Please cite:
Schudoma et al.,
Nucl. Acids Res. 38: 970-980.
DOI 10.1093/nar/gkp1010.
(005)-Segment cluster 3624 (cutoff=3.0 Å)
Cluster size 463 structure(s)
Representative structure 3bbx:B (&rarr PDB)
Downloads Representative structure (PDB) (MC-Annotate)
Member list
Consensus sequence NNNNN
Cluster members
AAAGC
2aw7:A, 567-573, 2qal:A, 567-573, 2qan:A, 567-573, 2qb9:A, 567-573, 2qbb:A, 567-573, 2qoy:A, 567-573, 2qp0:A, 567-573
AAAGG
1fjg:A, 550-556, 1hnw:A, 550-556, 1hnx:A, 550-556, 1hnz:A, 550-556, 1hr0:A, 550-556, 1i94:A, 553-559, 1i96:A, 553-559, 1ibk:A, 550-556, 1ibl:A, 550-556, 1ibm:A, 550-556, 1j5e:A, 550-556, 1n32:A, 550-556, 1n33:A, 550-556, 1n34:A, 550-556, 1n36:A, 550-556, 1pnx:A, 564-570, 1s1h:A, 555-561, 1xmo:A, 550-556, 1xmq:A, 550-556, 1xnq:A, 550-556, 1xnr:A, 550-556, 2f4v:A, 550-556, 2j00:A, 550-556, 2j02:A, 550-556, 2jl5:A, 550-556, 2jl7:A, 550-556, 2uu9:A, 550-556, 2uua:A, 550-556, 2uub:A, 550-556, 2uuc:A, 550-556, 2uxb:A, 550-556, 2uxc:A, 550-556, 2uxd:A, 528-534, 2vqe:A, 550-556, 2vqf:A, 550-556
AACAG
1gid:A, 19-25, 1gid:B, 19-25, 1grz:A, 26-32, 1grz:B, 26-32, 1hr2:A, 19-25, 1hr2:B, 20-26, 1l8v:A, 19-25, 1l8v:B, 19-25, 1x8w:A, 26-32, 1x8w:B, 26-32, 1x8w:C, 26-32, 1x8w:D, 26-32, 2r8s:R, 20-26
AAUGU
1ffk:0, 251-257, 1jj2:0, 252-258, 1k73:A, 252-258, 1k8a:A, 252-258, 1k9m:A, 252-258, 1kc8:A, 252-258, 1kd1:A, 252-258, 1kqs:0, 252-258, 1m1k:A, 252-258, 1m90:A, 252-258, 1n8r:A, 252-258, 1nji:A, 252-258, 1q7y:A, 252-258, 1q81:A, 252-258, 1q82:A, 252-258, 1q86:A, 252-258, 1qvf:0, 252-258, 1qvg:0, 252-258, 1s1i:3, 251-257, 1s72:0, 252-258, 1vq4:0, 252-258, 1vq5:0, 252-258, 1vq6:0, 252-258, 1vq7:0, 252-258, 1vq8:0, 252-258, 1vq9:0, 252-258, 1vqk:0, 252-258, 1vql:0, 252-258, 1vqm:0, 252-258, 1vqn:0, 252-258, 1vqo:0, 252-258, 1vqp:0, 252-258, 1w2b:0, 252-258, 1yhq:0, 252-258, 1yi2:0, 252-258, 1yij:0, 252-258, 1yit:0, 252-258, 1yj9:0, 252-258, 1yjn:0, 252-258, 1yjw:0, 252-258, 2otj:0, 252-258, 2otl:0, 252-258, 2qa4:0, 252-258, 2qex:0, 252-258, 3cc2:0, 252-258, 3cc4:0, 252-258, 3cc7:0, 252-258, 3cce:0, 252-258, 3ccj:0, 252-258, 3ccl:0, 252-258, 3ccm:0, 252-258, 3ccq:0, 252-258, 3ccr:0, 252-258, 3ccs:0, 252-258, 3ccu:0, 252-258, 3ccv:0, 252-258, 3cd6:0, 252-258, 3cma:0, 252-258, 3cme:0, 252-258, 3cpw:0, 252-258
AUCAG
1vs6:B, 1566-1572, 1vs8:B, 1566-1572, 2aw4:B, 1566-1572, 2awb:B, 1566-1572, 2j28:B, 1566-1572, 3bbx:B, 1647-1653
CCAAA
1vs6:B, 1589-1595, 1vs8:B, 1589-1595, 2aw4:B, 1589-1595, 2awb:B, 1589-1595, 2i2t:B, 1589-1595, 2i2v:B, 1589-1595, 2j28:B, 1589-1595, 2qam:B, 1589-1595, 2qao:B, 1589-1595, 2qba:B, 1589-1595, 2qbc:B, 1589-1595, 2qbe:B, 1589-1595, 2qbg:B, 1589-1595, 2qbi:B, 1589-1595, 2qbk:B, 1589-1595, 2qov:B, 1589-1595, 2qox:B, 1589-1595, 2qoz:B, 1589-1595, 2qp1:B, 1589-1595, 2vhm:B, 1589-1595, 2vhn:B, 1589-1595, 2z4l:B, 1589-1595, 2z4n:B, 1589-1595, 3df2:B, 1589-1595, 3df4:B, 1589-1595
CGACC
1qvg:0, 952-958, 1vq6:0, 952-958, 1vs6:B, 1328-1334, 1vs8:B, 1328-1334, 1yit:0, 952-958, 1yj9:0, 952-958, 1yjn:0, 952-958, 2aw4:B, 1328-1334, 2awb:B, 1328-1334, 2i2t:B, 1328-1334, 2i2v:B, 1328-1334, 2j28:B, 1328-1334, 2qa4:0, 951-957, 2qam:B, 1328-1334, 2qao:B, 1328-1334, 2qbe:B, 1328-1334, 2qbg:B, 1328-1334, 2qbi:B, 1328-1334, 2qbk:B, 1328-1334, 2z4l:B, 1328-1334, 2z4n:B, 1328-1334, 3bbx:B, 1409-1415, 3ccj:0, 952-958, 3cme:0, 952-958, 3df2:B, 1328-1334, 3df4:B, 1328-1334
CGAGA
1xbp:0, 915-921
CGGGA
1j5a:A, 1299-1305, 1jzx:A, 1299-1305, 1jzy:A, 1299-1305, 1jzz:A, 1299-1305, 1k01:A, 1299-1305, 1p9x:0, 1267-1273, 1vsa:w, 1369-1375, 1y69:0, 1291-1297, 1yl3:A, 1368-1374, 2aar:0, 1291-1297, 2d3o:0, 1291-1297, 2hgj:A, 1368-1374, 2hgq:A, 1368-1374, 2hgu:A, 1368-1374, 2j01:A, 1294-1300, 2j03:A, 1294-1300, 2jl6:A, 1373-1379, 2jl8:A, 1373-1379, 2o43:A, 1291-1297, 2o44:A, 1291-1297, 2o45:A, 1288-1294, 2ogm:0, 1291-1297, 2ogn:0, 1291-1297, 2ogo:0, 1290-1296, 2zjp:X, 1269-1275, 2zjq:X, 1269-1275, 2zjr:X, 1266-1272, 3cf5:X, 1269-1275, 3d5b:A, 1364-1370, 3d5d:A, 1364-1370, 3dll:X, 1269-1275
GAACC
1nkw:9, 22-28, 1nwx:9, 22-28, 1nwy:9, 22-28, 1vor:A, 22-28, 1vou:A, 22-28, 1vow:A, 22-28, 1voy:A, 22-28, 1vp0:A, 22-28, 1xbp:9, 22-28, 2hgj:B, 25-31, 2hgu:B, 25-31
GAACG
1vor:B, 1840-1846, 1vou:B, 1840-1846, 1vow:B, 1840-1846, 1voy:B, 1840-1846
GAAUG
1vow:B, 114-120, 1vp0:B, 114-120
GACAC
1ffk:0, 2071-2077, 1fg0:A, 97-103, 1jj2:0, 2121-2127, 1k73:A, 2121-2127, 1k8a:A, 2121-2127, 1k9m:A, 2121-2127, 1kc8:A, 2121-2127, 1kd1:A, 2121-2127, 1kqs:0, 2121-2127, 1m1k:A, 2121-2127, 1m90:A, 2121-2127, 1n8r:A, 2121-2127, 1nji:A, 2121-2127, 1q7y:A, 2121-2127, 1q81:A, 2121-2127, 1q82:A, 2121-2127, 1q86:A, 2121-2127, 1qvf:0, 2121-2127, 1qvg:0, 2121-2127, 1s1i:3, 2421-2427, 1s72:0, 2121-2127, 1vq4:0, 2121-2127, 1vq5:0, 2121-2127, 1vq6:0, 2121-2127, 1vq7:0, 2121-2127, 1vq8:0, 2121-2127, 1vq9:0, 2121-2127, 1vqk:0, 2121-2127, 1vql:0, 2121-2127, 1vqm:0, 2121-2127, 1vqn:0, 2121-2127, 1vqo:0, 2121-2127, 1vqp:0, 2121-2127, 1w2b:0, 2121-2127, 1yhq:0, 2121-2127, 1yi2:0, 2121-2127, 1yij:0, 2121-2127, 1yit:0, 2121-2127, 1yj9:0, 2121-2127, 1yjn:0, 2121-2127, 1yjw:0, 2121-2127, 2otj:0, 2121-2127, 2otl:0, 2121-2127, 2qa4:0, 2126-2132, 2qex:0, 2121-2127, 3cc2:0, 2121-2127, 3cc4:0, 2121-2127, 3cc7:0, 2121-2127, 3cce:0, 2121-2127, 3ccj:0, 2121-2127, 3ccl:0, 2121-2127, 3ccm:0, 2121-2127, 3ccq:0, 2121-2127, 3ccr:0, 2121-2127, 3ccs:0, 2121-2127, 3ccu:0, 2121-2127, 3ccv:0, 2121-2127, 3cd6:0, 2121-2127, 3cma:0, 2121-2127, 3cme:0, 2121-2127, 3cpw:0, 2121-2127
GACAG
2hgj:A, 2213-2219, 2hgq:A, 2213-2219, 2hgu:A, 2213-2219, 3bbx:B, 2444-2450
GACCG
1njm:0, 2115-2121, 1njn:0, 2115-2121, 1njo:0, 2115-2121, 1njp:0, 2115-2121, 1nkw:0, 2115-2121, 1nwx:0, 2115-2121, 1nwy:0, 2115-2121, 1ond:0, 2114-2120, 1pnu:0, 2159-2165, 1pny:0, 2159-2165, 1sm1:0, 2115-2121, 1vou:B, 2159-2165, 1voy:B, 2159-2165, 1vp0:B, 2159-2165, 1xbp:0, 2115-2121, 1y69:0, 2115-2121, 2aar:0, 2115-2121, 2d3o:0, 2136-2142, 2o45:A, 2103-2109, 2ogo:0, 2114-2120
GCAAA
1j5a:A, 1563-1569, 1jzx:A, 1563-1569, 1jzy:A, 1563-1569, 1jzz:A, 1563-1569, 1k01:A, 1563-1569, 1njm:0, 1555-1561, 1njo:0, 1555-1561, 1njp:0, 1555-1561, 1nkw:0, 1555-1561, 1nwx:0, 1555-1561, 1nwy:0, 1555-1561, 1ond:0, 1554-1560, 1p9x:0, 1531-1537, 1pnu:0, 1571-1577, 1pny:0, 1571-1577, 1sm1:0, 1555-1561, 1vor:B, 1571-1577, 1vou:B, 1571-1577, 1vow:B, 1571-1577, 1voy:B, 1571-1577, 1vp0:B, 1571-1577, 1vsa:w, 1629-1635, 1vsp:w, 1629-1635, 1xbp:0, 1555-1561, 1y69:0, 1555-1561, 1z58:2, 1546-1552, 2aar:0, 1555-1561, 2b66:A, 1629-1635, 2b9n:A, 1629-1635, 2b9p:A, 1629-1635, 2d3o:0, 1555-1561, 2j01:A, 1546-1552, 2j03:A, 1546-1552, 2jl6:A, 1625-1631, 2jl8:A, 1625-1631, 2o43:A, 1555-1561, 2o44:A, 1555-1561, 2o45:A, 1552-1558, 2ogm:0, 1555-1561, 2ogn:0, 1555-1561, 2v47:A, 1546-1552, 2v49:A, 1546-1552, 2zjp:X, 1533-1539, 2zjq:X, 1533-1539, 2zjr:X, 1530-1536, 3cf5:X, 1533-1539, 3d5b:A, 1624-1630, 3d5d:A, 1624-1630, 3dll:X, 1533-1539
GUAAA
1fjg:A, 418-424, 1hnw:A, 418-424, 1hnx:A, 418-424, 1hnz:A, 418-424, 1hr0:A, 418-424, 1i94:A, 421-427, 1i95:A, 421-427, 1i96:A, 421-427, 1ibk:A, 418-424, 1ibl:A, 418-424, 1ibm:A, 418-424, 1j5e:A, 418-424, 1n32:A, 418-424, 1n33:A, 418-424, 1pns:A, 422-428, 1pnx:A, 422-428, 1s1h:A, 423-429, 1vs5:A, 423-429, 1vs7:A, 423-429, 1yl4:A, 418-424, 2avy:A, 423-429, 2aw7:A, 423-429, 2b64:A, 418-424, 2b9m:A, 418-424, 2b9o:A, 418-424, 2e5l:A, 419-425, 2hgi:A, 418-424, 2hgp:A, 418-424, 2hgr:A, 418-424, 2hhh:A, 418-424, 2i2p:A, 423-429, 2i2u:A, 423-429, 2j00:A, 418-424, 2j02:A, 418-424, 2jl5:A, 418-424, 2jl7:A, 418-424, 2qal:A, 423-429, 2qan:A, 423-429, 2qb9:A, 423-429, 2qbb:A, 423-429, 2qbd:A, 423-429, 2qbf:A, 423-429, 2qbh:A, 423-429, 2qbj:A, 423-429, 2qnh:y, 418-424, 2qou:A, 423-429, 2qow:A, 423-429, 2qoy:A, 423-429, 2qp0:A, 423-429, 2uu9:A, 418-424, 2uua:A, 418-424, 2uub:A, 418-424, 2uuc:A, 418-424, 2v46:A, 418-424, 2v48:A, 418-424, 2vqe:A, 418-424, 2vqf:A, 418-424, 2z4k:A, 423-429, 2z4m:A, 423-429, 3d5a:A, 418-424, 3d5c:A, 418-424, 3df1:A, 423-429, 3df3:A, 423-429
GUAAG
2o44:A, 1245-1251
GUCCC
1vs8:A, 22-28, 2awb:A, 22-28, 2j28:A, 22-28, 2qam:A, 22-28, 2qao:A, 22-28, 2qoz:A, 22-28, 2qp1:A, 22-28, 2z4l:A, 22-28, 2z4n:A, 22-28
GUUAA
1voq:A, 861-867, 1vov:A, 861-867, 1voz:A, 861-867, 1yl4:A, 841-847, 2b64:A, 841-847, 2b9o:A, 841-847, 2gy9:A, 828-834, 2hgi:A, 841-847, 2hgp:A, 841-847, 2hgr:A, 841-847, 2ow8:y, 841-847
UAGUA
1pns:A, 1337-1343, 1pnx:A, 1337-1343, 1voq:A, 1337-1343, 1vos:A, 1337-1343, 1vov:A, 1337-1343, 1vox:A, 1337-1343, 1voz:A, 1337-1343, 2b64:A, 1321-1327, 2b9m:A, 1321-1327, 2b9o:A, 1321-1327, 2ow8:y, 1321-1327, 2qnh:y, 1321-1327
UAUCA
2gdi:X, 42-48, 2gdi:Y, 42-48, 2hoj:A, 42-48, 2hol:A, 42-48, 2hom:A, 43-49, 2hoo:A, 43-49, 2hop:A, 42-48
UGGAG
2vhp:A, 938-944
UUACG
2vhp:A, 1206-1212, 3d5a:A, 1187-1193, 3d5c:A, 1187-1193
UUUAC
2v3c:M, 41-47