Please cite:
Schudoma et al.,
Nucl. Acids Res. 38: 970-980.
DOI 10.1093/nar/gkp1010.
(007)-Segment cluster 1095 (cutoff=1.5 Å)
Cluster size 105 structure(s)
Representative structure 2qbc:A (&rarr PDB)
Downloads Representative structure (PDB) (MC-Annotate)
Member list
Consensus sequence NRNVNNN
Cluster members
AAAAAUA
1mnx:A, 31-39
AAAAGUC
1nkw:9, 97-105, 1nwx:9, 97-105, 1nwy:9, 97-105, 1pnu:9, 97-105, 1pny:9, 97-105, 1sm1:9, 97-105, 1xbp:9, 97-105, 1y69:9, 97-105, 2zjp:Z, 99-107, 2zjq:Y, 99-107, 2zjr:Y, 99-107, 3cf5:Z, 99-107, 3dll:Z, 99-107
AAUGAUA
1nkw:9, 70-78, 1nwx:9, 70-78, 1nwy:9, 70-78, 1xbp:9, 70-78, 1y69:9, 70-78, 2zjp:Z, 72-80, 2zjq:Y, 72-80, 2zjr:Y, 72-80, 3cf5:Z, 72-80, 3dll:Z, 72-80
CAAGGAA
3bbo:A, 1783-1791
GAACCGG
2vhm:B, 179-187, 2vhn:B, 179-187
GAAGUCG
1n36:A, 1409-1417
GACGAUA
1mnx:A, 4-12
GAGAGUA
1a51:A, 30-38, 1c2x:C, 97-105, 1d6k:B, 26-34, 1vs6:A, 96-104, 1vs8:A, 96-104, 1vsa:x, 98-106, 1vsp:x, 98-106, 2aw4:A, 96-104, 2awb:A, 96-104, 2hgj:B, 100-108, 2hgq:B, 100-108, 2hgu:B, 100-108, 2i2t:A, 96-104, 2i2v:A, 96-104, 2j28:A, 96-104, 2jl6:B, 98-106, 2jl8:B, 98-106, 2qam:A, 96-104, 2qao:A, 96-104, 2qba:A, 96-104, 2qbc:A, 96-104, 2qbe:A, 96-104, 2qbg:A, 96-104, 2qbi:A, 96-104, 2qbk:A, 96-104, 2qov:A, 96-104, 2qox:A, 96-104, 2qoz:A, 96-104, 2qp1:A, 96-104, 2v47:B, 98-106, 2v49:B, 98-106, 2z4l:A, 96-104, 2z4n:A, 96-104, 3bbx:A, 96-104, 3d5b:B, 98-106, 3d5d:B, 98-106, 3df2:A, 96-104, 3df4:A, 96-104
GAUGGUA
1a51:A, 4-12, 1c2x:C, 71-79, 1d6k:B, 5-13, 1vs6:A, 70-78, 1vs8:A, 70-78, 1vsp:x, 71-79, 2aw4:A, 70-78, 2awb:A, 70-78, 2hgj:B, 73-81, 2hgq:B, 73-81, 2hgu:B, 73-81, 2i2t:A, 70-78, 2i2v:A, 70-78, 2j28:A, 70-78, 2jl6:B, 71-79, 2jl8:B, 71-79, 2qam:A, 70-78, 2qao:A, 70-78, 2qba:A, 70-78, 2qbc:A, 70-78, 2qbe:A, 70-78, 2qbg:A, 70-78, 2qbi:A, 70-78, 2qbk:A, 70-78, 2qov:A, 70-78, 2qox:A, 70-78, 2qoz:A, 70-78, 2qp1:A, 70-78, 2v47:B, 71-79, 2v49:B, 71-79, 2z4l:A, 70-78, 2z4n:A, 70-78, 3bbx:A, 70-78, 3d5b:B, 71-79, 3d5d:B, 71-79, 3df2:A, 70-78, 3df4:A, 70-78
UGGAAUU
1i97:A, 653-661