Please cite:
Schudoma et al.,
Nucl. Acids Res. 38: 970-980.
DOI 10.1093/nar/gkp1010.
(005)-Segment cluster 200 (cutoff=2.5 Å)
Cluster size 91 structure(s)
Representative structure 1ibk:A (&rarr PDB)
Downloads Representative structure (PDB) (MC-Annotate)
Member list
Consensus sequence VNDNA
Cluster members
AAAAA
1fjg:A, 1261-1267, 1hnw:A, 1261-1267, 1hnx:A, 1261-1267, 1hnz:A, 1261-1267, 1hr0:A, 1261-1267, 1i94:A, 1264-1270, 1i95:A, 1264-1270, 1i96:A, 1264-1270, 1ibk:A, 1261-1267, 1ibl:A, 1261-1267, 1ibm:A, 1261-1267, 1j5e:A, 1261-1267, 1n32:A, 1261-1267, 1n33:A, 1261-1267, 1pns:A, 1277-1283, 1pnx:A, 1277-1283, 1s1h:A, 1262-1268, 1xmo:A, 1256-1262, 1xmq:A, 1256-1262, 1xnq:A, 1256-1262, 1xnr:A, 1256-1262, 1yl4:A, 1261-1267, 2b64:A, 1261-1267, 2b9m:A, 1261-1267, 2b9o:A, 1261-1267, 2e5l:A, 1262-1268, 2hgi:A, 1261-1267, 2hgp:A, 1261-1267, 2hgr:A, 1261-1267, 2hhh:A, 1261-1267, 2j00:A, 1261-1267, 2j02:A, 1261-1267, 2jl5:A, 1261-1267, 2jl7:A, 1261-1267, 2ow8:y, 1261-1267, 2qnh:y, 1261-1267, 2uu9:A, 1261-1267, 2uua:A, 1261-1267, 2uub:A, 1261-1267, 2uuc:A, 1261-1267, 2uxb:A, 1261-1267, 2uxc:A, 1261-1267, 2uxd:A, 1239-1245, 2v46:A, 1261-1267, 2v48:A, 1261-1267, 2vqe:A, 1261-1267, 2vqf:A, 1261-1267, 3d5a:A, 1261-1267, 3d5c:A, 1261-1267
AGGGA
1yl3:A, 1582-1588
AUAAA
1vs5:A, 1280-1286, 1vs7:A, 1280-1286, 2avy:A, 1280-1286, 2aw7:A, 1280-1286, 2i2p:A, 1280-1286, 2i2u:A, 1280-1286, 2qal:A, 1280-1286, 2qan:A, 1280-1286, 2qb9:A, 1280-1286, 2qbb:A, 1280-1286, 2qbd:A, 1280-1286, 2qbf:A, 1280-1286, 2qbh:A, 1280-1286, 2qbj:A, 1280-1286, 2qou:A, 1280-1286, 2qow:A, 1280-1286, 2qoy:A, 1280-1286, 2qp0:A, 1280-1286, 2z4k:A, 1280-1286, 2z4m:A, 1280-1286, 3df1:A, 1280-1286, 3df3:A, 1280-1286
CAGUA
1c2w:B, 239-245
GCUGA
1yl3:A, 869-875, 2b66:A, 869-875, 2b9n:A, 869-875, 2b9p:A, 869-875, 2hgj:A, 869-875, 2hgq:A, 869-875, 2hgu:A, 869-875, 2j01:A, 853-859, 2j03:A, 853-859, 2jl6:A, 880-886, 2jl8:A, 880-886, 3d5b:A, 865-871, 3d5d:A, 865-871
GUAAA
2b64:A, 418-424, 2b9m:A, 418-424, 2b9o:A, 418-424, 2qnh:y, 418-424
GUACA
1etf:A, 25-31