Please cite:
Schudoma et al.,
Nucl. Acids Res. 38: 970-980.
DOI 10.1093/nar/gkp1010.
(007)-Segment cluster 580 (cutoff=2.5 Å)
Cluster size 266 structure(s)
Representative structure 1vs6:A (&rarr PDB)
Downloads Representative structure (PDB) (MC-Annotate)
Member list
Consensus sequence NNNNNNN
Cluster members
AAAAAUA
1mnx:A, 31-39
AAAAGUC
1nkw:9, 97-105, 1nwx:9, 97-105, 1nwy:9, 97-105, 1pnu:9, 97-105, 1pny:9, 97-105, 1sm1:9, 97-105, 1xbp:9, 97-105, 1y69:9, 97-105, 2zjp:Z, 99-107, 2zjq:Y, 99-107, 2zjr:Y, 99-107, 3cf5:Z, 99-107, 3dll:Z, 99-107
AAACAUA
3egz:B, 53-61
AACUGCA
2gyb:A, 594-602
AACUUGG
1xbp:0, 2080-2088, 2aar:0, 2080-2088, 2ogm:0, 2080-2088, 2ogo:0, 2079-2087
AAGCCCU
2gyc:0, 1474-1482
AAUGAUA
1nkw:9, 70-78, 1nwx:9, 70-78, 1nwy:9, 70-78, 1pnu:9, 70-78, 1pny:9, 70-78, 1sm1:9, 70-78, 1xbp:9, 70-78, 1y69:9, 70-78, 2zjp:Z, 72-80, 2zjq:Y, 72-80, 2zjr:Y, 72-80, 3cf5:Z, 72-80, 3dll:Z, 72-80
ACAGCCU
2o45:A, 795-803
AGCCCUA
1hnx:A, 1012-1020, 2uu9:A, 1012-1020, 2uua:A, 1012-1020, 2uuc:A, 1012-1020
AGCGACG
2b64:A, 383-391, 2b9m:A, 383-391, 2b9o:A, 383-391
AGGCUAG
1n34:A, 626-634
AGGUUUA
3cd6:0, 2478-2486
AUGGAUU
1j5a:A, 1112-1120, 1jzx:A, 1112-1120, 1jzy:A, 1112-1120, 1jzz:A, 1112-1120, 1k01:A, 1112-1120, 1p9x:0, 1081-1089
CAAGGAA
3bbo:A, 1783-1791
CCAGCGU
2a2e:A, 183-191
CUAAGGC
2v49:A, 999-1007
GAACCGG
1l9a:B, 71-79, 2vhm:B, 179-187, 2vhn:B, 179-187
GAAGCUA
1fjg:A, 830-838, 1hnw:A, 830-838, 1hnx:A, 830-838, 1hnz:A, 830-838, 1hr0:A, 830-838, 1i94:A, 833-841, 1i95:A, 833-841, 1i96:A, 833-841, 1i97:A, 833-841, 1ibk:A, 830-838, 1ibl:A, 830-838, 1ibm:A, 830-838, 1j5e:A, 830-838, 1n32:A, 830-838, 1n34:A, 830-838, 1n36:A, 830-838, 1pns:A, 850-858, 1pnx:A, 850-858, 1s1h:A, 835-843, 1xmo:A, 830-838, 1xmq:A, 830-838, 1xnq:A, 830-838, 1xnr:A, 830-838, 2e5l:A, 831-839, 2f4v:A, 830-838, 2hhh:A, 830-838, 2j00:A, 830-838, 2j02:A, 830-838, 2jl5:A, 830-838, 2jl7:A, 830-838, 2uu9:A, 830-838, 2uua:A, 830-838, 2uub:A, 830-838, 2uuc:A, 830-838, 2uxb:A, 830-838, 2uxc:A, 830-838, 2uxd:A, 808-816, 2vqe:A, 830-838, 2vqf:A, 830-838, 3d5a:A, 830-838, 3d5c:A, 830-838
GAAGUCG
1n36:A, 1409-1417
GACGAUA
1mnx:A, 4-12
GAGAGUA
1a51:A, 30-38, 1c2x:C, 97-105, 1d6k:B, 26-34, 1vs6:A, 96-104, 1vs8:A, 96-104, 1vsa:x, 98-106, 1vsp:x, 98-106, 2aw4:A, 96-104, 2awb:A, 96-104, 2hgj:B, 100-108, 2hgq:B, 100-108, 2hgu:B, 100-108, 2i2t:A, 96-104, 2i2v:A, 96-104, 2j28:A, 96-104, 2jl6:B, 98-106, 2jl8:B, 98-106, 2qam:A, 96-104, 2qao:A, 96-104, 2qba:A, 96-104, 2qbc:A, 96-104, 2qbe:A, 96-104, 2qbg:A, 96-104, 2qbi:A, 96-104, 2qbk:A, 96-104, 2qov:A, 96-104, 2qox:A, 96-104, 2qoz:A, 96-104, 2qp1:A, 96-104, 2z4l:A, 96-104, 2z4n:A, 96-104, 3bbx:A, 96-104, 3d5b:B, 98-106, 3d5d:B, 98-106, 3df2:A, 96-104, 3df4:A, 96-104
GAGCAGG
1z58:2, 2235-2243
GAGCCCU
1ibl:A, 1011-1019, 2uxb:A, 1011-1019
GAUGGUA
1a51:A, 4-12, 1c2x:C, 71-79, 1d6k:B, 5-13, 1vs6:A, 70-78, 1vs8:A, 70-78, 1vsa:x, 71-79, 1vsp:x, 71-79, 2aw4:A, 70-78, 2awb:A, 70-78, 2hgj:B, 73-81, 2hgq:B, 73-81, 2hgu:B, 73-81, 2i2t:A, 70-78, 2i2v:A, 70-78, 2j28:A, 70-78, 2jl6:B, 71-79, 2jl8:B, 71-79, 2qam:A, 70-78, 2qao:A, 70-78, 2qba:A, 70-78, 2qbc:A, 70-78, 2qbe:A, 70-78, 2qbg:A, 70-78, 2qbi:A, 70-78, 2qbk:A, 70-78, 2qov:A, 70-78, 2qox:A, 70-78, 2qoz:A, 70-78, 2qp1:A, 70-78, 2v47:B, 71-79, 2v49:B, 71-79, 2z4l:A, 70-78, 2z4n:A, 70-78, 3bbx:A, 70-78, 3d5b:B, 71-79, 3d5d:B, 71-79, 3df2:A, 70-78, 3df4:A, 70-78
GCAGGGU
1yl3:A, 1499-1507, 2b66:A, 1499-1507, 2b9n:A, 1499-1507, 2b9p:A, 1499-1507
GCAUAAC
2gy9:A, 165-173, 2gyb:A, 165-173, 2qb9:A, 172-180, 2qbb:A, 172-180, 2qou:A, 172-180, 2qow:A, 172-180
GCCUCGU
2vhn:B, 835-843
GCGCUGU
1j5a:A, 1911-1919, 1jzz:A, 1911-1919
GCGGAGG
1vor:B, 685-693, 1vou:B, 685-693, 1vow:B, 685-693, 1voy:B, 685-693, 1vp0:B, 685-693
GGAGCUA
1vs5:A, 853-861, 1vs7:A, 853-861, 2avy:A, 853-861, 2aw7:A, 853-861, 2gyb:A, 817-825, 2i2p:A, 853-861, 2i2u:A, 853-861, 2qal:A, 853-861, 2qan:A, 853-861, 2qb9:A, 853-861, 2qbb:A, 853-861, 2qbd:A, 853-861, 2qbf:A, 853-861, 2qbh:A, 853-861, 2qbj:A, 853-861, 2qou:A, 853-861, 2qoy:A, 853-861, 2qp0:A, 853-861, 2z4k:A, 853-861, 2z4m:A, 853-861, 3df1:A, 853-861, 3df3:A, 853-861
GGCACUC
1hnz:A, 1120-1128
GGGCACU
2uub:A, 1119-1127, 2uxc:A, 1119-1127
GGGCGUC
1fka:A, 563-571
GGGGAAC
2hgj:A, 165-173
GGGUUCA
1nkw:0, 2472-2480, 1ond:0, 2471-2479, 1p9x:0, 2447-2455, 1y69:0, 2472-2480, 2aar:0, 2472-2480, 2d3o:0, 2493-2501, 2j01:A, 2458-2466, 2j03:A, 2458-2466, 2o44:A, 2472-2480, 2ogm:0, 2472-2480, 2ogn:0, 2472-2480, 2ogo:0, 2471-2479, 2v47:A, 2453-2461, 2v49:A, 2453-2461, 2zjp:X, 2383-2391, 2zjq:X, 2383-2391, 2zjr:X, 2380-2388, 3cf5:X, 2383-2391, 3dll:X, 2383-2391
GGGUUUA
1vql:0, 2478-2486, 1vqm:0, 2478-2486, 1vqn:0, 2478-2486, 1vqp:0, 2478-2486
GUAGGCG
1voq:A, 573-581, 1vos:A, 573-581, 1vov:A, 573-581, 1vox:A, 573-581, 1voz:A, 573-581
GUGUUAG
2vhm:B, 288-296
UAACGAU
3bbo:A, 1911-1919
UAACGUU
2vhm:B, 2143-2151, 2vhn:B, 2143-2151
UACGCUC
1i97:A, 622-630
UAGCACA
1i97:A, 1020-1028, 1yl4:A, 1017-1025
UAGUCUG
1ond:0, 1996-2004, 1pnu:0, 2022-2030, 1pny:0, 2022-2030
UCGGGUU
2aar:0, 2014-2022
UCUGAUA
2vhp:A, 631-639
UGGAAUU
1i97:A, 653-661
UGGUAGU
2vho:A, 793-801
UUCCGGA
2vho:A, 849-857
UUGAGUC
2vhp:A, 647-655
UUUCUAA
3cf5:X, 1999-2007