Please cite:
Schudoma et al.,
Nucl. Acids Res. 38: 970-980.
DOI 10.1093/nar/gkp1010.
(005)-Segment cluster 788 (cutoff=2.5 Å)
Cluster size 238 structure(s)
Representative structure 1ond:0 (&rarr PDB)
Downloads Representative structure (PDB) (MC-Annotate)
Member list
Consensus sequence NNHNV
Cluster members
AAACG
2vhm:A, 55-61, 3d5b:B, 56-62, 3d5d:B, 56-62
ACAUG
1y69:0, 1456-1462, 2o45:A, 1453-1459
CACAA
2vho:A, 929-935
CGACC
2qam:B, 1328-1334, 2qao:B, 1328-1334, 2qbc:B, 1328-1334, 2z4l:B, 1328-1334, 2z4n:B, 1328-1334
GAACC
2hgj:B, 25-31
GAACG
1vor:B, 1840-1846, 1vou:B, 1840-1846, 1vow:B, 1840-1846, 1voy:B, 1840-1846
GAAGA
1s1i:3, 2531-2537
GACAC
1ffk:0, 2071-2077, 1fg0:A, 97-103, 1jj2:0, 2121-2127, 1k73:A, 2121-2127, 1k8a:A, 2121-2127, 1k9m:A, 2121-2127, 1kc8:A, 2121-2127, 1kd1:A, 2121-2127, 1kqs:0, 2121-2127, 1m1k:A, 2121-2127, 1m90:A, 2121-2127, 1n8r:A, 2121-2127, 1nji:A, 2121-2127, 1q7y:A, 2121-2127, 1q81:A, 2121-2127, 1q82:A, 2121-2127, 1q86:A, 2121-2127, 1qvf:0, 2121-2127, 1qvg:0, 2121-2127, 1s1i:3, 2421-2427, 1s72:0, 2121-2127, 1vq4:0, 2121-2127, 1vq5:0, 2121-2127, 1vq6:0, 2121-2127, 1vq7:0, 2121-2127, 1vq8:0, 2121-2127, 1vq9:0, 2121-2127, 1vqk:0, 2121-2127, 1vql:0, 2121-2127, 1vqm:0, 2121-2127, 1vqn:0, 2121-2127, 1vqo:0, 2121-2127, 1vqp:0, 2121-2127, 1w2b:0, 2121-2127, 1yhq:0, 2121-2127, 1yi2:0, 2121-2127, 1yij:0, 2121-2127, 1yit:0, 2121-2127, 1yj9:0, 2121-2127, 1yjn:0, 2121-2127, 1yjw:0, 2121-2127, 2otj:0, 2121-2127, 2otl:0, 2121-2127, 2qa4:0, 2126-2132, 2qex:0, 2121-2127, 3cc2:0, 2121-2127, 3cc4:0, 2121-2127, 3cc7:0, 2121-2127, 3cce:0, 2121-2127, 3ccj:0, 2121-2127, 3ccl:0, 2121-2127, 3ccm:0, 2121-2127, 3ccq:0, 2121-2127, 3ccr:0, 2121-2127, 3ccs:0, 2121-2127, 3ccu:0, 2121-2127, 3ccv:0, 2121-2127, 3cd6:0, 2121-2127, 3cma:0, 2121-2127, 3cme:0, 2121-2127, 3cpw:0, 2121-2127
GACAG
2gya:0, 2094-2100, 2hgj:A, 2213-2219, 2hgq:A, 2213-2219, 2hgu:A, 2213-2219, 3bbx:B, 2444-2450
GACCG
1njm:0, 2115-2121, 1njn:0, 2115-2121, 1njo:0, 2115-2121, 1njp:0, 2115-2121, 1nkw:0, 2115-2121, 1nwx:0, 2115-2121, 1nwy:0, 2115-2121, 1ond:0, 2114-2120, 1pnu:0, 2159-2165, 1pny:0, 2159-2165, 1sm1:0, 2115-2121, 1vor:B, 2159-2165, 1vou:B, 2159-2165, 1vow:B, 2159-2165, 1voy:B, 2159-2165, 1vp0:B, 2159-2165, 1xbp:0, 2115-2121, 1y69:0, 2115-2121, 2aar:0, 2115-2121, 2d3o:0, 2136-2142, 2o45:A, 2103-2109, 2ogo:0, 2114-2120
GACUC
1yl3:A, 607-613
GCAAC
1hnx:A, 1085-1091, 1hnz:A, 1085-1091, 1hr0:A, 1085-1091, 1pns:A, 1101-1107, 1voq:A, 1101-1107, 1vos:A, 1101-1107, 1vov:A, 1101-1107, 1vox:A, 1101-1107, 1voz:A, 1101-1107, 1vs7:A, 1103-1109, 1xmq:A, 1080-1086, 1xnq:A, 1080-1086, 2aw7:A, 1103-1109, 2f4v:A, 1085-1091, 2j00:A, 1085-1091, 2j02:A, 1085-1091, 2qal:A, 1103-1109, 2qan:A, 1103-1109, 2qb9:A, 1103-1109, 2qbb:A, 1103-1109, 2qbd:A, 1103-1109, 2qbf:A, 1103-1109, 2qbh:A, 1103-1109, 2qbj:A, 1103-1109, 2qou:A, 1103-1109, 2qow:A, 1103-1109, 2qoy:A, 1103-1109, 2qp0:A, 1103-1109, 2uu9:A, 1085-1091, 2uuc:A, 1085-1091, 2vhp:A, 1103-1109, 2vqf:A, 1085-1091, 2z4k:A, 1103-1109, 2z4m:A, 1103-1109, 3df1:A, 1103-1109, 3df3:A, 1103-1109
GCUGA
1vsa:w, 870-876, 1vsp:w, 870-876
GGAAC
1p9x:0, 2598-2604
GGAGC
3bbo:A, 2670-2676
GGUUA
1vs8:B, 2264-2270, 2awb:B, 2264-2270, 2i2t:B, 2264-2270, 2i2v:B, 2264-2270, 2j28:B, 2264-2270, 2qam:B, 2264-2270, 2qao:B, 2264-2270, 2qba:B, 2264-2270, 2qbc:B, 2264-2270, 2qbe:B, 2264-2270, 2qbg:B, 2264-2270, 2qbi:B, 2264-2270, 2qbk:B, 2264-2270, 2qov:B, 2264-2270, 2qox:B, 2264-2270, 2qoz:B, 2264-2270, 2qp1:B, 2264-2270, 2z4l:B, 2264-2270, 2z4n:B, 2264-2270, 3df2:B, 2264-2270, 3df4:B, 2264-2270
GUAAA
1fjg:A, 418-424, 1hnw:A, 418-424, 1hnx:A, 418-424, 1hnz:A, 418-424, 1hr0:A, 418-424, 1i94:A, 421-427, 1i95:A, 421-427, 1i96:A, 421-427, 1ibk:A, 418-424, 1ibl:A, 418-424, 1ibm:A, 418-424, 1j5e:A, 418-424, 1n32:A, 418-424, 1n33:A, 418-424, 1pns:A, 422-428, 1pnx:A, 422-428, 1s1h:A, 423-429, 1vs5:A, 423-429, 1vs7:A, 423-429, 1yl4:A, 418-424, 2avy:A, 423-429, 2aw7:A, 423-429, 2e5l:A, 419-425, 2hgi:A, 418-424, 2hgp:A, 418-424, 2hgr:A, 418-424, 2hhh:A, 418-424, 2i2p:A, 423-429, 2i2u:A, 423-429, 2j00:A, 418-424, 2j02:A, 418-424, 2jl5:A, 418-424, 2jl7:A, 418-424, 2ow8:y, 418-424, 2qal:A, 423-429, 2qan:A, 423-429, 2qb9:A, 423-429, 2qbb:A, 423-429, 2qbd:A, 423-429, 2qbf:A, 423-429, 2qbh:A, 423-429, 2qbj:A, 423-429, 2qou:A, 423-429, 2qow:A, 423-429, 2qoy:A, 423-429, 2qp0:A, 423-429, 2uu9:A, 418-424, 2uua:A, 418-424, 2uub:A, 418-424, 2uuc:A, 418-424, 2v46:A, 418-424, 2v48:A, 418-424, 2vqe:A, 418-424, 2vqf:A, 418-424, 2z4k:A, 423-429, 2z4m:A, 423-429, 3d5a:A, 418-424, 3d5c:A, 418-424, 3df1:A, 423-429, 3df3:A, 423-429
GUAGA
1vor:B, 2253-2259, 1vou:B, 2253-2259, 1vow:B, 2253-2259, 1voy:B, 2253-2259, 1vp0:B, 2253-2259, 2o43:A, 2209-2215, 2o45:A, 2197-2203, 2zjr:X, 2117-2123
UGUUG
1p9x:0, 783-789, 1sm1:0, 806-812, 1xbp:0, 806-812