Please cite:
Schudoma et al.,
Nucl. Acids Res. 38: 970-980.
DOI 10.1093/nar/gkp1010.
(006)-Segment cluster 1942 (cutoff=3.0 Å)
Cluster size 146 structure(s)
Representative structure 2ow8:y (&rarr PDB)
Downloads Representative structure (PDB) (MC-Annotate)
Member list
Consensus sequence NNNNNN
Cluster members
AAGAGA
2gis:A, 8-15
AAGGUC
1qf6:B, 42-49
ACAGCA
1vow:B, 1344-1351
AGGGUC
1fir:A, 42-49
CAAAGA
2i2p:A, 189-196, 2i2u:A, 189-196
CAGUGA
3bbo:A, 912-919
CCCGUA
1vsp:w, 1621-1628
CGCCAC
2pcv:A, 5-12, 2pcw:A, 5-12
GAAGUA
2gy9:A, 459-466
GAAGUG
1xbp:0, 268-275
GAAUAC
1fjg:A, 1350-1357, 1hnw:A, 1350-1357, 1hnx:A, 1350-1357, 1hnz:A, 1350-1357, 1hr0:A, 1350-1357, 1i94:A, 1353-1360, 1i95:A, 1353-1360, 1i96:A, 1353-1360, 1ibk:A, 1350-1357, 1ibl:A, 1350-1357, 1ibm:A, 1350-1357, 1j5e:A, 1350-1357, 1n32:A, 1350-1357, 1n36:A, 1350-1357, 1pns:A, 1366-1373, 1pnx:A, 1366-1373, 1s1h:A, 1351-1358, 1voq:A, 1366-1373, 1vos:A, 1366-1373, 1vov:A, 1366-1373, 1vox:A, 1366-1373, 1voz:A, 1366-1373, 1vs5:A, 1368-1375, 1vs7:A, 1368-1375, 1xmo:A, 1344-1351, 1xmq:A, 1344-1351, 1xnq:A, 1344-1351, 1xnr:A, 1344-1351, 2avy:A, 1368-1375, 2aw7:A, 1368-1375, 2b64:A, 1350-1357, 2b9m:A, 1350-1357, 2b9o:A, 1350-1357, 2e5l:A, 1351-1358, 2hgi:A, 1350-1357, 2hgp:A, 1350-1357, 2hgr:A, 1350-1357, 2hhh:A, 1350-1357, 2i2p:A, 1368-1375, 2i2u:A, 1368-1375, 2j00:A, 1350-1357, 2j02:A, 1350-1357, 2jl5:A, 1350-1357, 2jl7:A, 1350-1357, 2ow8:y, 1350-1357, 2qal:A, 1368-1375, 2qan:A, 1368-1375, 2qb9:A, 1368-1375, 2qbb:A, 1368-1375, 2qbd:A, 1368-1375, 2qbf:A, 1368-1375, 2qbh:A, 1368-1375, 2qbj:A, 1368-1375, 2qnh:y, 1350-1357, 2qou:A, 1368-1375, 2qow:A, 1368-1375, 2qoy:A, 1368-1375, 2qp0:A, 1368-1375, 2uu9:A, 1350-1357, 2uua:A, 1350-1357, 2uub:A, 1350-1357, 2uuc:A, 1350-1357, 2uxb:A, 1350-1357, 2uxc:A, 1350-1357, 2uxd:A, 1328-1335, 2v46:A, 1350-1357, 2v48:A, 1350-1357, 2vqe:A, 1350-1357, 2vqf:A, 1350-1357, 2z4k:A, 1368-1375, 2z4m:A, 1368-1375, 3d5a:A, 1350-1357, 3d5c:A, 1350-1357, 3df1:A, 1368-1375, 3df3:A, 1368-1375
GAGGUC
1z58:2, 2753-2760
GGAAGC
2gya:0, 247-254
GGGUGC
2vqe:A, 995-1002
GGUAUA
2uxd:A, 450-457
GUAAUA
1fjg:A, 472-479, 1hnw:A, 472-479, 1hnx:A, 472-479, 1hnz:A, 472-479, 1i94:A, 475-482, 1i95:A, 475-482, 1i96:A, 475-482, 1ibk:A, 472-479, 1ibl:A, 472-479, 1ibm:A, 472-479, 1j5e:A, 472-479, 1n32:A, 472-479, 1n34:A, 472-479, 1n36:A, 472-479, 1pns:A, 486-493, 1pnx:A, 486-493, 1voq:A, 486-493, 1vos:A, 486-493, 1vov:A, 486-493, 1vox:A, 486-493, 1voz:A, 486-493, 1xmo:A, 472-479, 1xmq:A, 472-479, 1xnq:A, 472-479, 1xnr:A, 472-479, 1yl4:A, 472-479, 2b64:A, 472-479, 2b9m:A, 472-479, 2b9o:A, 472-479, 2e5l:A, 473-480, 2hgi:A, 472-479, 2hgp:A, 472-479, 2hgr:A, 472-479, 2hhh:A, 472-479, 2j00:A, 472-479, 2j02:A, 472-479, 2ow8:y, 472-479, 2qnh:y, 472-479, 2uu9:A, 472-479, 2uua:A, 472-479, 2uub:A, 472-479, 2uuc:A, 472-479, 2uxb:A, 472-479, 2vqe:A, 472-479, 2vqf:A, 472-479, 3d5a:A, 472-479, 3d5c:A, 472-479
UAGGAA
2p89:A, 5-12
UCAAAU
1x8w:B, 5-12, 1x8w:C, 5-12
UGCCCA
3bbo:A, 1765-1772
UGGGUA
2gyc:0, 1108-1115
UGGUAA
1vsa:w, 8-15, 1vsp:w, 8-15
UUGGUA
2d3o:0, 1414-1421