, 1pns:A, 1054-1062, 1pnx:A, 1054-1062, 1s1h:A, 1039-1047, 1voq:A, 1054-1062, 1vos:A, 1054-1062, 1vov:A, 1054-1062, 1vox:A, 1054-1062, 1voz:A, 1054-1062, 1vs5:A, 1056-1064, 1vs7:A, 1056-1064, 1xmo:A, 1033-1041, 1xmq:A, 1033-1041, 1xnq:A, 1033-1041, 1xnr:A, 1033-1041, 2avy:A, 1056-1064, 2aw7:A, 1056-1064, 2e5l:A, 1039-1047, 2gy9:A, 1020-1028, 2hhh:A, 1038-1046, 2i2p:A, 1056-1064, 2i2u:A, 1056-1064, 2j00:A, 1038-1046, 2j02:A, 1038-1046, 2jl5:A, 1038-1046, 2jl7:A, 1038-1046, 2ow8:y, 1038-1046, 2qal:A, 1056-1064, 2qan:A, 1056-1064, 2qb9:A, 1056-1064, 2qbb:A, 1056-1064, 2qbd:A, 1056-1064, 2qbf:A, 1056-1064, 2qbh:A, 1056-1064, 2qbj:A, 1056-1064, 2qnh:y, 1038-1046, 2qou:A, 1056-1064, 2qow:A, 1056-1064, 2qoy:A, 1056-1064, 2qp0:A, 1056-1064, 2uu9:A, 1038-1046, 2uua:A, 1038-1046, 2uub:A, 1038-1046, 2uuc:A, 1038-1046, 2uxc:A, 1038-1046, 2uxd:A, 1017-1025, 2vqe:A, 1038-1046, 2vqf:A, 1038-1046, 2z4k:A, 1056-1064, 2z4m:A, 1056-1064, 3bbn:A, 1004-1012, 3d5a:A, 1038-1046, 3d5c:A, 1038-1046, 3df1:A, 1056-1064, 3df3:A, 1056-1064
GUUAGUA
1vor:B, 214-222, 1vou:B, 214-222, 1vow:B, 214-222, 1voy:B, 214-222, 1vp0:B, 214-222
UGAAAGA
1fka:A, 575-583, 2b64:A, 583-591, 2b9m:A, 583-591, 2b9o:A, 583-591, 2j00:A, 583-591, 2j02:A, 583-591
UGAAGAA
2gy9:A, 386-394
UUCGGAA
1s9s:A, 59-67, 1u6p:B, 59-67