Please cite:
Schudoma et al.,
Nucl. Acids Res. 38: 970-980.
DOI 10.1093/nar/gkp1010.
(005)-Segment cluster 3734 (cutoff=3.0 Å)
Cluster size 279 structure(s)
Representative structure 3ccj:0 (&rarr PDB)
Downloads Representative structure (PDB) (MC-Annotate)
Member list
Consensus sequence NWNDN
Cluster members
AAAUC
2eeu:A, 7-13
CAAUC
2eev:A, 7-13
CAGUA
1vs6:B, 239-245, 1vs8:B, 239-245, 2aw4:B, 239-245, 2awb:B, 239-245, 2gya:0, 193-199, 2gyc:0, 193-199, 2i2t:B, 239-245, 2i2v:B, 239-245, 2j28:B, 239-245, 2qam:B, 239-245, 2qao:B, 239-245, 2qba:B, 239-245, 2qbc:B, 239-245, 2qbe:B, 239-245, 2qbg:B, 239-245, 2qbi:B, 239-245, 2qbk:B, 239-245, 2qov:B, 239-245, 2qox:B, 239-245, 2qoz:B, 239-245, 2qp1:B, 239-245, 2z4l:B, 239-245, 2z4n:B, 239-245, 3bbx:B, 239-245, 3df2:B, 239-245, 3df4:B, 239-245
GAAGU
1voq:A, 1482-1488, 1vos:A, 1482-1488, 1vov:A, 1482-1488, 1vox:A, 1482-1488, 1voz:A, 1482-1488
GACUG
1voq:A, 1149-1155, 1vos:A, 1149-1155, 1vov:A, 1149-1155, 1vox:A, 1149-1155, 1voz:A, 1149-1155
GAGUA
1fqz:A, 3-9, 1k8a:B, 75-81, 1k9m:B, 75-81, 1kqs:9, 75-81, 1q7y:B, 75-81, 1q81:B, 75-81, 1qvf:9, 75-81, 1qvg:9, 75-81, 1vq5:9, 75-81, 1vqo:9, 75-81, 1vsa:w, 229-235, 1vsa:w, 397-403, 1vsp:w, 229-235, 1vsp:w, 397-403, 1w2b:9, 75-81, 1yhq:9, 75-81, 1yij:9, 75-81, 1yit:9, 75-81, 1yj9:9, 75-81, 1yjn:9, 75-81, 1yjw:9, 75-81, 2b66:A, 228-234, 2b9n:A, 228-234, 2b9p:A, 228-234, 2hgj:A, 228-234, 2hgj:A, 396-402, 2hgq:A, 228-234, 2hgq:A, 396-402, 2hgu:A, 228-234, 2hgu:A, 396-402, 2j01:A, 221-227, 2j01:A, 385-391, 2j03:A, 221-227, 2j03:A, 385-391, 2jl6:A, 221-227, 2jl6:A, 385-391, 2jl8:A, 221-227, 2jl8:A, 385-391, 2v47:A, 221-227, 2v47:A, 385-391, 2v49:A, 221-227, 2v49:A, 385-391, 3cc4:9, 75-81, 3cc7:9, 75-81, 3cce:9, 75-81, 3ccl:9, 75-81, 3ccq:9, 75-81, 3ccr:9, 75-81, 3ccs:9, 75-81, 3ccu:9, 75-81, 3ccv:9, 75-81, 3d5b:A, 224-230, 3d5b:A, 392-398, 3d5d:A, 224-230, 3d5d:A, 392-398
GAUAA
1njm:0, 1217-1223, 1njn:0, 1217-1223, 1njo:0, 1217-1223, 1njp:0, 1217-1223, 1nkw:0, 1217-1223, 1nwx:0, 1217-1223, 1nwy:0, 1217-1223, 1ond:0, 1217-1223, 1p9x:0, 1193-1199, 1pnu:0, 1233-1239, 1pny:0, 1233-1239, 1sm1:0, 1217-1223, 1vs6:B, 1254-1260, 1vs8:B, 1254-1260, 1xbp:0, 1217-1223, 1y69:0, 1217-1223, 2aar:0, 1217-1223, 2aw4:B, 1254-1260, 2awb:B, 1254-1260, 2d3o:0, 1217-1223, 2j01:A, 1220-1226, 2j03:A, 1220-1226, 2j28:B, 1254-1260, 2jl6:A, 1299-1305, 2jl8:A, 1299-1305, 2o43:A, 1217-1223, 2o44:A, 1217-1223, 2o45:A, 1214-1220, 2ogm:0, 1217-1223, 2ogn:0, 1217-1223, 2ogo:0, 1216-1222, 2qam:B, 1254-1260, 2qao:B, 1254-1260, 2qba:B, 1254-1260, 2qbc:B, 1254-1260, 2qbe:B, 1254-1260, 2qbg:B, 1254-1260, 2qoz:B, 1254-1260, 2qp1:B, 1254-1260, 2v47:A, 1220-1226, 2v49:A, 1220-1226, 2vhn:B, 1254-1260, 2zjp:X, 1195-1201, 2zjq:X, 1195-1201, 2zjr:X, 1192-1198, 3cf5:X, 1195-1201, 3d5b:A, 1290-1296, 3d5d:A, 1290-1296, 3df2:B, 1254-1260, 3df4:B, 1254-1260, 3dll:X, 1195-1201
GUUUA
1c2w:B, 2582-2588
UAAUC
1u8d:A, 7-13, 2b57:A, 6-12, 2ees:A, 7-13, 2eet:A, 7-13, 2eew:A, 7-13, 2g9c:A, 7-13
UAGUA
1ffk:0, 201-207, 1jj2:0, 202-208, 1k73:A, 202-208, 1k8a:A, 202-208, 1k9m:A, 202-208, 1kc8:A, 202-208, 1kd1:A, 202-208, 1kqs:0, 202-208, 1m1k:A, 202-208, 1m90:A, 202-208, 1n8r:A, 202-208, 1nji:A, 202-208, 1p5n:A, 25-31, 1p5o:A, 49-55, 1p5p:A, 49-55, 1q7y:A, 202-208, 1q81:A, 202-208, 1q82:A, 202-208, 1q86:A, 202-208, 1qvf:0, 202-208, 1qvg:0, 202-208, 1s1i:3, 201-207, 1s72:0, 202-208, 1vq4:0, 202-208, 1vq5:0, 202-208, 1vq6:0, 202-208, 1vq7:0, 202-208, 1vq8:0, 202-208, 1vq9:0, 202-208, 1vqk:0, 202-208, 1vql:0, 202-208, 1vqm:0, 202-208, 1vqn:0, 202-208, 1vqo:0, 202-208, 1vqp:0, 202-208, 1w2b:0, 202-208, 1yhq:0, 202-208, 1yi2:0, 202-208, 1yij:0, 202-208, 1yit:0, 202-208, 1yj9:0, 202-208, 1yjn:0, 202-208, 1yjw:0, 202-208, 2otj:0, 202-208, 2otl:0, 202-208, 2qa4:0, 202-208, 2qex:0, 202-208, 3cc2:0, 202-208, 3cc4:0, 202-208, 3cc7:0, 202-208, 3cce:0, 202-208, 3ccj:0, 202-208, 3ccl:0, 202-208, 3ccm:0, 202-208, 3ccq:0, 202-208, 3ccr:0, 202-208, 3ccs:0, 202-208, 3ccu:0, 202-208, 3ccv:0, 202-208, 3cd6:0, 202-208, 3cma:0, 202-208, 3cme:0, 202-208, 3cpw:0, 202-208
UUAAA
1nkw:0, 2453-2459, 1nwx:0, 2453-2459, 1nwy:0, 2453-2459, 1ond:0, 2452-2458, 1pnu:0, 2497-2503, 1pny:0, 2497-2503, 1sm1:0, 2453-2459, 1vou:B, 2497-2503, 1vow:B, 2497-2503, 1voy:B, 2497-2503, 1vs6:B, 2508-2514, 1vs8:B, 2508-2514, 1vsa:w, 2551-2557, 1vsp:w, 2551-2557, 1xbp:0, 2453-2459, 1y69:0, 2453-2459, 1yl3:A, 2537-2543, 2aar:0, 2453-2459, 2aw4:B, 2508-2514, 2awb:B, 2508-2514, 2b66:A, 2479-2485, 2b9n:A, 2479-2485, 2b9p:A, 2479-2485, 2d3o:0, 2474-2480, 2hgj:A, 2551-2557, 2hgq:A, 2551-2557, 2hgu:A, 2551-2557, 2i2t:B, 2508-2514, 2i2v:B, 2508-2514, 2j01:A, 2439-2445, 2j03:A, 2439-2445, 2j28:B, 2508-2514, 2jl6:A, 2518-2524, 2jl8:A, 2518-2524, 2o43:A, 2453-2459, 2o45:A, 2441-2447, 2ogm:0, 2453-2459, 2ogn:0, 2453-2459, 2ogo:0, 2452-2458, 2qam:B, 2508-2514, 2qao:B, 2508-2514, 2qba:B, 2508-2514, 2qbc:B, 2508-2514, 2qbe:B, 2508-2514, 2qbg:B, 2508-2514, 2qbi:B, 2508-2514, 2qbk:B, 2508-2514, 2qov:B, 2508-2514, 2qox:B, 2508-2514, 2qoz:B, 2508-2514, 2qp1:B, 2508-2514, 2v47:A, 2434-2440, 2v49:A, 2434-2440, 2z4l:B, 2508-2514, 2z4n:B, 2508-2514, 2zjp:X, 2364-2370, 2zjq:X, 2364-2370, 2zjr:X, 2361-2367, 3bbx:B, 2791-2797, 3cf5:X, 2364-2370, 3d5b:A, 2546-2552, 3d5d:A, 2546-2552, 3df2:B, 2508-2514, 3df4:B, 2508-2514, 3dll:X, 2364-2370