Please cite:
Schudoma et al.,
Nucl. Acids Res. 38: 970-980.
DOI 10.1093/nar/gkp1010.
(006)-Segment cluster 2686 (cutoff=3.0 Å)
Cluster size 301 structure(s)
Representative structure 3ccj:0 (&rarr PDB)
Downloads Representative structure (PDB) (MC-Annotate)
Member list
Consensus sequence NNNNNN
Cluster members
AAAGAC
1vsp:w, 2057-2064, 2hgu:A, 2057-2064
AUAGUA
3bwp:A, 280-287
CAAAUC
3bbn:A, 548-555
CAGUAC
1yhq:0, 347-354, 1yi2:0, 347-354, 1yij:0, 347-354, 1yit:0, 347-354, 1yj9:0, 347-354, 1yjn:0, 347-354, 1yjw:0, 347-354, 3cc2:0, 347-354, 3cc4:0, 347-354, 3cc7:0, 347-354, 3cce:0, 347-354, 3ccj:0, 347-354, 3ccl:0, 347-354, 3ccm:0, 347-354, 3ccq:0, 347-354, 3ccr:0, 347-354, 3ccs:0, 347-354, 3ccu:0, 347-354, 3ccv:0, 347-354, 3cd6:0, 347-354, 3cma:0, 347-354, 3cme:0, 347-354
CGGAAC
1z58:2, 2601-2608
GAAAGA
1fjg:A, 584-591, 1hnw:A, 584-591, 1hnx:A, 584-591, 1hnz:A, 584-591, 1hr0:A, 584-591, 1i94:A, 587-594, 1i95:A, 587-594, 1i96:A, 587-594, 1ibk:A, 584-591, 1ibl:A, 584-591, 1ibm:A, 584-591, 1j5e:A, 584-591, 1n32:A, 584-591, 1n33:A, 584-591, 1n34:A, 584-591, 1n36:A, 584-591, 1pns:A, 598-605, 1pnx:A, 598-605, 1s1h:A, 589-596, 1xmo:A, 584-591, 1xmq:A, 584-591, 1xnq:A, 584-591, 1xnr:A, 584-591, 1yl4:A, 584-591, 2e5l:A, 585-592, 2f4v:A, 584-591, 2hgi:A, 584-591, 2hgp:A, 584-591, 2hgr:A, 584-591, 2hhh:A, 584-591, 2jl5:A, 584-591, 2jl7:A, 584-591, 2uu9:A, 584-591, 2uua:A, 584-591, 2uub:A, 584-591, 2uuc:A, 584-591, 2uxb:A, 584-591, 2uxc:A, 584-591, 2uxd:A, 562-569, 2v46:A, 584-591, 2v48:A, 584-591, 2vqe:A, 584-591, 2vqf:A, 584-591, 3d5a:A, 584-591, 3d5c:A, 584-591
GAAAUC
1vs5:A, 601-608, 1vs7:A, 601-608, 2avy:A, 601-608, 2aw7:A, 601-608, 2gy9:A, 571-578, 2i2p:A, 601-608, 2i2u:A, 601-608, 2qal:A, 601-608, 2qan:A, 601-608, 2qb9:A, 601-608, 2qbb:A, 601-608, 2qbd:A, 601-608, 2qbf:A, 601-608, 2qbh:A, 601-608, 2qbj:A, 601-608, 2qou:A, 601-608, 2qow:A, 601-608, 2qoy:A, 601-608, 2qp0:A, 601-608, 2z4k:A, 601-608, 2z4m:A, 601-608, 3df1:A, 601-608, 3df3:A, 601-608
GAAGAA
1fjg:A, 400-407, 1hnw:A, 400-407, 1hnx:A, 400-407, 1hnz:A, 400-407, 1hr0:A, 400-407, 1i94:A, 403-410, 1i95:A, 403-410, 1i96:A, 403-410, 1ibk:A, 400-407, 1ibl:A, 400-407, 1ibm:A, 400-407, 1j5e:A, 400-407, 1n32:A, 400-407, 1n33:A, 400-407, 1pns:A, 404-411, 1pnx:A, 404-411, 1s1h:A, 405-412, 1yl4:A, 400-407, 2b64:A, 400-407, 2b9m:A, 400-407, 2b9o:A, 400-407, 2e5l:A, 401-408, 2hgi:A, 400-407, 2hgp:A, 400-407, 2hgr:A, 400-407, 2hhh:A, 400-407, 2j00:A, 400-407, 2j02:A, 400-407, 2jl5:A, 400-407, 2jl7:A, 400-407, 2qnh:y, 400-407, 2uu9:A, 400-407, 2uua:A, 400-407, 2uub:A, 400-407, 2uuc:A, 400-407, 2v46:A, 400-407, 2v48:A, 400-407, 2vqe:A, 400-407, 2vqf:A, 400-407, 3d5a:A, 400-407, 3d5c:A, 400-407
GACAAC
3d5b:A, 1560-1567, 3d5d:A, 1560-1567
GAGUAC
1fjg:A, 860-867, 1hnw:A, 860-867, 1hnx:A, 860-867, 1hnz:A, 860-867, 1hr0:A, 860-867, 1i94:A, 863-870, 1i95:A, 863-870, 1i96:A, 863-870, 1ibk:A, 860-867, 1ibl:A, 860-867, 1ibm:A, 860-867, 1j5e:A, 860-867, 1n32:A, 860-867, 1n33:A, 860-867, 1n34:A, 860-867, 1n36:A, 860-867, 1pns:A, 880-887, 1pnx:A, 880-887, 1s1h:A, 865-872, 1voq:A, 880-887, 1vos:A, 880-887, 1vov:A, 880-887, 1vox:A, 880-887, 1voz:A, 880-887, 1vs5:A, 883-890, 1vs7:A, 883-890, 1xmo:A, 860-867, 1xmq:A, 860-867, 1xnq:A, 860-867, 1xnr:A, 860-867, 1yl3:A, 396-403, 1yl4:A, 860-867, 2avy:A, 883-890, 2aw7:A, 883-890, 2e5l:A, 861-868, 2f4v:A, 860-867, 2gy9:A, 847-854, 2hgi:A, 860-867, 2hgp:A, 860-867, 2hgr:A, 860-867, 2hhh:A, 860-867, 2i2p:A, 883-890, 2i2u:A, 883-890, 2j00:A, 860-867, 2j02:A, 860-867, 2jl5:A, 860-867, 2jl7:A, 860-867, 2ow8:y, 860-867, 2qal:A, 883-890, 2qan:A, 883-890, 2qb9:A, 883-890, 2qbb:A, 883-890, 2qbd:A, 883-890, 2qbf:A, 883-890, 2qbh:A, 883-890, 2qbj:A, 883-890, 2qnh:y, 860-867, 2qou:A, 883-890, 2qow:A, 883-890, 2qoy:A, 883-890, 2qp0:A, 883-890, 2uu9:A, 860-867, 2uua:A, 860-867, 2uub:A, 860-867, 2uuc:A, 860-867, 2uxb:A, 860-867, 2uxc:A, 860-867, 2uxd:A, 838-845, 2v46:A, 860-867, 2v48:A, 860-867, 2vqe:A, 860-867, 2vqf:A, 860-867, 2z4k:A, 883-890, 2z4m:A, 883-890, 3d5a:A, 860-867, 3d5c:A, 860-867, 3df1:A, 883-890, 3df3:A, 883-890
GGACGG
1fjg:A, 95-102, 1hnw:A, 95-102, 1hnx:A, 95-102, 1hnz:A, 95-102, 1hr0:A, 95-102, 1i94:A, 98-105, 1i95:A, 98-105, 1i96:A, 98-105, 1ibk:A, 95-102, 1ibl:A, 95-102, 1ibm:A, 95-102, 1j5e:A, 95-102, 1n32:A, 95-102, 1n33:A, 95-102, 1n34:A, 95-102, 1n36:A, 95-102, 1pns:A, 100-107, 1pnx:A, 100-107, 1s1h:A, 91-98, 1voq:A, 100-107, 1vos:A, 100-107, 1vov:A, 100-107, 1vox:A, 100-107, 1voz:A, 100-107, 1vs5:A, 102-109, 1vs7:A, 102-109, 1xmo:A, 95-102, 1xmq:A, 95-102, 1xnq:A, 95-102, 1xnr:A, 95-102, 2avy:A, 102-109, 2aw7:A, 102-109, 2b9m:A, 95-102, 2e5l:A, 96-103, 2f4v:A, 95-102, 2gy9:A, 95-102, 2gyb:A, 95-102, 2hgi:A, 95-102, 2hgp:A, 95-102, 2hgr:A, 95-102, 2hhh:A, 95-102, 2i2p:A, 102-109, 2i2u:A, 102-109, 2j00:A, 95-102, 2j02:A, 95-102, 2jl5:A, 95-102, 2jl7:A, 95-102, 2ow8:y, 95-102, 2qal:A, 102-109, 2qan:A, 102-109, 2qb9:A, 102-109, 2qbb:A, 102-109, 2qbd:A, 102-109, 2qbf:A, 102-109, 2qbh:A, 102-109, 2qbj:A, 102-109, 2qnh:y, 95-102, 2qou:A, 102-109, 2qow:A, 102-109, 2qoy:A, 102-109, 2qp0:A, 102-109, 2uu9:A, 95-102, 2uua:A, 95-102, 2uub:A, 95-102, 2uuc:A, 95-102, 2uxb:A, 95-102, 2uxc:A, 95-102, 2uxd:A, 92-99, 2v46:A, 95-102, 2v48:A, 95-102, 2vqe:A, 95-102, 2vqf:A, 95-102, 2z4k:A, 102-109, 2z4m:A, 102-109, 3bbn:A, 85-92, 3d5a:A, 95-102, 3d5c:A, 95-102, 3df1:A, 102-109, 3df3:A, 102-109
UCAAAU
1x8w:A, 5-12
UGAGCU
2aar:0, 645-652, 2o44:A, 645-652, 2ogo:0, 644-651
UGAUCU
2gyc:0, 619-626
UGUAAA
1fka:A, 417-424