Please cite:
Schudoma et al.,
Nucl. Acids Res. 38: 970-980.
DOI 10.1093/nar/gkp1010.
(005)-Segment cluster 1144 (cutoff=2.5 Å)
Cluster size 349 structure(s)
Representative structure 1voq:A (&rarr PDB)
Downloads Representative structure (PDB) (MC-Annotate)
Member list
Consensus sequence NHNND
Cluster members
AAUGU
1ffk:0, 251-257, 1jj2:0, 252-258, 1k73:A, 252-258, 1k8a:A, 252-258, 1k9m:A, 252-258, 1kc8:A, 252-258, 1kd1:A, 252-258, 1kqs:0, 252-258, 1m1k:A, 252-258, 1m90:A, 252-258, 1n8r:A, 252-258, 1nji:A, 252-258, 1q7y:A, 252-258, 1q81:A, 252-258, 1q82:A, 252-258, 1q86:A, 252-258, 1qvf:0, 252-258, 1qvg:0, 252-258, 1s1i:3, 251-257, 1s72:0, 252-258, 1vq4:0, 252-258, 1vq5:0, 252-258, 1vq6:0, 252-258, 1vq7:0, 252-258, 1vq8:0, 252-258, 1vq9:0, 252-258, 1vqk:0, 252-258, 1vql:0, 252-258, 1vqm:0, 252-258, 1vqn:0, 252-258, 1vqo:0, 252-258, 1vqp:0, 252-258, 1w2b:0, 252-258, 1yhq:0, 252-258, 1yi2:0, 252-258, 1yij:0, 252-258, 1yit:0, 252-258, 1yj9:0, 252-258, 1yjn:0, 252-258, 1yjw:0, 252-258, 2otj:0, 252-258, 2otl:0, 252-258, 2qa4:0, 252-258, 2qex:0, 252-258, 3cc2:0, 252-258, 3cc4:0, 252-258, 3cc7:0, 252-258, 3cce:0, 252-258, 3ccj:0, 252-258, 3ccl:0, 252-258, 3ccm:0, 252-258, 3ccq:0, 252-258, 3ccr:0, 252-258, 3ccs:0, 252-258, 3ccu:0, 252-258, 3ccv:0, 252-258, 3cd6:0, 252-258, 3cma:0, 252-258, 3cme:0, 252-258, 3cpw:0, 252-258
AUCAG
1vs6:B, 1566-1572, 1vs8:B, 1566-1572, 2aw4:B, 1566-1572, 2awb:B, 1566-1572, 2j28:B, 1566-1572, 3bbx:B, 1647-1653
CCAAA
1vs6:B, 1589-1595, 1vs8:B, 1589-1595, 2aw4:B, 1589-1595, 2awb:B, 1589-1595, 2gya:0, 1526-1532, 2gyc:0, 1526-1532, 2i2t:B, 1589-1595, 2i2v:B, 1589-1595, 2j28:B, 1589-1595, 2qam:B, 1589-1595, 2qao:B, 1589-1595, 2qba:B, 1589-1595, 2qbc:B, 1589-1595, 2qbe:B, 1589-1595, 2qbg:B, 1589-1595, 2qbi:B, 1589-1595, 2qbk:B, 1589-1595, 2qov:B, 1589-1595, 2qox:B, 1589-1595, 2qoz:B, 1589-1595, 2qp1:B, 1589-1595, 2vhm:B, 1589-1595, 2vhn:B, 1589-1595, 2z4l:B, 1589-1595, 2z4n:B, 1589-1595, 3df2:B, 1589-1595, 3df4:B, 1589-1595
GAGAA
1ffk:0, 1601-1607, 1jj2:0, 1651-1657, 1k73:A, 1651-1657, 1k8a:A, 1651-1657, 1k9m:A, 1651-1657, 1kc8:A, 1651-1657, 1kd1:A, 1651-1657, 1kqs:0, 1651-1657, 1m1k:A, 1651-1657, 1m90:A, 1651-1657, 1n8r:A, 1651-1657, 1nji:A, 1651-1657, 1q7y:A, 1651-1657, 1q81:A, 1651-1657, 1q82:A, 1651-1657, 1q86:A, 1651-1657, 1qvf:0, 1651-1657, 1qvg:0, 1651-1657, 1s1i:3, 1759-1765, 1s72:0, 1651-1657, 1vq4:0, 1651-1657, 1vq5:0, 1651-1657, 1vq6:0, 1651-1657, 1vq7:0, 1651-1657, 1vq8:0, 1651-1657, 1vq9:0, 1651-1657, 1vqk:0, 1651-1657, 1vql:0, 1651-1657, 1vqm:0, 1651-1657, 1vqn:0, 1651-1657, 1vqo:0, 1651-1657, 1vqp:0, 1651-1657, 1w2b:0, 1651-1657, 1yhq:0, 1651-1657, 1yi2:0, 1651-1657, 1yij:0, 1651-1657, 1yit:0, 1651-1657, 1yj9:0, 1651-1657, 1yjn:0, 1651-1657, 1yjw:0, 1651-1657, 2otj:0, 1651-1657, 2otl:0, 1651-1657, 2qa4:0, 1656-1662, 2qex:0, 1651-1657, 3cc2:0, 1651-1657, 3cc4:0, 1651-1657, 3cc7:0, 1651-1657, 3cce:0, 1651-1657, 3ccj:0, 1651-1657, 3ccl:0, 1651-1657, 3ccm:0, 1651-1657, 3ccq:0, 1651-1657, 3ccr:0, 1651-1657, 3ccs:0, 1651-1657, 3ccu:0, 1651-1657, 3ccv:0, 1651-1657, 3cd6:0, 1651-1657, 3cma:0, 1651-1657, 3cme:0, 1651-1657, 3cpw:0, 1651-1657
GCAAA
1ffk:0, 1775-1781, 1j5a:A, 1563-1569, 1jj2:0, 1825-1831, 1jzx:A, 1563-1569, 1jzy:A, 1563-1569, 1jzz:A, 1563-1569, 1k01:A, 1563-1569, 1k73:A, 1825-1831, 1k8a:A, 1825-1831, 1k9m:A, 1825-1831, 1kc8:A, 1825-1831, 1kd1:A, 1825-1831, 1kqs:0, 1825-1831, 1m1k:A, 1825-1831, 1m90:A, 1825-1831, 1n8r:A, 1825-1831, 1nji:A, 1825-1831, 1njm:0, 1555-1561, 1njo:0, 1555-1561, 1njp:0, 1555-1561, 1nkw:0, 1555-1561, 1nwx:0, 1555-1561, 1nwy:0, 1555-1561, 1ond:0, 1554-1560, 1p9x:0, 1531-1537, 1pnu:0, 1571-1577, 1pny:0, 1571-1577, 1q7y:A, 1825-1831, 1q81:A, 1825-1831, 1q82:A, 1825-1831, 1q86:A, 1825-1831, 1qvf:0, 1825-1831, 1qvg:0, 1825-1831, 1s1i:3, 1933-1939, 1s72:0, 1825-1831, 1sm1:0, 1555-1561, 1vor:B, 1571-1577, 1vou:B, 1571-1577, 1vow:B, 1571-1577, 1voy:B, 1571-1577, 1vp0:B, 1571-1577, 1vq4:0, 1825-1831, 1vq5:0, 1825-1831, 1vq6:0, 1825-1831, 1vq7:0, 1825-1831, 1vq8:0, 1825-1831, 1vq9:0, 1825-1831, 1vqk:0, 1825-1831, 1vql:0, 1825-1831, 1vqm:0, 1825-1831, 1vqn:0, 1825-1831, 1vqo:0, 1825-1831, 1vqp:0, 1825-1831, 1vsa:w, 1629-1635, 1vsp:w, 1629-1635, 1w2b:0, 1825-1831, 1xbp:0, 1555-1561, 1y69:0, 1555-1561, 1yhq:0, 1825-1831, 1yi2:0, 1825-1831, 1yij:0, 1825-1831, 1yit:0, 1825-1831, 1yj9:0, 1825-1831, 1yjn:0, 1825-1831, 1yjw:0, 1825-1831, 1z58:2, 1546-1552, 2aar:0, 1555-1561, 2b66:A, 1629-1635, 2b9n:A, 1629-1635, 2b9p:A, 1629-1635, 2d3o:0, 1555-1561, 2j01:A, 1546-1552, 2j03:A, 1546-1552, 2jl6:A, 1625-1631, 2jl8:A, 1625-1631, 2o43:A, 1555-1561, 2o44:A, 1555-1561, 2o45:A, 1552-1558, 2ogm:0, 1555-1561, 2ogn:0, 1555-1561, 2otj:0, 1825-1831, 2otl:0, 1825-1831, 2qa4:0, 1830-1836, 2qex:0, 1825-1831, 2v47:A, 1546-1552, 2v49:A, 1546-1552, 2zjp:X, 1533-1539, 2zjq:X, 1533-1539, 2zjr:X, 1530-1536, 3cc2:0, 1825-1831, 3cc4:0, 1825-1831, 3cc7:0, 1825-1831, 3cce:0, 1825-1831, 3ccj:0, 1825-1831, 3ccl:0, 1825-1831, 3ccm:0, 1825-1831, 3ccq:0, 1825-1831, 3ccr:0, 1825-1831, 3ccs:0, 1825-1831, 3ccu:0, 1825-1831, 3ccv:0, 1825-1831, 3cd6:0, 1825-1831, 3cf5:X, 1533-1539, 3cma:0, 1825-1831, 3cme:0, 1825-1831, 3cpw:0, 1825-1831, 3d5b:A, 1624-1630, 3d5d:A, 1624-1630, 3dll:X, 1533-1539
GUUAA
1voq:A, 861-867, 1vov:A, 861-867, 1voz:A, 861-867, 1yl4:A, 841-847, 2b64:A, 841-847, 2b9o:A, 841-847, 2gy9:A, 828-834, 2hgi:A, 841-847, 2hgp:A, 841-847, 2hgr:A, 841-847, 2ow8:y, 841-847
UAGUA
1fjg:A, 1321-1327, 1hnw:A, 1321-1327, 1hnx:A, 1321-1327, 1hnz:A, 1321-1327, 1hr0:A, 1321-1327, 1i94:A, 1324-1330, 1i95:A, 1324-1330, 1i96:A, 1324-1330, 1ibk:A, 1321-1327, 1ibl:A, 1321-1327, 1ibm:A, 1321-1327, 1j5e:A, 1321-1327, 1n32:A, 1321-1327, 1n36:A, 1321-1327, 1pns:A, 1337-1343, 1pnx:A, 1337-1343, 1s1h:A, 1322-1328, 1voq:A, 1337-1343, 1vos:A, 1337-1343, 1vov:A, 1337-1343, 1vox:A, 1337-1343, 1voz:A, 1337-1343, 1vs5:A, 1340-1346, 1vs7:A, 1340-1346, 1xmo:A, 1316-1322, 1xmq:A, 1316-1322, 1xnq:A, 1316-1322, 1xnr:A, 1316-1322, 2avy:A, 1340-1346, 2aw7:A, 1340-1346, 2b64:A, 1321-1327, 2b9m:A, 1321-1327, 2b9o:A, 1321-1327, 2e5l:A, 1322-1328, 2gy9:A, 1303-1309, 2hgi:A, 1321-1327, 2hhh:A, 1321-1327, 2i2p:A, 1340-1346, 2i2u:A, 1340-1346, 2j00:A, 1321-1327, 2j02:A, 1321-1327, 2jl5:A, 1321-1327, 2jl7:A, 1321-1327, 2ow8:y, 1321-1327, 2qal:A, 1340-1346, 2qan:A, 1340-1346, 2qb9:A, 1340-1346, 2qbb:A, 1340-1346, 2qbd:A, 1340-1346, 2qbf:A, 1340-1346, 2qbh:A, 1340-1346, 2qbj:A, 1340-1346, 2qnh:y, 1321-1327, 2qou:A, 1340-1346, 2qow:A, 1340-1346, 2qoy:A, 1340-1346, 2qp0:A, 1340-1346, 2uu9:A, 1321-1327, 2uua:A, 1321-1327, 2uub:A, 1321-1327, 2uuc:A, 1321-1327, 2uxb:A, 1321-1327, 2uxc:A, 1321-1327, 2uxd:A, 1299-1305, 2v46:A, 1321-1327, 2v48:A, 1321-1327, 2vqe:A, 1321-1327, 2vqf:A, 1321-1327, 2z4k:A, 1340-1346, 2z4m:A, 1340-1346, 3bbn:A, 1287-1293, 3d5a:A, 1321-1327, 3d5c:A, 1321-1327, 3df1:A, 1340-1346, 3df3:A, 1340-1346
UAUCA
2hop:A, 42-48