Please cite:
Schudoma et al.,
Nucl. Acids Res. 38: 970-980.
DOI 10.1093/nar/gkp1010.
(005)-Segment cluster 2289 (cutoff=3.0 Å)
Cluster size 151 structure(s)
Representative structure 2gy9:A (&rarr PDB)
Downloads Representative structure (PDB) (MC-Annotate)
Member list
Consensus sequence NNNNN
Cluster members
ACAAU
1fjg:A, 1212-1218, 1hnw:A, 1212-1218, 1hnx:A, 1212-1218, 1hnz:A, 1212-1218, 1hr0:A, 1212-1218, 1i94:A, 1215-1221, 1i95:A, 1215-1221, 1i96:A, 1215-1221, 1ibk:A, 1212-1218, 1ibl:A, 1212-1218, 1ibm:A, 1212-1218, 1j5e:A, 1212-1218, 1n32:A, 1212-1218, 1n33:A, 1212-1218, 1n34:A, 1212-1218, 1pns:A, 1228-1234, 1pnx:A, 1228-1234, 1s1h:A, 1213-1219, 1voq:A, 1228-1234, 1vos:A, 1228-1234, 1vov:A, 1228-1234, 1vox:A, 1228-1234, 1voz:A, 1228-1234, 1vs5:A, 1231-1237, 1vs7:A, 1231-1237, 1xmo:A, 1207-1213, 1xmq:A, 1207-1213, 1xnq:A, 1207-1213, 1xnr:A, 1207-1213, 1yl4:A, 1212-1218, 2aw7:A, 1231-1237, 2e5l:A, 1213-1219, 2f4v:A, 1212-1218, 2gy9:A, 1194-1200, 2hgi:A, 1212-1218, 2hgp:A, 1212-1218, 2hgr:A, 1212-1218, 2hhh:A, 1212-1218, 2i2p:A, 1231-1237, 2i2u:A, 1231-1237, 2j00:A, 1212-1218, 2j02:A, 1212-1218, 2jl5:A, 1212-1218, 2jl7:A, 1212-1218, 2qal:A, 1231-1237, 2qan:A, 1231-1237, 2qb9:A, 1231-1237, 2qbb:A, 1231-1237, 2qbd:A, 1231-1237, 2qbf:A, 1231-1237, 2qbh:A, 1231-1237, 2qbj:A, 1231-1237, 2qnh:y, 1212-1218, 2qow:A, 1231-1237, 2qoy:A, 1231-1237, 2qp0:A, 1231-1237, 2uu9:A, 1212-1218, 2uua:A, 1212-1218, 2uub:A, 1212-1218, 2uuc:A, 1212-1218, 2uxb:A, 1212-1218, 2uxc:A, 1212-1218, 2uxd:A, 1190-1196, 2vqe:A, 1212-1218, 2vqf:A, 1212-1218, 2z4k:A, 1231-1237, 2z4m:A, 1231-1237, 3bbn:A, 1178-1184, 3d5a:A, 1212-1218, 3d5c:A, 1212-1218, 3df1:A, 1231-1237, 3df3:A, 1231-1237
AGCAA
2gy9:A, 1399-1405, 2gyb:A, 1399-1405
CCAUA
1nkw:9, 9-15, 1nwx:9, 9-15, 1nwy:9, 9-15, 1pnu:9, 9-15, 1pny:9, 9-15, 1sm1:9, 9-15, 1vor:A, 9-15, 1vou:A, 9-15, 1vow:A, 9-15, 1voy:A, 9-15, 1vp0:A, 9-15, 1xbp:9, 9-15, 1y69:9, 9-15, 2zjp:Z, 11-17, 2zjq:Y, 11-17, 2zjr:Y, 11-17, 3cf5:Z, 11-17, 3dll:Z, 11-17
CCGUA
1vs6:A, 9-15, 1vs8:A, 9-15, 2aw4:A, 9-15, 2awb:A, 9-15, 2i2t:A, 9-15, 2i2v:A, 9-15, 2j28:A, 9-15, 2qam:A, 9-15, 2qao:A, 9-15, 2qba:A, 9-15, 2qbc:A, 9-15, 2qbe:A, 9-15, 2qbg:A, 9-15, 2qbi:A, 9-15, 2qbk:A, 9-15, 2qov:A, 9-15, 2qox:A, 9-15, 2qoz:A, 9-15, 2qp1:A, 9-15, 2z4l:A, 9-15, 2z4n:A, 9-15, 3bbx:A, 9-15, 3df2:A, 9-15, 3df4:A, 9-15
GAACC
1pnu:9, 22-28, 1pny:9, 22-28
GACUG
1hnx:A, 1133-1139, 1hr0:A, 1133-1139, 1ibk:A, 1133-1139, 1ibm:A, 1133-1139, 1j5e:A, 1133-1139, 1pns:A, 1149-1155, 1pnx:A, 1149-1155, 1s1h:A, 1134-1140, 1vs5:A, 1151-1157, 1xmo:A, 1128-1134, 1xnq:A, 1128-1134, 1xnr:A, 1128-1134, 2avy:A, 1151-1157, 2b64:A, 1133-1139, 2i2u:A, 1151-1157, 2qal:A, 1151-1157, 2qan:A, 1151-1157, 2qb9:A, 1151-1157, 2qbb:A, 1151-1157, 2qbd:A, 1151-1157, 2qbf:A, 1151-1157, 2qou:A, 1151-1157, 2qow:A, 1151-1157, 2uxc:A, 1133-1139, 2z4k:A, 1151-1157, 2z4m:A, 1151-1157, 3d5a:A, 1133-1139, 3d5c:A, 1133-1139
GAUGA
1voy:B, 722-728, 2vhm:B, 759-765
GUUAA
2i2t:B, 650-656, 2i2v:B, 650-656
UGCCA
2gy9:A, 481-487