Please cite:
Schudoma et al.,
Nucl. Acids Res. 38: 970-980.
DOI 10.1093/nar/gkp1010.
(006)-Segment cluster 2514 (cutoff=2.5 Å)
Cluster size 503 structure(s)
Representative structure 2z4m:A (&rarr PDB)
Downloads Representative structure (PDB) (MC-Annotate)
Member list
Consensus sequence DDNMAN
Cluster members
AUGGAA
1ffk:0, 1234-1241, 1jj2:0, 1281-1288, 1k73:A, 1281-1288, 1k8a:A, 1281-1288, 1k9m:A, 1281-1288, 1kc8:A, 1281-1288, 1kd1:A, 1281-1288, 1kqs:0, 1281-1288, 1m1k:A, 1281-1288, 1m90:A, 1281-1288, 1n8r:A, 1281-1288, 1nji:A, 1281-1288, 1q7y:A, 1281-1288, 1q81:A, 1281-1288, 1q82:A, 1281-1288, 1q86:A, 1281-1288, 1qvf:0, 1281-1288, 1qvg:0, 1281-1288, 1s1i:3, 1389-1396, 1s72:0, 1281-1288, 1vq4:0, 1281-1288, 1vq5:0, 1281-1288, 1vq6:0, 1281-1288, 1vq7:0, 1281-1288, 1vq8:0, 1281-1288, 1vq9:0, 1281-1288, 1vqk:0, 1281-1288, 1vql:0, 1281-1288, 1vqm:0, 1281-1288, 1vqn:0, 1281-1288, 1vqo:0, 1281-1288, 1vqp:0, 1281-1288, 1w2b:0, 1281-1288, 1yhq:0, 1281-1288, 1yi2:0, 1281-1288, 1yij:0, 1281-1288, 1yit:0, 1281-1288, 1yj9:0, 1281-1288, 1yjn:0, 1281-1288, 1yjw:0, 1281-1288, 2otj:0, 1281-1288, 2otl:0, 1281-1288, 2qa4:0, 1286-1293, 2qex:0, 1281-1288, 3cc2:0, 1281-1288, 3cc4:0, 1281-1288, 3cc7:0, 1281-1288, 3cce:0, 1281-1288, 3ccj:0, 1281-1288, 3ccl:0, 1281-1288, 3ccm:0, 1281-1288, 3ccq:0, 1281-1288, 3ccr:0, 1281-1288, 3ccs:0, 1281-1288, 3ccu:0, 1281-1288, 3ccv:0, 1281-1288, 3cd6:0, 1281-1288, 3cma:0, 1281-1288, 3cme:0, 1281-1288, 3cpw:0, 1281-1288
GAAGAA
1ffk:0, 84-91, 1jj2:0, 84-91, 1k73:A, 84-91, 1k8a:A, 84-91, 1k9m:A, 84-91, 1kc8:A, 84-91, 1kd1:A, 84-91, 1kqs:0, 84-91, 1m1k:A, 84-91, 1m90:A, 84-91, 1n8r:A, 84-91, 1nji:A, 84-91, 1pnu:0, 2071-2078, 1pny:0, 2071-2078, 1q7y:A, 84-91, 1q81:A, 84-91, 1q82:A, 84-91, 1q86:A, 84-91, 1qvf:0, 84-91, 1qvg:0, 84-91, 1s1i:3, 84-91, 1s72:0, 84-91, 1vq4:0, 84-91, 1vq5:0, 84-91, 1vq6:0, 84-91, 1vq7:0, 84-91, 1vq8:0, 84-91, 1vq9:0, 84-91, 1vqk:0, 84-91, 1vql:0, 84-91, 1vqm:0, 84-91, 1vqn:0, 84-91, 1vqo:0, 84-91, 1vqp:0, 84-91, 1w2b:0, 84-91, 1yhq:0, 84-91, 1yi2:0, 84-91, 1yij:0, 84-91, 1yit:0, 84-91, 1yj9:0, 84-91, 1yjn:0, 84-91, 1yjw:0, 84-91, 2otj:0, 84-91, 2otl:0, 84-91, 2qa4:0, 84-91, 2qex:0, 84-91, 3cc2:0, 84-91, 3cc4:0, 84-91, 3cc7:0, 84-91, 3cce:0, 84-91, 3ccj:0, 84-91, 3ccl:0, 84-91, 3ccm:0, 84-91, 3ccq:0, 84-91, 3ccr:0, 84-91, 3ccs:0, 84-91, 3ccu:0, 84-91, 3ccv:0, 84-91, 3cd6:0, 84-91, 3cma:0, 84-91, 3cme:0, 84-91, 3cpw:0, 84-91
GACGAC
1fjg:A, 268-275, 1hnw:A, 268-275, 1hnx:A, 268-275, 1hnz:A, 268-275, 1hr0:A, 268-275, 1i94:A, 271-278, 1i95:A, 271-278, 1i96:A, 271-278, 1ibk:A, 268-275, 1ibl:A, 268-275, 1ibm:A, 268-275, 1j5e:A, 268-275, 1n32:A, 268-275, 1n33:A, 268-275, 1n36:A, 268-275, 1pns:A, 272-279, 1pnx:A, 272-279, 1s1h:A, 273-280, 1voq:A, 272-279, 1vos:A, 272-279, 1vov:A, 272-279, 1vox:A, 272-279, 1voz:A, 272-279, 1xmo:A, 268-275, 1xmq:A, 268-275, 1xnq:A, 268-275, 1xnr:A, 268-275, 2b64:A, 268-275, 2b9m:A, 268-275, 2b9o:A, 268-275, 2e5l:A, 269-276, 2f4v:A, 268-275, 2hgi:A, 268-275, 2hgp:A, 268-275, 2hgr:A, 268-275, 2hhh:A, 268-275, 2j00:A, 268-275, 2j02:A, 268-275, 2jl5:A, 268-275, 2jl7:A, 268-275, 2ow8:y, 268-275, 2qnh:y, 268-275, 2uu9:A, 268-275, 2uua:A, 268-275, 2uub:A, 268-275, 2uuc:A, 268-275, 2uxb:A, 268-275, 2uxc:A, 268-275, 2uxd:A, 252-259, 2vqe:A, 268-275, 2vqf:A, 268-275, 3d5a:A, 268-275, 3d5c:A, 268-275
GACGAU
1vs5:A, 273-280, 1vs7:A, 273-280, 2avy:A, 273-280, 2aw7:A, 273-280, 2gy9:A, 255-262, 2i2p:A, 273-280, 2i2u:A, 273-280, 2qal:A, 273-280, 2qan:A, 273-280, 2qb9:A, 273-280, 2qbb:A, 273-280, 2qbd:A, 273-280, 2qbf:A, 273-280, 2qbh:A, 273-280, 2qbj:A, 273-280, 2qou:A, 273-280, 2qow:A, 273-280, 2qoy:A, 273-280, 2qp0:A, 273-280, 2vho:A, 273-280, 2vhp:A, 273-280, 2z4k:A, 273-280, 2z4m:A, 273-280, 3df1:A, 273-280, 3df3:A, 273-280
GAUGAA
1ffk:0, 34-41, 1j5a:A, 46-53, 1jj2:0, 34-41, 1jzx:A, 46-53, 1jzy:A, 46-53, 1jzz:A, 46-53, 1k01:A, 46-53, 1k73:A, 34-41, 1k8a:A, 34-41, 1k9m:A, 34-41, 1kc8:A, 34-41, 1kd1:A, 34-41, 1kqs:0, 34-41, 1m1k:A, 34-41, 1m90:A, 34-41, 1n8r:A, 34-41, 1nji:A, 34-41, 1njm:0, 46-53, 1njn:0, 46-53, 1njo:0, 46-53, 1njp:0, 46-53, 1nkw:0, 46-53, 1nwx:0, 46-53, 1nwy:0, 46-53, 1ond:0, 46-53, 1p9x:0, 46-53, 1pnu:0, 46-53, 1pny:0, 46-53, 1q7y:A, 34-41, 1q81:A, 34-41, 1q82:A, 34-41, 1q86:A, 34-41, 1qvf:0, 34-41, 1qvg:0, 34-41, 1s72:0, 34-41, 1sm1:0, 46-53, 1vou:B, 46-53, 1voy:B, 46-53, 1vq4:0, 34-41, 1vq5:0, 34-41, 1vq6:0, 34-41, 1vq7:0, 34-41, 1vq8:0, 34-41, 1vq9:0, 34-41, 1vqk:0, 34-41, 1vql:0, 34-41, 1vqm:0, 34-41, 1vqn:0, 34-41, 1vqo:0, 34-41, 1vqp:0, 34-41, 1vs6:B, 47-54, 1vs8:B, 47-54, 1vsa:w, 1232-1239, 1vsa:w, 46-53, 1vsp:w, 1232-1239, 1vsp:w, 46-53, 1w2b:0, 34-41, 1xbp:0, 46-53, 1y69:0, 46-53, 1yhq:0, 34-41, 1yi2:0, 34-41, 1yij:0, 34-41, 1yit:0, 34-41, 1yj9:0, 34-41, 1yjn:0, 34-41, 1yjw:0, 34-41, 1yl3:A, 1232-1239, 1z58:2, 46-53, 2aar:0, 46-53, 2aw4:B, 47-54, 2awb:B, 47-54, 2b9p:A, 46-53, 2d3o:0, 46-53, 2gis:A, 31-38, 2hgj:A, 1232-1239, 2hgq:A, 1232-1239, 2hgu:A, 1232-1239, 2i2t:B, 47-54, 2i2v:B, 47-54, 2j01:A, 1157-1164, 2j01:A, 41-48, 2j03:A, 1157-1164, 2j03:A, 41-48, 2j28:B, 47-54, 2jl6:A, 1236-1243, 2jl6:A, 41-48, 2jl8:A, 1236-1243, 2jl8:A, 41-48, 2o43:A, 46-53, 2o44:A, 46-53, 2o45:A, 46-53, 2ogm:0, 46-53, 2ogn:0, 46-53, 2ogo:0, 45-52, 2otj:0, 34-41, 2otl:0, 34-41, 2qa4:0, 34-41, 2qam:B, 47-54, 2qao:B, 47-54, 2qba:B, 47-54, 2qbc:B, 47-54, 2qbe:B, 47-54, 2qbg:B, 47-54, 2qbi:B, 47-54, 2qbk:B, 47-54, 2qex:0, 34-41, 2qov:B, 47-54, 2qox:B, 47-54, 2qoz:B, 47-54, 2qp1:B, 47-54, 2v47:A, 41-48, 2v49:A, 41-48, 2vhm:B, 47-54, 2vhn:B, 47-54, 2z4l:B, 47-54, 2z4n:B, 47-54, 2zjp:X, 46-53, 2zjq:X, 46-53, 2zjr:X, 46-53, 3bbx:B, 47-54, 3cc2:0, 34-41, 3cc4:0, 34-41, 3cc7:0, 34-41, 3cce:0, 34-41, 3ccj:0, 34-41, 3ccl:0, 34-41, 3ccm:0, 34-41, 3ccq:0, 34-41, 3ccr:0, 34-41, 3ccs:0, 34-41, 3ccu:0, 34-41, 3ccv:0, 34-41, 3cd6:0, 34-41, 3cf5:X, 46-53, 3cma:0, 34-41, 3cme:0, 34-41, 3cpw:0, 34-41, 3d5b:A, 1227-1234, 3d5b:A, 41-48, 3d5d:A, 1227-1234, 3d5d:A, 41-48, 3df2:B, 47-54, 3df4:B, 47-54
GGAGAA
1j5a:A, 1163-1170, 1jzx:A, 1163-1170, 1jzy:A, 1163-1170, 1jzz:A, 1163-1170, 1k01:A, 1163-1170, 1njm:0, 1155-1162, 1njn:0, 1155-1162, 1njo:0, 1155-1162, 1njp:0, 1155-1162, 1nkw:0, 1155-1162, 1ond:0, 1155-1162, 1p9x:0, 1132-1139, 1y69:0, 1155-1162, 1z58:2, 1146-1153, 2aar:0, 1155-1162, 2d3o:0, 1155-1162, 2o43:A, 1155-1162, 2o44:A, 1155-1162, 2ogm:0, 1155-1162, 2ogn:0, 1155-1162, 2ogo:0, 1154-1161, 2zjp:X, 1133-1140, 2zjq:X, 1133-1140, 2zjr:X, 1130-1137, 3cf5:X, 1133-1140, 3dll:X, 1133-1140
GUAGAG
1vs5:A, 695-702, 1vs7:A, 695-702, 2avy:A, 695-702, 2aw7:A, 695-702, 2i2p:A, 695-702, 2i2u:A, 695-702, 2qal:A, 695-702, 2qan:A, 695-702, 2qb9:A, 695-702, 2qbb:A, 695-702, 2qbd:A, 695-702, 2qbf:A, 695-702, 2qbh:A, 695-702, 2qbj:A, 695-702, 2qou:A, 695-702, 2qow:A, 695-702, 2qoy:A, 695-702, 2qp0:A, 695-702, 2z4k:A, 695-702, 2z4m:A, 695-702, 3bbn:A, 642-649, 3df1:A, 695-702, 3df3:A, 695-702
GUGGAU
1vsa:w, 96-103, 1vsp:w, 96-103, 1yl3:A, 96-103, 2b66:A, 96-103, 2b9n:A, 96-103, 2b9p:A, 96-103, 2hgj:A, 96-103, 2hgq:A, 96-103, 2hgu:A, 96-103, 2j01:A, 91-98, 2j03:A, 91-98, 2jl6:A, 91-98, 2jl8:A, 91-98, 2v47:A, 91-98, 2v49:A, 91-98, 3d5b:A, 91-98, 3d5d:A, 91-98
GUUGAA
1j5a:A, 1540-1547, 1jzx:A, 1540-1547, 1jzy:A, 1540-1547, 1jzz:A, 1540-1547, 1k01:A, 1540-1547, 1njm:0, 1532-1539, 1njn:0, 1532-1539, 1njo:0, 1532-1539, 1njp:0, 1532-1539, 1nkw:0, 1532-1539, 1nwx:0, 1532-1539, 1nwy:0, 1532-1539, 1ond:0, 1531-1538, 1pnu:0, 1548-1555, 1pny:0, 1548-1555, 1sm1:0, 1532-1539, 1xbp:0, 1532-1539, 1y69:0, 1532-1539, 2aar:0, 1532-1539, 2d3o:0, 1532-1539, 2o43:A, 1532-1539, 2ogm:0, 1532-1539, 2ogn:0, 1532-1539, 2ogo:0, 1531-1538, 2zjp:X, 1510-1517, 2zjq:X, 1510-1517, 2zjr:X, 1507-1514, 3cf5:X, 1510-1517
GUUUAA
2gya:0, 81-88, 2gyc:0, 81-88
UAGUAA
1n34:A, 1321-1328
UGCGAA
1vs6:B, 1192-1199, 1vs8:B, 1192-1199, 2aw4:B, 1192-1199, 2awb:B, 1192-1199, 2gya:0, 1132-1139, 2gyc:0, 1132-1139, 2i2t:B, 1192-1199, 2i2v:B, 1192-1199, 2j28:B, 1192-1199, 2qam:B, 1192-1199, 2qao:B, 1192-1199, 2qba:B, 1192-1199, 2qbc:B, 1192-1199, 2qbe:B, 1192-1199, 2qbg:B, 1192-1199, 2qbi:B, 1192-1199, 2qbk:B, 1192-1199, 2qov:B, 1192-1199, 2qox:B, 1192-1199, 2qoz:B, 1192-1199, 2qp1:B, 1192-1199, 2vhm:B, 1192-1199, 2vhn:B, 1192-1199, 2z4l:B, 1192-1199, 2z4n:B, 1192-1199, 3bbx:B, 1273-1280, 3df2:B, 1192-1199, 3df4:B, 1192-1199
UGUGAA
1vsa:w, 2129-2136, 1vsp:w, 2129-2136, 3d5b:A, 2124-2131, 3d5d:A, 2124-2131
UUUGAC
1j5a:A, 96-103, 1jzx:A, 96-103, 1jzy:A, 96-103, 1jzz:A, 96-103, 1k01:A, 96-103, 1njm:0, 96-103, 1njn:0, 96-103, 1njo:0, 96-103, 1njp:0, 96-103, 1nkw:0, 96-103, 1nwx:0, 96-103, 1nwy:0, 96-103, 1ond:0, 96-103, 1p9x:0, 96-103, 1pnu:0, 96-103, 1pny:0, 96-103, 1sm1:0, 96-103, 1xbp:0, 96-103, 1y69:0, 96-103, 2aar:0, 96-103, 2d3o:0, 96-103, 2o43:A, 96-103, 2o45:A, 96-103, 2ogm:0, 96-103, 2ogn:0, 96-103, 2ogo:0, 95-102, 2zjp:X, 96-103, 2zjq:X, 96-103, 2zjr:X, 96-103, 3cf5:X, 96-103, 3dll:X, 96-103